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github.com/neuromechanist生产力5038 次安装今天更新
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关于 opencite

OpenCite 是面向研究人员的学术文献搜索与引文管理命令行工具。它汇总多个学术来源并去重，还支持论文检索、PDF 转换和批量处理。

主要功能

  1. 01搜索多个文献来源
  2. 02去除重复搜索结果
  3. 03探索引文关系
  4. 04下载并转换 PDF
  5. 05批量获取论文

适用场景

  1. 01查找奠基性及近期论文
  2. 02追踪引用某项研究的论文
  3. 03下载并转换待读论文
  4. 04生成 BibTeX 参考文献

安装

复制下面的命令，在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/neuromechanist/research-skills --skill opencite

安装后在 Claude Code 中输入/opencite确认已加载。

包含的文件

除 SKILL.md 外，安装时一起下载的参考资料和脚本。

references/
api-keys-and-config.md
cli-reference.md
common-workflows.md

详细介绍

OpenCite CLI

OpenCite 是一款用于学术文献检索和引文管理的 CLI 工具。它汇总 Semantic Scholar、OpenAlex、PubMed、arXiv 和 bioRxiv/medRxiv 的结果，对结果去重并输出格式化内容。它还支持获取 PDF、将 PDF 转换为 Markdown，以及批量操作。

安装

# Recommended
uv pip install opencite

# Alternative: run without installing
uvx opencite --version

默认包含 PDF 转换支持（markitdown 和 markit-mistral）。设置 MISTRAL_API_KEY 后，markit-mistral 可处理数学公式、表格和复杂版式。否则，将使用 markitdown（免费、本地运行）作为备用方案。

开发环境：

uv sync --extra dev

研究工作流

进行文献研究、获取论文或查找某个主题的阅读材料时，请遵循以下端到端工作流。

1. 搜索相关论文

根据需求选择搜索策略：

  • 经典/奠基性论文：uvx opencite canonical "topic" --max 10
  • 近期论文或特定论文：uvx opencite search "query" --max 20 --sort citations
  • 探索引文关系图：uvx opencite cite "DOI" --direction both
  • 视情况组合多种策略（例如，使用 canonical 查找背景资料，再使用 search 查找近期研究）
2. 评估并筛选论文

根据引文数量、相关性、时效性和开放获取情况评估结果。提供摘要并确认要获取哪些论文。

3. 下载并转换

对于多篇论文（推荐）： 将搜索结果保存为 JSON，并使用 batch-fetch：

uvx opencite search "topic" --max 10 -f json -o results.json
uvx opencite batch-fetch --from-json results.json --convert -o ./papers --summary report.json

batch-fetch --convert 会自动创建以下目录结构：

papers/
├── pdf/          # downloaded PDFs
└── markdown/     # converted markdown files
    └── img/      # per-paper image directories (mistral only)

对于单篇论文：

uvx opencite pdf "10.1234/example" -o papers/pdf/ --convert

注意：pdf --convert 会将 Markdown 文件放在 PDF 旁边，且不会提取图片。若要采用有序的子目录结构并提取图片，请使用 batch-fetch。

4. 阅读并综合分析

阅读转换后的 Markdown 文件，进行深入分析：

  • 总结多篇论文的主要发现
  • 找出共同主题和分歧
  • 使用 batch-fetch 时，Markdown 文件位于 papers/markdown/，提取的图片（仅限 markit-mistral）位于 papers/markdown/img/ 下各论文对应的子目录中
  • 生成用于引用的 BibTeX：uvx opencite lookup "DOI" -f bibtex --append-bib refs.bib

命令摘要

命令用途
search通过多个 API 查找符合查询条件的论文
lookup根据 DOI、PMID、PMCID 或其他标识符查找特定论文
cite获取给定标识符对应的引用该论文或被该论文引用的论文
canonical查找某个主题中被引用最多的奠基性论文
pdf根据论文标识符下载 PDF
convert将本地 PDF 文件转换为 Markdown
ids在不同标识符类型（DOI、PMID、PMCID）之间进行转换
batch-fetch下载多篇论文的 PDF，并可选择转换
config管理 opencite 配置（init、show、path）

完整选项列表请参阅 references/cli-reference.md。

配置要点

初始化配置并检查解析后的值：

uvx opencite config init   # create ~/.opencite/config.toml template
uvx opencite config show   # display resolved config (keys masked)

主要环境变量：

  • SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY - Semantic Scholar API
  • PUBMED_API_KEY - NCBI/PubMed API
  • OPENALEX_API_KEY - OpenAlex API（自 2026 年 2 月起为必需项）
  • MISTRAL_API_KEY - 增强型 PDF 转 Markdown 转换（可选）

有关完整配置详情（包括出版商令牌和加载优先级），请参阅 references/api-keys-and-config.md。

错误处理

  • 速率限制：Semantic Scholar 的速率限制较严格（每秒 1 次请求）。出现速率限制错误时，请稍候再重试。
  • 缺少 API 密钥：命令会提示缺少密钥，但仍会查询可用来源。
  • 超时：重试命令，或使用 --source 尝试其他来源。
  • 未找到 PDF：opencite 会报告尝试过哪些来源以及各来源失败的原因。需要订阅才能访问的论文可能需要机构访问权限或出版商 API 令牌。

参考资料

评论

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