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alterlab-clinical-reports

alterlab-clinical-reports

github.com/alterlab-ieu文档处理7870 次安装5 周前更新
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关于 alterlab-clinical-reports

面向临床人员、研究者和医学写作者的临床报告撰写技能,涵盖病例、诊断、试验及患者记录。提供模板、检查清单和验证脚本,并强调准确性、隐私保护与法规审查。

主要功能

  1. 01病例报告与 CARE 指南
  2. 02影像、病理及实验室报告
  3. 03SAE 与临床试验报告
  4. 04SOAP、H&P 与出院记录
  5. 05隐私合规及质量验证

适用场景

  1. 01按 CARE 准备病例投稿
  2. 02整理结构化诊断报告
  3. 03编写 SAE 或临床研究报告
  4. 04检查患者记录完整性与去标识化

安装

复制下面的命令,在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/alterlab-ieu/alterlab-academic-skills --skill alterlab-clinical-reports

安装后在 Claude Code 中输入/alterlab-clinical-reports确认已加载。

包含的文件

除 SKILL.md 外,安装时一起下载的参考资料和脚本。

assets/
case_report_template.md
clinical_trial_csr_template.md
clinical_trial_sae_template.md
consult_note_template.md
discharge_summary_template.md
hipaa_compliance_checklist.md
history_physical_template.md
lab_report_template.md
pathology_report_template.md
quality_checklist.md
radiology_report_template.md
soap_note_template.md
evals/
evals.json
references/
care_report_sections.md
case_report_guidelines.md
clinical_trial_report_structures.md
clinical_trial_reporting.md
data_presentation.md
diagnostic_report_templates.md
diagnostic_reports_standards.md
medical_terminology.md
patient_documentation.md
patient_record_formats.md
peer_review_standards.md
README.md
regulatory_compliance.md
scripts/
check_deidentification.py
compliance_checker.py
extract_clinical_data.py
format_adverse_events.py

详细介绍

临床报告撰写

概述

精准、准确且符合监管要求地记录医疗信息。 本技能涵盖四类报告:用于期刊发表的病例报告、用于临床实践的诊断报告(放射科、病理科、实验室)、用于监管申报的临床试验报告(SAE、CSR),以及用于医疗记录的患者文档(SOAP、H&P、出院记录)。

临床报告必须准确、完整、客观,并符合适用法规(HIPAA、FDA、ICH-GCP),因为这些报告会影响患者护理、监管决策和已发表记录。只能使用用户提供的临床数据——绝不要为了填充模板而编造检查结果、实验室数值、日期或引文——并将任何未知信息标记为占位符,留待临床医生补充。草稿须由负责的临床医生或研究者审核并签署。

何时使用此技能

适用于:

  • 撰写待提交期刊的临床病例报告(CARE 指南)
  • 编写诊断报告(放射科、病理科、实验室)
  • 记录临床试验数据、SAE 叙述或 CSR(ICH-E3)
  • 撰写 SOAP 记录、H&P、出院摘要或会诊记录
  • 确保符合 HIPAA 要求并妥善去标识化
  • 验证临床文档的完整性和准确性
不适用情形
情形改用
群体层面的队列分析或采用 GRADE 分级的治疗建议alterlab-clinical-decision
为单名患者制定包含 SMART 目标的前瞻性护理计划alterlab-treatment-plans
设计 CRF/REDCap 工具,或将试验数据映射到 CDISC SDTMalterlab-redcap-cdisc
IMRaD 研究手稿(例如 RCT 结果论文),而非病例报告或 CSRalterlab-scientific-writing
IRB 申请和知情同意书alterlab-research-ethics

核心工作流

  1. 选择报告类别并加载对应的详细参考资料(见下方索引)。
  2. 使用 assets/ 中该报告类型的模板起草。
  3. 应用监管控制措施——去标识化、记录知情同意、满足时限要求。
  4. 签发前使用匹配的 scripts/ 验证器进行验证。
  5. 根据本文末尾的检查清单进行最终 QA。
1. 用于期刊发表的病例报告

遵循 CARE(CAse REport)检查清单:标题、关键词、结构化摘要、引言、患者信息、临床发现、时间线、诊断评估、治疗干预、随访/结局、讨论、患者观点和知情同意。注意期刊的特定要求(字数、图表、参考文献格式),并在投稿前去标识化。 → 各要素的详细说明、期刊要求和 HIPAA 规定的 18 项标识符:references/care_report_sections.md。高层级检查清单:references/case_report_guidelines.md。

2. 诊断报告(放射科、病理科、实验室)

各类报告均采用标准化章节结构(放射科:人口统计信息 → 检查指征 → 技术 → 对照 → 检查结果 → 印象;病理科:大体检查/显微镜检查/诊断;实验室:含参考范围及危急值报告的结果)。 适用时使用结构化报告模板(BI-RADS、Lung-RADS、CAP synoptic)。 → 完整章节模板:references/diagnostic_report_templates.md。 标准和术语表(ACR、CAP、LOINC):references/diagnostic_reports_standards.md。

3. 临床试验报告(SAE、CSR、偏差)

SAE 报告记录严重不良事件及其因果关系和预期性,并须遵守严格的监管时限(7/15 天)。CSR 遵循 ICH-E3 的章节结构,用于监管申报。方案偏差按类别(轻微/重大/违规)归类,并附有 CAPA 文档。随机试验的期刊报告遵循 CONSORT 2025(30 项检查清单,2025 年 4 月;取代 CONSORT 2010),试验方案遵循 SPIRIT 2025。 → 各组成部分的结构:references/clinical_trial_report_structures.md。 监管框架(ICH-E3、CONSORT、时限):references/clinical_trial_reporting.md。

4. 患者文档(SOAP、H&P、出院)

SOAP 记录用于病程记录,H&P 用于入院/初次就诊,出院摘要用于向门诊服务提供者交接。使用标准缩写,签名并注明日期,并记录医疗必要性以供计费。 → 格式结构:references/patient_record_formats.md。 编码和文档编写指南:references/patient_documentation.md。

监管合规与隐私

  • HIPAA:仅披露最低必要信息;通过 Safe Harbor(移除 18 项标识符)或 Expert Determination 去标识化;与第三方签订 Business Associate Agreements。
  • FDA:21 CFR Part 11(电子记录/签名)、Part 50(知情同意)、Part 56(IRB)、Part 312(IND)。
  • ICH-GCP:E6(R3)(ICH 第 4 步,2025 年 1 月 6 日;自 2025 年 7 月 23 日起在欧盟生效)——遵循方案、记录知情同意、满足源文件要求、维护审计跟踪记录、履行研究者职责。请核查特定研究开展时适用的修订版本。

⚠️ 注意——自动去标识化并不意味着合规有保障。捆绑的 scripts/check_deidentification.py 是一种纯正则表达式扫描工具。模式匹配已知存在显著的漏报率:它会漏掉不常见的姓名拼写、自由文本日期、叙述性地址、罕见标识符,以及任何不符合其固定模式的内容。它仅适用于初步粗略筛查,不能替代合格人员逐行手动审查,也不是经验证的去标识化工具(例如 Microsoft Presidio、Philter 或经认证的 Expert Determination)。通过此脚本并不能证明符合 HIPAA Safe Harbor 要求,绝不可将其视为隐私保障。进行任何披露或发布前,务必执行人工审查。

详细指南:references/regulatory_compliance.md。

医学术语与标准

使用标准化命名法:SNOMED CT(临床术语)、LOINC(实验室/临床观察)、ICD-10-CM(诊断编码)、CPT(操作编码)。遵守 Joint Commission 的“Do Not Use”缩写清单(例如,写“unit”而不是“U”,始终使用前导零,绝不使用尾随零)。 完整标准:references/medical_terminology.md。

数据呈现

人口统计学、不良事件、随时间变化的实验室值和疗效结局使用表格;Kaplan-Meier 曲线、森林图、CONSORT 流程图和病例报告时间线使用图表。图像必须达到 ≥300 dpi、经过去标识化,并取得可识别患者的知情同意。详情:references/data_presentation.md。

质量保证

文档必须完整、准确、及时、清晰且合规。使用各类型的验证检查清单(CARE、诊断完整性、SAE 监管合规、计费要求)和 scripts/ 验证工具。

按报告类型划分的工作流

  • 病例报告:确认病例并取得同意 → 文献综述 → 起草(CARE)→ 内部审核 → 选择期刊并投稿 → 修订。
  • 诊断报告:审核检查指征和既往影像/检查结果 → 解读 → 口述结构化报告 → 同行审核(复杂病例)→ 签发 → 关键值通知。STAT <1h,常规为 24-48h。
  • SAE 报告:识别 → 评估/记录 → 因果关系和预期性评估 → 审核 → 提交给申办方/IRB/FDA → 跟进至问题解决(24h-15 天)。
  • CSR:数据库锁定 → 按 SAP 进行分析 → 医学撰稿人起草 → 生物统计/临床审核 → QC → 批准/提交(研究完成后 6-12 个月)。

随附资源索引

参考资料(references/)
  • care_report_sections.md — CARE 各要素详解、期刊要求、18 项 HIPAA 标识符
  • case_report_guidelines.md — CARE 指南、期刊要求、写作技巧
  • diagnostic_report_templates.md — 放射学/病理学/实验室报告章节模板
  • diagnostic_reports_standards.md — ACR、CAP、实验室报告标准
  • clinical_trial_report_structures.md — SAE/CSR/偏差报告组成结构
  • clinical_trial_reporting.md — ICH-E3、CONSORT、SAE 报告、CSR 结构
  • patient_record_formats.md — SOAP/H&P/出院章节格式
  • patient_documentation.md — SOAP、H&P、出院、编码
  • regulatory_compliance.md — HIPAA、21 CFR Part 11、ICH-GCP、FDA
  • medical_terminology.md — SNOMED、LOINC、ICD-10、缩写
  • data_presentation.md — 表格、图表、安全性数据、CONSORT 流程图
  • peer_review_standards.md — 临床稿件审核标准
模板资源(assets/)

case_report_template.md、radiology_report_template.md、pathology_report_template.md、 lab_report_template.md、clinical_trial_sae_template.md、clinical_trial_csr_template.md、 soap_note_template.md、history_physical_template.md、discharge_summary_template.md、 consult_note_template.md、quality_checklist.md、hipaa_compliance_checklist.md。

自动化脚本(scripts/)

validate_case_report.py、validate_trial_report.py、check_deidentification.py、 format_adverse_events.py、generate_report_template.py、extract_clinical_data.py、 compliance_checker.py、terminology_validator.py。

与其他技能的集成

可与 alterlab-scientific-writing(清晰的医学写作)、alterlab-peer-review (质量评估)、alterlab-citation-mgmt(文献引用)、alterlab-research-grants(方案开发)以及 alterlab-literature-review (背景章节)配合使用。

常见问题

  • 病例报告:侵犯隐私、缺乏新颖性、细节不足、文献综述薄弱、从单个病例过度泛化。
  • 诊断报告:措辞含糊、对比不完整、缺少临床相关性分析、关键值通知延迟。
  • 试验报告:SAE 报告延迟、因果关系评估不完整、数据不一致、未报告偏差、选择性报告。
  • 患者文档:复制粘贴导致的错误、细节不足影响计费、缺少医疗必要性说明、记录未签名/未注明日期。

最终检查清单

定稿任何临床报告前,请确认:

  • 所有必需章节均已完成
  • 患者隐私得到保护(符合 HIPAA)
  • 已取得知情同意(如适用)
  • 临床数据准确且已核实
  • 使用恰当的医学术语和编码
  • 语言清晰、专业
  • 按指南正确排版
  • 参考文献引用恰当
  • 图表标注正确
  • 已完成拼写检查和校对
  • 符合法规要求
  • 遵循机构政策
  • 已包含签名和日期
  • 已完成质量保证审核

临床报告质量会直接影响患者安全、医疗服务和医学文献,因此准确性和隐私保护优先于文字润色。

属于 AlterLab Academic Skills 套件的一部分。

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