manage-project

Manage-Project Skill -- 研究项目管理

命令

/manage-project init {name} --type {type} --journal {journal} [--ssot] [--zotero-collection NAME]

参数：

• {name} -- 项目标识符（例如，nnunet-skull-fracture、rfa-meta-analysis）
• --type -- 论文类型：original | meta | case | animal | technical | ai_validation | letter
• --journal -- 目标期刊：RYAI | AJR | Radiology | European_Radiology | KJR | INSI | AJNR | generic
• --ssot -- 从 templates/SSOT.yaml.template 生成 SSOT.yaml（schema v1），而非旧版 project.yaml。这是启用 Phase 1C 自动强制（PostToolUse verify-refs hook 从警告改为阻止）的必要条件，但仅靠它还不够；自动强制还需要 qc/migration_complete，而 init 不会写入该标记。init 后，运行 migrate_project_to_ssot.py --project-root {target_dir} --mark-complete，以验证 SSOT.yaml 并写入标记。新项目应传入 --ssot；正在进行的旧项目应继续使用 project.yaml，直到运行 /manage-project migrate-ssot。
• --zotero-collection NAME -- 可选。通过 pyzotero 创建 Zotero 集合，并在契约中填入 library_id 和 collection_key。需要 ZOTERO_API_KEY 和 ZOTERO_LIBRARY_ID（可选 ZOTERO_LIBRARY_TYPE，默认为 user）。如果缺少 pyzotero 或凭据，仍会生成契约框架，其中 library_id: null / collection_key: null，并打印 WARN。

SSOT 模板替换： {{PROJECT_ID}} → {name}；{{PROJECT_TYPE}} → 根据 --type 映射得到的 SSOT project_type 枚举值（original → original_research、meta → meta_analysis、 case → case_report、ai_validation → ai_validation，其他值 → other）。如果未传入 --zotero-collection，library_id / collection_key 将保持为 null，直到项目负责人关联现有集合。

运行 scripts/init_project.py：

python3 "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/init_project.py" \
    --name {name} --type {type} --journal {journal} [--ssot] \
    --project-root {target_dir}

该脚本会写入契约文件（传入 --ssot 时为 SSOT.yaml，否则为旧版 project.yaml）、目录框架、scripts/validate_project_contract.py 所需的最小占位文件（manuscript/index.qmd、artifact_manifest.json、qc/status.json）、记忆文件占位文件，以及 project_state.json。init 不会写入 qc/migration_complete——该标记由迁移脚本负责写入。对于使用 --ssot 的项目，运行迁移脚本并传入 --mark-complete（无需 project.yaml）：它会验证现有的 SSOT.yaml，并且仅在验证通过时写入标记。在此之前，引用 hook 会保持警告模式。

不要手动搭建目录框架。 该脚本是目录树和 project_state.json 的事实来源；手动搭建的目录结构会与契约验证器的预期不符。只有在需要了解框架中的文件会放在哪里，或 project_state.json 字段含义时，才阅读 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/init_scaffold.md。

运行脚本后，将匹配的报告规范检查清单从 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/../check-reporting/references/checklists/ 复制到 references/checklist_{GUIDELINE}.md。

/manage-project migrate-ssot [--no-mark-complete]

将使用旧版 project.yaml 的项目转换为 SSOT.yaml 格式；默认情况下会更新 qc/migration_complete，使 Phase 1C auto 模式从 warn 切换为 enforce。 对于原生使用 SSOT 的项目（存在 SSOT.yaml，不存在 project.yaml，例如 init --ssot），无需转换：--mark-complete 会验证现有的 SSOT.yaml，并在验证通过时写入标记； 不会重写 SSOT.yaml。

python3 "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/migrate_project_to_ssot.py" \
    --project-root . --write --mark-complete

• --no-mark-complete：仅使用 --write 运行。如果项目仍存在未解决的 QC 失败项，请使用此选项——直到迁移验证通过前，强制执行会延后。
• 只有在生成的 SSOT.yaml 通过 validate_project_contract.py 验证且 contract_mode=ssot 时，迁移脚本才会更新 qc/migration_complete。请勿手动执行 touch qc/migration_complete。

解决失败项后重新运行；该脚本具有幂等性。

/manage-project status

报告当前进度：读取 project_state.json，扫描现有文件，并检查项目记忆文件是否存在且内容一致。从目标期刊的档案 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/../write-paper/references/journal_profiles/{JOURNAL}.md 获取字数限制，而非从记忆文件获取。按照 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/status_output_format.md 的格式编排报告。

/manage-project sync-memory

审查并更新项目记忆文件：

• 检查 PROJECT.md、STATUS.md、CLAIMS.md、DATA_DICTIONARY.md、ANALYSIS_PLAN.md、REVIEW_LOG.md 是否存在
• 找出过时或相互矛盾的项目元数据
• 建议需要创建或更新的最少文件；根据 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/scaffold_templates.md 创建这些文件
• 根据当前稿件阶段，使 project_state.json 保持一致

/manage-project checklist

读取 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/pre_submission_checklist.md 中的投稿前检查清单，并将其写入 submission/pre_submission_checklist.md。然后建议运行 /self-review（稿件质量门禁）、/verify-refs（引文核查）和 AI 模式移除（/write-paper Phase 7）。

/manage-project timeline {submission_date}

从投稿日期倒推生成时间线，格式参照 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/timeline_example.md。

---

项目状态约定

阶段编号：

• 0 = 初始化（已创建脚手架）
• 1 = 大纲已批准
• 2 = 表格/图片框架已批准
• 3 = 方法（critic >= 85）
• 4 = 结果（critic >= 85）
• 5 = 讨论（critic >= 85）
• 6 = 引言 + 摘要（critic >= 85）
• 7 = 润色完成（已移除 AI 模式 + 已完成检查清单 + 自我审查 >= 80）

阶段状态值： pending | in_progress | complete | blocked