PubMed MCP Server

PubMed MCP 服务

此代码仓库包含一个 MCP 服务，使用 BioPython 的 Entrez 模块搜索 PubMed 文章摘要。它利用 FastMCP 框架为 PubMed 提供异步搜索功能。

功能

• 搜索 PubMed： 根据搜索词查询文章。
• 获取摘要： 获取 PubMed 返回的文章摘要。
• 异步运行： 使用异步执行（通过 asyncio.to_thread）以避免阻塞服务。

前提条件

• Python 3.8 或更高版本
• mcp[cli]
• BioPython

设置

1. 克隆代码仓库：

   git clone PubMed-MCP-Server.git
   cd PubMed-MCP-Server
   

2. 安装依赖项：

   你可以使用 uv 安装所需的软件包：

   uv add -r requirements.txt
   

3. 配置 Entrez 邮箱：

   确保在代码中（main.py）设置了有效的电子邮件地址：

   Entrez.email = "give an email address"
   

运行服务

运行以下命令启动 PubMed MCP 服务：

uv run main.py

此命令使用 uv 命令行工具启动服务（如配置中所指定）。

配置 MCP 客户端

要配置 MCP 客户端以连接到 PubMed MCP 服务，请按如下所示创建或更新 config.json 文件：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:/Users/codingaslu/.local/bin/uv",
      "args": [
        "--directory",
        "C:/Users/codingaslu/OneDrive/Desktop/pubmed-mcp-server",
        "run",
        "main.py"
      ]
    }
  }
}

配置说明

• command：
  用于运行 MCP 服务的命令行工具的完整路径（此处为 uv）。

• args：

  • --directory：指定服务所在的工作目录。
  • "C:/Users/aiany/OneDrive/Desktop/YT Video/pubmed-mcp-server"：服务根目录的路径。
  • "run" 和 "main.py"：启动 PubMed MCP 服务的命令和入口文件。

使用方法

服务运行且 MCP 客户端配置完成后，你可以使用提供的工具：

• 工具： search_pubmed
• 参数：
  • query：PubMed 搜索词（默认值为 "endocarditis"）。
  • max_results：要获取的文章最大数量（默认值为 10）。

使用示例：

search_pubmed(query="endocarditis", max_results=10)

此操作将返回一个字符串，其中包含文章摘要，各摘要以换行符分隔。

许可证

此项目根据 MIT 许可证 授权。

你可以根据自己的具体设置调整路径和详细信息。