chembl-search

ChEMBL 搜索

使用 Valyu 语义搜索 API，通过自然语言查询搜索完整的 ChEMBL 数据库，其中包含生物活性分子、药物靶点和结合数据。

此技能的强大之处

• 无需解析 API 参数：直接传入自然语言查询即可，无需构造复杂的搜索参数
• 语义搜索：理解查询的含义，而不只是匹配关键词
• 全文访问：返回完整的化合物和靶点信息
• 图片链接：包含分子结构和数据可视化
• 全面覆盖：可访问 ChEMBL 中所有生物活性分子数据，用于药物发现

要求

1. Node.js 18+（使用内置的 fetch）
2. Valyu API 密钥，获取地址：https://platform.valyu.ai（含 $10 免费额度）

重要：脚本路径解析

本文档中的 scripts/search 命令相对于此技能的安装目录。

运行任何命令之前，请先定位脚本：

CHEMBL_SCRIPT=$(find ~/.claude/plugins/cache -name "search" -path "*/chembl-search/*/scripts/*" -type f 2>/dev/null | head -1)

然后在所有命令中使用完整路径：

$CHEMBL_SCRIPT "kinase inhibitors" 15

API 密钥设置流程

运行搜索后，如果收到 "setup_required": true，请按以下流程操作：

1. 向用户索取 API 密钥： “要搜索 ChEMBL，我需要你的 Valyu API 密钥。你可以在 https://platform.valyu.ai 免费获取一个密钥（含 $10 额度）。”

2. 用户提供密钥后，运行：

   scripts/search setup <api-key>
   

3. 重试原始搜索。

何时使用此技能

• 为药物发现寻找生物活性化合物
• 基于靶点搜索化合物
• 优化化合物属性
• 研究测定数据和生物活性
• 研究构效关系
• 识别先导化合物

输出格式

{
  "success": true,
  "type": "chembl_search",
  "query": "kinase inhibitors",
  "result_count": 10,
  "results": [
    {
      "title": "Compound/Assay Title",
      "url": "https://chembl.org/...",
      "content": "Compound data, targets, assay results...",
      "source": "chembl",
      "relevance_score": 0.95,
      "images": ["https://example.com/structure.png"]
    }
  ],
  "cost": 0.025
}

处理结果

使用 jq

# Get compound titles
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].title'

# Get URLs
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].url'

# Extract full content
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].content'

常见用例

药物发现

# Find lead compounds
scripts/search "JAK2 selective inhibitors for myelofibrosis" 50

靶点验证

# Search for target information
scripts/search "protein kinase B binding assays" 20

SAR 分析

# Find structure-activity relationships
scripts/search "benzimidazole derivatives anticancer activity" 15

机制研究

# Search for mechanism data
scripts/search "allosteric modulators of NMDA receptors" 25

错误处理

所有命令都会返回包含 success 字段的 JSON：

{
  "success": false,
  "error": "Error message"
}

退出代码：

• 0 - 成功
• 1 - 错误（查看 JSON 了解详情）

API 端点

• 基础 URL：https://api.valyu.ai/v1
• 端点：/search
• 身份验证：X-API-Key 标头

架构

scripts/
├── search          # Bash wrapper
└── search.mjs      # Node.js CLI

使用 Node.js 内置的 fetch() 直接调用 API，无外部依赖。

添加到你的项目

如果你正在构建 AI 项目，并希望将 ChEMBL 搜索直接集成到应用中，请使用 Valyu SDK：

Python 集成

from valyu import Valyu

client = Valyu(api_key="your-api-key")

response = client.search(
    query="your search query here",
    included_sources=["valyu/valyu-chembl"],
    max_results=20
)

for result in response["results"]:
    print(f"Title: {result['title']}")
    print(f"URL: {result['url']}")
    print(f"Content: {result['content'][:500]}...")

TypeScript 集成

import { Valyu } from "valyu-js";

const client = new Valyu("your-api-key");

const response = await client.search({
  query: "your search query here",
  includedSources: ["valyu/valyu-chembl"],
  maxResults: 20
});

response.results.forEach((result) => {
  console.log(`Title: ${result.title}`);
  console.log(`URL: ${result.url}`);
  console.log(`Content: ${result.content.substring(0, 500)}...`);
});

请参阅 Valyu 文档，了解完整的集成示例和 SDK 参考。