obsidian-organizer

Obsidian 整理器

通过（1）将新笔记归入最合适的文件夹，以及（2）审查并重新整理现有结构，让大型 Obsidian 库长期保持整洁。这两种模式都依赖同一个理念：在知识库内部保存一份纯 Markdown 格式的“内容应该放在哪里”地图，确保它始终与实际情况一致。

此技能会调用 obsidian CLI（来自单独的 obsidian-cli 技能），通过它与正在运行的 Obsidian 桌面应用交互。应用必须处于打开状态。如果命令因连接或知识库错误而失败，请告诉用户打开 Obsidian，而不要自行猜测。

为什么地图要保存在知识库中（请先阅读）

每次都重新列出约 650 个文件夹，再为每条新笔记决定归属，既耗费资源，判断也容易偏离实际情况。把文件夹分类体系复制到 Claude 的私有记忆中会造成更严重的问题：副本过时后，会在不知不觉中与实际知识库不一致。

解决办法是将一个文件 00_Index/Folder_Map.md 直接保存在知识库中。它是归档决策的唯一事实来源。在归档或重新整理前，只需用一次低成本调用读取它——除非地图缺失或用户要求重建，否则不要重新遍历所有文件夹运行 obsidian folders。

obsidian read path="00_Index/Folder_Map.md"

它特意采用简单的 Markdown 格式（标题 + 项目符号，不要求 frontmatter），这样你和用户都可以在新类别出现时手动追加内容。创建新文件夹或类别时，请在此文件中添加一行，让下次归档时能参考。

如果地图不存在（已删除或这是一个新建的知识库），请根据实际知识库重建，而不要使用此技能中附带的副本——副本会与实际情况脱节，而这正是该文件要避免的问题。使用 obsidian vault="MyVault" folders 列出实际结构（深入查看时使用 folders folder=...），按顶层 PARA 文件夹分组，起草一份纯 Markdown 格式的地图，为每个文件夹附上简短的“内容应放于此处”说明和一条归档经验法则；与用户确认分组后，再创建文件： obsidian vault="MyVault" create path="00_Index/Folder_Map.md" content="..."。

知识库指定方式

上文的 MyVault 是占位符——请在所有位置替换为用户实际的知识库名称。如果用户有多个知识库，请在每条命令中明确指定目标知识库，避免因默认选择“最近聚焦的知识库”而将笔记误归档：

obsidian vault="MyVault" read path="00_Index/Folder_Map.md"

vault= 必须是第一个参数。此技能中唯一与具体知识库有关的值就是它——其他内容都来自该知识库自己的 Folder_Map.md。

唯一的硬性安全规则：绝不要用原始 Shell 命令操作知识库文件

移动或重命名文件时，始终使用 CLI 自带的 move / rename 命令。这些命令会通过 Obsidian API 执行，因此 Obsidian 内置的“自动更新内部链接”功能会重写整个知识库中的所有维基链接和反向链接，使其指向移动后的文件。对知识库中的路径直接使用 mv、rm、rmdir 或 find -delete，会跳过这项修复，并悄无声息地留下指向旧位置的失效链接。

因此，对于知识库目录下的任何内容：

• 移动/重命名 → obsidian move ... 或 obsidian rename ...
• 删除 → obsidian delete ...（除非指定 permanent，否则会移至废纸篓）
• 绝不要对知识库内部路径使用 Bash mv / rm / rmdir / find -delete。

可以使用不会修改文件的工具读取文件内容；修改知识库文件只能通过 CLI 操作。

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模式 1 — 归档笔记

目标：给定一篇笔记（已有路径，或即将撰写的标题和内容），将其放入最合适的文件夹。

1. 阅读目录图一次：obsidian vault="MyVault" read path="00_Index/Folder_Map.md"。
2. 匹配笔记主题与目录图中的目标位置，遵循其中的归档规则。优先选择已有的具体子文件夹，而不是通用文件夹（例如，Seurat 使用指南应归入 03_Research_Knowledge/Bioinformatics/seurat/，而不是通用分类）。
3. 按最合适的位置操作：
   • 存在明显匹配的文件夹 → 将笔记归档到该文件夹。
     • 新建笔记：obsidian vault="MyVault" create path="03_Research_Knowledge/Bioinformatics/seurat/My Note.md" content="..." silent
     • 移动已有笔记：obsidian vault="MyVault" move path="00_Inbox/My Note.md" to="03_Research_Knowledge/Bioinformatics/seurat"（to 可以是文件夹或完整路径）。
   • 存在大致匹配但不够理想的位置（例如，没有专门子文件夹的工具）→ 使用目录图中的通用分类规则（例如 Bioinformatics/misc/），并告知用户笔记的归档位置。
   • 没有合适的分类 → 停止并询问用户，再创建文件夹。提出文件夹名称和位置；不要擅自创建新的分类体系。
4. 记住新分类。 用户批准新文件夹后，在 00_Index/Folder_Map.md 的相应章节下追加一行描述，方便后续归档时参考（obsidian append path="00_Index/Folder_Map.md" content="..."）。
5. 简要报告最终路径。

CLI 说明：create 会按需创建中间文件夹；添加 silent，以免通过打开笔记抢占焦点。move 的 to 接受目标文件夹或完整路径；使用 rename name="New Title" 可在原位置更改标题。

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模式 2 — 审查 / 重组

目标：给定一个范围（文件夹路径、“最近的收件箱笔记”或“整理 cellchat 笔记”等明确请求），查找问题，**提出计划，获得明确确认，然后执行。**绝不要在未告知的情况下批量移动、合并或删除。

步骤 1 — 收集范围内的信息

先阅读目录图以了解背景，然后使用结构命令。若命令支持按文件夹筛选，则将列表范围限定为相关文件夹。

• obsidian vault="MyVault" files folder="<scope>" — 查看清单，并找出可能重复的标题（例如“CellChat analysis”和“CellChat Analysis v2”）。
• obsidian vault="MyVault" orphans — 查找没有入链的笔记（没有其他笔记链接到它们；可考虑归档、合并或存档）。
• obsidian vault="MyVault" deadends — 查找没有出链的笔记（通常是尚未完善的草稿或摘录）。
• obsidian vault="MyVault" search:context query="<topic>" path="<scope>" — 在提议合并前，比较疑似近似重复笔记的内容。
• obsidian vault="MyVault" backlinks path="<file>" — 合并或删除笔记前，查看有哪些笔记链接到它，避免留下失效引用。

没有专门的“重复项”命令；请通过比较 files 的标题，并用 search:context / read 确认来检测重复项。

步骤 2 — 提出计划（并等待确认）

提供具体的分项计划，然后停下来等待确认。按操作分组：

Proposed reorganization for Bioinformatics/cellchat/ (7 notes):

MERGE
- "CellChat analysis.md" + "CellChat analysis (1).md" → keep "CellChat analysis.md",
  fold unique content from the duplicate in, then delete the duplicate.

MOVE
- "Spatial CellChat.md" → Single_Cell/Spatial_Omics/ (topic is spatial, not the tool)

RENAME
- "untitled cellchat.md" → "CellChat LR database notes.md"

No change: 3 notes look fine.

Proceed? I won't move/merge/delete anything until you confirm.

如有不确定之处，请如实标注可能的猜测，以便用户否决。

步骤 3 — 仅在收到“是”之后执行

确认后，通过 CLI 按照能保持链接完整的顺序执行移动、重命名和删除操作（通常先合并内容，再删除已清空的重复项；若既要移动又要重命名，则先移动）。使用 move、rename、delete，以及 append/read 来合并；绝不要使用原始 shell 命令。报告更改内容，并将创建的任何新文件夹/分类追加到 00_Index/Folder_Map.md。

已知的待重组候选项

如果知识库的 Folder_Map.md 指出了已知问题区域（例如与新文件夹内容重叠的旧文件夹、积累了多个近似标题的子文件夹等），且这些区域在处理范围内，请将其列出；但仍需先提出方案并获得确认，再进行任何更改。

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命令速查

需求	命令
读取映射	obsidian vault="MyVault" read path="00_Index/Folder_Map.md"
创建／归档新笔记	obsidian vault="MyVault" create path="Folder/Note.md" content="..." silent
移动／重定位笔记	obsidian vault="MyVault" move path="Old/Note.md" to="New/Folder"
就地重命名	obsidian vault="MyVault" rename path="Folder/Note.md" name="New Title"
删除（移至废纸篓）	obsidian vault="MyVault" delete path="Folder/Note.md"
列出文件夹中的文件	obsidian vault="MyVault" files folder="<scope>"
孤立笔记／死胡同	obsidian vault="MyVault" orphans · ... deadends
搜索并显示上下文	obsidian vault="MyVault" search:context query="..." path="<scope>"
指向某条笔记的反向链接	obsidian vault="MyVault" backlinks path="Folder/Note.md"
向映射追加内容	obsidian vault="MyVault" append path="00_Index/Folder_Map.md" content="- ..."

运行 obsidian help <command> 以确认确切参数——CLI 才是权威依据。