PubMed MCP Server

Name: PubMed MCP Server
Author: hanxuanliang

本地服务

github.com/hanxuanliang数据与分析379 周前更新

代码仓库

关于 PubMed MCP Server

PubMed MCP Server 为需要生物医学文献的用户和应用提供 PubMed 访问能力，支持文章搜索、详细元数据获取，以及将 PMC 文章 PDF 下载到本地。

主要功能

01搜索 PubMed 文章
02获取文章详细元数据
03下载 PMC 文章 PDF

适用场景

01按关键词查找论文
02查看文章摘要和作者
03将 PMC PDF 保存到本地

MCP 相关

该服务通过 SSE endpoint 向 MCP 客户端提供 PubMed 搜索、元数据获取和 PMC PDF 下载能力。

#pubmed #mcp-server

配置

本地服务的配置在各客户端中通用，复制后粘贴到客户端的 MCP 配置文件即可。

暂未收录安装方式

我们还没有获取到这个服务的安装包或远程地址，请按项目 README 中的说明安装。

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工具

还没有获取到工具列表

本地服务需要在你的电脑上运行后才能读取工具，维护者暂未提供工具列表。

详细介绍

来自项目 README

PubMed MCP Server

项目简介

PubMed MCP Server 是一个基于 fastapi-mcp 的服务，提供了对 PubMed 数据库的访问接口。该服务允许用户搜索 PubMed 文章、获取文章元数据以及下载 PMC 文章的 PDF 文件

基本功能:

搜索文章：根据关键词搜索 PubMed 数据库中的文章
获取元数据：获取特定 PubMed ID 的文章详细信息，包括标题、摘要、作者、关键词等
下载 PDF：下载 PMC 文章的 PDF 文件到本地

安装与配置

克隆仓库

git clone https://github.com/yourusername/pubmed-mcp-server.git
cd pubmed-mcp-server

# 安装 uv 工具，用于管理虚拟环境和依赖项同步
pip install uv

创建并激活虚拟环境

uv sync
source .venv/bin/activate  # Linux/Mac
# 或
.venv\Scripts\activate  # Windows

配置

创建 .env 文件来自定义配置：

DOWNLOAD_PATH=/path/to/store/pdfs

默认情况下，PDF 文件将保存在 /tmp/pubmed-pdfs 目录下。

使用方法

uv run main.py

服务器将在 http://localhost:8977 上运行。

然后你可以在 mcp client 中配置这个endpoint，并使用SSE模式

项目结构

.
├── app/               # API 应用定义
│   └── pubmed.py      # PubMed API 端点
├── core/              # 核心功能
│   └── config.py      # 配置管理
├── service/           # 服务层
│   ├── __init__.py    # 基础 URL 和工具函数
│   ├── file.py        # 文件下载功能
│   └── search.py      # PubMed 搜索和解析功能
├── tests/             # 测试目录
├── .env               # 环境变量配置
├── main.py            # 应用入口
└── pyproject.toml     # 项目依赖