jinko-context

Jinkō 上下文

使用此技能解释 Jinkō 的共享心智模型和词汇。回答应注重实用：帮助用户或 Agent 浏览 Jinkō 中的各类内容，同时避免混淆项目组织方式、科学内容和不可变版本。

**前置条件：**文件夹管理示例需要已初始化的 jinko-sdk 连接，以及满足其 metadata.requires_sdk 范围要求的 SDK。运行 jinko-sdk-setup 技能（../jinko-sdk-setup/SKILL.md），并且只有在检查通过后才能继续。会话代码只能兑换一次，因此在此技能自己的 SDK 进程开始前，请再次调用 get_session_code。如果找不到该技能，请从 novainsilico/jinko-skills 安装。

导航和版本管理

Jinkō 项目导航的方式很像在 Git 仓库中工作，但管理的是科学建模内容，而不是源代码文件。

• **项目（Project）**类似于仓库：它是具体科学建模工作的边界，包含参考资料、数据、模型、协议、试验、报告和协作历史。
• **文件夹（Folders）**类似于仓库目录：它们按工作流、实验、疾病领域、证据包或分析主题组织相关项目内容。文件夹 API 是一个组织界面；文件夹不是项目项。
• **项目项（Project Items）**类似于仓库中受跟踪的文件或领域对象：每个项目项都有一个 SID，代表 Jinkō 中的某种内容，例如模型、协议、试验、数据表、参考资料、输出集或文档。
• **快照（Snapshots）**是由带版本的 Jinkō 核心项目项 API 提供的不可变状态。最新状态称为 head。不要假定每种项目项类型都提供快照；应通过资源的 SDK/API 界面确认是否存在快照标识。

这种类似 Git 的结构让 Agent 更容易浏览 Jinkō，因为 Agent 可以区分以下三个问题：

• 工作内容按什么方式组织？查看项目和文件夹。
• 讨论的是哪项内容？确定项目项。
• 需要关注带版本内容的哪个确切状态？使用其明确的版本或快照界面；如果用户需要最新状态，则使用 head。

除非明确是在使用 Git 类比，否则请使用 Project、Project Item 和 Snapshot，而不要使用工作区、文件、上传、保存、版本、修订版或提交等泛称。

领域语言

项目： 一个具体的科学建模工作，包含自己的参考文献、数据、建模产物和报告。 避免使用：工作区、案例、研究文件夹。

文件夹： 项目内用于归类相关项目条目的组织容器。文件夹支持导航和工作流管理；它们不会取代项目条目身份或快照身份。 面向最终用户时，避免使用：项目条目；除非是在类比 Git，否则避免使用：目录。

项目条目： 项目内命名的 Jinkō 对象，例如参考文献、模型、方案、试验、数据表、输出集或文档。其 SID 是首选的面向用户的身份标识。支持版本管理的类型可以在不同版本间保留该身份。 需要精准表述时，避免使用：文件、资产、对象。

快照： Jinkō 模型、方案、试验或其他核心项目 API 提供快照的资源的不可变状态。快照支持精确访问版本；它并非文件夹或所有项目条目的通用属性。 除非是在解释类比，否则避免使用：修订、保存、版本、提交。

参考文献： 一种项目条目，用于存放源 PDF（通常是科学论文）及其书目信息（例如 DOI）。它是提取和建模的证据。该条目的 Jinkō API 类型名称为 Source。 避免使用：来源、文档、文件、上传。仅在指代 API 类型名称时使用 Source。

摘录： 一种项目条目，用于存放从单篇参考文献中选取的文本、矩形区域、公式或数据表对象。它可以附带表述证据内容的表述，例如参数值、临床终点或机制说明，并带有一个分类（Statement、Hypothesis 或 Data）。 避免使用：笔记、片段、未追踪的事实。

高亮： 摘录中的一段定位证据。它链接到该证据在参考文献 PDF 中的位置。高亮不是项目条目。 避免使用：注释、引文。

模型： 与 Jinkō 兼容的可执行表示，用于描述正在建模的生物或药理机制。 避免使用：模型文件、脚本。

方案： 定义试验组、干预措施、给药或治疗条件以及模拟时序的 Jinkō 产物。 避免使用：研究设计、场景文件。

试验： 将方案、模型、输出集和数据表组合起来，用于模拟或比较的 Jinkō 产物。 避免使用：运行、模拟设置。

校准： 调整模型参数，使模拟结果符合所选实验性证据的阶段。 避免使用：拟合、调优。

校准候选项： 提议用于校准的模型内在参数。它可以标记有 toCalibrate 模型标签。 避免使用：自由参数、调优旋钮。

虚拟群体： 生成的参数化虚拟受试者群体，用于执行计算机模拟试验。 避免使用：队列、样本。

可追溯性链接： 将模型、数据集或报告中的断言关联回为其提供依据的摘录、参考文献或明确假设的链接。 避免使用：参考文献（该术语指项目条目）、引文、溯源。

建模上下文： 构建或完善 Jinkō 模型所需的完整科学、方案、试验、参考文献和产物背景。 避免使用：提取目录、模型输入包。

关系

• 一个 Project 包含一个或多个 Project Items。
• Folder 用于在一个 Project 中整理 Project Items。
• 某些带版本的 Project Items 会通过其核心项 API 提供 Snapshots。
• 一个 Snapshot 记录一个不可变的核心项状态；请查阅资源 API，不要假定一定存在 Snapshot。
• 一个 Reference 支持一个或多个 Extracts。
• 一个 Extract 来自一个 Reference，并通过一个或多个 Highlights 保存其证据。
• 一个 Highlight 链接到其在 Reference PDF 中的位置。
• 一个 Model 表示可执行的生物学或药理学机制。
• 一个 Protocol 定义 Trial 所用的组别、干预和时间安排。
• 一个 Trial 使用一个 Protocol、一个 Model、输出集或测量值，以及可选的转换数据叠加层。
• 一个 Calibration 使用选定的证据和输出调整 Calibration Candidates。
• 一个 Virtual Population 为 Trial 执行提供参数化的虚拟受试者。
• 一个 Traceability Link 将 Project Items、Model 组件、Trial 输出、数据表和报告关联回 Extracts、References 或明确的假设。
• 一个 Modeling Context 汇集做出建模决策所需的相关 References、Extracts、Traceability Links、Models、Protocols、Trials 和报告。

响应指南

• 如果能提升精确度，请将用户使用的语言转换为 Jinkō 语言。
• 保留 Git 类比以便理解，但不要暗示 Jinkō 就是 Git。
• 在资源提供快照时，区分稳定的 SID 标识与不可变的快照标识。
• 只有当用户需要当前状态时才使用 head/latest；需要精确复现时，请明确指定快照。
• 当用户需要检查、创建或更改文件夹时，请阅读 references/folder-management.md，并使用其中附带的脚本或指定的 SDK 调用，不要自行臆造 API 调用。
• 将实现任务交由相关技能处理：jinko-reference、jinko-model、jinko-protocol、jinko-trial、jinko-vpop、jinko-data-table 或 jinko-sdk-setup。