paper-bootstrap

论文项目初始化

概述

使用此技能，在着手完善论文之前，先让论文项目具备可写性。目标不是生成样板文件，而是找出真正的论文稿件权威来源，只创建有助于工作流的文件夹，并尽早确定正确的投稿期刊和贡献定位。

默认假设：除非用户明确指定其他期刊，具有广泛影响力的期刊论文应优先采用 Nature 风格。

如果稿件依赖多轮实验、图表或结果，应尽早初始化轻量级项目状态文档，让写作不必仅凭记忆进行：project_truth.md、decision_log.md、result_summary.md 和 paper_handoff.md。

需要快速搭建整洁的基准布局时，请使用辅助脚本：

python ~/.agents/skills/paper-bootstrap/scripts/init_paper_layout.py path/to/paper
# Claude Code (global install): replace ~/.agents/skills with ~/.claude/skills
# Claude Code (project-local install): replace ~/.agents/skills with .claude/skills

适用场景

在以下情况下使用此技能：

• 正在创建新的论文目录
• 现有论文目录中的草稿、图表、笔记和输出文件散落在多个位置
• 不清楚哪个文件是当前稿件的权威来源
• 项目还没有论文专属的记忆
• 修订开始前，写作工作流需要一个整洁的起始结构

以下情况不适用：

• 后期章节润色
• 在已稳定的稿件中逐图修正逻辑
• 论文结构已确定后转换为会议模板

初始化顺序

1. 创建任何内容之前，先检查当前论文目录。
2. 找出当前稿件的权威来源。
3. 确定论文的贡献类型：
   • 方法
   • 框架
   • 基准测试
   • 资源
   • 生物学发现
   • 混合型，但有一种明确占主导地位的贡献
4. 确定工作期刊风格：
   • 除非用户另有说明，否则默认采用 Nature 风格
   • 仅当期刊特定要求会实质性影响结构时，才记录相关调整
5. 仅创建项目实际需要的目录。
6. 在有助于减少偏差时，创建或复用轻量级状态文件：
   • notes/project_truth.md
   • notes/decision_log.md
   • notes/result_summary.md
   • notes/paper_handoff.md
7. 将稳定的本地约束保存或更新到项目记忆中。
8. 最后用简短摘要说明：
   • 当前稿件文件
   • 占主导地位的贡献类型
   • 期刊风格
   • 缺失的素材或尚未解决的歧义
   • 建议的下一步修订工作

推荐的项目布局

不要机械地强制采用此布局。仓库杂乱或为空时，可将其作为默认骨架。

• input/ 用于存放外部源材料、审稿意见和导入的文件
• notes/ 用于存放工作笔记、论点图、图表计划、会议摘要和轻量级状态文件
• figures/ 用于存放源图和可编辑的图表素材
• output/doc/ 用于存放当前稿件草稿和导出的版本
• output/review/ 用于存放审查报告、修订备忘录和投稿前检查材料

如果项目尚无对应文件，默认在 notes/ 中创建以下状态文件：

• project_truth.md 用于记录当前论文叙事、当前稿件、核心论点和稳定约束
• decision_log.md 用于记录后续修订必须遵守的长期定位或范围决策
• result_summary.md 用于记录将实验结果转化为稿件内容时，哪些发现有充分支持、哪些较弱，以及对应的图表锚点
• paper_handoff.md 用于整理当前可供写作的材料包：哪些内容可以开始起草、哪些仍缺乏证据，以及哪些图表或表格支撑各项论点

如果项目已经形成既定结构，应保留该结构，并将工作流映射到其中，而不是从头重建所有内容。

记忆规则

仅为稳定的本地事实编写项目记忆，例如：

• 手稿的主要贡献类型
• 持续适用的图表角色约束
• 项目专属术语
• 不适用于本文之外的本地偏好

不要为以下内容编写项目记忆：

• 临时待办事项
• 单轮措辞偏好
• 下周很可能不再重要的一次性策略决策

常见错误

• 未检查现有内容就创建目录树
• 实际贡献是框架或基准，却把每篇论文都当作方法论文来写
• 同时保留多个有效草稿文件，却未指定唯一可信来源
• 默认将会议论文风格的结构沿用到广泛影响力期刊的手稿中
• 依据记忆中的实验结果直接写作，而不先更新 result_summary.md 和 paper_handoff.md
• 将本地杂项存入记忆，而不是只保存稳定约束
• 将 notes/ 中的流程状态（“已锁定”“已冻结”“已验证”、关卡判定）带入手稿正文；笔记记录工作是如何开展的，手稿则陈述研究发现

输出标准

完成初始化后，请报告：

• 当前有效的源文件
• 选定的投稿 venue 风格
• 贡献类型
• 已创建或复用的目录
• 已创建或复用的状态文件
• 已保存的项目记忆条目
• 下一步具体的写作任务