关于 Scanpy-MCP
Scanpy-MCP 是用于通过自然语言调用 Scanpy 分析 scRNA-Seq 数据的 MCP 服务，面向研究人员和 Agent 开发者，涵盖数据处理、预处理、分析与绘图。
主要功能
- 01读写 scRNA-Seq 数据
- 02过滤、归一化与缩放数据
- 03执行 PCA 和邻近分析
- 04聚类与差异表达分析
- 05绘制小提琴图、热图和点图
适用场景
- 01通过自然语言分析 scRNA-Seq 数据
- 02在 Agent 应用中调用 Scanpy 函数
MCP 相关
向 MCP 客户端提供基于 Scanpy 的 scRNA-Seq 数据读写、预处理、分析和绘图能力，可在本地或远程运行。
配置
本地服务的配置在各客户端中通用，复制后粘贴到客户端的 MCP 配置文件即可。
我们还没有获取到这个服务的安装包或远程地址，请按项目 README 中的说明安装。
工具
本地服务需要在你的电脑上运行后才能读取工具，维护者暂未提供工具列表。
详细介绍
Scanpy-MCP
通过 MCP 使用自然语言进行 Scanpy 单细胞 RNA 测序（scRNA-Seq）分析。
🪩 它能做什么？
- IO 模块，例如读取和写入 scRNA-Seq 数据
- 预处理模块，例如过滤、质量控制、归一化、缩放、高变基因、PCA、邻居分析，……
- 工具模块，例如聚类、差异表达等
- 绘图模块，例如小提琴图、热图、点图
❓ 适合哪些人？
- 任何想用自然语言进行 scRNA-Seq 分析的人！
- 想在应用中调用 scanpy 函数的 Agent 开发者
🌐 在哪里使用？
你可以在大多数支持 MCP 的 AI 客户端、插件或 Agent 框架中使用 scanpy-mcp：
- AI 客户端，例如 Cherry Studio
- 插件，例如 Cline
- Agent 框架，例如 Agno
📚 文档
scmcphub 的完整文档请访问 https://docs.scmcphub.org
🎬 演示
演示如何在 AI 客户端 Cherry Studio 中使用 scanpy-mcp，通过自然语言进行 scRNA-Seq 细胞簇分析
https://github.com/user-attachments/assets/93a8fcd8-aa38-4875-a147-a5eeff22a559
🏎️ 快速入门
安装
从 PyPI 安装
pip install scanpy-mcp
运行以下命令即可进行测试
scanpy-mcp run
在本地运行 scnapy-mcp
请参阅 MCP 客户端中的以下配置：
检查路径
$ which scanpy
/home/test/bin/scanpy-mcp
"mcpServers": {
"scanpy-mcp": {
"command": "//home/test/bin/scanpy-mcp",
"args": [
"run"
]
}
}
远程运行 scnapy-mcp
请参阅 MCP 客户端中的以下配置：
在你的服务上运行
scanpy-mcp run --transport shttp --port 8000
然后在本地 AI 客户端中配置 MCP 客户端，如下所示：
"mcpServers": {
"scanpy-mcp": {
"url": "http://localhost:8000/mcp"
}
}
🤝 参与贡献
如有任何问题，欢迎提交 issue，或联系我（[email protected]）。也欢迎为代码贡献力量！
引用
如果你在研究中使用了 scanpy-mcp，请考虑引用以下作品：
Wolf, F., Angerer, P. & Theis, F. SCANPY: large-scale single-cell gene expression data analysis. Genome Biol 19, 15 (2018). https://doi.org/10.1186/s13059-017-1382-0
评论
一个开放协议，规定了 AI 应用如何以统一方式连接外部工具与数据源。客户端负责与模型对话，MCP 服务负责提供工具、资源和提示模板，两者通过标准消息通信，同一个服务可以被不同客户端复用。