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SCMCP

SCMCP

本地服务
github.com/huang-sh科研与教育1276 周前更新
代码仓库

关于 SCMCP

SCMCP 是用于单细胞 RNA 测序分析的 MCP 服务，研究者和 Agent 开发者可通过自然语言调用分析功能。仓库注明项目已停止维护，并建议查看 SCMCPHub 获取最新版本。

主要功能

  1. 01读取和写入单细胞 RNA 测序数据
  2. 02过滤、质量控制与归一化
  3. 03PCA 和邻居分析
  4. 04聚类与差异表达分析
  5. 05绘图及细胞间通信分析

适用场景

  1. 01用自然语言请求单细胞数据预处理
  2. 02运行聚类和差异表达分析
  3. 03生成单细胞分析图表

MCP 相关

它向 MCP 客户端提供单细胞 RNA 测序数据读写、预处理、分析、绘图和细胞间通信功能。支持本地运行和 SSE 传输。

配置

本地服务的配置在各客户端中通用，复制后粘贴到客户端的 MCP 配置文件即可。

暂未收录安装方式

我们还没有获取到这个服务的安装包或远程地址，请按项目 README 中的说明安装。

代码仓库

工具

还没有获取到工具列表

本地服务需要在你的电脑上运行后才能读取工具，维护者暂未提供工具列表。

详细介绍

⚠️ 重要通知：此仓库已不再维护。请访问 SCMCPHub 获取最新版本的 MCP 服务。

SCMCP

一个支持通过自然语言进行 scRNA-Seq 分析的 MCP 服务！

🪩 它能做什么？

  • IO 模块，例如通过自然语言读取和写入 scRNA-Seq 数据
  • 预处理模块，例如筛选、质量控制、标准化、缩放、高变基因、PCA、邻居分析等
  • 工具模块，例如聚类、差异表达分析等
  • 绘图模块，例如小提琴图、热图、点图
  • 细胞间通信分析

❓ 适用对象

  • 任何希望使用自然语言进行 scRNA-Seq 分析的人！
  • 希望在自己的应用中调用 scanpy 函数的 Agent 开发者

🌐 在哪里使用？

你可以在大多数支持 MCP 的 AI 客户端、插件或 Agent 框架中使用 scmcp：

  • AI 客户端，例如 Cherry Studio
  • 插件，例如 Cline
  • Agent 框架，例如 Agno

🎬 演示

演示如何在 AI 客户端 Cherry Studio 中使用基于 scmcp 的自然语言进行 scRNA-Seq 细胞聚类分析

https://github.com/user-attachments/assets/93a8fcd8-aa38-4875-a147-a5eeff22a559

🏎️ 快速入门

安装

从 PyPI 安装

pip install scmcp

你可以运行以下命令进行测试

scmcp run
在本地运行 scnapy-server

请参照以下配置设置你的 MCP 客户端：

"mcpServers": {
  "scmcp": {
    "command": "scmcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}
远程运行 scnapy-server

请参照以下配置设置你的 MCP 客户端：

在你的服务器上运行

scmcp run --transport sse --port 8000

然后按如下方式配置你的 MCP 客户端：

http://localhost:8000/sse

🤝 参与贡献

如果你有任何问题，欢迎提交 issue，或联系我（[email protected]）。也欢迎为代码贡献力量！

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第一次接触 MCP？

从协议是什么，到在客户端里装上第一个服务，这几条回答覆盖了大多数入门问题。

一个开放协议，规定了 AI 应用如何以统一方式连接外部工具与数据源。客户端负责与模型对话，MCP 服务负责提供工具、资源和提示模板，两者通过标准消息通信，同一个服务可以被不同客户端复用。