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literature-search

literature-search

github.com/yorkeccak生产力64601 次安装4 周前更新
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关于 literature-search

通过命令行以自然语言同时搜索 PubMed、arXiv、bioRxiv 和 medRxiv,适用于文献综述与科研发现,并提供语义匹配、文章全文及可用图片。

主要功能

  1. 01自然语言语义搜索
  2. 02同时检索四个文献来源
  3. 03文章全文内容
  4. 04提供可用图表和图片
  5. 05命令行统一输出 JSON

适用场景

  1. 01跨来源文献综述
  2. 02跨学科研究发现
  3. 03查找近期预印本
  4. 04生物医学研究检索

安装

复制下面的命令,在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/yorkeccak/scientific-skills --skill literature-search

安装后在 Claude Code 中输入/literature-search确认已加载。

附带文件scripts/searchscripts/search.mjs

详细介绍

文献搜索

使用 Valyu 的语义搜索 API,通过自然语言查询同时搜索所有主要科学文献数据库(PubMed、arXiv、bioRxiv、medRxiv)。

此技能的强大之处

  • 无需解析 API 参数:直接传入自然语言查询即可,无需构造复杂的搜索参数
  • 语义搜索:理解查询的含义,而不只是匹配关键词
  • 全文访问:返回完整的文章内容,而不只是摘要
  • 图片链接:包含论文中的图表和图片
  • 全面覆盖:同时搜索 PubMed、arXiv、bioRxiv 和 medRxiv
  • 统一结果:通过一次查询即可获取所有来源的结果

要求

  1. Node.js 18+(使用内置的 fetch)
  2. Valyu API 密钥,获取地址:https://platform.valyu.ai(提供 $10 免费额度)

重要:脚本路径解析

本文档中的 scripts/search 命令是相对于此技能的安装目录而言的。

运行任何命令前,请先使用以下命令找到脚本:

LITERATURE_SCRIPT=$(find ~/.claude/plugins/cache -name "search" -path "*/literature-search/*/scripts/*" -type f 2>/dev/null | head -1)

然后在所有命令中使用完整路径:

$LITERATURE_SCRIPT "CRISPR gene editing advances" 15

API 密钥设置流程

运行搜索并收到 "setup_required": true 时,请按以下流程操作:

  1. 向用户索要 API 密钥: “要搜索科学文献,我需要你的 Valyu API 密钥。前往 https://platform.valyu.ai 免费获取(含 $10 额度)。”

  2. 用户提供密钥后,运行:

    scripts/search setup <api-key>
    
  3. 重试原始搜索。

何时使用此技能

  • 跨领域开展全面的文献综述
  • 查找某个主题的所有相关研究
  • 跨领域科学探索
  • 汇总生物医学、物理学和预印本文献
  • 跟踪各学科的新兴研究

输出格式

{
  "success": true,
  "type": "literature_search",
  "query": "CRISPR gene editing advances",
  "result_count": 15,
  "results": [
    {
      "title": "Article Title",
      "url": "https://...",
      "content": "Full article text with figures...",
      "source": "pubmed|arxiv|biorxiv|medrxiv",
      "relevance_score": 0.95,
      "images": ["https://example.com/figure1.jpg"]
    }
  ],
  "cost": 0.025
}

处理结果

使用 jq
# Get article titles
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[].title'

# Get URLs
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[].url'

# Extract full content
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[].content'

# Filter by source
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[] | select(.source == "arxiv") | .title'

常见用例

全面的文献综述
# Search across all sources for thorough review
scripts/search "mechanisms of cellular senescence" 100
跨学科研究
# Find papers spanning multiple fields
scripts/search "quantum computing applications in drug discovery" 50
最新进展
# Get latest preprints and publications
scripts/search "foundation models for protein folding" 30
医学研究
# Search biomedical literature comprehensively
scripts/search "immunotherapy checkpoint inhibitors resistance" 40

错误处理

所有命令都会返回带有 success 字段的 JSON:

{
  "success": false,
  "error": "Error message"
}

退出代码:

  • 0 - 成功
  • 1 - 错误(查看 JSON 了解详情)

API 端点

  • 基础 URL:https://api.valyu.ai/v1
  • 端点:/search
  • 身份验证:X-API-Key 请求头

架构

scripts/
├── search          # Bash wrapper
└── search.mjs      # Node.js CLI

直接使用 Node.js 内置的 fetch() 调用 API,无需任何外部依赖。

添加到项目中

如果你正在构建 AI 项目,并希望将 Literature Search 直接集成到应用中,请使用 Valyu SDK:

Python 集成
from valyu import Valyu

client = Valyu(api_key="your-api-key")

response = client.search(
    query="your search query here",
    included_sources=["valyu/valyu-pubmed", "valyu/valyu-arxiv", "valyu/valyu-biorxiv", "valyu/valyu-medrxiv"],
    max_results=20
)

for result in response["results"]:
    print(f"Title: {result['title']}")
    print(f"URL: {result['url']}")
    print(f"Content: {result['content'][:500]}...")
TypeScript 集成
import { Valyu } from "valyu-js";

const client = new Valyu("your-api-key");

const response = await client.search({
  query: "your search query here",
  includedSources: ["valyu/valyu-pubmed", "valyu/valyu-arxiv", "valyu/valyu-biorxiv", "valyu/valyu-medrxiv"],
  maxResults: 20
});

response.results.forEach((result) => {
  console.log(`Title: ${result.title}`);
  console.log(`URL: ${result.url}`);
  console.log(`Content: ${result.content.substring(0, 500)}...`);
});

请参阅 Valyu 文档,了解完整的集成示例和 SDK 参考。

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