关于 jinko-task-trial-data-scoping
jinko-task-trial-data-scoping 可根据明确的研究问题整理并排序 ClinicalTrials.gov 候选试验。它区分登记信息、已发布结果和关联论文,并验证最终清单,不把候选记录误作已提取的终点数据。
主要功能
- 01界定试验范围和筛选条件
- 02按多个检索角度搜索
- 03去重并排序试验记录
- 04依据研究目的核验候选记录
- 05验证候选清单产物
适用场景
- 01查找符合特定人群和干预条件的试验
- 02寻找对照组或自然病程证据
- 03筛选已发布结果的试验
- 04为后续文献检索准备登记候选项
安装
复制下面的命令,在终端中运行。
npx skills add https:/ / github.com/ novainsilico/ jinko-skills --skill jinko-task-trial-data-scoping安装后在 Claude Code 中输入/jinko-task-trial-data-scoping确认已加载。
包含的文件
除 SKILL.md 外,安装时一起下载的参考资料和脚本。
agents/openai.yamlassets/shortlist-schema.jsonevals/evals.jsonevals/files/trial-scoping-use-cases.mdscripts/clinical_trials.pycommon.pycompile_trials.pyvalidate_shortlist.py详细介绍
临床试验数据范围界定
生成注册候选清单,而非提取的终点数据。已注册的结局不代表已发布数值结果。
范围
明确疾病、干预或机制类别、目标人群、对照和目的:终点可用性、对照组或自然史证据、剂量/方案背景、安全性或研发格局情报。确认任何必需的状态、分期、研究类型、结果发布要求和候选清单规模。不要在未说明的情况下施加状态筛选。
如有可用的 jinko-task-literature-search Entity Table,请复用;否则构建 canonical_name、synonyms、mesh_term、related_entities、intent_groups(Data)和 exclusions。进行网络调用前,确认重要别名和筛选条件。
搜索
- 根据相关维度构建不同的 ClinicalTrials.gov 检索方向:干预别名、疾病别名、机制类别、对照或标准治疗,以及目标人群/结局。优先使用精确词语,而不是一个宽泛的查询。
- 针对每个方向运行一次
scripts/clinical_trials.py,并分别输出到不同文件。仅在获批范围要求时使用--status、--phase和--require-results。该脚本负责 API 筛选、原始响应持久化和注册字段规范化。 - 对各方向的输出运行
scripts/compile_trials.py。该脚本按 NCT ID 去重,保留查询来源,并根据方向数量、已发布结果的可用性和记录完整性排序。
这是一轮搜索。扩大到机制、申办方、国家、研究地点或对照相关查询,均须另行获得用户批准后跟进。
候选清单
根据声明的目的检查每条保留记录。区分:
- 仅包含注册信息的设计或招募元数据;
- 已发布的 ClinicalTrials.gov 结果;
- 与 NCT 标识符关联的出版物。
仅当记录包含与目的相关的信号时,才设置 verification_passed,例如匹配的目标人群/干预、指定的结局和时间范围、入组人数和资格标准、适当的研究设计,或所需的结果模块。在 verification_note 中说明观察到的信号;不要仅凭 hasResults 推断数值终点数据是否可用。
填写 assets/shortlist-schema.json 中的字段,并在提交 shortlist.json 前运行 scripts/validate_shortlist.py。试验记录使用 intent_group = Data、合适的注册/结果 evidence_type,并以 nct_id 作为主要标识符。
需要关联出版物时,将选定的 NCT ID 作为 <NCT_ID>[si] 检索方向传给 jinko-task-literature-search。只有在确定并检查了定量来源后,才使用 jinko-task-extract-data-table。
产物
frame.json:获批范围、Entity Table、筛选条件和检索方向定义;- 每个检索方向的规范化 JSON、原始 API JSON 和表格 JSON;
merged_trials.json:跨检索方向的确定性候选池;shortlist.json:符合架构且已按优先级排序的候选项。
呈现简明的 Markdown 概览,包含 NCT 链接、标题、分期/状态、结果可用性、目标人群、干预、主要结局和优先级理由——引用任何关联出版物时,采用 Author (Year) [PMID] 格式,与 jinko-task-literature-search 的惯例一致。明确区分范围内的候选项与可直接用于分析的数据。