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ginkgo-cloud-lab

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github.com/crazymsn其他2335 次安装22 周前更新
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关于 ginkgo-cloud-lab

Ginkgo Cloud Lab 提供对 Ginkgo Bioworks 自动化实验室设施的远程访问,面向蛋白质表达实验及其他定制流程。用户可提交预设协议,或用 EstiMate 描述定制实验并获取可行性评估与报价。

主要功能

  1. 01提交蛋白质表达验证与优化实验
  2. 02将像素艺术转为荧光细菌图像
  3. 03上传序列或图像文件并配置实验
  4. 04通过 EstiMate 评估定制流程
  5. 05依托机器人设备执行实验

适用场景

  1. 01筛查蛋白质是否成功表达
  2. 02优化难表达或膜蛋白的表达条件
  3. 03制作荧光细菌像素艺术
  4. 04评估未列出实验流程的可行性与价格

安装

复制下面的命令,在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/crazymsn/academic-skills --skill ginkgo-cloud-lab

安装后在 Claude Code 中输入/ginkgo-cloud-lab确认已加载。

包含的文件

除 SKILL.md 外,安装时一起下载的参考资料和脚本。

references/
cell-free-protein-expression-optimization.md
cell-free-protein-expression-validation.md
fluorescent-pixel-art-generation.md

详细介绍

Ginkgo Cloud Lab

概述

Ginkgo Cloud Lab(https://cloud.ginkgo.bio)提供对 Ginkgo Bioworks 自主实验室基础设施的远程访问。协议在可重构自动化推车(RAC)上执行——这些模块化单元配备机械臂、磁悬浮样本运输系统,以及涵盖 70 多种仪器的工业级软件。

该平台还包含 EstiMate,这是一款 AI Agent,可接收自然语言描述的协议,并针对列表之外的定制工作流提供可行性评估和报价。

可用协议

1. 无细胞蛋白质表达验证

使用重构的大肠杆菌 CFPS,快速筛选表达是否可行。提交 FASTA 序列(最多 1800 bp),即可获得表达确认、基准滴度(mg/L)、初步纯度以及虚拟凝胶图像。

2. 无细胞蛋白质表达优化

基于 DoE 的优化,每种蛋白质最多测试 24 种条件(裂解液、温度、伴侣蛋白、二硫键增强剂、辅因子)。适用于难以表达的蛋白质和膜蛋白。

3. 荧光像素艺术生成

将像素艺术图像(48x48 至 96x96 px,PNG/SVG)转换为荧光细菌艺术作品,使用声学分液技术,最多可用 11 种大肠杆菌菌株。交付高分辨率紫外照片。

常规订购流程

  1. 在 https://cloud.ginkgo.bio/protocols 选择协议
  2. 配置参数(样本/蛋白质数量、重复次数、板数)
  3. 上传输入文件(蛋白质协议需上传 FASTA,像素艺术需上传 PNG/SVG)
  4. 在 Additional Details 字段中填写任何特殊要求
  5. 提交后即可收到可行性报告和报价

对于上述列表中未列出的协议,请使用 EstiMate 聊天功能,以通俗语言描述自定义协议,并获取兼容性评估和报价。

身份验证

访问 Ginkgo Cloud Lab:https://cloud.ginkgo.bio。可能需要创建账户或通过机构访问。如有访问问题,请联系 Ginkgo:[email protected]。

核心基础设施

  • **RAC(可重构自动化推车):**配备高精度机械臂和磁悬浮运输系统的模块化机器人单元
  • **Catalyst Software:**用于协议编排、调度、参数设置和实时监控
  • **70 多种集成仪器:**用于样本制备、液体处理、分析检测、存储和孵育
  • **Nebula:**Ginkgo 位于马萨诸塞州波士顿的自主实验室设施

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