clinical-trial-protocol-skill

临床试验方案技能

⚠️ 执行控制——请先阅读

重要：此协调器采用简单启动方式：

1. 先显示欢迎消息（见下方“启动：欢迎与确认”部分）
2. 询问用户是否准备好继续——等待确认（是/否）
3. 直接进入完整工作流逻辑——自动依次运行子技能
4. 不要预先读取子技能文件——仅在执行相应步骤时按需加载子技能

这很重要，原因如下：

• 预先读取所有子技能会浪费上下文和内存
• 子技能仅应在执行过程中实际需要时加载
• 工作流会自动处理从现有检查点恢复的情况

概述

此技能使用基于模块化检查点的架构，为医疗器械或药物生成临床试验方案。

此技能的作用

从干预措施构想（器械或药物）开始，此协调工作流提供两种模式：

🔬 仅研究模式（步骤 0-1）： 0. 初始化干预措施——收集器械或药物信息

1. 研究类似方案——查找类似试验、FDA 指南和已发表的方案
   • **交付成果：**格式化的 .md 研究摘要文档

📄 完整方案模式（步骤 0-5）： 0. 初始化干预措施——收集器械或药物信息

1. 研究类似方案——查找类似试验、FDA 指南和已发表的方案
2. 方案基础——生成方案第 1-6 节（基础、设计、人群）
3. 方案干预措施——生成方案第 7-8 节（干预措施详情）
4. 方案运营——生成方案第 9-12 节（评估、统计、运营）
5. 生成方案——创建可供利益相关者审阅的专业文件

架构

基于检查点的设计

所有分析数据都以 JSON/markdown 文件的形式存储在 waypoints/ 目录中：

waypoints/
├── intervention_metadata.json           # Intervention info, status, initial context
├── 01_clinical_research_summary.json   # Similar trials, FDA guidance, recommendations
├── 02_protocol_foundation.md            # Protocol sections 1-6 (Step 2)
├── 03_protocol_intervention.md          # Protocol sections 7-8 (Step 3)
├── 04_protocol_operations.md            # Protocol sections 9-12 (Step 4)
├── 02_protocol_draft.md                 # Complete protocol (concatenated in Step 4)
├── 02_protocol_metadata.json            # Protocol metadata
└── 02_sample_size_calculation.json      # Statistical sample size calculation

支持丰富的初始上下文： 用户在初始化干预措施（步骤 0）时，可以提供大量文档、技术规格或研究数据。这些内容会保存在 intervention_metadata.json 的 initial_context 字段中。后续步骤会参考这些上下文，以便更充分地制定方案。

模块化子技能步骤

每个步骤都是 references/ 目录中的一项独立技能：

references/
├── 00-initialize-intervention.md    # Collect device or drug information
├── 01-research-protocols.md         # Clinical trials research and FDA guidance
├── 02-protocol-foundation.md        # Protocol sections 1-6 (foundation, design, population)
├── 03-protocol-intervention.md      # Protocol sections 7-8 (intervention details)
├── 04-protocol-operations.md        # Protocol sections 9-12 (assessments, statistics, operations)
└── 05-generate-document.md          # NIH Protocol generation

实用脚本

scripts/
└── sample_size_calculator.py   # Statistical power analysis (validated)

前提条件

1. 临床试验 MCP 服务（必需）

安装：

• 将 .mcpb 文件拖放到 Claude Desktop 中进行安装
• 或在 Claude Desktop 设置中手动配置

可用工具： search_clinical_trials——按以下条件搜索：

condition - 疾病或病症（例如，“胰腺癌”） intervention - 药物、器械或治疗（例如，“pembrolizumab”、“CAR-T”） sponsor - 申办方或合作者名称（例如，“Pfizer”、“NIH”） location - 城市、州或国家/地区（例如，“California”、“Boston”） status - “recruiting”（默认）、“active”、“completed”、“all” phase - 试验阶段：“1”、“2”、“3”、“4”、“early_phase1” max_results - 默认值为 25，最大值为 100

get_trial_details——使用试验的 nct_id（例如，“NCT04267848”）获取具体试验的详细信息。返回资格标准、结局、研究设计和联系信息。

**验证：**步骤 1 会在启动时自动测试 MCP 连接。

2. FDA 数据库访问（内置）

**用途：**通过明确的数据库 URL 研究 FDA 监管途径

来源：

• 步骤 1：FDA 器械/药物数据库（510(k)、PMA、De Novo、Drugs@FDA、Orange Book、Purple Book）
• 所有来源均使用 FDA 数据库的直接 URL，不进行通用网络搜索

3. 临床方案模板

模板文件：assets/ 目录中的任意 .md 文件

**用途：**为方案结构和内容提供参考模板。系统会自动检测可用模板并动态使用。

4. Python 依赖项（步骤 2 必需）

安装：

pip install -r requirements.txt

依赖项：

• scipy >= 1.11.0（统计计算）
• numpy >= 1.24.0（数值运算）

**用途：**为临床方案准确计算统计学样本量

使用方法

只需调用该技能并选择所需模式：

🔬 仅研究模式：

1. 在主菜单中选择“仅研究”
2. 提供干预措施信息
3. 获取格式化的 .md 研究摘要文件
4. 可选择继续生成完整方案或退出

📄 完整方案模式：

1. 在主菜单中选择“完整方案”
2. 按顺序引导你完成所有步骤（步骤 0–5）
3. 在步骤 4 后暂停，以便审阅方案草稿
4. 准备就绪后，生成最终方案文档

**恢复功能：**如果流程中断，只需重新启动该技能，它便会自动从上次完成的步骤继续。

执行流程

启动：欢迎和模式选择

调用该技能时，显示以下消息：

🧬 CLINICAL TRIAL PROTOCOL

Welcome! This skill generates clinical trial protocols for medical devices or drugs.

[If waypoints/intervention_metadata.json exists:]
✓ Found existing protocol in progress: [Intervention Name]
  Type: [Device/Drug]
  Completed: [List of completed steps]
  Next: [Next step to execute]

📋 SELECT MODE:

1. 🔬 Research Only - Run clinical research analysis (Steps 0-1)
   • Collect intervention information
   • Research similar clinical trials
   • Find FDA guidance and regulatory pathways
   • Generate comprehensive research summary as .md artifact

2. 📄 Full Protocol - Generate complete clinical trial protocol (Steps 0-5)
   • Everything in Research Only, plus:
   • Generate all protocol sections
   • Create professional protocol document

3. ❌ Exit

Please select an option (1, 2, or 3):

🛑 停止并等待用户选择（1、2 或 3）

• 如果选择 1（仅研究）：设置 execution_mode = "research_only"，并进入仅研究工作流逻辑
• 如果选择 2（完整方案）：设置 execution_mode = "full_protocol"，并进入完整工作流逻辑
• 如果选择 3（退出）：正常退出，并显示“没问题！随时可以重新启动该技能继续操作。”

---

仅研究工作流逻辑

此工作流仅执行步骤 0 和 1，然后生成格式化的研究摘要文件。

步骤 1：检查现有检查点

• 如果 waypoints/intervention_metadata.json 存在：加载元数据，并检查步骤 0 和 1 是否已完成
• 如果没有元数据：从步骤 0 开始

步骤 2：执行研究步骤（0 和 1）

对于每个步骤（0、1）：

1. **检查完成状态：**如果元数据中已标记该步骤完成，则跳过并显示“✓ 步骤 [X] 已完成”

2. 执行步骤：

   • 显示“▶ 正在执行步骤 [X]…”
   • 阅读并遵循对应子技能文件中的说明
   • 等待完成
   • 显示“✓ 步骤 [X] 已完成”
   • **步骤执行方法（按需加载）：**准备执行某个步骤时（不得提前），读取对应的子技能 Markdown 文件，并执行其中的所有说明
   • 步骤与文件对应关系：
     • 步骤 0：references/00-initialize-intervention.md（收集干预措施信息）
     • 步骤 1：references/01-research-protocols.md（临床研究和 FDA 指南）

3. **处理错误：**如果步骤失败，询问用户是重试还是退出。保存当前状态，以便恢复。

步骤 3：生成研究摘要文件

步骤 1 成功完成后：

1. 读取检查点文件：

   • waypoints/intervention_metadata.json（干预措施详情）
   • waypoints/01_clinical_research_summary.json（研究结果）

2. **创建格式化的 Markdown 摘要：**生成内容全面、格式良好的 Markdown 研究摘要文件，结构如下：

# Clinical Research Summary: [Intervention Name]

## Intervention Overview
- **Type:** [Device/Drug]
- **Indication:** [Target condition/disease]
- **Description:** [Brief intervention description]
- **Mechanism of Action:** [How it works]

## Similar Clinical Trials
[List top 5-10 similar trials with NCT ID, title, phase, status, key findings]

## FDA Regulatory Pathway
- **Recommended Pathway:** [510(k), PMA, De Novo, IND, NDA, BLA, etc.]
- **Regulatory Basis:** [Rationale for pathway selection]
- **Key Requirements:** [Major regulatory considerations]

## FDA Guidance Documents
[List relevant FDA guidance documents with links and key excerpts]

## Study Design Recommendations
- **Suggested Study Type:** [RCT, single-arm, etc.]
- **Phase Recommendation:** [Phase 1, 2, 3, etc.]
- **Primary Endpoint Suggestions:** [Based on similar trials]
- **Sample Size Considerations:** [Preliminary thoughts]

## Key Insights and Recommendations
[Synthesized recommendations for protocol development]

## Next Steps
[If user wants to proceed with full protocol development]

---
*Generated by Clinical Trial Protocol Skill*
*Date: [Current date]*

3. **保存文件：**将格式化后的摘要写入 waypoints/research_summary.md

4. 显示完成消息：

✅ RESEARCH COMPLETE

Research Summary Generated: waypoints/research_summary.md

📊 Key Findings:
  • Similar Trials Found: [X trials]
  • Recommended Pathway: [Pathway name]
  • FDA Guidance Documents: [X documents identified]
  • Study Design: [Recommended design]

📄 The research summary has been saved as a formatted markdown artifact.

Would you like to:
1. Continue with full protocol generation (steps 2-5)
2. Exit and review research summary

选项 1 逻辑（继续生成完整方案）：

• 设置 execution_mode = "full_protocol"
• 从步骤 2 开始进入完整工作流逻辑（因为步骤 0 和 1 已完成）

选项 2 逻辑（退出）：

• 显示：“✓ 研究摘要已保存。随时可以重新启动该技能，继续生成方案。”
• 正常退出编排器

---

完整工作流逻辑

步骤 1：检查是否存在现有路标文件

• 如果 waypoints/intervention_metadata.json 存在：加载元数据，检查 completed_steps 数组，从下一个未完成的步骤继续
• 如果不存在元数据：从步骤 0 开始

步骤 2：按顺序执行步骤

对于每个步骤（0、1、2、3、4、5）：

1. **检查完成状态：**如果元数据中已标记该步骤完成，则跳过并显示“✓ 步骤 [X] 已完成”

2. **执行步骤：**显示“▶ 正在执行步骤 [X]...”，读取并遵循相应子技能文件中的说明，等待执行完成，然后显示“✓ 步骤 [X] 已完成”

   • **步骤执行方法（按需加载）：**准备执行某个步骤时（而非之前），读取子技能 Markdown 文件并执行其中的所有说明
   • **重要：**请勿提前读取子技能文件。仅在执行相应步骤时读取。
   • 步骤与文件的对应关系：
     • 步骤 0：references/00-initialize-intervention.md（步骤 0 执行时读取）
     • 步骤 1：references/01-research-protocols.md（步骤 1 执行时读取）
     • 步骤 2：references/02-protocol-foundation.md（步骤 2 执行时读取 - 第 1-6 节）
     • 步骤 3：references/03-protocol-intervention.md（步骤 3 执行时读取 - 第 7-8 节）
     • 步骤 4：references/04-protocol-operations.md（步骤 4 执行时读取 - 第 9-12 节）
     • 步骤 5：references/05-concatenate-protocol.md（步骤 5 执行时读取 - 最终拼接）

3. **处理错误：**如果步骤失败，询问用户是重试还是退出。保存当前状态，以便后续恢复。

4. 显示进度：“进度：[X/6] 个步骤已完成”，并显示预计剩余时间

5. **步骤 4 完成后暂停：**步骤 4 完成后暂停，并显示“协议完成菜单”（见下文）。等待用户选择后再继续。

步骤 2.5：协议完成菜单

步骤 4 成功完成后，显示以下菜单原文（不要自行发挥或创建其他选项）：

✅ PROTOCOL COMPLETE: Protocol Draft Generated

Protocol Details:
  • Study Design: [Design from metadata]
  • Sample Size: [N subjects from metadata]
  • Primary Endpoint: [Endpoint from metadata]
  • Study Duration: [Duration from metadata]

Protocol file: waypoints/02_protocol_draft.md
File size: [Size in KB]

📋 WHAT WOULD YOU LIKE TO DO NEXT?

1. 📄 Review Protocol in Artifact - click on the .md file above

2. 📄 Concatenate Final Protocol (Step 5)

3. ⏸️  Exit and Review Later

选项 1 逻辑（在产物中审阅）： 暂停，让用户打开各章节文件，并等待进一步指示

选项 2 逻辑（拼接协议）：

1. 读取并遵循 references/05-concatenate-protocol.md，执行步骤 5
2. 步骤 5 会将所有章节文件拼接成最终协议文档
3. 步骤 5 完成后，继续执行步骤 3（最终摘要）

选项 3 逻辑（退出）：

1. 显示：“✓ 协议章节已保存。你可以随时从步骤 5 继续并进行拼接。”
2. 正常退出编排器

步骤 3：最终摘要

显示完成消息，包含：

• 干预名称、类型（器械/药物）、适应症
• 协议详情（设计、样本量、终点、时长）
• 所有已完成步骤的列表
• 最终交付物：完整协议 Markdown 文件的位置（waypoints/protocol_complete.md）
• 供参考的路标文件列表
• 重要免责声明（需进行 FDA Pre-Sub、统计学家审阅并获得 IRB 批准）
• 致谢消息

技术详情

路标文件格式

JSON 路标文件（步骤 0、1）：

• 便于以编程方式访问的结构化数据
• 文件体积小（1-15KB）
• 易于解析和引用

Markdown 路标文件（步骤 2、3、4）：

• 步骤 2：02_protocol_foundation.md（第 1-6 节）
• 步骤 3：03_protocol_intervention.md（第 7-8 节）
• 步骤 4：04_protocol_operations.md（第 9-12 节）
• 步骤 4：02_protocol_draft.md（拼接后的完整协议）
• 人类可读的协议文档
• 用户可直接编辑
• 保留各个章节文件，便于重新生成

数据最小化策略

每个步骤都会进行充分摘要：

• **保留：**排名靠前的 N 项结果（最多 5-10 项）
• **保留：**关键事实和 ID（NCT 编号、终点类型）
• **保留：**简明的理由说明（2-3 句话）
• **丢弃：**原始 MCP 查询结果（分析后不再需要）
• **丢弃：**完整的 FDA 指南文本（仅保留摘录/引文）
• **丢弃：**排名较低的搜索结果

步骤独立性

每个子技能都设计为：

• 仅从路标文件读取信息（不读取对话历史）
• 在单次执行中生成完整输出
• 不依赖之前步骤的对话上下文
• 可独立运行

错误处理

MCP 服务不可用

• 在步骤 1 中检测
• 操作：显示错误及安装说明
• 允许用户安装 MCP 服务后重试
• 无可用回退方案——协议研究必须使用 MCP 服务

步骤失败或返回错误

• 操作：显示子技能返回的错误消息
• 询问用户：“重试此步骤？（是/否）”
  • 是：重新运行此步骤
  • 否：保存当前状态，退出编排器

用户中断

• 所有进度均保存在路标文件中
• 用户可随时重新启动技能以继续
• 工作流会自动检测已完成的步骤，并从下一步继续
• 不会丢失数据

免责声明

⚠️ 重要： 此协议生成工具依据 NIH/FDA 指南及类似试验，提供初步临床研究方案。它不构成：

• FDA 或 IRB 的正式判定或批准
• 医疗、法律或监管建议
• 专业生物统计学审查的替代方案
• FDA 预提交会议的替代方案
• 对监管或临床成功的保证

开展临床研究前必须完成：

• 生物统计学审查和样本量验证
• FDA 预提交会议（器械适用 Q-Submission，药物适用 Pre-IND）
• IRB 审查和批准
• 聘请临床专家和监管顾问
• 对方案和知情同意书进行法律审查
• 研究中心研究者审查并提供意见
• 申办方完成方案中的所有 [TBD] 项

强烈建议寻求专业咨询

临床试验方案是复杂且影响重大的文件，需要多个学科领域的专业知识。在开展临床研究规划前，必须咨询临床试验专家、生物统计学家和监管事务专家。

实施要求

调用此技能时：

1. 显示欢迎消息和模式选择（见“启动：欢迎与模式选择”部分）

2. 等待用户选择模式（1：仅研究，2：完整协议，3：退出）

3. 根据所选模式执行：

   • 仅研究模式（选项 1）：
     • 执行仅研究工作流逻辑（仅步骤 0–1）
     • 生成格式化的研究摘要，作为 .md 产物
     • 提供继续执行完整协议或退出的选项
   • 完整协议模式（选项 2）：
     • 执行完整工作流逻辑（步骤 0–5）
     • 检查是否存在已有航点，并从最后完成的步骤继续
     • 或者，如果不存在航点，则从步骤 0 开始
     • 按顺序执行所有步骤，直至完成

4. 执行每个步骤时（延迟加载——仅按需加载）：

   • 仅当某个步骤即将执行时，才读取相应的子技能文件
   • 不要提前读取子技能文件，也不要为了“做准备”而读取
   • 示例：需要执行步骤 1 时，此时才读取 references/01-research-protocols.md 并遵循其中的说明
   • 开发协议时： 按顺序依次执行步骤 2、3、4
   • 不要尝试并行执行多个步骤——应按顺序执行
   • 仅在某个步骤即将执行时读取该步骤的子技能文件

5. 生成研究摘要产物（仅研究模式）：

   • 步骤 1 完成后，读取航点文件
   • 生成内容全面、格式规范的 Markdown 摘要
   • 保存到 waypoints/research_summary.md
   • 显示完成消息和主要发现

6. 妥善处理错误：

   • 如果某个步骤失败，提供重试或退出的选项
   • 如果 MCP 服务不可用，说明如何安装
   • 所有进度都会自动保存在航点中

7. 跟踪进度：

   • 每完成一个步骤后，更新 waypoints/intervention_metadata.json
   • 向用户显示进度指示（例如，“进度：已完成 3/6 个步骤”或“进度：已完成 2/2 个研究步骤”）
   • 清楚地说明当前正在进行的操作

8. 最终输出：

   • 仅研究： 显示研究摘要的位置，并提供继续执行完整协议的选项
   • 完整协议： 向用户表示祝贺，显示协议位置和后续步骤
   • 提醒用户注意免责声明