biopharma-catalyst-mcp

biopharma-catalyst-mcp

一款用于生物制药取证研究的 MCP 服务——从 6 个免费、权威的数据源（ClinicalTrials.gov、PubMed、SEC EDGAR、SEC XBRL companyfacts、openFDA、Yahoo Finance）获取催化剂级信号，并交由你的大模型处理。包含一个服务端聚合器，可通过一次工具调用运行完整的取证工作流，并返回确定性结论。

专为大多数散户生物制药分析师实际采用的工作流打造：某只股票进入视野后，你要花 2–4 小时埋头查阅 Google Scholar、FDA 页面、EDGAR 和期权链，以判断催化剂逻辑是否成立。本工具将这一过程压缩到约 30 秒。

目录

• 核心工具：audit_catalyst
• Tactical Auditor 系统提示词（替代方案）
• 工具
• 安装
• 配置为 MCP 服务
• CLI 模式
• 为何按药物名称而不是股票代码搜索
• 实时分析示例
• 路线图
• 技术参考与维护
• 参与贡献
• 联系方式
• 备注
• 许可证

核心工具：audit_catalyst

一个工具、一次调用、一个结论。适用于任意申办方／药物组合——不含任何硬编码股票代码。

大型制药公司示例——“Clean”案例

audit_catalyst(ticker="MRK", drug="Keytruda", sponsor="Merck")

→ Verdict: CLEAN (MED)
  Primary finding: Tried to break thesis. Approved 20260424. (1 secondary
                   concern noted in signals)
  Signals fired:
    [A-BEAR] AMENDED_AFTER_COMPLETION_NO_RESULTS — NCT04700072
    [S-BULL] RECENT_FDA_APPROVAL — 20260424
  Math: positive cash flow, IV 29.1%, insider net $0.00M

CLEAN 是本工具给出的最高评价。这意味着审计器交叉核对了 9 个来源，试图推翻看涨逻辑，但未能做到（或者只发现了次要问题，无法压过 S 级看涨信号）。这比一般的“买入”评级更能支持看涨，因为推翻一个论点比确认它更难。

结论等级：

• CLEAN — 试图推翻该论点，但未能做到。若出现 A 级问题，信心会下降。
• FLAG — 出现 A 级看跌信号，且没有 S 级看涨信号抵消。数据存在歧义；应进一步调查。
• BEAR_SIGNAL — 至少出现一个 S 级看跌信号（试验终止、FDA 拒绝、稀释风险等）。出现多个 S 级看跌信号时，信心会增强。
• BLACK_FLAG — 审计师披露了持续经营问题，且现金可支撑的时间不足 6 个月。股权面临极高的归零风险。
• DISQUALIFIED — 缺少与该公司相关的数据。请尝试其他药物，或直接查询底层连接器。

同时还会返回计算结果（现金可支撑月数、距离催化剂的月数、内部人士情绪、ATM 隐含波动率、催化剂日期），供用户查阅。大模型负责叙述；结论由代码生成。

Tactical Auditor 系统提示词（替代方案）

如果你希望由大模型通过各个工具自行运行工作流，可将此提示词作为自定义指令或系统提示词添加到 MCP 客户端：

You are a Tactical Biopharma Auditor. Your goal is to cross-reference company PR
against raw data from ClinicalTrials.gov, PubMed, SEC EDGAR, openFDA, and the
options market to find discrepancies. You are looking for "Trial Drift" and
"Signal Decay."

When auditing a ticker/drug, run this workflow:

1. Trial Drift Audit (search_clinical_trials)
   - Flag terminations, withdrawals, or COMPLETED status without a results readout.
   - If a Phase 2/3 trial has a completionDate in the past but the market is still
     waiting for "upcoming data," flag the delay as a negative signal.
   - The connector emits an `auditFlag` field; surface it in your output.

2. Literature Signal Check (search_pubmed)
   - Scan abstracts for skepticism keywords: "controversial," "mixed results,"
     "safety concerns," "marginal improvement," "failed to demonstrate."
   - Compare to standard of care if abstracts mention comparators.

3. Filing Density & FDA History (get_sec_filings, get_fda_activity)
   - Count 8-K (current event) frequency. A flurry of 8-Ks before a catalyst
     usually signals structural changes or pre-announcing trouble.
   - Has the drug or sponsor had NDAs marked CRL (rejected), WD (withdrawn), or
     received supplements with regulatory friction?

4. Market Pricing (get_market_data)
   - Check ATM IV. If IV is extremely high (>150%) but the bull case seems
     "certain," the market is pricing a binary failure risk that needs identifying.

Output format:
   * Audit Verdict: [CLEAN / FLAG / BEAR SIGNAL]
     (CLEAN means: tried to break the thesis, couldn't.)
   * Primary Discrepancy: One sentence on the biggest data point that contradicts
     the company's PR.
   * Key Risks: 2-3 specific risks found in CT.gov or PubMed.
   * Data Density: Summary of how much info we actually have vs. how much is
     missing.

然后提问：audit ticker SRPT, drug elevidys（或其他组合）。

CLEAN 是本工具给出的最高评价——这意味着审计器试图找出论点中的漏洞，但未能做到。这比泛泛的看涨背书更能支持看涨。

工具

十种工具——九个原始连接器加一个聚合器：

工具	来源	功能
audit_catalyst	（聚合器）	核心工具。 针对（股票代码、药物）运行完整的 Tactical Auditor 工作流。给出确定性判断。
search_clinical_trials	ClinicalTrials.gov v2 API	按干预措施查询研发管线和状态；标记终止、撤回以及已完成但未公布结果的试验
search_pubmed	NCBI E-utilities	查询某种药物／作用机制／疾病的近期文献
get_sec_filings	SEC EDGAR	按股票代码获取最近 10 份文件（10-K、10-Q、8-K、S-1）
get_xbrl_facts	SEC XBRL companyfacts	现金、季度现金消耗、现金可支撑月数、持续经营标记
get_insider_transactions	SEC EDGAR Form 4 XML	按角色分类的内部人交易（临床／财务／行政）、协同退出检测（72 小时窗口）、内部人净情绪（$）、10b5-1 检测
get_short_interest	Yahoo Finance	流通股卖空比例、空头回补天数、月环比变化——为 SHORT_INTEREST_SPIKE 和 SHORT_SQUEEZE_POTENTIAL 信号提供数据
get_protocol_snapshot	ClinicalTrials.gov v2 API	试验方案及其修订时间接近度（检测目标变更）
get_market_data	Yahoo Finance	报价及完整期权链（IV、行权价、到期日）
get_fda_activity	openFDA drugsfda.json	NDA/BLA 申报及解码后的状态（AP、CRL、WD 等）；自动回退至药物→申办方

所有数据源均免费，无需 API 密钥。

安装

git clone https://github.com/yesc97/biopharma-catalyst-mcp.git
cd biopharma-catalyst-mcp
npm install
npm run build

配置为 MCP 服务

添加到你的 MCP 客户端配置中（例如 ~/.config/claude/claude_desktop_config.json）：

{
  "mcpServers": {
    "biopharma-catalyst": {
      "command": "node",
      "args": ["/absolute/path/to/biopharma-catalyst-mcp/build/index.js"],
      "env": {
        "SEC_USER_AGENT": "Your Name <[email protected]>"
      }
    }
  }
}

SEC EDGAR 要求设置 SEC_USER_AGENT——请使用真实的联系邮箱，否则你会受到速率限制。

CLI 模式

如需在没有 MCP 客户端的情况下无头运行：

node build/cli.js <TICKER> "<DRUG_NAME>" "<SPONSOR_NAME>"
node build/cli.js PFE "Comirnaty" "Pfizer"
node build/cli.js MRK "Keytruda" "Merck"
node build/cli.js LLY "Mounjaro" "Eli Lilly"

CLI 会输出结构化、易读的快照——与 MCP 工具提供的数据相同。

为什么按药物名称而非股票代码搜索

生物制药领域的研究信号存在于研发管线药物层面，而非企业层面。在 CT.gov 搜索 “Pfizer”，会返回数百项涉及各个治疗领域、互不相关的试验。搜索 Comirnaty 则会返回影响监管结果的特定疫苗试验。始终向工具提供药物名称（商品名或通用名），股票代码仅用于查询市场数据和 SEC 文件。

实时分析示例

机构级生物制药研究需要分析全球规模最大的研发管线。以下是一些实时运行示例：

audit_catalyst("LLY", "Mounjaro", "Eli Lilly")

Verdict: CLEAN (HIGH)
Primary finding: Tried to break thesis. Strong pipeline density with 10+
                 ongoing Phase 3 trials.
Signals:
  [S-BULL] RECENT_FDA_APPROVAL — 20260315
  [A-BULL] INSIDER_BUYING — net $2.4M over 90d

audit_catalyst("PFE", "Comirnaty", "Pfizer")

Verdict: CLEAN (MED)
Primary finding: Massive data density; no S-tier bear signals detected in
                 last 12 months.
Signals:
  [A-BEAR] 8K_CLUSTER — 4 filings in last 30d (normal for earnings)
  [S-BULL] RECENT_FDA_APPROVAL

audit_catalyst("MRK", "Keytruda", "Merck")

Verdict: CLEAN (MED)
Primary finding: Approved 20260424. (1 secondary concern noted in signals)
Signals:
  [A-BEAR] AMENDED_AFTER_COMPLETION_NO_RESULTS — NCT04700072
  [S-BULL] RECENT_FDA_APPROVAL

10b5-1 计划不会让内部人抛售免于被列入看空因素——管理层选择安排这些出售。真正流出门的钱，就是实实在在流出的钱。

路线图

• CT.gov 协议差异 — 目前，我们通过接近度启发式（最后更新时间与主要完成日期）检测后期修订。CT.gov v2 API 不会公开修订中有哪些变更。要检测具体的终点日期变更（也就是典型的目标日期移动），我们需要抓取公开的版本历史网页界面，或等待 API 更新。
• FDA 咨询委员会前瞻日历 — 目前，我们展示 FDA 申报历史。提供咨询委员会会议的前瞻日历，能让用户围绕二元监管事件进行规划。
• Polygon / Tradier 连接器 — 对于流动性较差的小盘生物科技公司，Yahoo 的期权数据并不完整。可为高级用户提供付费市场数据选项。
• 申办方类别加权 — 目前，聚合器只筛选由查询公司申办的试验。行业与学术界合作项目以及 NIH 申办的试验都会被排除。可以考虑加权，而非筛除。
• 10-K MD&A 扫描 — 提取“风险因素”部分，并查找超出持续经营检查范围、由管理层披露的风险。

技术参考与维护

本地验证

每次更改后，都要重新构建并运行 MCP stdio 冒烟测试：

npm run build
node /path/to/verify-mcp.mjs        # 9-tool stdio handshake + 1 invocation each

具体针对聚合器：

node build/cli.js <TICKER> "<DRUG>" "<SPONSOR>"

在实时 API 上，两项测试都应在 30 秒内完成。如果没有，请检查 SEC 是否对你进行了速率限制（参见下方“各来源注意事项”）。

添加新连接器

1. 创建 src/connectors/<name>.ts。导出一个返回结构化数据的异步函数（不包含依赖 LLM 的字段，只提供数据）。
2. 如果要访问 sec.gov 或 data.sec.gov，请使用 throttleSec(() => axios.get(...)) 包装每个 axios 调用。
3. 在 src/index.ts 中接入：导入模块、添加到 tools/list 架构，并在请求处理程序中添加分发分支。
4. 可选：接入 audit_catalyst——将其添加到 Promise.allSettled 代码块，并根据规范编写信号逻辑。
5. 在本地 verify-mcp.mjs 中添加一项冒烟测试调用。

各来源注意事项

• **SEC.gov：**硬性上限为每秒 10 个请求。通过 sec-throttle.ts 限制为每秒约 5 个请求。超出上限会导致 IP 被封锁 10 分钟。SEC_USER_AGENT 环境变量必须填写真实的联系邮箱——使用虚假占位符会受到更严格的速率限制。
• **CT.gov v2：**没有协议差异端点。目标日期检测器使用接近度启发式（firstPost 与 primaryCompletion 和 lastUpdate 之间的关系）。要获取真实差异，必须抓取公开的版本历史界面；已列入 v1.2 待办。
• **Yahoo Finance：**由于 Yahoo 的数据架构会随着流动性较差的生物科技期权链而变化，因此禁用了架构验证。调用会尽可能返回数据；期权链偶尔为空。
• openFDA：drugsfda.json 涵盖 NDA/BLA 申报历史，但不一定包含未来的 PDUFA 日期。请使用 CT.gov 的 completionDate 作为主要的催化剂指标。
• **Form 4 XML：**EDGAR 的 primaryDocument 字段指向 HTML 包装页，而非结构化 XML。连接器会通过 index.json 列出每份申报的文件夹，并查找 .xml 条目。每次审计最多处理最近的 25 份申报，以控制成本。

安全

• **SEC_USER_AGENT 必须保留在本地环境变量中，绝不能提交到版本控制。**它包含真实的联系邮箱，并会记录在 SEC 端；将其视为机密，可避免邮箱进入公开的 git 历史记录，防止意外泄露身份。
• 本仓库默认将 .env 和 .env.local 加入 git 忽略列表；请将联系信息保存在其中。
• 如果你 fork 此项目，请设置自己的 SEC_USER_AGENT——不要重复使用其他用户的值。
• Agent 上下文文件（GEMINI.md、CLAUDE.md、.gemini/、.claude/）也已加入 git 忽略列表；绝不要提交这些文件，其中可能包含仅供本地使用的操作说明或策略细节。

版本管理

• 补丁版本（x.x.+1）： 修复错误、调整文档，不更改架构。
• 次要版本（x.+1.0）： 新增工具、新增连接器、增量式信号逻辑，以及为现有工具添加架构。
• 主要版本（+1.0.0）： 不兼容的架构变更（字段重命名、移除工具）、新增必需的环境变量、MCP 协议升级。

发布版本

1. 根据变更范围，在 package.json 中更新 version。
2. 如果行为发生变化，请更新 README 中的“headline tool”或“Forensic case studies”部分。
3. 运行 npm run build && node verify-mcp.mjs——必须全部通过（9/9）。
4. 使用约定式提交风格提交（feat:、fix:、chore:）。
5. 为提交添加标签：git tag v<X.Y.Z>。
6. 准备好后推送到远程仓库；如果你负责维护公开的 npm 发布版本，也可以选择运行 npm publish。

联系方式

Attila Kovacs (yesc97)

• 电子邮件：[email protected]
• GitHub：yesc97

备注

• 不构成投资建议。 这是研究自动化工具。综合分析和交易由你自行负责。

许可证

ISC