digest-paper

论文摘要整理

将一篇论文从头到尾整理到 sota/papers/<citekey>/。这是 SOTA 工作的基本单元：要么完整完成，要么就不执行。绝不留下不完整的摘要整理结果。

首先阅读

• sota/README.md — 综合分析格式和摘要整理规则（格式由脚手架规定）
• references/bibliography-rules.md — 引用键、版本判定、交叉验证

MCP 预检（硬性门槛）

在进行任何其他操作之前，分别用一个简单查询（例如搜索一个已知标题）测试学术 MCP 服务。门槛取决于能力，而非 API 密钥——缺少密钥只会限制功能，不会阻止操作：

• 必需： arxiv（全文）必须响应，且至少一个文献来源——semantic-scholar、dblp 或 openalex——必须响应。
• 如果无法使用这些必需能力：停止，报告哪些服务失败，并请用户修复 MCP 配置。
• 如果某个可访问的来源不可用，但已达到门槛，则继续，并在综合分析中注明交叉核对有所减少。

绝不回退到模型记忆、网页搜索或抓取。只有 MCP 查询返回的引用才算存在。

流程

1. 确认论文身份：根据给定的标题/DOI/arXiv/PDF，通过 semantic-scholar（计算机科学论文还要通过 dblp）查找论文。只有在匹配结果确实存在歧义时才询问用户。
2. 确定最权威的版本：按 references/bibliography-rules.md，优先级为已发表版本 > 最新 arXiv 修订版 > 其他预印本。如果 DOI 和 arXiv id 都存在，则两者都记录。
3. 选择引用键（<firstauthor><year><topicword>，小写），并检查其尚未使用：references.bib 中不存在，且没有 sota/papers/<citekey>/ 文件夹。
4. 创建 sota/papers/<citekey>/，并通过备用流程获取全文 PDF，优先选择最权威且合法的来源：(1) arXiv 论文使用 arxiv MCP；(2) 否则使用 paper-search，其备用来源依次为出版商/DOI 开放获取 → Unpaywall → 绿色开放获取仓库（Europe PMC/PMC、CORE、OpenAIRE、Zenodo、HAL、SSRN 等）→ Sci-Hub（最后手段）。 将最终 URL 记录到 metadata.yaml（pdf_source）。PDF 仅用于阅读：引用和权威版本始终以学术 MCP 的结果为准（通过 DOI 对齐），与 PDF 的获取来源无关。如果连最后手段也无法获取，则停止、删除该文件夹，并在 sota/queue.md 中记录该候选论文，决策标记为 unresolvable-via-mcp。禁止仅基于摘要进行整理。
5. 阅读论文全文——从头到尾阅读 PDF，而不只是摘要。
6. 按照 sota/README.md 中准确的章节顺序编写 synthesis.md。对照 PDF 核实每个精确数字和引文。
7. 在 references.bib 的 SOTA 部分写入 BibTeX 条目，字段须来自 MCP，并按照 references/bibliography-rules.md 进行交叉核对。绝不凭记忆填写字段。
8. 通过 semantic-scholar 获取引用：被引文献和引用该论文的文献。选择相关条目，而非全部收录。根据 sota/README.md 中的架构，在 metadata.yaml 中填写所有字段，包括必需的 verified: 块。对于已纳入 SOTA 的论文使用引用键，否则使用外部 id。
9. 将一行追加到 sota/index.md，状态设为 digested。
10. 将 cites/cited_by 和综合分析“Citation leads”部分中符合范围的线索作为 pending 条目添加到 sota/queue.md，并注明来源。
11. 从项目根目录运行 make check，并修复它报告的所有问题。

规则

• 要么全部完成，要么全部回退：如果任何步骤无法完成，则撤销不完整的文件夹，并在 queue.md 中记录该论文。
• 一篇论文 = 一个文件夹 = 一个 Bib 条目 = 一个索引行（1:1:1）。
• 整理期间，对其他论文文件夹唯一允许的编辑，是在其 cites/cited_by 列表中将外部 id 升级为引用键。

完成条件

• sota/papers/<citekey>/ 中包含 paper.pdf、synthesis.md、metadata.yaml
• references.bib 和 sota/index.md 各新增一条条目
• make check 通过