alterlab-preprint-deposition

预印本存档 — 选择服务平台、准备投稿材料、关联已发表版本

预印本工作流程中的撰写／存档环节。给定一份已完成的手稿，本技能会将“我想发布预印本”转化为具体的平台专属计划：选择哪个服务平台以适配领域，填写哪些元数据和分类，选择哪种许可（以及需要承担哪些义务），版本管理和预印本 DOI 如何运作，目标期刊是否允许发布预印本，以及文章发表后如何关联预印本与文章。

本技能刻意作为读取端连接器 alterlab-arxiv 和 alterlab-biorxiv（用于搜索和获取预印本）以及 alterlab-open-science（用于选择数据存储库和编写 DMP）的存档端补充。此技能不会重新实现它们的搜索／元数据代码，而是调用它们。

快速入门

I finished a CS paper — how do I post it to arXiv? Which category and license?
Should this biology manuscript go on bioRxiv or medRxiv?
Does Elsevier's journal X allow me to post a preprint before submission?
My preprint just got accepted — how do I link the published DOI to the arXiv version?
What license should I pick on arXiv if I might publish in a closed journal later?

→ 确认领域 → 将手稿分流至合适的平台（见对照表）→ 整理元数据 → 选择许可 → 发布前运行期刊政策检查 → 接收后，将已发表文章的 DOI 关联回预印本。

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何时使用此技能

当用户想要处理预印本——发布预印本、选择发布平台、准备其元数据／许可，或协调预印本与期刊及已发表版本时，可使用此技能。主要任务：

1. 选择服务平台 — 根据领域和手稿类型匹配 arXiv、bioRxiv、medRxiv、ChemRxiv、SSRN、Research Square 或 OSF Preprints。见 references/server_selection.md。
2. 投稿元数据 — 标题、作者 + ORCID、摘要、arXiv 主分类 + 交叉分类或 bioRxiv／medRxiv 学科合集、经费信息和声明。见 references/submission_metadata.md。
3. 选择许可 — 从各平台实际提供的许可中选择，并说明后续义务（例如，CC BY 不可撤销；之后的期刊可能反对采用宽松许可的预印本；资助方可能要求 CC BY）。见 references/licensing.md。
4. 版本管理与 DOI — arXiv 版本（v1、v2、……）不可变且永久保留；撤回会以带有墓碑标记的新版本形式发布，绝不会删除；每篇 arXiv 论文还会获得 DataCite DOI（10.48550/arXiv.<id>）。bioRxiv／medRxiv 在发布时分配 Crossref DOI（自 2025 年 12 月起，在 openRxiv 体系下使用前缀 10.64898，此前使用 10.1101），并允许在同一 DOI 下提交修订版本。
5. 期刊预印本政策 — 发布前，通过 Jisc Open Policy Finder API（原 Sherpa Romeo）查询目标期刊的预存档（预印本）政策。见 references/journal_policy.md。
6. 发表后关联 — 将预印本与已发表文章关联起来（在服务平台上填写出版方字段；bioRxiv／medRxiv 检测到文章后，免密钥的 api.biorxiv.org /details/ 记录会包含 published DOI）。

不会触发 — 将相邻请求转给合适的同类工具

请求实际涉及……	转给	为什么不适用于此处
搜索 / 获取现有的 arXiv 预印本、解析 arXiv ID	alterlab-arxiv	读取类连接器；此技能用于存入，不用于搜索
搜索 / 获取用于文献综述的现有 bioRxiv 预印本	alterlab-biorxiv	读取类连接器
选择数据存储库（Zenodo、Dryad、Figshare）、撰写资助申请数据管理计划（DMP）、预注册、FAIR	alterlab-open-science	这是数据 / DMP / 存储库政策问题，而非手稿预印本发布
存入 TÜBİTAK Aperta、遵循 açık bilim 要求、提交 VYP	alterlab-aperta	土耳其国家开放科学渠道，有自己的禁运规则
被引用的参考文献是否确实存在 / DOI 是否为幻觉	alterlab-citation-verifier	核实是否存在，而非存入
检查参考文献中的失效链接 / 404	alterlab-link-health	检查 HTTP 可访问性，而非发布预印本
选择目标期刊 / 按期刊投稿要求排版	alterlab-open-science（开放获取渠道），然后参阅期刊自己的指南	此技能只检查期刊是否允许发布预印本

此技能回答的是**“我该如何以及在哪里存入这篇手稿作为预印本？这是否与我的期刊计划相容？”**它不对手稿质量、创新性或是否应该发表作出判断。

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服务矩阵（摘要 — 完整详情见 references/server_selection.md）

服务	领域适配性	发布时分配 DOI	许可选项	审核
arXiv（自 2026 年 7 月起为独立非营利组织）	物理、数学、CS、定量生物学（q-bio）、q-fin、stat、EE/sys（eess）、经济学	是 — DataCite 10.48550/arXiv.<id>，自动分配；arXiv ID 仍为规范标识符	arXiv 非独占许可，或 CC BY / BY-SA / BY-NC-SA / BY-NC-ND 4.0 / CC0	审核 + 推荐（2026 年 1 月收紧）；CS 综述 / 观点论文需要先前的同行评审；必须提供完整英文版本
bioRxiv（openRxiv）	生命科学 / 生物学	是 — Crossref，2025 年 12 月起为 10.64898/…（此前为 10.1101/…）	CC BY / BY-NC / BY-ND / BY-NC-ND / CC0 / 禁止再利用	基本筛查；不接受已被期刊录用的手稿
medRxiv（openRxiv）	临床 / 健康科学	是 — 前缀与 bioRxiv 相同	许可选项与 bioRxiv 相同	伦理、知情同意和试验注册声明；不接受病例报告、叙述性综述或已被录用的论文
ChemRxiv	化学及相关领域	是 — Crossref 10.26434/chemrxiv…，每个版本均有 DOI	CC BY / CC BY-NC / CC BY-NC-ND 4.0	基本筛查；由 ACS、RSC、GDCh、CCS、CSJ 共同拥有
SSRN（Elsevier）	社会科学、经济学、法律、人文科学	是 — Crossref 10.2139/ssrn.<id>	作者选择；SSRN 发布条款	简单筛查
Research Square	所有领域；参与的 Springer Nature / BMC 期刊可使用“In Review”	是	CC BY 4.0	筛查作者信息、声明及健康风险
OSF Preprints	多学科 / 跨学科及社区服务（PsyArXiv、SocArXiv、……）	是（通过 OSF 获取 DOI）	因提供方而异 — 通用 OSF：CC BY 4.0 或 CC0；社区服务还提供“无许可”或 NC/ND 变体	由各提供方负责

上方的类别 / 许可行列出了各服务在提交时提供的选项集，已于 2026-09-23 重新核查。许可的影响（不可撤销性、期刊方面的阻碍、资助方要求）见 references/licensing.md；除非说明权衡因素，否则切勿 宣称某种许可“最好”。

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工作流

1. 确定研究领域并选择服务

阅读稿件的研究领域。STEM 类正式学科（physics/math/CS/stat/eess/econ/q-bio/ q-fin）→ arXiv。生物学 → bioRxiv。临床/健康 → medRxiv。 化学 → ChemRxiv。社会科学/法律/经济学 → SSRN（或 arXiv econ）。如果要投稿的 Springer Nature / BMC 期刊提供“In Review”服务 → Research Square 是集成选项。跨学科研究或领域专属社区服务 → OSF Preprints。 边缘情况和完整决策树见 references/server_selection.md。

承诺发布时间前，先核查服务的准入要求：自 2026 年 1 月 21 日起，arXiv 需要提供机构邮箱并且在同一背书领域内有一篇已认领的论文，或获得个人背书；自 2025 年 10 月 31 日起，arXiv 的 CS 领域仅在提供此前经过同行评审的证明后才接收综述和立场论文；bioRxiv/medRxiv 不会发布已被期刊接收的稿件。

2. 先运行期刊政策检查（如果已知目标期刊）

发布前，确认目标期刊是否允许预印本。使用 scripts/journal_policy.py 查询 Jisc Open Policy Finder API （https://api.openpolicyfinder.jisc.ac.uk/retrieve，item-type=publication， 密钥放在 x-api-key 标头中；旧的 v2.sherpa.ac.uk Sherpa Romeo API 已于 2026 年 7 月底停用）。报告期刊对预存档（预印本）的许可情况、任何条件（禁运期、允许的版本、必需的声明），并附上来源链接。如果没有可用的密钥，请改用 WebFetch 查询出版商的政策页面，并说明这一点。详情见 references/journal_policy.md。

大多数大型出版商允许发布预印本，但具体条件各不相同（有些不允许发布已接收版本，有些要求提供 DOI 链接或特定声明）。切勿凭记忆断言政策——务必逐一期刊核实。

3. 整理投稿元数据

整理服务所需的元数据：标题、所有作者及其 ORCID 和所属机构、摘要、arXiv 主分类 + 可选交叉分类（或 bioRxiv/medRxiv 主题分类）、声明（利益冲突、经费、数据/代码可用性、medRxiv 的伦理审查/IRB）以及稿件文件。对于 arXiv，如果论文使用 TeX 撰写，请上传 TeX/LaTeX 源文件——arXiv 通常会拒绝由 TeX 生成的 PDF——若论文使用其他语言撰写，还需提供完整的英文版本。按字段整理的标准清单见 references/submission_metadata.md。 如需查找现有 arXiv/bioRxiv 记录的元数据以便复用，请使用 alterlab-arxiv / alterlab-biorxiv，不要在此处重复查询。

4. 审慎选择许可证

列出所选服务实际提供的许可证（见矩阵），然后说明相关承诺：

• CC BY 4.0 — 复用权限最大；不可撤销；一些仅限订阅访问的期刊不喜欢宽松的预印本许可，可能要求你更改许可（但已发布版本的 CC BY 许可无法撤销）。
• arXiv non-exclusive license 1.0 — arXiv 专用；版权仍归你所有，只授予 arXiv 分发许可；在 arXiv 上最不容易与期刊政策冲突的选项。
• CC BY-NC-*/-ND — 复用范围较窄；请核查其是否符合资助方的开放获取要求（例如，cOAlition S Plan S 通常要求 CC BY）。
• CC0 — 放弃权利并奉献给公有领域；适用范围最广，也不可撤销。

arXiv 声明，所选许可证不可撤销且无法更改，但后续版本可以采用不同的许可证。提出建议前，请确认资助方要求是否指定了许可证——例如，盖茨基金会的政策（自 2025 年 1 月 1 日起生效）要求受资助稿件以 CC BY 4.0 许可作为预印本共享，Plan S 资助方也要求 CC BY。NIH（自 2025 年 7 月 1 日起）和 NSF（适用于 2026 年 1 月 22 日起授予的资助）的零禁运政策针对的是经过同行评审并被接收的稿件，而非预印本。完整表格及资助方要求说明见 references/licensing.md。

5. 发布后管理版本

发布后：记录 arXiv ID / 预印本 DOI 和版本号。 修订版是替换版本（arXiv）或新版本（bioRxiv/medRxiv）——旧版本仍会公开且不可更改。不要建议“删除”已公告的 arXiv 论文；这是不可能的——只能发布带有撤稿说明的撤回版本。

6. 论文接收后关联已发表文章

论文发表后，将 DOI 关联回预印本（arXiv 的 journal-ref/DOI 字段；bioRxiv/medRxiv 会自动检测许多链接）。在 api.biorxiv.org 内容 API 中，/details/{server}/{doi} 记录会在检测到文章 DOI 后包含 published 字段；按 DOI 查询的 /pubs/{server}/{doi} 接口目前对 10.64898 DOI 不会返回结果，因此请先读取 published。这样就能从预印本查找到正式发表版本，反之亦然。

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脚本

• scripts/journal_policy.py — 通过 ISSN 或期刊名称查询 Jisc Open Policy Finder API，获取期刊的预印本/自存档政策（需要通过 --api-key 或 OPEN_POLICY_FINDER_API_KEY 环境变量提供免费密钥；会输出结构化摘要，包括禁运期和存档位置；离线时会退化为提示用户手动检查）。
• scripts/server_recommender.py — 根据若干标志（--field、--needs-doi、--target-journal-known、--funder-requires-cc-by），依据 references/server_selection.md 中的规则，输出推荐的服务及许可证候选清单，并说明权衡因素和限制条件。
• scripts/preprint_link_check.py — 查询无需密钥的 api.biorxiv.org /details/（以及用于获取期刊名称/日期的 /pubs/）接口，确认 bioRxiv/medRxiv DOI 是否存在，并显示检测到的预印本→已发表文章链接；适用于 10.1101 和 10.64898 DOI。

所有脚本均优先使用标准库（若已安装 requests 则使用它，否则使用 urllib），可直接通过 uv run python 运行，除 Open Policy Finder 查询外均不需要密钥。

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报告前自检

• 我是否核实了期刊的预印本政策（通过 Open Policy Finder 或出版商当前页面），还是凭记忆断言？只允许前者，因为出版商政策会变，错误地回答“允许”可能导致投稿受阻。
• 我是否列出了服务实际提供的许可证选项，并说明了不可撤销性与期刊兼容性之间的权衡，而不是简单地说“使用 CC BY”？
• 我是否将搜索/获取请求转给 alterlab-arxiv/alterlab-biorxiv，将数据存储库/DMP请求转给 alterlab-open-science，将 TÜBİTAK 请求转给 alterlab-aperta，而不是在此处处理？
• 我是否避免建议用户“删除”已经公告的 arXiv 预印本？

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参考资料

• references/server_selection.md — 完整的服务选择决策树，按领域逐项说明。
• references/submission_metadata.md — 各服务的元数据字段清单。
• references/licensing.md — 许可证选项、不可撤销性和资助方要求。
• references/journal_policy.md — Open Policy Finder API 用法和政策解读。

属于 AlterLab Academic Skills 套件。