Wikipathways

mcp-wikipathways

WikiPathways MCP — 开放的社区通路数据库。

属于 Pipeworx — 连接 AI Agent 与 1684+ 个实时数据源的 MCP 网关。

工具

工具	描述
search_pathways	按名称搜索 WikiPathways（开放的社区通路数据库）中的生物通路。通路描述糖酵解、细胞凋亡或信号传导等过程中的基因/蛋白质/代谢物。可选按拉丁名或通用名限定单个生物物种。无需密钥。可与 KEGG/Reactome 互补。
list_pathways	列出单个生物物种的所有 WikiPathways 通路。提供拉丁名或通用名，例如 "Homo sapiens"、"human" 或 "mouse"。返回每条通路的 ID、名称、链接和最近修订时间。无需密钥。
get_pathway	根据 WikiPathways ID（例如 "WP554"）获取一条 WikiPathways 通路的元数据和查看器链接。返回名称、物种、修订版本和可供人类查看的示意图 URL。无需密钥。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "wikipathways": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/wikipathways/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/wikipathways/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具 — ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall，以及网关范围内的其余工具。因此，你看到的工具数量会多于此表：单个工具包端点目前会列出约 30 个共享工具，以及该工具包自身的工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当天情况的权威依据。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具让范围受限的连接能够回答此工具包未涵盖的问题 — 通过 ask_pipeworx 跨整个目录进行路由 — 无需你添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构定义消耗的上下文比路由带来的价值更大，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1684+ 个数据源。唯一的区别是哪些工具包的工具会被直接列出；无论连接哪个端点，ask_pipeworx 都可以访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_pathways \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"glycolysis"}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_pathways。查找工具包：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行 — 无需 Pipeworx 账户，也无需经过网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "wikipathways": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-wikipathways"]
    }
  }
}

也可以直接运行，以确认它能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-wikipathways

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 通信，并响应 initialize/tools/list/tools/call，但仅限此工具包的工具 — 不包含上文网关连接额外提供的共享元工具。相同的来源、相同的工具，不提供 ask_pipeworx 路由。

与 ask_pipeworx 搭配使用

你也可以用通俗英语提问，而不是直接调用工具 — 此功能既适用于上文的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Wikipathways data" })

网关会自动选择合适的工具并填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT