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代码仓库

关于 ginkgo-cloud-lab

Ginkgo Cloud Lab 为研究人员提供远程自动化实验流程，涵盖蛋白质、RNA 和检测实验。它提供协议目录，以及用于评估自定义工作流可行性和报价的 AI Agent EstiMate。

主要功能

  1. 01自动化实验协议目录
  2. 02蛋白质表达与纯化流程
  3. 03表征与检测协议
  4. 04EstiMate 可行性和报价评估
  5. 05在线协议下单流程

适用场景

  1. 01筛查序列表达能力
  2. 02表达并纯化蛋白质
  3. 03评估蛋白质稳定性或酶产物
  4. 04为自定义实验流程申请可行性评估和报价

安装

复制下面的命令，在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/kalarislabs/research-agent-skills --skill ginkgo-cloud-lab

安装后在 Claude Code 中输入/ginkgo-cloud-lab确认已加载。

包含的文件

除 SKILL.md 外，安装时一起下载的参考资料和脚本。

references/
cell-free-protein-expression-hibit.md
cell-free-protein-expression-optimization.md
cell-free-protein-expression-validation.md
cfps-expression-purification-quantification.md
cfps-strep-purification-thermal-shift.md
cfps-strep-tag-purification-a280.md
echo-ms-cfps-detection.md
echo-ms-method-onboarding.md
ecoli-expression-purification-quantification.md
ecoli-minibinder-expression-histag-a280.md
ecoli-protein-expression-hibit.md
ecoli-protein-expression-histag-a280.md
fluorescent-pixel-art-generation.md
ivt-rna-synthesis-qpcr.md
minibinder-strep-tag-a280.md
pichia-protein-expression-labchip.md
spr-target-onboarding.md

详细介绍

Ginkgo Cloud Lab

概览

Ginkgo Cloud Lab (https://cloud.ginkgo.bio) 提供对 Ginkgo Bioworks 自主实验室基础设施的远程访问。实验方案在可重构自动化推车（RAC）上执行——这些模块化单元配备机械臂、磁悬浮样品运输系统，以及覆盖 70 多种仪器的工业级软件。

该平台还包含 EstiMate，这是一款 AI Agent，可接收自然语言描述的实验方案，并为清单中未列出的定制工作流提供可行性评估和报价。

目录分为 表达与纯化（体外／无细胞／E. coli／Pichia）、表征与检测、方法与靶标导入以及 特色服务。选择下方的实验方案，然后阅读其参考文件，了解输入、输出、自动化工作流和订购详情。

可用实验方案

表达与纯化 - 体外
实验方案检测结果价格周期状态
IVT mRNA/circRNA 合成qPCR（mRNA 或 circRNA，384 孔板）$99/样品最长 12 个工作日已认证
表达与纯化 - 无细胞（E. coli CFPS）
实验方案检测结果价格周期状态
验证序列表达通过／不通过滴度 + 纯度（最长 1800 bp）$39/样品最长 10 天已认证
优化表达条件24 种条件的 DoE$199/样品最长 11 天已认证
表达 + 定量（HiBiT）发光检测，无需纯化$39/样品最长 11 天已认证
表达 + 纯化（A280）Strep-tag，A280 产量$149/样品最长 11 天已认证
表达 + 纯化 minibinderStrep-tag、A280、LabChip$149/样品最长 11 天已认证
表达 + 纯化（A280 + LabChip）Strep-tag、A280 + 纯度／大小$159/样品最长 12 天已认证
表达与纯化 - E. coli
实验方案检测结果价格周期状态
表达 + 定量（HiBiT）发光检测（最多 384 个构建体）$79/样品最长 3 周已认证
表达 + 纯化（A280）His-tag，A280 产量$199/样品最长 3 周已认证
表达 + 纯化 minibinderHis-tag，A280 产量$199/样品最长 3 周已认证
表达 + 纯化（A280 + LabChip）His-tag、A280 + 纯度／大小$209/样品最长 3 周已认证
表达与纯化 - Pichia
实验方案检测结果价格周期状态
表达 + 定量（LabChip）分泌蛋白，大小／纯度（最多 96 个）$89/样品最长 4 周已认证（新增）
表征与检测
实验方案检测结果价格周期状态
表达 + 热迁移分析SYPRO Orange Tm（Tonset、TM1-3）$159/样品最长 12 天已认证
检测酶促产物（Echo-MS）通过 Echo-MS 检测底物／产物$44/样品最长 13 天Beta
方法与靶标接入
协议读出结果价格周期状态
接入 Echo-MS 方法校准曲线、LOD/LOQ$799/分子最长 3 周已认证
接入 SPR 靶标经验证的 SPR 捕获方法$1,399/靶标最长 4 周Beta
专项服务
协议读出结果价格周期状态
生成荧光像素艺术UV 照片、7 色大肠杆菌调色板$25/板最长 7 天Beta

即将推出： 蛋白表达与结合亲和力表征（表达并纯化，然后筛选其对某个靶标的结合亲和力）。

选择协议

  • 想快速筛查表达能力？ 无细胞 HiBiT（$39）或验证序列表达（$39）。
  • 需要纯化蛋白和产量数据？ A280 分档（无细胞或大肠杆菌）；可添加 LabChip 检测纯度/大小。
  • 靶标难表达、属于膜蛋白、含二硫键或辅因子？ 无细胞优化（24 条件 DoE）。
  • 分泌型或真核靶标？ 毕赤酵母表达。
  • 筛选从头设计的结合剂/迷你结合剂？ 先选择无细胞或大肠杆菌迷你结合剂分档，再接入 SPR 测定动力学。
  • 酶活性/生物催化？ Echo-MS 酶促检测（先接入分析物方法）。
  • 稳定性/可开发性排名？ 热位移测定。
  • RNA（mRNA/circRNA）？ IVT 合成 + qPCR。

常规下单流程

  1. 在 https://cloud.ginkgo.bio/protocols 选择协议
  2. 配置参数（蛋白质/样本/分子/靶标的数量、重复次数、板数）
  3. 下载协议的输入模板并上传输入内容（序列协议使用 FASTA/CSV/XLSX；像素艺术使用 Design Tool；接入服务使用供应商目录编号）
  4. 在 Additional Details 字段中添加任何特殊要求
  5. 提供电子邮箱、同意协议条款，然后加入购物车/提交，以获取可行性报告和报价

对于上面未列出的协议，请使用 EstiMate 聊天工具（https://cloud.ginkgo.bio/estimate），用通俗语言描述自定义协议，以获取兼容性评估和定价。

身份验证

访问 Ginkgo Cloud Lab，网址为 https://cloud.ginkgo.bio。可能需要创建账户或获得机构访问权限。如有访问问题，请联系 Ginkgo：[email protected]。

关键基础设施

  • RAC（可重构自动化推车）： 模块化机器人单元，配备高精度机械臂和磁悬浮运输系统
  • Catalyst Software： 协议编排、排期、参数设置和实时监控
  • 70 多种集成仪器： Agilent Bravo 液体处理器、Beckman/Labcyte Echo 声学分液器、BMG PHERAstar / Tecan Spark 读板仪、Revvity LabChip、Bio-Rad CFX Opus、Nicoya Alto SPR、SciEx Echo-MS、Inheco/Cytomat 培养箱等
  • Nebula： Ginkgo 位于马萨诸塞州波士顿的自主实验室设施

Agent 操作流程

  1. 检查环境。 确认仪器或平台型号、API 版本、凭据，以及是否有可用的模拟器。
  2. 明确输入。 根据数据或用户提供的信息，确认格式、标识符和参数。任何会影响结果的值都不要猜测，应先询问。
  3. 先运行小规模版本。 在使用真实样本前，先模拟协议，或使用水或虚拟实验室器具运行。
  4. 按照上述说明和参考资料执行完整任务。
  5. 验证结果。 检查液体体积、工作台布局和实验室器具定义；执行前须由人工批准协议。
  6. 报告。 说明运行了哪些内容（版本、命令、参数）、检查了哪些内容，以及仍有哪些不确定之处。
如果发生这种情况请这样做
协议在模拟中失败在模拟中修复；绝不要在硬件上运行未经验证的协议。
这些说明中的函数、标志或端点在已安装版本中不存在查阅已安装版本自己的文档（help()、--help、官方文档），进行适配并告知用户。绝不要捏造 API。
必需的输入、标识符或参数存在歧义询问用户，或在运行前明确说明所作假设。

诚信守则

  • 绝不捏造结果、参数、标识符、引文或统计数据。如果无法运行或验证某项内容，请如实说明。
  • 未经用户明确确认，绝不触发实体操作、订单或收费。
  • 此处与特定版本相关的细节可能已过时：请对照已安装版本的官方文档进行确认。
  • 涉及费用、占用共享 GPU 或云配额、接触个人或患者数据，或无法撤销的操作前，先征求用户同意。

相关技能

  • adaptyv：介绍如何使用 Adaptyv Bio Foundry API 和 Python SDK 进行蛋白质实验设计、提交实验及获取结果。

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