adaptyv

Adaptyv

Adaptyv 是一个云实验室平台，提供自动化蛋白质测试与验证服务。通过 API 或 Web 界面提交蛋白质序列，约 21 天后即可收到实验结果。

快速开始

身份验证设置

Adaptyv 需要 API 身份验证。请设置凭据：

1. 联系 [email protected] 申请 API 访问权限（平台目前处于 alpha/beta 阶段）
2. 获取 API 访问令牌
3. 设置环境变量：

export ADAPTYV_API_KEY="your_api_key_here"

或创建 .env 文件：

ADAPTYV_API_KEY=your_api_key_here

安装

使用 uv 安装所需的软件包：

uv pip install requests python-dotenv

基本用法

提交蛋白质序列进行测试：

import os
import requests
from dotenv import load_dotenv

load_dotenv()

api_key = os.getenv("ADAPTYV_API_KEY")
base_url = "https://kq5jp7qj7wdqklhsxmovkzn4l40obksv.lambda-url.eu-central-1.on.aws"

headers = {
    "Authorization": f"Bearer {api_key}",
    "Content-Type": "application/json"
}

# Submit experiment
response = requests.post(
    f"{base_url}/experiments",
    headers=headers,
    json={
        "sequences": ">protein1\nMKVLWALLGLLGAA...",
        "experiment_type": "binding",
        "webhook_url": "https://your-webhook.com/callback"
    }
)

experiment_id = response.json()["experiment_id"]

可用的实验类型

Adaptyv 支持多种检测类型：

• 结合检测 - 使用生物层干涉技术测试蛋白质与靶标之间的相互作用
• 表达测试 - 测量蛋白质表达水平
• 热稳定性 - 表征蛋白质的热稳定性
• 酶活性 - 评估酶功能

有关各实验类型和工作流的详细信息，请参阅 reference/experiments.md。

蛋白质序列优化

提交序列之前，请先进行优化，以改善表达和稳定性：

需要解决的常见问题：

• 未配对的半胱氨酸会形成不需要的二硫键
• 疏水区域过多会导致聚集
• 溶解度预测结果不佳

推荐工具：

• NetSolP / SoluProt - 初步筛选溶解度
• SolubleMPNN - 重新设计序列以提高溶解度
• ESM - 序列似然评分
• ipTM - 评估界面稳定性
• pSAE - 量化疏水暴露程度

有关详细的优化工作流和工具用法，请参阅 reference/protein_optimization.md。

API 参考

完整的 API 文档（包括所有端点、请求和响应格式以及身份验证详情）请参阅 reference/api_reference.md。

示例

有关涵盖常见用例（提交实验、跟踪状态、获取结果、批量处理）的具体代码示例，请参阅 reference/examples.md。

重要说明

• 平台目前处于 alpha/beta 阶段，功能可能会发生变化
• 目前并非所有平台功能都可通过 API 使用
• 通常会在约 21 天后交付结果
• 如需申请访问权限或有任何疑问，请联系 [email protected]
• 适用于高通量的 AI 驱动蛋白质设计工作流