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Hydroxyl

Hydroxyl

本地服务
hydroxyl.app科研与教育01 周前更新
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关于 Hydroxyl

Hydroxyl 是供研究人员和 AI 助手处理化学结构的本地 MCP 服务。它可生成论文插图、检查结构、提供分子属性并转换格式，服务端不发起网络请求。

主要功能

  1. 01将结构渲染为 PNG 或 SVG 图形
  2. 02检查价态与绘图问题
  3. 03显示分子式、质量、电荷和 CIP 标签
  4. 04将结构转换为 molfile 或 canonical SMILES
  5. 05生成编辑器链接

适用场景

  1. 01制作期刊论文所需的化学结构图
  2. 02查看结构警告及修复建议
  3. 03获取结构的分子属性
  4. 04在支持的格式间转换结构

MCP 相关

本地 stdio MCP 服务提供五种工具，用于渲染、检查、描述和转换化学结构，以及在编辑器中打开结构。

配置

本地服务的配置在各客户端中通用，复制后粘贴到客户端的 MCP 配置文件即可。

mcp.json · 通用配置
{
  "mcpServers": {
    "trebeljahr-hydroxyl": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "hydroxyl-mcp"
      ],
      "env": {
        "HYDROXYL_EDITOR_URL": "<HYDROXYL_EDITOR_URL>"
      }
    }
  }
}
启动命令npx -y hydroxyl-mcp
需要配置的环境变量
HYDROXYL_EDITOR_URLEditor that editor_link points at (default https://hydroxyl.app/editor/)

本地服务需要在你的电脑上安装运行环境（如 Node.js 18+）。各客户端的配置文件位置不同，请参考客户端文档。

安装包
npmhydroxyl-mcp0.1.0

工具

5

收录的工具列表 · 更新于 2 周前

参数类型必填说明
dpiany否PNG 分辨率，300（默认）或 600。
namestring否来自编辑器结构词典的常用名称，例如 "benzene"、"glycine"、"DMSO"。这不是完整的名称到结构解析器：不接受未知名称。
styleenum否publication（ACS 1996 设置，默认）、nature（Nature Portfolio）或 screen。publication | nature | screen
viewsarray否每个视图对应一个面板，按顺序排列。skeletal（默认）、kekule、explicitH、lewis、condensed、sumFormula。
widthany否最大宽度：「single」或「double」期刊栏（默认 single），也可以使用以 cm 为单位的宽度。
formatenum否png（默认）或 svg。png | svg
smilesstring否SMILES 字符串，例如 "c1ccccc1"。
molfilestring否MDL molfile（V2000 或 V3000），包括标题行在内的完整文本。
backgroundenum否PNG 背景：white（默认）或 transparent。SVG 始终为透明背景。white | transparent

详细介绍

hydroxyl-mcp

hydroxyl-mcp 是一个本地的 Model Context Protocol 服务。Claude Desktop 等助手可以使用它绘制期刊配图、检查结构并进行转换。它通过 stdio 在你的机器上运行，不会发起网络请求。你发送的结构会交给助手的服务提供商，而不会发送给我们。

它提供五种工具：

工具输入输出
render_figure结构；视图；宽度（single、double 或 cm）；png 或 svg配图、打印尺寸、标签字号，以及文字小于 8 pt 时的警告
check_structure结构编辑器标记的价态和绘图问题，以及每项问题的一键修复方式
describe结构分子式、分子量、精确质量、净电荷、CIP 标签
convert结构molfile 或规范 SMILES
editor_link结构在编辑器中打开该结构的链接

结构可以是 smiles、molfile 或 name（来自编辑器插入框的化合物，例如 caffeine）。

将其添加到你的 MCP 客户端；npx 会从 npm 获取 hydroxyl-mcp 软件包（需要 Node.js 22 或更高版本）。对于 Claude Desktop，请编辑 claude_desktop_config.json（Settings → Developer → Edit Config），然后重启应用：

{
  "mcpServers": {
    "hydroxyl": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "hydroxyl-mcp"]
    }
  }
}

其他可启动 stdio 服务的客户端也使用相同的命令和参数。对于 Claude Code：

claude mcp add hydroxyl -- npx -y hydroxyl-mcp

editor_link 指向 https://hydroxyl.app/editor/。在服务的环境中设置 HYDROXYL_EDITOR_URL，即可改为链接到本地或可自托管的编辑器。

编辑器本身位于 hydroxyl.app；源代码位于 github.com/trebeljahr/hydroxyl.app。

许可证

MIT。该软件包依赖 RDKit（BSD-3-Clause）和 resvg-wasm（MPL-2.0），并随附 Arimo 字体（OFL-1.1，文本见 dist/arimo-OFL.txt）。

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从协议是什么，到在客户端里装上第一个服务，这几条回答覆盖了大多数入门问题。

一个开放协议，规定了 AI 应用如何以统一方式连接外部工具与数据源。客户端负责与模型对话，MCP 服务负责提供工具、资源和提示模板，两者通过标准消息通信，同一个服务可以被不同客户端复用。