PubChem MCP Server

PubChem MCP 服务

一个用于从 PubChem 数据库检索化合物数据的模型上下文协议（MCP）服务。

概览

PubChem MCP 服务是一个 Python 实现的 MCP 服务，支持 AI 模型从 PubChem 数据库查询化合物信息。它通过标准 MCP 接口，轻松提供化合物属性、二维结构和三维分子坐标的访问。

功能

• 按名称或 PubChem CID 查询化合物
• 获取全面的化合物数据，包括：
  • IUPAC 名称
  • 分子式
  • 分子量
  • SMILES 表示法
  • InChI 和 InChIKey
• 支持多种输出格式：
  • JSON（默认）
  • CSV
  • XYZ（三维结构）
• 内置缓存系统以提升性能
• 自动重试机制，确保 API 可靠性
• PubChem 无法提供三维结构时，自动生成备用三维结构

要求

• Python 3.8+
• Requests 库
• RDKit（可选，用于增强三维结构处理能力）

安装

从源码安装

# Clone the repository
git clone https://github.com/yourusername/pubchem-mcp-server.git
cd pubchem-mcp-server/python_version

# Install the package
pip install -e .

# For enhanced 3D structure handling, install with RDKit
pip install -e ".[rdkit]"

MCP 配置

要将此服务与 Claude 或其他支持 MCP 的 AI 模型配合使用，请将以下内容添加到 MCP 配置文件中：

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "command": "python3",
      "args": ["/path/to/pubchem-mcp-server/python_version/mcp_server.py"],
      "env": {
        "PYTHONUNBUFFERED": "1"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": [
        "get_pubchem_data",
        "download_structure"
      ]
    }
  }
}

可用工具

get_pubchem_data

获取化合物结构和属性数据。

参数：

• query（必填）：化合物名称或 PubChem CID
• format（可选）：输出格式——"JSON"（默认）、"CSV" 或 "XYZ"
• include_3d（可选）：是否包含三维结构（仅当格式为 "XYZ" 时有效）

使用示例：

<use_mcp_tool>
<server_name>pubchem</server_name>
<tool_name>get_pubchem_data</tool_name>
<arguments>
{
  "query": "aspirin",
  "format": "JSON"
}
</arguments>
</use_mcp_tool>

download_structure

下载化合物的结构文件。

参数：

• cid（必填）：PubChem CID
• format（可选）：文件格式——"sdf"（默认）、"mol" 或 "smi"
• filename（可选）：下载的结构文件的自定义文件名

使用示例：

<use_mcp_tool>
<server_name>pubchem</server_name>
<tool_name>download_structure</tool_name>
<arguments>
{
  "cid": "2244",
  "format": "sdf"
}
</arguments>
</use_mcp_tool>

项目结构

pubchem-mcp-server/
├── python_version/               # Python implementation
│   ├── mcp_server.py             # Main MCP server script
│   ├── setup.py                  # Package installation script
│   ├── pubchem_mcp_server/       # Core package
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── pubchem_api.py        # PubChem API interaction
│   │   ├── xyz_utils.py          # 3D structure and XYZ format utilities
│   │   ├── server.py             # MCP server implementation
│   │   ├── cli.py                # Command-line interface
│   │   └── async_processor.py    # Asynchronous request handling
└── LICENSE

缓存

此服务使用缓存机制以提升性能：

• API 响应缓存在内存中
• 三维结构数据缓存在 ~/.pubchem-mcp/cache/ 中

许可证

本项目采用 MIT 许可证授权——详情请参阅 LICENSE 文件。