PyMOL-MCP

PyMOL-MCP：将 PyMOL 与 Claude AI 集成

PyMOL-MCP 通过模型上下文协议（MCP）将 PyMOL 连接到 Claude AI，使 Claude 能够直接与 PyMOL 交互并控制它。这种强大的集成支持通过自然语言进行对话式结构生物学、分子可视化和分析。

https://github.com/user-attachments/assets/687f43dc-d45e-477e-ac2b-7438e175cb36

功能

• 双向通信：通过基于套接字的服务将 Claude AI 连接到 PyMOL
• 智能命令解析：对 PyMOL 命令进行自然语言处理
• 分子可视化控制：调整表示形式、颜色和视图
• 结构分析：执行测量、比对和其他分析
• 代码执行：从 Claude 在 PyMOL 中运行任意 Python 代码

安装指南

前置条件

• 系统中已安装 PyMOL
• Claude 桌面应用
• Python 3.10 或更高版本
• Git

步骤 1：安装 UV 包管理器

在 macOS 上：

brew install uv

在 Windows 上：

powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%

其他平台请参阅 UV 安装指南。

步骤 2：克隆代码库

git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp

步骤 3：设置环境

创建并激活 Python 虚拟环境：

python -m venv venv

在 macOS/Linux 上：

source venv/bin/activate

在 Windows 上：

venv\Scripts\activate

步骤 4：安装依赖项

激活虚拟环境后：

pip install mcp

步骤 5：配置 Claude 桌面应用

1. 打开 Claude 桌面应用
2. 前往 Claude > Settings > Developer > Edit Config
3. 这将打开 claude_desktop_config.json 文件
4. 添加 MCP 服务配置：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "[Full path to your venv python]",
      "args": ["[Full path to pymol_mcp_server.py]"]
    }
  }
}

例如：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
      "args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
    }
  }
}

**注意：**请使用系统中的实际完整路径。在 Windows 上，请使用正斜杠（/）代替反斜杠。

步骤 6：安装 PyMOL 插件

1. 打开 PyMOL
2. 前往 Plugin → Plugin Manager
3. 点击“Install New Plugin”选项卡
4. 选择“Choose file...”，然后定位到克隆的代码库
5. 选择 pymol-mcp-socket-plugin/__init__.py 文件
6. 点击“Open”，并按照提示安装插件

使用方法

开始连接

1. 在 PyMOL 中：

   • 前往 Plugin → PyMOL MCP Socket Plugin
   • 点击“Start Listening”
   • 状态应变为“Listening on port 9876”

2. 在 Claude 桌面应用中：

   • 聊天时，工具区域应显示一个锤子图标
   • 点击该图标即可使用 PyMOL 工具

示例命令

以下是一些可以让 Claude 执行的操作示例：

• “加载 PDB 1UBQ 并以卡通表示形式显示”
• “按二级结构为蛋白质着色”
• “用棍状表示形式突出显示活性位点残基”
• “比对两个结构并显示它们的差异”
• “计算这两个残基之间的距离”
• “将此视图保存为高分辨率图像”

故障排除

• 连接问题：尝试从 Claude 连接前，请确保 PyMOL 插件正在监听
• 命令错误：检查 PyMOL 输出窗口中的错误消息
• 插件未显示：重启 PyMOL，并确认插件已正确安装
• Claude 无法连接：确认 Claude 配置文件中的路径正确

限制与说明

• 套接字连接要求 PyMOL 和 Claude 在同一台机器上运行
• 某些复杂操作可能需要拆分成更简单的步骤
• 使用实验性功能前，请务必保存工作
• 欢迎加入我们的 Bio-MCP Community，排查问题、提供反馈并改进 Bio-MCPS！https://join.slack.com/t/bio-mcpslack/shared_invite/zt-31z4pho39-K5tb6sZ1hUvrFyoPmKihAA

参与贡献

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许可证

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