Rowan Mcp: A Server For Running Complex Computational Chemistry Tasks

Rowan MCP 服务

用于轻松运行 Rowan 分子设计和模拟工具的 MCP 服务。

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安装

选项 1：自动安装（无需手动安装！）

只需将以下内容添加到 MCP 配置中，即可自动安装并运行：

HTTP/SSE 配置：

{
  "mcpServers": {
    "rowan": {
      "type": "http",
      "url": "http://127.0.0.1:6276/sse"
    }
  }
}

然后启动服务：

# Set your API key
export ROWAN_API_KEY="your_api_key_here"

# Start the HTTP server
uvx --from rowan-mcp rowan-mcp

选项 2：手动安装

如果你想先安装软件包：

使用 uv：

uv add rowan-mcp

使用 pip：

pip install rowan-mcp

然后进行配置并启动：

{
  "mcpServers": {
    "rowan": {
      "type": "http", 
      "url": "http://127.0.0.1:6276/sse"
    }
  }
}

# Set API key and start server
export ROWAN_API_KEY="your_api_key_here"
rowan-mcp

获取 API 密钥

访问 labs.rowansci.com → 创建账户 → 生成 API 密钥

开始使用

向 AI 提问："计算阿司匹林的 pKa" 或 "优化咖啡因的几何结构"

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你可以做什么

向大模型提问：

• 计算药物性质："预测阿司匹林的类药性"
• 优化分子结构："优化阿司匹林的几何结构"
• 预测化学行为："乙酸的 pKa 是多少？"
• 运行计算："计算苯的 HOMO 和 LUMO"

系统要求

• Python 3.11+
• 包管理器：uv（推荐）或 pip
• Rowan API 密钥（可在 labs.rowansci.com 免费获取）
• 兼容 MCP 的客户端（Claude Desktop 等）

开发命令（如果你克隆了仓库）：

# Run from source
export ROWAN_API_KEY="your_api_key_here"
uv run python -m rowan_mcp

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可用工具

共计：45 个 MCP 工具

• 28 个专用工作流函数（包含 Rowan v2.1.9 中的所有工作流）
• 1 个批量工作流函数
• 3 个分子查找工具
• 7 个工作流管理工具
• 6 个蛋白质管理工具

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化学计算

• submit_basic_calculation_workflow - 使用多个引擎（omol25、xtb、psi4）进行能量、优化和频率计算
• submit_conformer_search_workflow - 使用多种搜索模式（快速/仔细/细致）进行构象搜索
• submit_conformers_workflow - 构象生成和枚举（与 conformer_search 不同）
• submit_multistage_opt_workflow - 按顺序采用不同精度级别进行多阶段几何优化
• submit_scan_workflow - 使用波前传播进行分子扫描（二面角、键、角度）
• submit_irc_workflow - 过渡态的固有反应坐标计算

分子性质

• submit_pka_workflow - 在可自定义的 pH 范围和元素条件下进行微观 pKa 计算
• submit_macropka_workflow - 在不同 pH 和电荷范围内进行宏观 pKa 计算
• submit_solubility_workflow - 在多种溶剂和温度条件下进行溶解度预测
• submit_redox_potential_workflow - 电化学还原/氧化电位
• submit_descriptors_workflow - 适用于机器学习的分子描述符和特征
• submit_tautomer_search_workflow - 互变异构体枚举
• submit_admet_workflow - 用于药物发现的 ADME/毒性性质预测
• submit_hydrogen_bond_basicity_workflow - 氢键碱性（pKBHX）预测

反应性分析

• submit_fukui_workflow - 用于识别亲电/亲核反应位点的 Fukui 指数

电子结构

• submit_spin_states_workflow - 计算不同多重度下的自旋态能量

光谱与分析

• submit_ion_mobility_workflow - 离子迁移率质谱碰撞截面（CCS）预测
• submit_strain_workflow - 计算环和笼状结构的分子应变能

过渡态与反应

• submit_double_ended_ts_search_workflow - 根据反应物和产物结构搜索过渡态
• submit_pose_analysis_md_workflow - 对对接后的蛋白质-配体复合物进行分子动力学模拟

蛋白质与药物发现

• submit_docking_workflow - 使用多个可执行程序（Vina、QVina2、Smina）进行蛋白质-配体对接
• submit_batch_docking_workflow - 用于虚拟筛选项目的高通量对接
• submit_protein_cofolding_workflow - 多蛋白质和蛋白质-配体协同折叠预测
• submit_msa_workflow - 用于蛋白质结构预测的多序列比对

批量处理

• batch_submit_workflow - 通过任意工作流类型提交多个分子，以进行高通量处理

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分子管理

• molecule_lookup - 将分子名称、CAS 编号、IUPAC 名称转换为 SMILES
• batch_molecule_lookup - 批量将分子名称转换为 SMILES
• validate_smiles - 验证并规范化 SMILES 字符串

蛋白质管理

• create_protein_from_pdb_id - 根据 PDB ID 创建蛋白质（例如，'1HCK'）
• retrieve_protein - 通过 UUID 获取蛋白质数据
• list_proteins - 列出所有可用的蛋白质
• upload_protein - 上传自定义蛋白质结构
• delete_protein - 从工作区中移除蛋白质
• sanitize_protein - 清理并验证蛋白质结构

工作流管理

• retrieve_workflow - 获取完整的工作流数据、状态和结果（唯一可信来源）
• workflow_stop - 停止正在运行的工作流
• workflow_delete - 从工作区中移除工作流
• retrieve_calculation_molecules - 从计算中提取分子结构
• list_workflows - 列出所有工作流，并提供筛选选项
• workflow_update - 修改工作流参数
• workflow_delete_data - 移除工作流数据，同时保留元数据

要求

• Python 3.11+
• Rowan API 密钥
• 兼容 MCP 的 AI 助手（Claude Desktop 等）

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实验性：桌面扩展（正在开发中）

正在开发一款适用于 Claude Desktop 的一键式桌面扩展（.dxt），无需进行命令行设置！目前正在完善此功能，以确保其与 MCP 扩展系统兼容。

目前，请使用上文介绍的标准安装包安装方式，该方式已经过全面测试且可靠。

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获取帮助

• 文档：docs.rowansci.com
• 或者联系我！

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引用

如果您在研究中使用此 MCP 工具，请引用其所依托的 Rowan 平台：

Rowan Scientific. https://www.rowansci.com（访问日期：2025-07-01）。

如需完整的引文信息，包括计算中使用的特定计算引擎、方法和工作流，请参阅 Rowan 的引用指南。

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发布（维护者须知）

要向 PyPI 发布新版本：

# Update version in pyproject.toml and rowan_mcp/__init__.py
# Build the package
uv build

# Publish to PyPI (requires API token)
uv publish

# Or publish to TestPyPI first
uv publish --index-url https://test.pypi.org/simple/

MCP 检查器

# Start the server first
export ROWAN_API_KEY="your_api_key_here" 
uv run python -m rowan_mcp &

# Then inspect
npx @modelcontextprotocol/inspector http://127.0.0.1:6276/sse