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alterlab-bgpt-search

alterlab-bgpt-search

github.com/alterlab-ieu生产力7867 次安装5 周前更新
代码仓库

关于 alterlab-bgpt-search

alterlab-bgpt-search 面向需要结构化实验结果的研究者，可搜索 BGPT 整理的论文全文数据，也可按 DOI 查询论文记录。

主要功能

  1. 01搜索结构化论文证据
  2. 02按 DOI 查询论文记录
  3. 03查看方法与定量结果
  4. 04检查样本量与质量评估
  5. 05查看关联来源的论点和元数据

适用场景

  1. 01为综述构建证据表
  2. 02比较不同研究的方法
  3. 03核查研究样本量和效应量
  4. 04按 DOI 查询已知论文

MCP 相关

BGPT 是托管的远程 MCP 服务，提供 search_papers 和 lookup_paper 工具。该技能说明了 MCP 客户端的连接方式。

安装

复制下面的命令，在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/alterlab-ieu/alterlab-academic-skills --skill alterlab-bgpt-search

安装后在 Claude Code 中输入/alterlab-bgpt-search确认已加载。

附带文件evals/evals.json

详细介绍

BGPT 论文检索

概述

BGPT 是一个远程 MCP 服务，可搜索一个经过整理的科学论文数据库。该数据库基于从全文研究中提取的原始实验数据构建。与仅返回标题和摘要的传统文献数据库不同，BGPT 会返回论文实际内容中的结构化数据——方法、定量结果、样本量、质量评估以及每篇论文 25 个以上的元数据字段——这些数据以“证据单元”的形式组织起来，将每项主张与其背后的实验、报告统计数据、适用范围和来源关联起来。

何时使用此工具

当你需要的是结构化的全文实验数据，而非标题或摘要时，请使用 BGPT：

  • 为荟萃分析、范围综述或临床指南构建证据表
  • 跨研究提取样本量、效应量、方法、方案或结论
  • 比较方法，或按质量评分／证据分级筛选论文
  • 按 DOI 获取某篇已知论文的结构化记录（lookup_paper）
不适用的情况
场景改用
获取基于网络实时信息的最新新闻或动态摘要alterlab-perplexity
按 MeSH 术语或 PMID 广泛检索生物医学论文的标题和摘要alterlab-pubmed
根据已保存在本地磁盘上的 PDF 构建证据表alterlab-pdf-extract
执行包含 PRISMA 筛选和偏倚风险评估的完整系统综述alterlab-literature-review
管理参考文献或从 Zotero 文献库导出 BibTeXalterlab-pyzotero

设置

BGPT 是托管的远程 MCP 服务——无需本地安装。它支持两种传输方式：

传输方式端点
SSEhttps://bgpt.pro/mcp/sse
Streamable HTTPhttps://bgpt.pro/mcp/stream
Claude Code
claude mcp add --transport sse bgpt https://bgpt.pro/mcp/sse
# or Streamable HTTP:
claude mcp add --transport http bgpt https://bgpt.pro/mcp/stream
其他 MCP 客户端

支持远程服务 URL 的客户端（Cursor、Cline、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "bgpt": { "url": "https://bgpt.pro/mcp/sse" }
  }
}

只能启动本地命令的客户端可以改用 bgpt-mcp npm 桥接程序："command": "npx", "args": ["-y", "bgpt-mcp"]。

用法

该服务提供两个工具：

工具参数
search_papersquery（必需）；num_results（1–100，默认 16）；days_back（仅检索最近 N 天的论文）；output_format（evidence、full 或 legacy）
lookup_paperdoi（必需）；output_format
Search BGPT for: "CRISPR gene editing efficiency in human cells", 10 results

每条结果都包含：

  • 标题、作者、期刊、年份、DOI
  • 方法：实验技术、模型、方案
  • 结果：关键发现及定量数据和报告的统计数据
  • 样本量：受试者／样本数量
  • 质量评分：研究质量评估
  • 局限性和结论，并标明对应的来源章节

无需 MCP 客户端也可通过普通 HTTP 执行相同的检索：使用 JSON 请求体 {"query": ..., "num_results": ..., "output_format": "evidence"} 向 https://bgpt.pro/api/mcp-search 发送 POST 请求（免费额度用完后添加 "api_key"）。

汇总前请核实。 BGPT 字段由机器提取，因此在将其用于荟萃分析或指南证据表之前，请对照原始论文核查你依赖的样本量、效应量和质量判断——提取错误会悄无声息地传导至汇总估计值。请引用论文本身（按 DOI 引用），而非 BGPT。

定价

  • 免费额度：前 50 条结果，无需 API 密钥
  • 按量付费：每条实际返回的结果收费 $0.02（而非每次检索），需使用 bgpt.pro/mcp 提供的 API 密钥——请审慎设置 num_results，因为每条返回的记录都会计费

互补技能

适合与以下技能配合使用：

  • alterlab-literature-review — 使用 BGPT 收集结构化数据，然后进行综合分析
  • alterlab-pubmed — 使用 PubMed 进行广泛检索，使用 BGPT 深入获取实验数据
  • alterlab-biorxiv — 将预印本检索与全文数据提取结合起来
  • alterlab-pyzotero — 管理来自 BGPT 搜索结果的引文

属于 AlterLab Academic Skills 套件。

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