Uniprot

@pipeworx/uniprot

UniProt MCP — 来自 EBI 的权威蛋白质序列与功能知识库。无需密钥。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1684+ 个实时数据源的 MCP 网关。

工具

• search(query, format?, size?) — 搜索 UniProtKB（Lucene 风格查询）
• get(accession, format?) — 按登录号获取单个条目（例如 P12345）
• proteomes_search(query, size?) — 搜索蛋白质组
• taxonomy_search(query, size?) — 搜索 UniProt 提供的 NCBI 分类信息
• keyword(keyword_id) — UniProt 关键词信息
• feature_summary(accession) — 汇总特征注释（结构域、诱变等）

数据源

https://rest.uniprot.org/ — 公开访问，无需 API 密钥。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/uniprot/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/uniprot/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 的共享元工具 — ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall，以及其余面向整个网关的工具。因此，你看到的工具数量会多于此表：目前，单个工具包端点除了工具包自身的工具外，还会列出大约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，也是当天最权威的依据。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具可以让限定范围的连接回答此工具包未涵盖的问题 — 通过 ask_pipeworx 路由到整个目录 — 而无需你添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不含这些元工具的工具包端点；如果额外的 schema 带来的上下文开销超过路由的价值，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

你也可以连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都会访问同一个网关和相同的 1684+ 个数据源。唯一的区别是哪些工具包的工具会被直接列出；从任一端点都可以通过 ask_pipeworx 访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/uniprot_search \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"gene:BRCA1 AND organism_id:9606"}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/uniprot_search。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行 — 无需 Pipeworx 账户，也无需经由网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-uniprot"]
    }
  }
}

也可以直接运行，以确认它能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-uniprot

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 通信，并响应 initialize/tools/list/tools/call，仅提供此工具包的工具 — 不包含上文网关连接额外提供的共享元工具。数据源和工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你也可以不直接调用工具，而是用自然语言提问 — 在上文的工具包端点和完整网关上都可以使用：

ask_pipeworx({ question: "your question about Uniprot data" })

网关会选择合适的工具并自动填充参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT