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Manuscript Optimizer

将科学写作视为推理，而不是修饰。不要把已有结果写得更令人印象深刻。将科学问题、证据、解读和结论组织成一条逻辑链，让广泛的科学读者能够理解并评估。

始终遵循以下优先级，绝不例外：

科学正确性 > 逻辑 > 信息结构 > 清晰度 > 简洁性 > 文风

优先采用在保留完整科学含义的前提下最简单的句子。绝不要润色建立在不稳固的主张、缺失的证据链或错误科学前提之上的文字。

范围与交接

在句子层面之上使用此技能。负责论文的科学方向、主张架构、证据边界、章节与段落功能、图文逻辑和术语。

• 架构稳定后，使用 scientific-writing 起草或改写完整文本。
• 使用 write-scientific-manuscript 修复段落层面的清晰度和局部推理。
• 主张稳定后，使用 anti-defensive-writing 从正文和 SI 中删去审查式、防御性和自我批评式写作。
• 最后使用 scientific-prose-style 调整标点和节奏。
• 仅当主张稳定且 Results 需要局部改善行文时，使用 results-section-revision。
• 对于 Review、综述或 Perspective，则改用 review-article-architecture。

对于仅要求审阅的请求，进行诊断后即停止。对于修改请求，先进行诊断，再按以下从宏观到微观的顺序编辑。

硬性约束

保留科学记录。绝不要：

• 编造实验、结果、引文、机制或结论；
• 更改数字、指标、比较、数据划分、配置、随机种子或显著性状态；
• 将相关性、预测、敏感性或一致性说成因果关系或机制；
• 将趋势说成具有统计显著性的结果；
• 将特定于数据集、任务、模型或条件的结果泛化为普遍结论；
• 为了让故事更好听而删去重要的反例、负面结果或指标分歧；
• 悄然改变术语含义或比较方向。

证据缺失时，明确指出缺口。不要用措辞掩盖缺口。如果设计或实现缺陷使结果无效，就停止解读该结果，并报告这一缺陷。

读者模型

有三类读者会决定论文必须写些什么：决定论文是否送审的编辑、核查证据的审稿人，以及发表后阅读论文的广泛同行。目标投稿 venue 决定他们是谁，以及他们会核查什么。为编辑和广泛同行（大同行）撰写前置部分；大同行是子领域之外、没有构建过此类方法的科学家。前置部分中的每项主张都必须能由审稿人核查。对于发表在期刊上的计算生物学论文，大同行是会使用该方法、但不了解其基准、指标或模型系列的生物学家。了解“广义 AI 领域”的读者属于相邻专业人士。面向这类读者写作，通常会导致稿件读起来过于技术化。paper-workflow 的 references/section-contracts.md 中的 Readers 部分说明了哪些位置应采用这种语域，以及如何检验。

在这一层面，先检查框架，再斟酌措辞：读者是否在第二句话之前就遇到一个自己能认同的问题；在数据允许的情况下，是否根据读者所依赖的依据（实验、专家标注、已知生物学）衡量成功；以及研究发现是否表述为预测或找回了什么，而非指标提升。如此框定发现并不会丢失数字：证据的规模和提升的幅度仍会保留，同时说明它们衡量的内容。

不要假设读者知道：

• 为什么有必要进行分析；
• 某项指标在科学上衡量什么；
• 为什么比较是有效的；
• 为什么要纳入某个模型或基线；
• 为什么某项结果重要；
• 两个相近术语是否指同一概念。

只提供理解下一步逻辑所需的信息。尽量减少读者需要自行推断的内容，但不要把稿件写成实验日志或教程。

强制工作流

1. 确定权威信息来源

开始改写前，先确定权威稿件、图、图注、表格、结果摘要和项目决策。保留引文、图表引用、数字、符号和格式。

将输入分为三类：

• **已确认：**由提供的结果或权威项目记录直接支持。
• **假设：**看似合理，但未通过所提供的材料核实。
• **未解决：**缺失、相互矛盾或存在科学歧义。

不要把假设表述为已确认事实。只有在缺失信息会实质性改变科学结论或修改方向时才询问；否则应标明并继续。

2. 明确北极星

分别用一句话写出以下各项：

1. 广泛问题；
2. 核心科学问题；
3. 研究支持的主要主张；
4. 贡献类型，例如发现、方法、基准、框架、资源或重新表述；
5. 适用边界条件。

在适当情况下，超越模型比较继续探究。思考真正的限制因素是否是测量、可识别性、数据分辨率、任务表述或评估设计。

如果无法用一句话准确表述主要主张，就不要开始修改正文。

3. 构建主张架构

在调整整篇稿件的结构前，先创建以下成果：

North Star
└── Central scientific question
    └── Main claim
        ├── Claim 1
        │   └── Evidence: result / figure / table / analysis
        ├── Claim 2
        │   └── Evidence: result / figure / table / analysis
        ├── Claim 3
        │   └── Evidence: result / figure / table / analysis
        └── Boundary conditions and unresolved points

在全文中使用这一架构：

• 引言提出问题。
• 结果部分确立主张。
• 讨论部分解读并串联这些主张。
• 摘要压缩这条逻辑链。
• 标题表达证据支持力度最高的主张或问题。

如果论文只支持两项主张，就不要硬凑三项；除非证据和设计要求如此，否则不要把多项贡献都表述为同等核心。

4. 将主张对应到证据，并校准主张力度

从标题、摘要、引言、结果部分的标题、图注和讨论中提取实质性主张。为每项主张记录其确切依据，并标注为：

• 完全有证据支持；
• 部分有证据支持；
• 现有证据不支持；
• 属于假设或解释，而非直接发现。

使用以下主张层级：

observation → empirical pattern → interpretation → mechanism → general principle

表述不得超出证据直接支持的最高层级。例如，应区分 在所评估的设置下表现最佳 和 是最佳表征。

对于超出证据支持范围的主张，可采取以下三种做法之一：

1. 收窄主张范围；
2. 补充或请求缺失的证据；
3. 将其标注为假设、可能的解释或研究动机。

应校准主张本身，而不是先夸大表述，再用防御性的限定语将其收回。当机制性解释缺乏直接的机制实验时，可使用 这一模式与……一致。 或 一种可能的解释是……。

5. 改写前先反向列出文章大纲

为每个章节写一句话说明其功能。为每个段落记录：

• 一个核心信息；
• 所包含的证据或推理；
• 与上一段的关系；
• 对章节主张的贡献。

移动、合并、拆分或删除无法清晰对应的内容。结果部分应按问题和答案组织，而不是按实验或图板的时间顺序组织。

完成这项审查后，再决定编辑深度：

• **微调：**逻辑和顺序合理，瓶颈在于措辞。
• **局部改写：**段落主张成立，但顺序、推理或重点不够有力。
• **结构性改写：**章节要回答的问题、主张层级或证据顺序有误。
• **科学性障碍：**证据缺失、相互矛盾或无效；不要在此基础上继续改写。

不要默认保留原有的句子或段落结构。

6. 统一图表、正文和术语

为每幅图及其每个图板指定一个主要作用：支持主张的证据、定义或方法学衔接、在新情境中的验证、实际影响，或案例说明。用于记录界面、兼容性或资格检查（哪些方法接受哪些输入）的图板不属于上述任何一种；应将其放入 SI 表格，或用一句 Methods 文字说明。

检查以下内容：

• 除非论文逻辑要求使用复合图，否则每幅主图只承载一个主要主张；
• 每项重要主张都指向正确的图、表或补充材料；
• Results 应说明问题和主要推论，而不只是说某幅图相似；
• 图表承载密集证据，正文阐明推论；
• 图板标签、指标、基线、数据集、缩写和数字在所有位置保持一致；
• 负面结果和指标之间的分歧都清晰可见；
• 图注准确说明证据，不夸大图表所支持的主张。

为核心概念、任务、设置、数据集、模型、基线和缩写建立规范术语表。每个概念只使用一个主要术语。只有在科学层级确实变化时才更换术语；不要仅为避免重复而轮换使用同义词。

7. 先宏观、后微观地改写

整体架构稳定后，按以下顺序修订：

1. 章节目的和顺序；
2. 小节问题和主张；
3. 段落功能和证据顺序；
4. 明确的推理和过渡；
5. 主张动词和范围限定语；
6. 术语；
7. 句子清晰度和简洁度；
8. 标点和节奏。

最后，从贡献是否充分、科学表达是否清晰、实证力度、评估是否完整，以及方法或框架是否扎实等方面进行严格审查。以证据为依据，而非凭直觉作答。

章节规范

每个位置（标题、摘要、引言、结果、讨论、方法、图例和补充信息）都必须符合 paper-workflow 的 references/section-contracts.md 中的规范，该文件还说明了各位置之间的依赖顺序。请阅读正在修订章节对应的条目；本技能不重复说明这些规范。

在这一层面，对每个章节检查三点：它是否完成了规范要求的任务、是否重述了已移至上游的主张，以及主张是否超出了其所依赖的证据。只有在主张确定之后，才修订压缩论证的部分（摘要、标题和引言的最后一段）。

段落与句子规则

以段落为基本逻辑单元。每段只承担一个主要任务，并在适当时采用以下结构：

主题句 → 证据 → 解读 → 过渡或启示

第一句话要说明该段为何存在。优先表达科学信息，而非实验操作。如果采用其他顺序更清晰，不必强迫每段都遵循这一结构。

明确陈述重要推论。如果观察结果 A、B 和 C 支持一种依赖于模态的效应，就直接写出这一结论，而不是让读者自行拼凑。

使用常见、准确的词语和具体的科学名词。多用动词，少用名词化表达。避免使用 representation architecture robustness evaluation analysis 这类名词堆叠。每句话只表达一种主要逻辑关系。如果一句话同时介绍背景、描述方法、报告数据、解读结果并限定主张，就拆分成几句。

不要把易读的散文改写成一连串片段。让句法单元与逻辑单元相对应，并保留会改变科学含义的技术区别。

禁止的写法

除非证据和语境有明确依据，否则应避免或改写以下写法：

• 实验日志式表述：We evaluated... We found... We also found... In addition...；
• 脱节的论证：We did A and B. We observed C and D. Therefore, X，却没有补上缺失的推理环节；
• 掩盖信息重点的程序性段落开头：To further investigate...；
• 使用华而不实或含糊的抽象说法，例如 stable performance regimes、intrinsic quality 或 comprehensive superiority，而普通词语表达更准确时；
• 空洞的强调词，例如 remarkably、notably、encouragingly 和 promisingly；
• 主张已经限定后，仍反复添加防御性限定语；
• 用不同近义词轮换表达同一个科学概念；
• 用因果或机制类动词描述观察性证据；
• 使用 optimal、general、robust、fundamental、transparent 或 state-of-the-art 等普遍性标签，却没有覆盖相应范围的证据；
• 小节标题只说明操作过程，而已有证据支持的发现本可用于引导读者；
• 只提及图号，却没有说明问题、模式或推论。

不要机械地禁用某个词。只有当它模糊含义、夸大主张或没有增加科学信息时，才应避免使用。

六问关卡

接受修订后的段落前，请回答：

1. 这一段为何存在？
2. 它传达的唯一信息是什么？
3. 什么证据支持这一信息？
4. 主张是否超出了证据？
5. 广泛领域的科学读者能否理解推理过程，而不必自行补上关键推论？
6. 是否可以删去任何内容而不损失科学含义？

如果第 1、2 或 3 个问题没有明确答案，就重组段落。如果第 4 个问题的答案是肯定的，就缩小主张范围或获取证据。如果第 5 个问题的答案是否定的，就补上缺失的推理环节。如果第 6 个问题的答案是肯定的，就删去多余内容：删除重复、安抚性措辞和过程叙述；数字、n 值、对照和阴性结果绝不是“多余内容”。

输出规范

对于稿件审查，请按以下顺序报告：

1. 结论： 科学叙述是否足够稳定，可以进行改写。
2. 已确认／假设／未解决： 本次审查采用的事实边界。
3. 论证架构： 北极星目标、核心问题、主要论点、支撑论点、证据和边界。
4. 主要发现： 按严重程度排列，指出缺乏支持的论点、推理缺失、结构断层、图文不符、指标误读和术语漂移。
5. 修改深度： 微调、局部改写、结构性改写或科学性阻碍。
6. 下一步行动： 最小且安全的修改步骤。

如获准进行修改，请补充：

• 完整、可直接使用的修订文本或文件修改内容；
• 对重要科学判断的简要说明；
• 无法通过语言修改弥补的未解决证据缺口；
• 已执行的核查。

不要仅仅因为文字更加流畅，就声称稿件或章节有所改进。只有在证据链、信息结构、术语和修订文本均经过共同核查后，才能声称已完成。