Dog Geroscience

dog-geroscience-mcp

mcp-name: io.github.w0lph/dog-geroscience-mcp

一个 MCP 服务，为任何 Agent（Claude、Cursor 和其他 MCP 客户端）提供独一无二的犬类衰老工具：

工具	来源	可回答的问题
anage_species	HAGR AnAge	狗（或用于比较的任何物种）的寿命记录：最长寿命、IMR、MRDT、体重、成熟情况。
drugage_search、drugage_species_summary	HAGR DrugAge	按化合物／物种查询延寿实验，并注明是否属于 NIA ITP；展示狗相关证据有多么有限。
genage_search	HAGR GenAge	按符号／名称查询人类衰老基因和模式生物长寿基因。
dog_ortholog	Ensembl Compara（实时、带缓存）	人类／小鼠基因在狗中的直系同源基因：ID、符号、序列一致性百分比、直系同源类型、位置。
dose_translate	FDA 2005 Km 表	物种间的 mg/kg 换算（小鼠 → 狗 = ×3/20）。
dap_releases、dap_codebook_search、dap_variable	Dog Aging Project 公开代码本（GitHub）	哪些调查变量对应某个概念；某个变量的完整条目；哪些发布版本包含该变量。
nih_reporter_search	NIH RePORTER v2（实时）	按财政年度查询与短语匹配的资助项目。
corpus_search、corpus_record、corpus_info	canine-aging-corpus（Europe PMC）	在 3,500 多篇犬类衰老论文中进行 BM25 搜索；提供所有论文的摘要，以及开放获取子集中论文的 Markdown 全文。
foi_summary_search、foi_summary_get	foi-summaries（FDA CVM，公共领域）	497 种犬用产品的 FOI 摘要：推荐剂量、适应症、给药途径、PK 和安全性候选句、PDF 链接；foi_summary_get 按 foi_id 返回解析后的章节文本（例如剂量倍数目标动物安全性研究）。
foi_structured_search	foi-summaries 结构化层	497 份摘要的类型化、带引文依据的记录（1,026 个 PK 数值、193 项安全性研究、918 条不良反应记录）：给药方案、PK 数值、目标动物安全性研究设计／发现、有效性研究，以及含接受治疗组／对照组发生率的不良反应。
canine_trial_search	canine-trials 注册库	犬类衰老相关的干预性研究和队列研究（寿命、健康寿命、认知、行动能力、免疫衰老、癌症预防），包括公司项目（STAY/LOY-002、LOY-001、LOY-003）和 TRIAD：设计、状态、干预措施、剂量、时长、研究人群、主要结局、报告结果，以及带逐字引文的来源。可按名称、缩写、干预措施、标签或 PMID 匹配；使用 trial_id 获取单条记录；可按 status 筛选。
intervention_dossier	上述来源 + openFDA 的综合结果	每种化合物对应一份证据资料包：跨物种 DrugAge 数据（含 ITP 和犬类记录）、犬类等效剂量、语料库命中结果和犬类试验、目标直系同源基因、openFDA 犬类不良事件、FOI 摘要及明确列出的证据缺口。支持同义词匹配（selegiline ↔ L-deprenyl、rapamycin ↔ sirolimus）。

该服务还提供一个 MCP 提示词 dossier_briefing(compound, target_gene?)，指示客户端模型调用 intervention_dossier，并撰写六部分证据简报，不得添加工具未返回的内容。examples/rapamycin_briefing.md 是一份基于 examples/rapamycin_dossier.json 撰写的完整示例；examples/selegiline_dossier.json 展示了用于已上市兽药的 FOI 和结构化数据块。

scripts/dossier_eval.py 使用 14 种经过 ITP 测试的化合物和两种兽药对照运行资料包，并输出覆盖情况表（data/dossier_eval.json）。它衡量的是来源中包含的内容，而非生物学真相：例如，rapamycin 可匹配到 37 项 DrugAge 实验、16 条 ITP 记录、152 处语料库提及和 5 项候选犬类试验，但没有 FOI 摘要（因为它不是兽药）；而 selegiline 可匹配到 1 项犬类寿命实验、4,117 条 openFDA 犬类报告，以及 2 份 FOI 摘要和 2 条结构化记录；carprofen 可匹配到 46,859 条 openFDA 犬类报告，以及达到各搜索结果上限的 FOI 摘要和结构化记录（分别为 11 和 19）。 该服务有意不重复相邻服务的功能：sniff-mcp（犬类基因组学、OMIA、犬种等位基因频率）、mcp-veterinary-fda（openFDA 动物不良事件、Green Book）以及 longevity-genie 服务（Open Genes、SynergyAge、gget）。

安装

无需构建：首次运行时，会从 Hugging Face Hub (w0lph/dog-geroscience-mcp-data) 下载预构建数据库（约 90 MB），并存入每位用户各自的缓存目录；所有离线工具都使用这一个文件。

uvx dog-geroscience-mcp                 # stdio server; downloads the database on first start
uvx dog-geroscience-mcp fetch-data      # or download it explicitly (prints the path)

Claude Desktop / Claude Code / Cursor 配置：

{
  "mcpServers": {
    "dog-geroscience": {
      "command": "uvx",
      "args": ["dog-geroscience-mcp"]
    }
  }
}

Claude Desktop，一键安装：从发布页面下载 dog-geroscience-mcp-<version>.mcpb 并打开（设置 → 扩展 → 从文件安装）。该捆绑包将 PyPI 软件包声明为 uv 类型扩展，因此桌面应用会使用自己的 uv 进行安装；无需进行其他设置。捆绑包的源文件位于 mcpb/（npx @anthropic-ai/mcpb pack mcpb dist/dog-geroscience-mcp-0.1.1.mcpb）。

Claude Code，通过带路由技能的插件安装（需要将 uv 添加到 PATH）：

/plugin marketplace add w0lph/k9
/plugin install dog-geroscience@k9

Codex CLI：

codex mcp add dog-geroscience -- uvx dog-geroscience-mcp

仅安装技能，适用于任何可读取 SKILL.md 文件的 Agent：将 plugins/dog-geroscience/skills/dog-geroscience/ 复制到你的技能目录（对于 Claude Code，为 ~/.claude/skills/）。它会将犬类衰老问题路由到合适的工具，并说明如何读取工具输出（FOI 摘要中的物种标签、异速剂量、逐字引文）。

Docker（仓库根目录下的 Dockerfile 会将数据库打包进镜像）：

docker build -t dog-geroscience-mcp . && docker run -i --rm dog-geroscience-mcp

环境变量：DOG_GERO_DATA（数据库所在位置；Windows 上默认为 %LOCALAPPDATA%\dog-geroscience-mcp，其他系统上默认为 ~/.cache/dog-geroscience-mcp，源码检出目录中默认为 <checkout>/data）、DOG_GERO_DB_URL（备用下载 URL）、DOG_GERO_AUTO_FETCH=0（数据库缺失时直接报错，而不下载）。

从源代码构建

uv sync
uv run dog-geroscience-mcp build            # downloads HAGR + DAP codebooks, indexes ../corpus/data and ../foi/data
uv run dog-geroscience-mcp build --skip-download
uv run dog-geroscience-mcp build --fulltext-licences "cc by,cc0" --out dog_geroscience.sqlite   # the redistributable build
uv run dog-geroscience-mcp                  # serve from data/dog_geroscience.sqlite
uv run mcp dev src/dog_geroscience_mcp/server.py   # inspector (optional)

构建会生成一个 SQLite 文件：其中包含普通表和 FTS5 索引、语料库的 Markdown 全文（本地保留全部内容；发布的文件中仅包含 CC BY / CC0 文章）、完整的 FOI 记录，以及一个包含每个来源 URL 和获取时间的 meta 表。DOG_GERO_CORPUS、DOG_GERO_FOI 和 DOG_GERO_FOI_STRUCTURED 用于指定构建所用的输入。

在源码检出目录中，Claude Desktop 无需从 PyPI 安装即可运行：

{
  "mcpServers": {
    "dog-geroscience": {
      "command": "uv",
      "args": ["--directory", "D:/OneDrive/k9/mcp", "run", "dog-geroscience-mcp"]
    }
  }
}

设计

• 基准数据表（AnAge、DrugAge、GenAge、DAP 代码本）会连同来源原样提供；不会合并或推断任何内容。
• 请求时的网络访问仅限实时工具（Ensembl、RePORTER 以及 dossier 内的 openFDA）；Ensembl 结果会缓存到数据库中。数据库仅下载一次，并以原子方式完成；使用前会检查 SQLite 文件头。
• queries.py 中的查询函数是纯函数，并经过离线测试；server.py 是一个轻量封装层。
• 许可证：代码采用 MIT 许可证；HAGR 数据采用 CC BY 3.0 许可证（注明出处后允许商业使用）；DAP 代码本是公开的 GitHub 文件；语料库内容遵循各篇文章自身的许可证。

测试

uv run pytest -q
uv run ruff check src tests

测试会使用 fixture 构建一个微型数据库，并通过 SDK 的进程内客户端运行服务；整个过程不会访问网络。