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meta-manuscript-assembly

meta-manuscript-assembly

github.com/htlin222文档处理7840 次安装3 周前更新
代码仓库

关于 meta-manuscript-assembly

这项技能用于将系统综述和荟萃分析材料整理成期刊投稿稿件，面向已有分析结果的研究者。它指导制作表格、组图、参考文献和图注，并进行质量检查。

主要功能

  1. 01制作结果表和补充表
  2. 02组装多面板图
  3. 03准备 BibTeX 文献和引文映射
  4. 04撰写图注
  5. 05检查投稿材料

适用场景

  1. 01整理已完成的荟萃分析以投稿期刊
  2. 02将森林图和漏斗图组合成组图
  3. 03在合作者审阅前检查表格、图表和参考文献

安装

复制下面的命令，在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/htlin222/dotfiles --skill meta-manuscript-assembly

安装后在 Claude Code 中输入/meta-manuscript-assembly确认已加载。

详细介绍

Meta 分析论文组装

通过创建可直接用于发表的表格、图表和参考文献，完成可提交期刊的系统综述和 Meta 分析论文。

适用场景

  • 分析完成后撰写 Meta 分析论文
  • 根据 Meta 分析结果创建表格
  • 将森林图／漏斗图组装成多面板图
  • 为系统综述生成 BibTeX 参考文献
  • 按高影响力期刊（Lancet、JAMA、NEJM）的要求排版论文

前置条件

使用此技能前，请确保已准备好：

  • 已完成的 Meta 分析及结果表（CSV 格式）
  • 已生成的单张图表（300 DPI 的 PNG）
  • 已撰写的论文各部分（摘要、引言、方法、结果、讨论）
  • 所需引用的完整清单

工作流程

阶段 1：创建表格

根据分析结果创建全面的表格：

正文表格

  1. 表 1：试验特征

    • 从 extraction.csv 或类似文件中提取
    • 包含：NCT 编号、第一作者、年份、设计、样本量、干预详情、随访情况
    • 以 Markdown 格式排版，并附缩略语说明

  2. 表 2：疗效结局汇总

    • 汇总所有 Meta 分析的结果（pCR、生存结局）
    • 包含：效应估计值、95% CI、p 值、I²、绝对获益、NNT
    • 添加 GRADE 证据确定性评级

  3. 表 3：安全性结局汇总

    • 根据安全性 Meta 分析结果整理
    • 包含：不良事件、发生率、RR／OR、NNH
    • 添加临床管理指南
补充表格

  1. 偏倚风险评估

    • 使用 RoB 2 或 ROBINS-I 工具格式
    • 对每项试验逐个领域进行评估
    • 给出总体风险评级及理由

  2. GRADE 证据概况

    • 采用结果概要表格式
    • 列出所有结局及其证据确定性评级
    • 按领域说明具体理由（偏倚、不一致性、间接性、不精确性）

  3. 详细结果表

    • 各试验结果
    • 亚组分析
    • 敏感性分析
阶段 2：组装图表

创建可直接用于发表的多面板图：

工具：使用 PIL/Pillow 的 Python 脚本
# Create assemble_figures.py
from PIL import Image, ImageDraw, ImageFont
from pathlib import Path

def add_panel_label(img, label, position='top-left', font_size=80, offset=(40, 40)):
    """Add A, B, C labels to panels"""
    draw = ImageDraw.Draw(img)

    # Try to use system font
    try:
        font = ImageFont.truetype("/System/Library/Fonts/Helvetica.ttc", font_size)
    except:
        font = ImageFont.load_default()

    x, y = offset

    # Draw white background box for visibility
    bbox = draw.textbbox((x, y), label, font=font)
    padding = 10
    draw.rectangle(
        [bbox[0] - padding, bbox[1] - padding,
         bbox[2] + padding, bbox[3] + padding],
        fill='white',
        outline='black',
        width=2
    )

    draw.text((x, y), label, fill='black', font=font)
    return img

def create_multi_panel_figure(images_list, output_path, labels=['A', 'B', 'C'], spacing=40):
    """Combine multiple images vertically with labels"""
    # Add labels to images
    labeled_images = [add_panel_label(img, label) for img, label in zip(images_list, labels)]

    # Calculate dimensions
    max_width = max(img.width for img in labeled_images)
    total_height = sum(img.height for img in labeled_images) + spacing * (len(labeled_images) - 1)

    # Create combined image
    combined = Image.new('RGB', (max_width, total_height), 'white')

    # Paste images
    y_offset = 0
    for img in labeled_images:
        combined.paste(img, (0, y_offset))
        y_offset += img.height + spacing

    # Save at 300 DPI
    combined.save(output_path, dpi=(300, 300))
    return output_path
常见图表结构

正文：

  • 图 1：多面板疗效图（pCR、EFS、OS 森林图）
  • 图 2：亚组分析（例如，按生物标志物状态分组）
  • 图 3：安全性和发表偏倚（SAE 森林图、漏斗图）

补充材料：

  • 补充图 1：敏感性分析（逐一剔除研究图）
  • 补充图 2：发表偏倚（所有结局的漏斗图）
阶段 3：参考文献管理

创建完整的 BibTeX 文件：

步骤：

  1. 使用 grep 提取论文中的所有引用

    grep -E "¹|²|³|⁴|⁵|⁶|⁷|⁸|⁹|⁰|\[\d+\]" manuscript_sections.md

  2. 为每篇参考文献创建 BibTeX 条目

    • 所有条目均包含 DOI
    • 使用标准化期刊缩写（Index Medicus）
    • 正确排版作者姓名

  3. 创建映射文档

    • 将上标（¹、²、³）映射到 BibTeX 键
    • 记录论文中的引用位置

  4. 创建使用指南

    • Pandoc 转换说明
    • Zotero 导入说明
    • 手动排版示例（Lancet、JAMA 样式）
阶段 4：图注

为所有图表撰写完整的图注：

图注结构：
**Panel A. Outcome Name**
Description of what the panel shows. Forest plot showing [effect measure] for [outcome]
across [N] trials ([total participants]). [Statistical method used]. [Key result].
Horizontal lines represent 95% confidence intervals; diamond represents pooled effect.
Vertical line at [null value] indicates no treatment effect.

**Abbreviations**: List all abbreviations used.

包括：

  • 统计方法（随机效应、Hartung-Knapp 校正）
  • 异质性指标（I²、Cochran's Q）
  • 临床解读
  • 缩略语释义
阶段 5：质量保证

提交前请核实：

表格
  • 所有数据均与分析结果完全一致
  • 已定义缩略语
  • 脚注解释了所有符号
  • 列／行标题清晰
  • 统计符号使用一致
图表
  • 所有图表分辨率至少为 300 DPI
  • 面板标签（A、B、C）清晰可见，且未遮挡数据
  • 图注与图表完全一致
  • 字号清晰易读（最终印刷尺寸下 ≥8pt）
  • 灰度显示时配色仍能清晰区分
参考文献
  • 所有引文均有对应的参考文献
  • 参考文献编号连续
  • DOI 正确且可用
  • 期刊缩写格式统一
  • 作者姓名与原始出版物一致

输出结构

07_manuscript/
├── tables/
│   ├── Table1_Trial_Characteristics.md
│   ├── Table2_Efficacy_Summary.md
│   ├── Table3_Safety_Summary.md
│   ├── SupplementaryTable1_RiskOfBias.md
│   ├── SupplementaryTable2_GRADE_Profile.md
│   └── ...
├── figures/
│   ├── Figure1_Efficacy.png (300 DPI)
│   ├── Figure2_Subgroup.png (300 DPI)
│   ├── Figure3_Safety.png (300 DPI)
│   ├── SupplementaryFigure1_Sensitivity.png
│   └── ...
├── references.bib
├── FIGURE_LEGENDS.md
├── CITATION_MAPPING.md
└── REFERENCES_USAGE_GUIDE.md

时间估算

  • 创建表格：2-3 小时
  • 整理图表：1-2 小时
  • 参考文献：1-2 小时
  • 图例：1 小时
  • 质量保证：1 小时
  • 总计：6-9 小时

期刊特定格式要求

Lancet Oncology
  • 字数限制：4000-5000 字
  • 表格：正文最多 3-4 个，补充材料不限
  • 图：正文最多 3-4 幅，补充材料不限
  • 参考文献：Vancouver 格式，通常为 30-40 条
  • 分辨率：至少 300 DPI
JAMA
  • 字数限制：3500 字
  • 表格：最多 4 个
  • 图：最多 4 幅
  • 参考文献：最多 40 条
  • 分辨率：300-600 DPI
New England Journal of Medicine
  • 字数限制：3000 字
  • 表格：最多 3 个
  • 图：最多 3 幅
  • 参考文献：最多 40 条
  • 分辨率：至少 300 DPI

应避免的常见问题

  1. 表格：不要混用效应指标（RR、OR 和 HR）而不清楚标注
  2. 图：压缩时不要低于 300 DPI
  3. 参考文献：未经核验，不要使用自动生成的引文
  4. 图例：不要遗漏统计方法或缩写
  5. 总体：未经独立核验所有数字，不要提交

相关技能

  • /meta-analysis - 执行统计分析
  • /prisma-flow - 创建 PRISMA 流程图
  • /grade-assessment - 完成 GRADE 证据概况
  • /risk-of-bias - 使用 RoB 2 工具评估试验质量

调用示例

/meta-manuscript-assembly

或指定阶段：

/meta-manuscript-assembly tables
/meta-manuscript-assembly figures
/meta-manuscript-assembly references

成功标准

  • ✅ 所有表格均达到可发表标准，并附有完整说明
  • ✅ 所有图均为 300 DPI，并带有专业的面板标签
  • ✅ 提供包含全部 30-40 条参考文献的完整 BibTeX 文件
  • ✅ 图例完整
  • ✅ 所有数字均已对照原始分析核验
  • ✅ 手稿符合目标期刊的指南
  • ✅ 已准备好供合著者审阅并提交

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