mcpField
L
lammps-workflows

lammps-workflows

github.com/chatmaterials其他2953 次安装33 周前更新
代码仓库

关于 lammps-workflows

此技能用于设置、审查和恢复 LAMMPS 分子动力学工作流，提供输入文件模板、作业检查、日志摘要及恢复建议脚本，并明确要求说明力场和模拟假设。

主要功能

  1. 01生成最小化、NVT、NPT 和重启输入模板
  2. 02检查输入、数据及势文件引用
  3. 03汇总 LAMMPS 日志与运行状态
  4. 04为失败或不稳定的运行提供恢复建议
  5. 05导出状态报告和输入建议

适用场景

  1. 01起草稳健的 LAMMPS 输入工作流
  2. 02检查工作目录中的文件引用是否缺失
  3. 03汇总模拟运行的热力学输出
  4. 04诊断损坏或不稳定的模拟

安装

复制下面的命令，在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/chatmaterials/lammps-workflows --skill lammps-workflows

安装后在 Claude Code 中输入/lammps-workflows确认已加载。

包含的文件

除 SKILL.md 外，安装时一起下载的参考资料和脚本。

README.md
LICENSE
.gitignore
.github/
CODEOWNERS
dependabot.yml
pull_request_template.md
.github/ISSUE_TEMPLATE/
bug_report.md
config.yml
feature_request.md
.github/workflows/
ci.yml
agents/
openai.yaml
fixtures/completed/
in.lammps
log.lammps
system.data
fixtures/nan-thermo/
system.data
log.lammps
in.lammps
references/
failure-modes.md
lammps.md
force-fields.md
schedulers.md
scripts/
export_recovery_plan.py
check_lammps_job.py
export_input_suggestions.py
recommend_lammps_recovery.py
run_regression.py
summarize_lammps_log.py
make_lammps_inputs.py
export_status_report.py

详细介绍

LAMMPS 工作流

本技能处理实际的 LAMMPS 设置、审查和重启任务。当请求涉及 LAMMPS、in.lammps、log.lammps、力场接线、数据文件或恒温器和恒压器工作流时，请使用本技能。

何时使用

当请求提及或暗示以下内容时，请使用本技能：

  • LAMMPS、in.lammps、log.lammps、read_data、pair_style、pair_coeff、thermo
  • 最小化、平衡、NVT、NPT、重启文件或调度器脚本
  • 经典 MD 或原子级模拟设置，而非平面波 DFT

操作立场

按以下顺序优先处理缺失信息：

  1. 模拟意图：最小化、NVT、NPT 或重启
  2. 单位、原子样式和力场族
  3. 结构来源：read_data、read_restart 或生成的结构
  4. 温度、压力、时间步长和运行时长
  5. 调度器和 MPI 或 OpenMP 布局

切勿静默臆造：

  • 对化学敏感体系使用某个力场
  • 单位制或原子样式而不说明
  • 是否需要长程静电、约束或特殊修复
  • 重启文件是否与更改后的力场定义兼容

工作流

1. 对请求进行分类
  • 设置：创建或编辑 in.lammps、运行脚本和阶段布局。
  • 审查：检查现有 LAMMPS 目录并总结状态。
  • 恢复：诊断输入、力场或运行时问题，并提出最小的安全修正方案。
2. 收集最小可行上下文

在推荐针对代码的更改之前，先确认：

  • 预期的力场及任何所需的势文件
  • 单位和原子样式
  • 结构来源以及盒子拓扑是否已有效
  • 目标系综和物理条件
  • 调度器环境
3. 使用捆绑的辅助工具
  • scripts/make_lammps_inputs.py 生成保守的最小化、NVT、NPT 或重启输入骨架。
  • scripts/check_lammps_job.py 检查 LAMMPS 目录中缺失的输入、数据或势文件引用。
  • scripts/summarize_lammps_log.py 使用热力学块启发式方法总结 log.lammps 或运行目录。
  • scripts/recommend_lammps_recovery.py 将损坏或不稳定的 LAMMPS 运行转化为具体的恢复指导。
  • scripts/export_status_report.py 从 LAMMPS 工作目录导出可共享的 markdown 状态报告。
  • scripts/export_input_suggestions.py 基于检测到的恢复模式导出保守的 LAMMPS 输入建议片段。
4. 仅在需要时加载聚焦参考
  • LAMMPS 工作流指导：references/lammps.md
  • 力场和数据文件风险：references/force-fields.md
  • 故障处理：references/failure-modes.md
  • 调度器注意事项：references/schedulers.md
5. 交付可审计的答案

每当你推荐 LAMMPS 更改时，请包含：

  • 预期的系综和单位
  • 假定的力场或势族
  • 用户仍需确认的任何未解决的输入文件或化学决策
  • 下一次运行后应检查哪些输出

护栏

  • 如果力场错误，格式良好的 in.lammps 文件也不够。
  • 不要将最小化、NVT 和 NPT 视为可互换；请解释为什么所选系综符合目标。
  • 如果引用的数据或势文件缺失，请直接说明。

质量标准

  • 将工作流建议与实际系综和力场假设联系起来。
  • 将语法问题与模型质量问题区分开。
  • 如果当前输入仍包含占位符，请明确指出来。

评论

支持 Markdown