clinical-trial-design

Name: clinical-trial-design
Author: wei-ai-lab

本地服务

github.com/wei-ai-lab健康医疗325 周前更新

代码仓库

关于 clinical-trial-design

这是面向临床试验团队的 TypeScript MCP 服务，通过 ClinicalTrialDesign R 包提供 Phase 2 和 Phase 3 确证性设计计算，涵盖终点、多假设和 Meta 设计。

主要功能

01提供 9 种试验设计工具
02支持 Phase 2 和 Phase 3 设计
03计算终点设计参数
04支持多假设设计
05支持 Meta 设计计算

适用场景

01设计确证性临床试验
02计算终点设计参数
03评估多假设设计

MCP 相关

通过 stdio 向 MCP 客户端提供 9 种临床试验设计工具。每次工具调用都会运行 Rscript，以执行底层 R 包。

配置

本地服务的配置在各客户端中通用，复制后粘贴到客户端的 MCP 配置文件即可。

mcp.json · 通用配置

{
  "mcpServers": {
    "wei-ai-lab-clinical-trial-design": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "clinical-trial-design"
      ],
      "env": {
        "DESIGNR_RSCRIPT": "<DESIGNR_RSCRIPT>",
        "DESIGNR_LAUNCHER": "<DESIGNR_LAUNCHER>"
      }
    }
  }
}

启动命令npx -y clinical-trial-design

需要配置的环境变量

DESIGNR_RSCRIPTOptional override for the Rscript binary path. Defaults to whatever 'Rscript' resolves to on the system PATH. Set this if R isn't on PATH or you need a specific R version.

DESIGNR_LAUNCHEROptional override for the R launcher path (the inst/launcher.R that sources the R sources and dispatches the JSON). Defaults to the bundled launcher. Set this only if you need to use a non-bundled R source tree.

本地服务需要在你的电脑上安装运行环境（如 Node.js 18+）。各客户端的配置文件位置不同，请参考客户端文档。

安装包

npmclinical-trial-design0.0.12stdio

工具

收录的工具列表 · 更新于 2 周前

参数	类型	必填	说明
k	integer	否	计划分析次数，包括最终分析。取值为 [2, 10] 内的整数。
sfl	any	否	Alpha-spending 函数。OF = O'Brien-Fleming，Pocock = Pocock，HSD = Hwang-Shih-DeCani（需要 sfupar），Power = power family（需要 sfupar），LDOF / LDPocock = Lan-DeMets 近似（标准选项），'none' 表示禁用。
sfu	enum	否	Alpha-spending 函数。OF = O'Brien-Fleming，Pocock = Pocock，HSD = Hwang-Shih-DeCani（需要 sfupar），Power = power family（需要 sfupar），LDOF / LDPocock = Lan-DeMets 近似（标准选项），'none' 表示禁用。OF \| Pocock \| HSD \| Power \| LDOF \| LDPocock \| none
alpha	number	否	I 类错误率。标准双侧 0.05 检验使用 sided = 2 时，请设为 0.025。
power	number	否	1 - beta。检验的目标功效（默认值为 0.9）。
sided	enum	否	1 = 单侧检验（默认值），2 = 双侧检验。许多现代设计使用 sided = 1 和 alpha = 0.025，以匹配双侧 0.05 的惯例。1 \| 2
sflpar	number	否	HSD / Power 下边界 sf 的数值参数。
sfupar	number	否	HSD / Power 上边界 sf 的数值参数。
timing	array	否	各次分析的信息比例，长度为 k，在 (0,1] 中严格递增，最后一个值为 1。默认等间距：1/k、2/k、...、1。
ni_margin	number	否	风险差尺度上的非劣效界值。comparison='non-inferiority' 时必填。
p_control	number	是	对照组的事件率 (0,1)。
test_type	integer	否	gsDesign test.type。1 = 仅疗效，2 = 对称疗效+无效性，3 = 非约束无效性，4 = 约束无效性，5/6 = 相同设置并采用较低的 beta 消费。
comparison	enum	否	假设类型。'superiority'（默认值）检验差异；'non-inferiority' 需要 ni_margin；'equivalence' 需要 equiv_margin。superiority \| non-inferiority \| equivalence
operational	object	否	可选的操作性内核输入。提供 {accrual_rate, accrual_duration, follow_up_duration, total_trial_duration} 中任意 0–4 项；求解器会根据 rate*duration = N 和 A + F = T（生存分析还包括 target_events）填入缺失值。结果附加为 result.operational，并包含审计字段（given、derived）。
operational.accrual_rate	number	否
operational.accrual_duration	number	否
operational.follow_up_duration	number	否
operational.total_trial_duration	number	否
p_treatment	number	是	治疗组的事件率 (0,1)。
design_class	enum	否	设计类别。'fixed' = 仅进行一次最终分析；'group-sequential' = 采用 alpha-spending 的中期分析。design_class = 'fixed' 时，group-sequential 参数（k、timing、sfu/sfl、test_type）将被忽略。fixed \| group-sequential
equiv_margin	number	否	双侧等效界值（TOST）。comparison='equivalence' 时必填。仅适用于固定样本量。
allocation_ratio	number	否	治疗组 / 对照组分配比。1 = 1:1 均衡分配。

详细介绍

clinical-trial-design MCP 服务

TypeScript MCP 服务，通过 stdio 将 ClinicalTrialDesign R 包提供为 9 个试验设计工具（3 个终点、3 个多假设和 3 个荟萃分析工具）。每次工具调用都会启动一个 Rscript 子进程，进行 JSON 往返处理；每次调用约耗时 300 毫秒，另加 R 计算时间。涵盖 II 期和 III 期确证性设计。

已发布至 npm，包名为 clinical-trial-design；也已发布至官方 MCP 注册表，标识符为 io.github.wei-ai-lab/clinical-trial-design。

工具

完整的工具列表请参阅顶层 README，18 条提示词的冒烟测试矩阵请参阅 SMOKE.md，npm 和注册表的发布步骤请参阅 PUBLISH.md。

构建

npm install                  # pulls dev dependencies (esbuild, typescript)
npm run build                # esbuild bundle → dist/index.js (the publish artifact)
npm run build:dev            # tsc → build/*.js per-file (used by the smoke script)

该服务通过顶层 .claude-plugin/plugin.json 接入：

"mcpServers": { "clinical-trial-design": { "command": "node", "args": ["mcp-server/dist/index.js"] } }

冒烟测试

npm run build:dev            # required: smoke imports from build/r-bridge.js
node scripts/smoke.mjs

预期结果：18 pass / 0 fail / 18 total。R 源文件由 r/inst/launcher.R 直接加载（开发环境中则由 ../r-package/ClinicalTrialDesign/inst/launcher.R 加载）；无需执行 remotes::install_local。

环境

DESIGNR_RSCRIPT — 如果 Rscript 不在 PATH 中，请设置为其完整路径。
DESIGNR_LAUNCHER — 如果需要覆盖默认值，请设置为 launcher.R 的完整路径。为保持稳定性承诺，保留了线格式标识符（参见 API_STABILITY.md）。

目录结构

src/
  index.ts                         # McpServer + stdio transport; registers 9 tools
  r-bridge.ts                      # spawns Rscript, JSON roundtrip, 60s timeout
  tools/
    common-schemas.ts              # shared zod fragments + ReasoningChainSchema
    design-binary.ts               # endpoint design (3 tools)
    design-continuous.ts
    design-survival.ts
    design-co-primary.ts           # multi-hypothesis (3 tools)
    design-multi-population.ts
    design-graphical-multiplicity.ts
    validate-benchmark.ts          # meta (3 tools)
    verify-design.ts
    design-report.ts
scripts/
  smoke.mjs                        # programmatic 18-prompt smoke pass
r/                                 # R sources staged for the npm tarball
  R/*.R
  inst/launcher.R
  DESCRIPTION
  NAMESPACE

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