关于 Scanpy MCP server
面向单细胞 RNA 测序分析的 MCP 服务，将 Scanpy 的数据读写、预处理、分析和绘图能力提供给自然语言交互。适用于研究人员及希望在应用中调用 Scanpy 函数的 Agent 开发者；项目已停止维护。
主要功能
- 01自然语言读写单细胞数据
- 02数据过滤与质量控制
- 03归一化、缩放及 PCA
- 04聚类与差异表达分析
- 05小提琴图、热图和点图
适用场景
- 01通过自然语言执行单细胞数据预处理
- 02分析细胞簇并进行差异表达
- 03为 Agent 应用调用 Scanpy 函数
MCP 相关
它将 Scanpy 的数据读写、预处理、分析和绘图功能作为工具提供给 MCP 客户端。支持本地运行，也可通过 HTTP 传输远程连接。
配置
本地服务的配置在各客户端中通用，复制后粘贴到客户端的 MCP 配置文件即可。
我们还没有获取到这个服务的安装包或远程地址，请按项目 README 中的说明安装。
工具
本地服务需要在你的电脑上运行后才能读取工具，维护者暂未提供工具列表。
详细介绍
⚠️ 重要通知：此仓库已不再维护。请访问 scmcphub 获取最新版本的 MCP 服务。
Scanpy MCP 服务
一个可通过自然语言使用的 scRNA-Seq 分析软件 Scanpy MCP 服务！
🪩 它能做什么？
- IO 模块，例如通过自然语言读取和写入 scRNA-Seq 数据
- 预处理模块，例如过滤、质量控制、归一化、缩放、高变基因、PCA、邻居分析等
- 工具模块，例如聚类、差异表达等
- 绘图模块，例如小提琴图、热图、点图
❓ 适用于哪些人？
- 任何想通过自然语言进行 scRNA-Seq 分析的人！
- 想在自己的应用中调用 scanpy 函数的 Agent 开发者
🌐 在哪里使用？
你可以在大多数支持 MCP 的 AI 客户端、插件或 Agent 框架中使用 scanpy-mcp：
- AI 客户端，例如 Cherry Studio
- 插件，例如 Cline
- Agent 框架，例如 Agno
🎬 演示
演示如何在 AI 客户端 Cherry Studio 中使用 scanpy-mcp，通过自然语言进行 scRNA-Seq 细胞簇分析
https://github.com/user-attachments/assets/93a8fcd8-aa38-4875-a147-a5eeff22a559
🏎️ 快速开始
安装
从 PyPI 安装
pip install scanpy-mcp
运行以下命令即可测试
scmcp run
在本地运行 scnapy-server
请参考以下 MCP 客户端配置：
"mcpServers": {
"scanpy-mcp": {
"command": "scanpy-mcp",
"args": [
"run"
]
}
}
远程运行 scnapy-server
请参考以下 MCP 客户端配置：
在你的服务上运行
scmcp run --transport shttp --port 8000
然后按如下方式配置 MCP 客户端：
http://localhost:8000/mcp
🤝 参与贡献
如有任何问题，欢迎提交 issue，或联系我（[email protected]）。也欢迎为代码贡献力量！
评论
一个开放协议，规定了 AI 应用如何以统一方式连接外部工具与数据源。客户端负责与模型对话，MCP 服务负责提供工具、资源和提示模板，两者通过标准消息通信，同一个服务可以被不同客户端复用。