sniff-mcp

sniff-mcp — 可由 Agent 调用的犬类基因组学

犬类 DNA 的参考层。 一个实时开放 API 和 MCP 服务，基于 Sniff Atlas 构建——涵盖 188 个犬种、全基因组范围内 9,667,790 个变异位点（CanFam4）的分品种等位基因频率，并提供 SnpEff 注释、Pangolin 剪接值、Zoonomia phyloP 保守性信息，以及变异 ⇄ 基因 ⇄ 品种 ⇄ 疾病知识图谱。它不会为任何变异判定致病性。每条响应都附有自身的引用和溯源信息。

正在开发与犬类、犬种或犬类健康相关的项目？这里就是数据层。无需密钥，无需注册——将 Agent 或应用指向这里即可。

• 🔌 MCP 端点： https://mcp.sniff.world/mcp/（Streamable HTTP；当前工具列表见 /v1/metadata）——包括 ask，一种有依据的犬类遗传学问答工具，只会依据已引用的数据作答，或如实拒绝回答（不会捏造犬类健康建议）；以及 disease_bridge（提供遗传性疾病原子信息、ACMG 风格的致病性分级，以及犬⇄人同源基因）
• 🌐 REST API： https://api.sniff.world/（OpenAPI 文档 · llms.txt）
• 📚 数据集： 10.5281/zenodo.20566358（CC-BY-4.0）

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将其添加到编码 Agent 中（复制粘贴）

托管服务开放使用，无需身份验证。选择你的工具：

Claude Code

claude mcp add --transport http sniff https://mcp.sniff.world/mcp/

Cursor / Windsurf / VS Code——添加到 MCP 配置中（.cursor/mcp.json、mcp.json 等）：

{
  "mcpServers": {
    "sniff": { "url": "https://mcp.sniff.world/mcp/" }
  }
}

Claude Desktop 或任何仅支持 stdio 的客户端（通过本地桥接使用托管服务）：

{
  "mcpServers": {
    "sniff": { "command": "npx", "args": ["-y", "sniff-mcp"] }
  }
}

就这么简单。向 Agent 提问：“不同犬种中 CPT2 5:56189113 的频率是多少？” 或 “查找 DLA 基因中的 HIGH 影响变异。”

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使用 REST API（适用于 Web 应用）

无需 SDK——使用纯 HTTP/JSON。

curl https://api.sniff.world/v1/variant/5:56189113

{
  "variant_id": "5:56189113", "ref": "A", "alt": "G",
  "global_af": 0.0185, "popmax_af": 0.591, "popmax_breed": "akita",
  "consequence": "missense_variant", "impact": "MODERATE",
  "gene": "CPT2", "phylop_241way": 6.36,
  "provenance": { "dataset_doi": "10.5281/zenodo.20566358",
                  "predicted_disease_relevance": "UNPROVEN", "...": "..." }
}

// JavaScript / TypeScript
const r = await fetch("https://api.sniff.world/v1/variant/5:56189113/context?breed=akita");
const ctx = await r.json(); // frequency + annotations + gene + cross-breed + provenance

Endpoint	返回内容
GET /v1/variant/{pos}	单个变异：AF、popmax、后果、基因、Pangolin、phyloP
GET /v1/variant/{pos}/context	联合查询——一次调用获取变异的所有信息
GET /v1/breed/{breed}	品种概况（主要变异、几何信息、最近的品种）
GET /v1/breed/{breed}/nearest	遗传距离最近的品种（PCA 距离）
GET /v1/gene/{symbol}	基因中的变异，按影响排序
GET /v1/semantic?q=	自然语言搜索（“古老的北极雪橇犬”）
GET /v1/search	在全部 9.67M 个变异中按条件筛选
GET /v1/metadata	发布版本、DOI、计数、范围说明

位置使用 CanFam4 chrom:pos 格式（例如 5:56189113）。完整架构：**https://api.sniff.world/openapi.json**。

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自托管（可选）

uvx sniff-mcp          # run the MCP server locally (needs the release data on disk)
pip install sniff-mcp  # or install into your env

参见 ARCHITECTURE.md 和 Dockerfile。使用托管端点最为简单；自托管适用于隔离网络或高流量场景。

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它是什么（以及不是什么）

基于 CanVAS（14,478 只狗，采用 Beagle 填补基因型，MAF≥1%）构建，并加入了投射的社区队列。注释不是分类结果：每条响应都会标记 predicted_disease_relevance: "UNPROVEN"，而 Pangolin 数值是第三方模型的输出，未经犬类验证。这是一项研究与发现资源，不是临床诊断工具。 适用范围（常见及低频变异，MAF≥1%）和 UNPROVEN 警示会随每条响应附在 provenance 区块中，因此 Agent 引用的任何内容都能保持准确并注明来源。

引用

Gehring, M. (2026). Sniff Atlas. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20566358 (CC-BY-4.0)

@dataset{sniff_atlas_2026,
  author    = {Gehring, Matt},
  title     = {Sniff Atlas},
  year      = {2026},
  publisher = {Zenodo},
  doi       = {10.5281/zenodo.20566358},
  url       = {https://sniff.world}
}

代码 MIT · 数据 CC-BY-4.0 · world.sniff/sniff-mcp · https://sniff.world