literature-review

文献综述

概述

遵循严谨的学术方法，开展系统、全面的文献综述。检索多个文献数据库，按主题综合研究发现，核实所有引文的准确性，并生成 Markdown 和 PDF 格式的专业文档。

此技能使用 parallel-web skill（parallel-cli search）作为主要的网络搜索工具，广泛发现学术文献，并辅以专用数据库访问技能（gget、bioservices、datacommons-client）。它还提供引文核验、结果汇总和文档生成的专用工具。

何时使用此技能

在以下情况下使用此技能：

• 为研究或发表开展系统性文献综述
• 综合多个来源中关于特定主题的当前知识
• 开展元分析或范围综述
• 撰写研究论文或学位论文中的文献综述部分
• 调查某个研究领域的最新进展
• 发现研究空白和未来方向
• 需要经过核验的引文和专业排版

使用科学示意图增强视觉效果

⚠️ 强制要求：每篇文献综述都必须使用 scientific-schematics skill，至少加入 1–2 张 AI 生成的图。

这不是可选项。缺少视觉元素的文献综述是不完整的。定稿前：

1. 至少生成一张示意图或图表（例如系统综述的 PRISMA 流程图）
2. 综合性综述最好包含 2–3 张图（例如搜索策略流程图、主题综合图、概念框架图）

如何生成图：

• 使用 scientific-schematics skill 生成 AI 驱动的出版级图表
• 只需用自然语言描述想要的图表
• Nano Banana Pro 会自动生成、检查并优化示意图

如何生成示意图：

python scripts/generate_schematic.py "your diagram description" -o figures/output.png

AI 将自动：

• 创建格式规范的出版级图片
• 通过多轮迭代进行检查和优化
• 确保图片具有良好的可访问性（适合色盲人士，且对比度高）
• 将输出保存到 figures/ 目录

适合添加示意图的场景：

• 系统综述的 PRISMA 流程图
• 文献检索策略流程图
• 主题综合图
• 研究空白可视化图
• 引文网络图
• 概念框架示意图
• 任何适合通过可视化呈现的复杂概念

有关创建示意图的详细指南，请参阅 scientific-schematics skill 文档。

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核心工作流

文献综述分为七个阶段，完整流程、命令和模板见 references/core_workflow.md：

1. 规划与界定范围——确定问题、纳入与排除标准以及综述范围。
2. 系统性文献检索——检索多个数据库，并记录检索式。
3. 筛选与选择——先筛选标题和摘要，再筛选全文，并记录数量以用于 PRISMA 流程图。
4. 数据提取与质量评估——结构化提取数据，并评估偏倚风险 或研究质量。
5. 综合与分析——对各项研究开展主题或定量综合。
6. 引文核验——逐一对照原始来源核验所有引文。
7. 文档生成——整理综述并附上完整参考文献。

随时记录每条检索式和日期：如果综述无法复现自身的检索过程，就不能称为系统综述。各数据库的检索指南和引文格式见 references/search_and_citation.md，完整的示例综述见 references/example_workflow.md。

最佳实践

搜索策略

1. 从 parallel-web 开始：先使用 parallel-cli search 搜索学术领域，以进行初步广泛检索，再查询专业数据库
2. 使用多个数据库（至少 3 个）：确保全面覆盖——parallel-web 计为一个来源
3. 纳入预印本服务器：获取最新的未发表研究结果
4. 记录所有信息：记录搜索字符串、日期和结果数量，以便复现——将所有 parallel-cli 输出保存到 sources/
5. 测试并优化：运行试搜，检查结果并调整搜索词
6. 按引用次数排序：如果可以，按引用次数对搜索结果排序，优先呈现有影响力的研究
7. 使用 parallel-cli extract：从搜索中发现的潜在相关 URL 获取完整内容，在全文筛选前确认相关性

筛选与选择

1. 使用多个数据库（至少 3 个）：确保全面覆盖
2. 纳入预印本服务器：获取最新的未发表研究结果
3. 记录所有信息：记录搜索字符串、日期和结果数量，以便复现
4. 测试并优化：运行试搜，检查结果并调整搜索词

筛选与选择

1. 使用明确的标准：筛选前记录纳入／排除标准
2. 系统筛选：标题 → 摘要 → 全文
3. 记录排除情况：记录排除研究的原因
4. 考虑双人筛选：对于系统综述，由两位审查者独立筛选

综合

1. 按主题组织：按主题归类，而非按单项研究归类
2. 综合多项研究：比较、对照并识别规律
3. 保持批判性：评估证据的质量与一致性
4. 找出缺口：指出缺失或研究不足的方面

质量与可复现性

1. 评估研究质量：使用适当的质量评估工具
2. 核实所有引文：运行 verify_citations.py 脚本
3. 记录方法：提供足够的细节，以便他人复现
4. 遵循指南：系统综述使用 PRISMA

写作

1. 保持客观：公正呈现证据，并承认其局限性
2. 保持系统性：遵循结构化模板
3. 具体明确：尽可能纳入数值、统计数据和效应量
4. 表达清晰：使用清晰的标题、合理的行文结构和主题组织方式

应避免的常见问题

1. 只搜索一个数据库：会遗漏相关论文；务必搜索多个数据库
2. 未记录搜索过程：导致综述无法复现；记录所有搜索
3. 逐项总结研究：缺乏综合；应改为按主题组织
4. 引文未经核实：容易出错；务必运行 verify_citations.py
5. 搜索范围过广：会得到数千条不相关结果；使用具体词语优化搜索
6. 搜索范围过窄：会遗漏相关论文；纳入同义词和相关词语
7. 忽视预印本：会遗漏最新研究结果；纳入 bioRxiv、medRxiv、arXiv
8. 未评估质量：将所有证据一视同仁；评估并报告质量
9. 发表偏倚：只有正面结果发表；说明可能存在的偏倚
10. 搜索过时：研究领域发展迅速；明确注明搜索日期

与其他技能集成

此技能可与其他科学技能无缝协作：

网页搜索与提取（parallel-web 技能——主要）

• parallel-cli search：通过域名筛选进行广泛的学术和通用网页搜索——用于初步摸查、查找论文、引文追踪和补充搜索
• parallel-cli extract：获取论文 URL、期刊网站和预印本服务器上的完整内容——用于阅读摘要、提取参考文献列表和核实论文详情
• parallel-cli search --include-domains：面向学术领域的搜索，可检索 arxiv.org、pubmed、nature.com 等学术网站

数据库访问技能

• gget：PubMed、bioRxiv、COSMIC、AlphaFold、Ensembl、UniProt
• bioservices：ChEMBL、KEGG、Reactome、UniProt、PubChem
• datacommons-client：人口统计、经济、健康统计数据

分析技能

• pydeseq2：RNA-seq 差异表达分析（用于方法部分）
• scanpy：单细胞分析（用于方法部分）
• anndata：单细胞数据（用于方法部分）
• biopython：序列分析（用于背景部分）

可视化技能

• matplotlib：生成图表供审阅
• seaborn：统计可视化

写作技能

• brand-guidelines：为 PDF 应用机构品牌规范
• internal-comms：针对不同受众调整审阅内容
• venue-templates：准备发表审阅文章时，查阅特定发表平台的写作风格指南

特定发表平台的写作风格

为特定期刊准备文献综述时，请查阅 venue-templates 技能，获取写作风格指导：

• venue_writing_styles.md：各发表平台的主要风格对比
• nature_science_style.md：Nature/Science 流畅的摘要风格、以故事为主线的结构
• cell_press_style.md：Cell Press 图形摘要、Highlights 格式
• medical_journal_styles.md：NEJM/Lancet/JAMA 结构化摘要、PRISMA 合规要求

这些指南有助于调整综述的语气、摘要格式和结构，使其符合目标发表平台的预期。

资源

内置资源

脚本：

• scripts/verify_citations.py：验证 DOI 并生成格式化引文
• scripts/generate_pdf.py：将 Markdown 转换为专业 PDF
• scripts/search_databases.py：处理、去重并格式化搜索结果

参考资料：

• references/citation_styles.md：详细的引文格式指南（APA、Nature、Vancouver、Chicago、IEEE）
• references/database_strategies.md：全面的数据库搜索策略

素材：

• assets/review_template.md：包含所有章节的完整文献综述模板

外部资源

指南：

• PRISMA（系统综述）：http://www.prisma-statement.org/
• Cochrane 手册：https://training.cochrane.org/handbook
• AMSTAR 2（综述质量）：https://amstar.ca/

工具：

• MeSH 浏览器：https://meshb.nlm.nih.gov/search
• PubMed 高级搜索：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/advanced/
• 布尔搜索指南：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/

引文格式：

• APA Style：https://apastyle.apa.org/
• Nature Portfolio：https://www.nature.com/nature-portfolio/editorial-policies/reporting-standards
• NLM/Vancouver：https://www.nlm.nih.gov/bsd/uniform_requirements.html

依赖项

必需的 CLI 工具

# parallel-cli (PRIMARY — for web search and URL extraction)
curl -fsSL https://parallel.ai/install.sh | bash
# Or: uv tool install "parallel-web-tools[cli]"
# Authenticate: parallel-cli auth

必需的 Python 包

uv pip install requests  # For citation verification

必需的系统工具

# For PDF generation
brew install pandoc  # macOS
apt-get install pandoc  # Linux

# For LaTeX (PDF generation)
brew install --cask mactex  # macOS
apt-get install texlive-xetex  # Linux

检查依赖项：

python scripts/generate_pdf.py --check-deps

总结

此文献综述技能提供：

1. 系统化方法，遵循学术最佳实践
2. 由并行 Web 搜索驱动的检索，使用 parallel-cli search 快速、广泛地发现学术文献，并按学术领域筛选
3. 多数据库集成，通过现有科学技能（gget、bioservices、datacommons-client）实现
4. 引文验证，确保准确性和可信度
5. 专业输出，提供 Markdown 和 PDF 格式
6. 全面指导，涵盖整个综述流程
7. 质量保证，配备验证和校验工具
8. 可复现性，通过详细的文档要求实现

开展全面、严谨的文献综述，以符合学术标准，并综合梳理任何领域的当前知识。

Agent 操作流程

1. 检查环境。 确认研究问题、数据库、日期范围和纳入标准。
2. 明确输入。 根据数据或用户确认格式、标识符和参数。任何会改变结果的值都应询问，不要猜测。
3. 先运行小规模版本。 在一个数据库中使用范围较窄的查询运行搜索，并检查结果是否相关。
4. 使用上述说明和参考资料执行完整任务。
5. 验证结果。 每条参考文献都应来自可通过标识符解析的真实记录；记录数量和搜索字符串。
6. 报告。 说明运行了什么（版本、命令、参数）、检查了什么，以及仍有哪些不确定之处。

如果发生这种情况	请执行以下操作
API 限流或返回错误	等待后重试、减少批次大小或切换数据库，并报告缺口。
这些说明中的函数、标志或端点在已安装版本中不存在	查阅已安装版本自带的文档（help()、--help、官方文档），调整做法并告知用户。切勿编造 API。
必需的输入、标识符或参数不明确	询问用户，或在运行前明确说明所采用的假设。

诚信规则

• 切勿编造结果、参数、标识符、引文或统计数据。如果无法运行或验证某项内容，请直言说明。
• 切勿总结未检索到的论文；切勿凭记忆引用。
• 此处与版本相关的细节可能已经过时：请根据已安装版本的官方文档确认。
• 对于会产生费用、占用共享 GPU 或云配额、涉及个人或患者数据，或无法撤销的操作，请先征求同意。

相关技能

• systematic-review-prisma：按照 PRISMA 2020 标准规划、开展并报告系统综述和荟萃分析。
• citation-management：搜索 OpenAlex、PubMed 和 Google Scholar；通过 CrossRef、PubMed 和 ar…，提取 DOI、PMID、PMCID、arXiv ID 和 URL 的元数据。
• paper-lookup：搜索 18 个学术 API，查找论文、预印本、引文、开放获取全文、存储库记录和期刊 OA 状态，并返回相…