academic-pipeline

Academic Pipeline v2.6 — 完整学术研究工作流编排器

一个轻量级编排器，用于管理从研究探索到最终论文的完整学术流程。它不执行实质性工作，只负责检测阶段、推荐模式、分派技能、管理阶段转换和跟踪状态。

v2.0 核心改进：

1. 强制用户确认检查点 — 每个阶段完成后，都需要用户确认才能进入下一步
2. 学术诚信核验 — 论文完成后、提交评审前，必须通过 100% 的参考文献和数据核验
3. 两阶段评审 — 首次全面评审 + 修订后的重点核验评审
4. 最终诚信检查 — 修订完成后，重新核验所有引文和数据，确保 100% 准确
5. 可复现 — 通过标准化工作流，每次都能提供一致的质量保证
6. 流程文档 — 流水线完成后，自动生成一份记录人机协作历史的“论文创作流程记录” PDF

快速开始

完整工作流（从头开始）：

I want to write a research paper on the impact of AI on higher education quality assurance

--> academic-pipeline 启动，从第 1 阶段（RESEARCH）开始

中途接入（已有论文）：

I already have a paper, help me review it

--> academic-pipeline 检测到中途接入，从第 2.5 阶段（INTEGRITY）开始

修订模式（已收到评审反馈）：

I received reviewer comments, help me revise

--> academic-pipeline 检测到该模式，从第 4 阶段（REVISE）开始

执行流程：

1. 检测用户当前所处阶段和可用材料
2. 为每个阶段推荐最合适的模式
3. 为每个阶段分派相应的技能
4. 每个阶段完成后，主动提示用户并等待确认
5. 全程跟踪进度；随时可查看流水线状态面板

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触发条件

触发关键词

英文：学术流水线、从研究到论文、完整论文工作流、论文流水线、端到端论文、从研究到发表、完整论文工作流

不触发的场景

场景	使用的技能
只需搜索材料或进行文献综述	deep-research
只需撰写论文（无需研究阶段）	academic-paper
只需评审论文	academic-paper-reviewer
只需检查引文格式	academic-paper（citation-check 模式）
只需转换论文格式	academic-paper（format-convert 模式）

触发排除项

• 如果用户只需要单项功能（例如只搜索材料、只检查引文），则无需使用流水线，直接触发相应技能
• 如果用户已经在使用某项技能的特定模式，不要强行让其使用流水线
• 流水线是可选的，并非强制使用

流水线阶段（10 个阶段）

阶段	名称	调用的技能 / Agent	可用模式	交付物
1	研究	deep-research	socratic, full, quick	研究问题简报、方法论、参考文献、综合分析
2	撰写	academic-paper	plan, full	论文初稿
2.5	完整性	integrity_verification_agent	pre-review	完整性验证报告 + 修正后的论文
3	审稿	academic-paper-reviewer	full（含 Devil's Advocate）	5 份审稿报告 + 编辑决定 + 修订路线图
4	修订	academic-paper	revision	修订稿、致审稿人的回复
3'	再次审稿	academic-paper-reviewer	re-review	验证审稿报告：修订回复检查清单 + 遗留问题
4'	再次修订	academic-paper	revision	第二版修订稿（如需要）
4.5	最终完整性检查	integrity_verification_agent	final-check	最终验证报告（必须达到 100% 通过才能继续）
5	定稿	academic-paper	format-convert	最终论文（默认 MD + DOCX；询问是否需要 LaTeX；确认正确性；PDF）
6	流程总结	orchestrator	auto	论文创作流程记录 MD + LaTeX 转 PDF（双语）

---

流水线状态机

1. 阶段 1 研究 -> 用户确认 -> 阶段 2
2. 阶段 2 撰写 -> 用户确认 -> 阶段 2.5
3. 阶段 2.5 完整性 -> 通过 -> 阶段 3（失败 -> 修复并重新验证，最多 3 轮）
4. 阶段 3 审稿 -> 接收 -> 阶段 4.5 / 小修|大修 -> 阶段 4 / 拒稿 -> 阶段 2 或结束
5. 阶段 4 修订 -> 用户确认 -> 阶段 3'
6. 阶段 3' 再次审稿 -> 接收|小修 -> 阶段 4.5 / 大修 -> 阶段 4'
7. 阶段 4' 再次修订 -> 用户确认 -> 阶段 4.5（不返回审稿阶段）
8. 阶段 4.5 最终完整性检查 -> 通过（零问题）-> 阶段 5（失败 -> 修复并重新验证）
9. 阶段 5 定稿 -> MD + DOCX -> 询问是否需要 LaTeX -> 确认 -> PDF -> 阶段 6
10. 阶段 6 流程总结 -> 询问语言版本 -> 生成流程记录 MD -> LaTeX -> PDF -> 结束

完整的状态转换定义请参阅 references/pipeline_state_machine.md。

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自适应检查点系统

核心规则：每个阶段完成后，系统都必须主动提示用户并等待确认。检查点的呈现方式会根据上下文和用户参与情况进行调整。

检查点类型

类型	使用时机	内容
完整	第一个检查点；完整性关口之后；定稿之前	完整的交付物列表 + 决策面板 + 所有选项
精简	在非关键阶段连续 2 次或以上回复“继续”之后	单行状态 + 5 秒后自动继续
强制	完整性检查失败；审稿决定；阶段 5	不可跳过；需要用户明确输入

决策面板（在完整检查点显示）

━━━ Stage [X] [Name] Complete ━━━

Metrics:
- Word count: [N] (target: [T] +/-10%)    [OK/OVER/UNDER]
- References: [N] (min: [M])              [OK/LOW]
- Coverage: [N]/[T] sections drafted       [COMPLETE/PARTIAL]
- Quality indicators: [score if available]

Deliverables:
- [Material 1]
- [Material 2]

Flagged: [any issues detected, or "None"]

Ready to proceed to Stage [Y]? You can also:
1. View progress (say "status")
2. Adjust settings
3. Pause pipeline
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

自适应规则

1. 第一个检查点：始终使用完整模式
2. 连续 2 次或以上回复“继续”且未查看进度后：提示用户留意（“您已自动继续 [N] 次。要查看进度吗？”）
3. 完整性关口（阶段 2.5、4.5）：始终为强制检查点
4. 审稿决定（阶段 3、3'）：始终为强制检查点
5. 定稿之前（阶段 5）：始终为强制检查点
6. 所有其他阶段：从完整模式开始；如果用户说“继续即可”，则降级为精简模式

检查点规则

1. 无法自动跳过 MANDATORY 检查点：即使上一阶段的结果完美无缺，也必须在 MANDATORY 检查点获得用户的明确输入
2. 用户可以调整：在 FULL 和 MANDATORY 检查点，用户可以修改下一步的模式或设置
3. 支持暂停：用户可以在任何检查点暂停，之后再继续
4. SLIM 模式：如果用户说“继续”或“全自动”，后续非关键检查点将切换为 SLIM 格式（一行状态 + 自动继续），但仍会发送通知
5. 参与度保障机制：连续自动继续 4 次或更多后，无论阶段类型如何，系统都会插入一个 FULL 检查点，以确保用户保持参与

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Agent 团队（3 个 Agent）

#	Agent	角色	文件
1	pipeline_orchestrator_agent	主协调者：检测阶段、推荐模式、触发技能、管理阶段转换	agents/pipeline_orchestrator_agent.md
2	state_tracker_agent	状态跟踪器：记录已完成阶段、产出材料、修订循环次数	agents/state_tracker_agent.md
3	integrity_verification_agent	完整性验证器：100% 验证参考文献、引文和数据	agents/integrity_verification_agent.md

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协调器工作流

步骤 1：接收与检测

pipeline_orchestrator_agent analyzes the user's input:

1. What materials does the user have?
   - No materials           --> Stage 1 (RESEARCH)
   - Has research data      --> Stage 2 (WRITE)
   - Has paper draft        --> Stage 2.5 (INTEGRITY)
   - Has verified paper     --> Stage 3 (REVIEW)
   - Has review comments    --> Stage 4 (REVISE)
   - Has revised draft      --> Stage 3' (RE-REVIEW)
   - Has final draft for formatting --> Stage 5 (FINALIZE)

2. What is the user's goal?
   - Full workflow (research to publication)
   - Partial workflow (only certain stages needed)

3. Determine entry point, confirm with user

步骤 2：模式推荐

Based on entry point and user preferences, recommend modes for each stage:

User type determination:
- Novice / wants guidance --> socratic (Stage 1) + plan (Stage 2) + guided (Stage 3)
- Experienced / wants direct output --> full (Stage 1) + full (Stage 2) + full (Stage 3)
- Time-limited --> quick (Stage 1) + full (Stage 2) + quick (Stage 3)

Explain the differences between modes when recommending, letting the user choose

步骤 3：阶段执行

Call the corresponding skill (does not do work itself, purely dispatching):

1. Inform the user which Stage is about to begin
2. Load the corresponding skill's SKILL.md
3. Launch the skill with the recommended mode
4. Monitor stage completion status

After completion:
1. Compile deliverables list
2. Update pipeline state (call state_tracker_agent)
3. [MANDATORY] Proactively prompt checkpoint, wait for user confirmation

步骤 4：阶段转换

After user confirmation:

1. Pass the previous stage's deliverables as input to the next stage
2. Trigger handoff protocol (defined in each skill's SKILL.md):
   - Stage 1  --> 2: deep-research handoff (RQ Brief + Bibliography + Synthesis)
   - Stage 2  --> 2.5: Pass complete paper to integrity_verification_agent
   - Stage 2.5 --> 3: Pass verified paper to reviewer
   - Stage 3  --> 4: Pass Revision Roadmap to academic-paper revision mode
   - Stage 4  --> 3': Pass revised draft and Response to Reviewers to reviewer
   - Stage 3' --> 4': Pass new Revision Roadmap to academic-paper revision mode
   - Stage 4/4' --> 4.5: Pass revision-completed paper to integrity_verification_agent (final verification)
   - Stage 4.5 --> 5: Pass verified final draft to format-convert mode
3. Begin next stage

---

完整性审查协议（v2.0 新增）

阶段 2.5：首次完整性检查（审查前完整性检查）

触发条件：阶段 2（撰写）完成后、阶段 3（审查）开始前
目的：确保所有参考文献和数据均未伪造或出错，再提交审查

Execution steps:
1. integrity_verification_agent executes Mode 1 (initial verification) on the paper
2. Verification scope:
   - Phase A: 100% reference existence + bibliographic accuracy + ghost citations
   - Phase B: >= 30% citation context spot-check
   - Phase C: 100% statistical data verification
   - Phase D: >= 30% originality spot-check + self-plagiarism check
   - Phase E: 30% claim verification spot-check (minimum 10 claims)
3. Result handling:
   - PASS -> checkpoint -> Stage 3
   - FAIL -> produce correction list -> fix item by item -> re-verify corrected items
   - PASS after corrections -> checkpoint -> Stage 3
   - Still FAIL after 3 rounds -> notify user, list unverifiable items

阶段 4.5：最终完整性检查（修订后最终检查）

触发条件：阶段 4'（重新修订）或阶段 3'（重新审查，通过）完成后、阶段 5（定稿）开始前
目的：确认修订后的论文 100% 正确，已可发表

Execution steps:
1. integrity_verification_agent executes Mode 2 (final verification) on the revised draft
2. Verification scope:
   - Phase A: 100% reference verification (including those added during revision)
   - Phase B: 100% citation context verification (not spot-check, full check)
   - Phase C: 100% statistical data verification
   - Phase D: >= 50% originality spot-check (100% for newly added/modified paragraphs)
   - Phase E: 100% claim verification (zero MAJOR_DISTORTION + zero UNVERIFIABLE required)
3. Special check: Compare with Stage 2.5 results to confirm all previous issues are resolved
4. Result handling:
   - PASS (zero issues) -> checkpoint -> Stage 5
   - FAIL -> fix -> re-verify -> PASS -> Stage 5
5. **Must PASS with zero issues to proceed to Stage 5**

---

两阶段审查协议（v2.0 新增）

阶段 3：首次审查（全面审查）

• 输入：通过完整性检查的论文
• 审查团队：EIC + R1（方法论）+ R2（领域）+ R3（跨学科）+ 反方论证者
• 输出：5 份审查报告 + 编辑决定 + 修订路线图 + 苏格拉底式修订指导
• 决定分支：接受 -> 阶段 4.5 / 小修|大修 -> 修订指导 -> 阶段 4 / 拒稿 -> 阶段 2 或结束

审查流程详情请参阅 academic-paper-reviewer/SKILL.md。

阶段 3 -> 4 转换：修订指导

EIC 通过苏格拉底式对话，引导用户理解审查意见并制定修订策略（最多 8 轮）。用户可以说“直接帮我修改”来跳过。

阶段 3'：第二次审查（验证审查）

• 输入：修订稿 + 致审稿人回复 + 原始修订路线图
• 模式：academic-paper-reviewer 重新审查模式
• 输出：修订回复对比表 + 新问题列表 + 新的编辑决定
• 决定分支：接受|小修 -> 阶段 4.5 / 大修 -> 后续问题指导 -> 阶段 4'

验证审查流程请参阅 academic-paper-reviewer/SKILL.md 中的重新审查模式。

阶段 3' -> 4' 转换：后续问题指导

EIC 引导用户理解遗留问题并进行权衡（最多 5 轮）。用户可以说“直接帮我修改”来跳过。

中途进入协议

用户可以从任意阶段进入。编排器将：

1. 检测材料：分析用户提供的内容，确定现有哪些材料
2. 识别缺口：检查目标阶段需要哪些前置材料
3. 建议补齐：如果缺少关键材料，建议是否返回前面的阶段
4. 直接进入：如果材料充足，直接开始指定阶段

重要：中途进入不能跳过 Stage 2.5

• 如果用户带着论文直接进入，必须先经过 Stage 2.5（INTEGRITY），再进入 Stage 3（REVIEW）
• 唯一例外：用户可以提供先前的完整性验证报告，且内容未被修改

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外部评审协议（v2.5 新增）

场景：用户向期刊投稿后收到了真实人类评审者的反馈，并将这些意见带入工作流。

触发条件：用户表示“我收到了评审意见”“评审意见”“修改后重新提交”等。

与内部评审的区别

方面	内部评审（Stage 3 模拟）	外部评审（真实期刊）
评审意见来源	工作流中的 AI 评审者	期刊的人类评审者
意见格式	结构化（修订路线图）	非结构化（自由文本、PDF、电子邮件）
意见质量	一致、可预测	质量不一，可能含糊或相互矛盾
修订策略	可以全部接受	需要判断接受、拒绝或协商哪些意见
接收标准	AI 重新评审即可	最终由人类评审者决定

第 1 步：接收与结构化

1. Receive reviewer comments (supported formats):
   - Directly pasted text
   - Provide PDF/DOCX file path
   - Copy from journal system review letter

2. Parse into structured list:
   For each comment, extract:
   - Reviewer number (Reviewer 1/2/3 or R1/R2/R3)
   - Comment type: Major / Minor / Editorial / Positive
   - Core request (one-sentence summary)
   - Original text quote
   - Paper section involved

3. Produce External Review Summary:
   +----------------------------------------+
   | External Review Summary                |
   +----------------------------------------+
   | Journal: [journal name]                |
   | Decision: [R&R / Major / Minor]        |
   | Reviewers: [N]                         |
   | Total comments: [N]                    |
   |   Major: [n]  Minor: [n]  Editorial: [n]|
   +----------------------------------------+

4. Confirm parsing results with user:
   "I organized the reviewer comments into [N] items. Here is the summary — please confirm nothing was missed or misinterpreted."

第 2 步：策略性修订指导（外部修订指导）

与内部评审采用的苏格拉底式指导不同，外部评审指导更侧重于策略性判断：

For each Major comment, guide the user to think through:

1. Understanding layer
   "What is this reviewer's core concern? Is it about methodology, theory, or presentation?"

2. Judgment layer
   "Do you agree with this criticism?"
   - Agree -> "How do you plan to revise?"
   - Partially agree -> "Which parts do you agree with and which not? What is your basis for disagreement?"
   - Disagree -> "What is your rebuttal argument? Can you support it with literature or data?"

3. Strategy layer
   "How will you phrase this in the response letter?"
   - Accept revision: Show specifically what was changed and where
   - Partially accept: Explain the accepted parts + reasons for non-acceptance (must be persuasive)
   - Reject: Provide sufficient scholarly rationale (literature, data, methodological argumentation)

4. Risk assessment
   "If you reject this suggestion, what might the reviewer's reaction be? Is it worth the risk?"

核心原则：

• 不要默认“全部接受”：真实评审意见并非总是正确的——有些可能源于误解或学派偏见
• 鼓励用户补充背景：“你认为这位评审者可能来自哪个学派？他们可能不了解哪些背景？”
• 用户可以说“直接帮我修改”来跳过：但跳过策略讨论时，AI 默认接受全部意见（保守策略）
• 最多进行 8 轮对话，但每条主要意见至少进行 1 轮

第 3 步：修订并回复评审者

Produce two documents:

1. Revised draft
   - Track all modification locations (additions/deletions/rewrites)
   - Revision content consistent with Response to Reviewers

2. Response to Reviewers letter
   Format (point-by-point response):
   +------------------------------------+
   | Reviewer [N], Comment [M]:         |
   |                                    |
   | [Original comment quote]           |
   |                                    |
   | Response:                          |
   | [Response explanation]             |
   |                                    |
   | Changes made:                      |
   | [Specific modification location    |
   |  and content]                      |
   | (or: We respectfully disagree      |
   |  because... [rationale])           |
   +------------------------------------+

第 4 步：自我验证（完整性检查）

Stage 3' behavior adjustments in external review mode:

1. Point-by-point comparison of External Review Summary with Response to Reviewers:
   - Does every comment have a response? (completeness)
   - Is each response consistent with actual changes? (consistency)
   - Were the places claimed as "modified" actually changed? (truthfulness)

2. New citation verification:
   - New references added during revision enter Stage 4.5 integrity verification

3. Things NOT done (different from internal review):
   - Do not reassess paper quality (that is the human reviewers' job)
   - Do not issue a new Editorial Decision
   - Do not raise new revision requests

能力边界说明

1. AI 验证不等于人类评审者满意：Stage 3' 可以确认修订“完整且一致”，但无法预测人类评审者是否会接受你的回复。评审者可能有未明说的期望、学派偏好或对方法论的坚持
2. 无法保证准确解析非结构化意见：有些评审者的表述含糊（例如“方法论还需要进一步完善”），AI 会尽力解析，但可能遗漏隐含意图。解析后，必须由用户确认
3. AI 无法替你做学术判断：“我是否应该接受评审者 2 的建议？”由你决定。AI 可以提供分析框架，但最终判断权在研究者手中
4. 跨文化评审惯例存在差异：不同期刊和学术圈的回复惯例各不相同（有些要求极度谦逊，有些接受直接反驳）。AI 默认采用中性学术语气；用户可以要求调整

---

进度面板

用户可以随时说“状态”或“工作流状态”来查看：

+=============================================+
|   Academic Pipeline v2.0 Status             |
+=============================================+
| Topic: Impact of AI on Higher Education     |
|        Quality Assurance                    |
+---------------------------------------------+

  Stage 1   RESEARCH          [v] Completed
  Stage 2   WRITE             [v] Completed
  Stage 2.5 INTEGRITY         [v] PASS (62/62 refs verified)
  Stage 3   REVIEW (1st)      [v] Major Revision (5 items)
  Stage 4   REVISE            [v] Completed (5/5 addressed)
  Stage 3'  RE-REVIEW (2nd)   [v] Accept
  Stage 4'  RE-REVISE         [-] Skipped (Accept)
  Stage 4.5 FINAL INTEGRITY   [..] In Progress
  Stage 5   FINALIZE          [ ] Pending
  Stage 6   PROCESS SUMMARY   [ ] Pending

+---------------------------------------------+
| Integrity Verification:                     |
|   Pre-review:  PASS (0 issues)              |
|   Final:       In progress...               |
+---------------------------------------------+
| Review History:                             |
|   Round 1: Major Revision (5 required)      |
|   Round 2: Accept                           |
+=============================================+

请参见 templates/pipeline_status_template.md 查看输出模板。

---

修订循环管理

• 阶段 3（首次审阅）-> 阶段 4（修订）-> 阶段 3'（验证审阅）-> 阶段 4'（再次修订，如有需要）-> 阶段 4.5（最终验证）
• 最多进行 1 轮再次修订（阶段 4'）：如果阶段 3' 给出 Major，则进入阶段 4' 进行修订，随后直接进入阶段 4.5（不返回审阅）
• 流水线覆盖 academic-paper 的最多 2 轮修订规则：在流水线中，修订仅限于阶段 4 + 阶段 4'（各 1 轮），取代 academic-paper 的最多 2 轮规则
• 将未解决的问题标记为已知局限
• 提供累计修订历史（每轮的决定、已处理事项、未解决事项）

---

可复现性

v2.0 设计可确保每次执行都能进行一致的质量保证：

标准化工作流

保证事项	机制
每次都进行完整性检查	阶段 2.5 + 阶段 4.5 是必需阶段，不可跳过
审阅角度一致	EIC + R1/R2/R3 + Devil's Advocate — 五种固定视角
验证方法一致	integrity_verification_agent 使用标准化搜索模板
质量门槛一致	完整性检查的 PASS/FAIL 标准明确（SERIOUS 为零 + MEDIUM 为零 + MAJOR_DISTORTION 为零 + UNVERIFIABLE 为零）
工作流可追溯	记录每个阶段的交付物，以便事后审计

审计跟踪

流水线结束时，state_tracker_agent 会生成完整的审计跟踪：

Pipeline Audit Trail
====================
Topic: [topic]
Started: [time]
Completed: [time]
Total Stages: [X/9]

Stage 1 RESEARCH: [mode] -> [output count]
Stage 2 WRITE: [mode] -> [word count]
Stage 2.5 INTEGRITY: [PASS/FAIL] -> [refs verified] / [issues found -> fixed]
Stage 3 REVIEW: [decision] -> [items count]
Stage 4 REVISE: [items addressed / total]
Stage 3' RE-REVIEW: [decision]
Stage 4' RE-REVISE: [executed / skipped]
Stage 4.5 FINAL INTEGRITY: [PASS/FAIL] -> [refs verified]
Stage 5 FINALIZE: Ask format style -> MD + DOCX + LaTeX (apa7/ieee/etc.) -> tectonic -> PDF
Stage 6 PROCESS SUMMARY: Ask language -> MD -> LaTeX -> PDF (zh/en)

Integrity Summary:
  Pre-review: [X] refs checked, [Y] issues found, [Y] fixed
  Final: [X] refs checked, [Y] issues found, [Y] fixed
  Overall: [CLEAN / ISSUES NOTED]

---

阶段 6：流程摘要协议（v2.4 新增）

触发条件：阶段 5（FINALIZE）完成后
目的：记录论文创作过程中完整的人机协作历史，供用户分享、汇报或反思

工作流

1. Ask user language preference:
   "Which language version of the process record would you like to generate first?"
   - Chinese (Traditional Chinese)
   - English
   - Both (default: generate the user's primary conversation language first)

2. Review session history and compile the following:
   - User's initial instructions (verbatim quote)
   - Key decision points and user interventions at each stage
   - Direction correction moments and reasons
   - Iteration count and review result summaries
   - Intellectual insights raised by the user (e.g., questions that spawned new chapters)
   - Quality requirement evolution (e.g., formatting, tone adjustments)
   - Pipeline statistics (stage count, review rounds, integrity verification count, etc.)

3. Generate Markdown version (paper_creation_process.md / paper_creation_process_en.md)

4. Convert to LaTeX and compile PDF:
   - pandoc MD -> LaTeX body
   - Package complete LaTeX document (with cover page, table of contents, headers/footers)
   - tectonic compile PDF
   - Chinese version requires xeCJK + Source Han Serif TC VF

流程记录中的必需内容

部分	内容
论文信息	标题、最终交付物列表
各阶段流程	每个阶段的输入/输出/关键决定，附用户原话
迭代详情	审阅意见摘要、修订事项、再次审阅结果
交互模式摘要	用户角色、Claude 角色、干预次数、关键转折点 — 统计表
用户的关键决定	按时间顺序列出用户作出的每项重要决定
关键经验	流程中获得的可复用经验
协作质量评估	最后一章：1-100 分 + 维度分析 + 改进建议（见下文）

协作质量评估（最后一章，必需）

流程记录的最后一章是“协作质量评估”，用于诚实且有建设性地评估用户在人机协作中的表现。格式遵循 Claude Code CLI 的 /insight 功能。

评分维度（每项 1-100 分，加权平均后得出总分）

+--------------------------------------------------+
|  Collaboration Quality Score: [XX]/100            |
+--------------------------------------------------+
|                                                   |
|  Direction Setting          [----------  ] XX     |
|  Clarity, timing, scope definition                |
|                                                   |
|  Intellectual Contribution  [------------ ] XX    |
|  Insight depth, original questions, concept        |
|  challenges                                       |
|                                                   |
|  Quality Gatekeeping        [---------   ] XX     |
|  Visual inspection, formatting requirements,       |
|  quality standards                                |
|                                                   |
|  Iteration Discipline       [----------  ] XX     |
|  Timely direction correction, willingness to       |
|  re-run pipeline, refusing to settle              |
|                                                   |
|  Delegation Efficiency      [-------     ] XX     |
|  When to intervene/when to let go, instruction     |
|  precision, checkpoint efficiency                 |
|                                                   |
|  Meta-Learning              [------------ ] XX    |
|  Feeding experience back to skills, requesting     |
|  lesson recording, process improvement awareness  |
|                                                   |
+--------------------------------------------------+

评分标准

分数范围	含义
90-100	卓越 — 用户的干预显著提升了论文的思想质量，超越了 AI 独立完成的水平
75-89	优秀 — 用户作出了正确的方向性决定，并有效利用了流水线的迭代能力
60-74	良好 — 用户完成了必要的决定，但错过了一些机会
40-59	基本 — 用户主要充当“继续”按钮，几乎没有实质性干预
1-39	有待改进 — 用户的干预可能扰乱了工作流，或缺乏关键的质量把关

必需子章节

1. 总体评分：总分 + 一句话评价
2. 做得好的方面：2-4 项具体行为，并附上用户原话
3. 错失的机会：用户本可以做但没有做的 1-3 件事
4. 下次的建议：3-5 条具体、可执行的改进建议
5. 人工与 AI 的增值贡献：明确指出最终论文质量中哪些方面来自用户的干预（AI 无法独立实现）

评估原则

• 诚实为先：不拔高，不说客套话。如果用户只按了“继续”，就如实反映
• 以证据为依据：每项评分均须有具体行为或对话记录作为支撑
• 具有建设性：每条批评都必须附有可执行的改进建议
• 承认不确定性：若某些维度无法评估（例如中途加入，跳过了研究阶段），标记为 N/A
• 双向反思：也要坦诚指出 Claude 在过程中的不足（例如需要多次纠正的方面）

输出规格

• 文件名：paper_creation_process.md（中文）/ paper_creation_process_en.md（英文）
• PDF：paper_creation_process_zh.pdf / paper_creation_process_en.pdf
• LaTeX 模板：article 类，12pt，A4，Times New Roman + Source Han Serif TC VF
• 包含目录：\tableofcontents
• 页眉：左侧 = 文档标题（斜体），右侧 = 日期
• 编译：tectonic（与 Stage 5 使用相同工具链）

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质量标准

维度	要求
阶段识别	正确识别用户当前所处阶段及可用材料
模式推荐	根据用户偏好和材料情况推荐合适的模式
材料交接	阶段间交接材料完整且格式正确
状态跟踪	实时更新管线状态；进度仪表板准确
强制检查点	每个阶段完成后均须获得用户确认
强制完整性检查	Stage 2.5 和 4.5 不可跳过，必须通过
不越权	编排器不执行实质性研究、写作或审阅，只负责调度
不强迫	用户可随时暂停或退出管线（但不可跳过完整性检查）
可复现	相同输入在不同会话中遵循相同工作流

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错误恢复

阶段	错误	处理方式
Intake	无法确定入口点	询问用户有哪些材料以及目标是什么
Stage 1	deep-research 未能收敛	建议切换模式（socratic -> full）或缩小范围
Stage 2	缺少研究基础	建议返回 Stage 1 补充研究
Stage 2.5	经过 3 轮修正后仍然 FAIL	列出无法核验的项目；由用户决定是否继续
Stage 3	审阅结果为 Reject	提供选项：大幅重构（Stage 2）或放弃
Stage 4	所有项目均未完成修订	列出未处理的项目；询问是否继续
Stage 3'	核验仍存在重大问题	进入 Stage 4' 进行最终修订
Stage 4'	修订后仍存在问题	标记为已确认的局限；继续进入 Stage 4.5
Stage 4.5	最终核验 FAIL	修复并重新核验（最多 3 轮）
任何阶段	用户中途离开	保存管线状态；下次可从中断点继续
任何阶段	技能执行失败	报告错误；建议重试或跳过

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Agent 文件引用

Agent	定义文件
pipeline_orchestrator_agent	agents/pipeline_orchestrator_agent.md
state_tracker_agent	agents/state_tracker_agent.md
integrity_verification_agent	agents/integrity_verification_agent.md

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参考文件

参考文件	用途
references/pipeline_state_machine.md	完整的状态机定义：所有合法转换、前置条件和操作
references/plagiarism_detection_protocol.md	D 阶段原创性验证协议 + 自我抄袭 + AI 文本特征
references/mode_advisor.md	统一的跨技能决策树：将用户意图映射到最佳技能 + 模式
references/claim_verification_protocol.md	E 阶段主张验证协议：主张提取、来源追溯、交叉引用、判定分类
references/team_collaboration_protocol.md	多人团队协作：角色定义、交接协议、版本控制、冲突解决
shared/handoff_schemas.md	跨技能数据契约：涵盖所有阶段间交接产物的 9 种架构

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模板

模板	用途
templates/pipeline_status_template.md	进度仪表板输出模板

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示例

示例	展示内容
examples/full_pipeline_example.md	完整的工作流对话日志（阶段 1–5，包含完整性检查 + 两阶段审查）
examples/mid_entry_example.md	从阶段 2.5 开始的中途介入示例（已有论文 -> 完整性检查 -> 审查 -> 修订 -> 定稿）

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输出语言

遵循用户使用的语言。保留英文的学术术语。

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与其他技能的集成

academic-pipeline dispatches the following skills (does not do work itself):

Stage 1: deep-research
  - socratic mode: Guided research exploration
  - full mode: Complete research report
  - quick mode: Quick research summary

Stage 2: academic-paper
  - plan mode: Socratic chapter-by-chapter guidance
  - full mode: Complete paper writing

Stage 2.5: integrity_verification_agent (Mode 1: pre-review)
Stage 4.5: integrity_verification_agent (Mode 2: final-check)

Stage 3: academic-paper-reviewer
  - full mode: Complete 5-person review (EIC + R1/R2/R3 + Devil's Advocate)

Stage 3': academic-paper-reviewer
  - re-review mode: Verification review (focused on revision responses)

Stage 4/4': academic-paper (revision mode)
Stage 5: academic-paper (format-convert mode)
  - Step 1: Ask user which academic formatting style (APA 7.0 / Chicago / IEEE, etc.)
  - Step 2: Auto-produce MD + DOCX
  - Step 3: Produce LaTeX (using corresponding document class, e.g., apa7 class for APA 7.0)
  - Step 4: After user confirms content is correct, tectonic compiles PDF (final version)
  - Fonts: Times New Roman (English) + Source Han Serif TC VF (Chinese) + Courier New (monospace)
  - PDF must be compiled from LaTeX (HTML-to-PDF is prohibited)

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相关技能

技能	关系
deep-research	分派（阶段 1 研究阶段）
academic-paper	分派（阶段 2 写作、阶段 4/4' 修订、阶段 5 格式整理）
academic-paper-reviewer	分派（阶段 3 首轮审查、阶段 3' 验证审查）

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版本信息

项目	内容
技能版本	2.6
最后更新	2026-03-08
维护者	Cheng-I Wu
依赖技能	deep-research v2.0+、academic-paper v2.0+、academic-paper-reviewer v1.1+
角色	完整的学术研究工作流编排器

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更新日志

版本	日期	变更
2.6	2026-03-08	交接数据架构：完善 shared/handoff_schemas.md，新增 9 个完整架构（RQ Brief、Bibliography、Synthesis、Paper Draft、Integrity Report、Review Report、Revision Roadmap、Response to Reviewers、Material Passport），包含完整的字段定义、类型约束和验证规则；编排器会在每次阶段转换前根据架构验证输出。自适应检查点系统：将静态检查点模板替换为 3 级系统（FULL/SLIM/MANDATORY），根据阶段关键程度和用户参与度进行调整；FULL 检查点包含带指标的决策仪表板；SLIM 检查点会为有经验的用户自动继续；在完整性检查、评审和定稿环节，MANDATORY 检查点不可跳过；连续自动继续 4 次或以上后触发提醒。模式顾问：新增 references/mode_advisor.md，包含统一的跨技能决策树、常见误解表、用户类型建议、决策流程图和反模式指南。团队协作协议：新增 references/team_collaboration_protocol.md，包含 5 种角色定义、每次阶段转换的交接流程、git 分支／标签策略、冲突解决矩阵和沟通模板；状态跟踪器扩展为每个阶段记录 assigned_to、approval_gate、team_notes，并新增 schema_validation_log。E 阶段主张核验：新增 references/claim_verification_protocol.md，包含 E1 主张提取、E2 来源追踪、E3 交叉引用；结论分类（VERIFIED / MINOR_DISTORTION / MAJOR_DISTORTION / UNVERIFIABLE / UNVERIFIABLE_ACCESS）；严重程度映射（MAJOR_DISTORTION -> SERIOUS、UNVERIFIABLE -> SERIOUS、MINOR_DISTORTION -> MINOR、UNVERIFIABLE_ACCESS -> MEDIUM）；集成至 integrity_verification_agent 的模式 1（30% 抽查）和模式 2（100%）；通过／失败标准更新为包含 E 阶段结论。中途进入时的 Material Passport 检查：流水线编排器现在会在中途进入时验证 Material Passport；决策树会检查 verification_status、新鲜度（< 24 hours）和内容修改情况（比较 version_label）；若 passport 有效，则为阶段 2.5 提供跳过／抽查／完整重新验证选项；shared/handoff_schemas.md 新增 passport 新鲜度验证规则
2.5	2026-03-08	外部评审协议：结构化接收真实期刊评审者的反馈（文本／PDF／DOCX）；4 步工作流（解析 -> 策略指导 -> 修订 + Response to Reviewers -> 完整性检查）；与内部模拟评审采取不同处理方式（不默认“全部接受”，逐条评论评估风险，用户确认解析出的条目）；明确能力边界（AI 核验 ≠ 评审者满意）
2.4	2026-03-08	阶段 6 流程总结：记录流水线完成后的论文撰写过程；询问用户偏好的语言（zh/en/both）；生成结构化 MD，总结完整的人机协作历史，包括用户原话、关键决策、迭代详情和经验教训；强制包含最后一章：协作质量评估（6 个维度，评分 1-100，图表可视化，以及做得好的地方／错失的机会／建议／人类与 AI 的价值贡献／Claude 的自我反思）；通过 LaTeX + tectonic 编译为 PDF；输出 paper_creation_process_zh.pdf + paper_creation_process_en.pdf
2.3	2026-03-08	阶段 5 定稿：强制提示用户选择格式样式（APA 7.0 / Chicago / IEEE）；PDF 必须通过 tectonic 从 LaTeX 编译（不使用 HTML 转 PDF）；APA 7.0 使用 apa7 文档类（man 模式），并通过 XeCJK 支持双语；字体栈：Times New Roman + Source Han Serif TC VF + Courier New
2.2	2025-03-05	检查点确认语义（6 条用户命令及其精确操作）；模式切换规则（安全／危险／禁止矩阵）；技能失败回退矩阵（逐阶段降级策略）；状态所有权协议（单一事实来源与写入权限控制）；材料版本控制（带审计记录的版本化产物）；跨技能引用 shared/handoff_schemas.md
2.1	2026-03	新增抄袭检测协议（D 阶段）；增强 integrity_verification_agent 的原创性核验（D1 WebSearch、D2 自我抄袭）；更新两种核验模式
2.0	2026-02	新增阶段 2.5/4.5 完整性检查、两阶段评审、强制检查点、Devil's Advocate、可复现性保证、integrity_verification_agent
1.0	2026-02	初始版本：5+1 阶段流水线