关于 paper-close-reading
Paper Close Reading 为研究者提供基于原文的论文分析流程,涵盖元数据查找、精读与综合整理。它要求明确选择引导或自主模式,并注重精确证据、出处和阅读进度保存。
主要功能
- 01引导或自主阅读模式
- 02三轮论文分析流程
- 03精确标注来源与位置
- 04结合上下文解读图表和公式
- 05Google Scholar 引用工作流
- 06持续保存阅读进度
适用场景
- 01逐节精读论文
- 02讲解指定段落或图表
- 03查询引用量与被引论文
- 04整理研究笔记和综合分析
安装
复制下面的命令,在终端中运行。
npx skills add https:/ / github.com/ delores-lin/ paper-close-reading --skill paper-close-reading安装后在 Claude Code 中输入/paper-close-reading确认已加载。
包含的文件
除 SKILL.md 外,安装时一起下载的参考资料和脚本。
agents/openai.yamlreferences/artifact-reading.mdcritical-reading.mdgoogle-scholar-browser.mdgoogle-scholar-citations.mdgoogle-scholar-citing.mdgoogle-scholar-json.mdnote-template.mdscripts/scholar_download.pyscholar_fetch.mjsscholar_lookup.py详细介绍
论文精读
Google Scholar 引用工作流
- 对于引用量、请求的元数据刷新或初始论文元数据,请阅读 references/google-scholar-citations.md。
- 对于默认的快速查询,请使用 scripts/scholar_lookup.py,并明确满足 Python 3 标准库这一前提。它会在每个启动器进程中执行一次本地 Node 功能预检;如果 Node 原生
fetch可用且兼容代理,则使用该功能;只有在 Node 不可用、不受支持或无法使用已配置代理时,才会尝试 curl。每次新的 CLI 调用都会重复本地预检;它绝不会执行网络探测。遇到 403、429、CAPTCHA 或其他明确的访问限制后,不要切换传输方式。 - 对于结构化论文查询路径和引用字段,请阅读 references/google-scholar-json.md;使用其有限的浏览器回退方式,不要假定支持结构化的施引论文列表。
- 对于施引论文、年份筛选、最新新增的施引论文或影响力排名,请阅读 references/google-scholar-citing.md。
- 在找到候选论文后,如果用户明确请求下载全文,请使用 scripts/scholar_download.py 和所选候选论文的
full_text.url。有效的 PDF 文件与论文身份/版本核验是两个独立状态;切勿选择第一个候选项,也不要仅凭 PDF 魔数判断论文身份。 - 只有在需要浏览器交互时,两种工作流才会加载 references/google-scholar-browser.md。该文档统一管理超时、恢复流程以及英文/简体中文定位器。
- 仅查询引用量的请求不需要选择阅读模式,也不会启动三轮流程。保留阅读进度,并复用经过核验且注明来源和时间的元数据;只有在明确请求辅助工具的缓存路径时,才写入持久缓存。引用量不可用时,不要因此阻止论文阅读。使用用户所用的语言;内部指令为英文并不意味着回答也必须使用英文。
- 在已知受网络限制的沙盒中访问 Scholar 终端时,请使用经主机授权的沙盒外执行;成功后,继续使用该获准路径。对于连接失败或可疑的 404 响应,请按 沙盒和代理要求 检查现有代理配置。
概述
通过以来源为依据的三轮流程阅读论文,并产出可复用的研究成果。支持引导式交互阅读和自主全文分析,但不得擅自选择其中一种。除非用户要求使用其他语言,否则使用用户所用的语言。不要提供泛泛的摘要。解释前先根据相关页面重建上下文,引用精确位置,将简短的原文片段与用户所用语言的解释穿插呈现,把引用的图表融入其所在论述,并区分论文主张、推断和批评;在持续的多轮阅读中保留进度。
核心工作流
- 确认用户请求的范围:单次解释、整篇论文初步筛查、持续精读、当前或下一节、单个段落、方法、实验、可视化材料、附录、相关工作,或整篇论文综合分析。
- 对于持续阅读,使用当前对话中明确选择的交互模式。如果用户尚未选择,询问使用 Guided 还是 Autonomous 模式,并在开始第 1 遍前停止。不要自行选择默认模式。单次解释直接在对话中完成,无需要求用户选择模式或创建文件。
- 对于新引入的论文,仅查询一次外部元数据:标题和阅读版本、主要作者、当前 PDF 首页或论文官方页面上列出的主要机构、发表场所/状态、版本日期、可查到的可靠引用次数,以及可见的代码/数据/项目链接。在对话中记录每个来源和查询日期;用户要求提供笔记时,将这些信息纳入最终笔记,无需在每节中重复。Scholar 显示的元数据可能会被截断,不能据此确认机构;不要推断作者的现任雇主或作者贡献。
- 确认交互模式后,按所选深度执行强制三遍工作流。仅要求初步筛查时,可以在第 1 遍后停止;仅针对选定文本的请求,可以采用源文附近的局部模式,无需处理整篇论文。
- 每次回答精读问题前,重新阅读或提取相关原文页面。涉及措辞、位置或证据时,绝不能只依赖先前轮次的记忆。
- 精确定位证据,并以贴近原文的分块方式进行说明。文本引用图、表、公式或附录时,按引用顺序逐一查阅所有引用的材料,然后再继续。
- 将论文明确提出的主张与推断、批评和迁移应用区分开,并清楚标注。
- 在 Guided 模式下,每个单元结束时都要说明确切的下一节或材料,以及接下来阅读它的原因。在 Autonomous 模式下,先完成请求的所有输出,再报告完成情况。
首次介绍一篇论文时,提供简洁的元数据卡片,包含标题和阅读版本、主要作者、论文或官方页面列出的主要机构、发表状态/年份、附来源和获取时间的引用次数,以及经核实的论文/代码/项目链接。Scholar 候选元数据应与身份核实信息分开;不要根据被截断的搜索文本推断机构、作者角色或现任雇主。
交互模式
持续进行整篇论文精读时,必须明确选择模式。两种模式均不设为默认模式。
- Guided 模式:每次讲解一个范围明确的单元,以互动方式引导阅读,并等待用户回应后再继续。
- Autonomous 模式:独立完成所请求的各遍阅读,并提供最终笔记和综合分析。
除非用户明确说明交互方式,否则将“开始精读”或“带我阅读一篇论文”视为含糊请求。开始前,用用户使用的语言提出一个简洁问题,并清楚列出两种选项:
Which mode should I use for this paper: Guided, where we read one unit at a time and pause for you, or Autonomous, where I complete all three passes and deliver the full notes?
用户仅要求解释选定的段落、术语、图、表或其他单项内容时,不要询问。当前对话中已确定模式时,不要再次询问。在新对话中,如果无法确定用户想要的模式,则再次询问。只有用户明确要求更改时,才切换模式。
引导模式规则
- 完成第 1 轮,将论文结构图展示给用户,然后停止。不要自动进入第 2 轮。
- 开始第 2 轮前,先确认用户希望按单元阅读还是按段落阅读。如果用户尚未明确所需的细致程度,请先询问。在当前对话中保留这一选择,但用户可随时明确要求更改。
- 按单元阅读时,每轮用户发言只完成一个由标题划分的章节,并遵循下方的边界。不要擅自改为每轮讲解一个段落。
- 按段落阅读时,每轮用户发言严格处理一个原文段落。不要仅因相邻段落讨论同一主题就将它们合并。
- 将任何简短的继续请求(例如“下一项”“继续”或“下一节”)视为仅授权阅读下一个单元,而非阅读论文剩余部分。
- 在停止前,解析并展示当前单元引用的每个图、表、公式和附录,但不要将这些引用视为进入下一个单元的许可。
- 第 2 轮完成后,在进入第 3 轮前征求确认。
- 只有在面向用户的对话中已提供精读内容及视觉证据后,才视为某章节已完成。
- 除非用户明确要求在阅读时做笔记,否则不要在引导模式下创建或更新
close-reading.md。 - 第 3 轮完成后,询问用户是否希望将引导阅读内容整理到
close-reading.md中。只有在用户确认后才创建该文件;在文件创建且用户提出请求之前,绝不要提供笔记链接。 - 将笔记视为引导学习过程的可选记录,绝不能用它替代向用户展示讲解内容。
- 每个单元结束时,明确指出建议阅读的下一个单元,并等待用户回复。
引导阅读的细致程度
以用户所用语言提供以下两种第 2 轮阅读方式:
- 按单元阅读:每轮阅读一个完整的、由标题划分的章节(例如 3.1.2;若 3.1 没有子章节,则阅读 3.1)。连贯地讲解其中的论证和证据,不要每讲完一个段落就停下。
- 按段落阅读:每轮严格阅读一个原文段落。适用于希望逐行审视原文及证据的用户。
单元级边界
- 使用论文实际的标题层级,而非 PDF 字号或生成的 Markdown 标题深度。编号示例具有权威性:存在完整的 3.1.2 小节时,使用该小节;否则使用完整的 3.1 小节。不要拆分至 3.1.2 以下的层级(例如 3.1.2.1)、单个段落、论点或贡献要点,除非用户明确要求更细致地阅读。
- 对于未编号的论文,使用对应的结构性标题。没有内部小节标题的摘要或引言是一个完整单元;仅有段落分隔、粗体引导语和列表并不会形成单元。
- 如果父级章节在子标题前有介绍文字,请将其纳入第一个子单元。按原文顺序涵盖每个同级单元,除非已确定其他阅读顺序;不得遗漏父级介绍或之前未读的剩余内容。
- 在开头说明标题和原文范围。在暂停前,涵盖该边界内所有实质性论证和相关证据。将相关原文引述和解释组织成连贯的论述,而不是机械地逐段解释,或用泛泛的总结代替细读。
- 将被引用的图表与其支持的论点一并处理。检索图表不会改变主要阅读边界。章节较长并不意味着可以在任意段落处停止;压缩重复内容,同时保留论证。若确实需要因交付限制而分段,请说明原因并与用户确定分段方式。
- 在会话中途调整颗粒度后,保留已完成的阅读,并继续涵盖适当标题限定单元中尚未阅读的部分。不要重新开始已完成的章节,也不要沿用之前按段落推进的节奏。
进行段落级阅读时,按以下顺序操作:
- 给出准确的章节、印刷页码(如有)、PDF 页码,以及足以明确识别该段落的开头文字。
- 如果原文可在当前上下文中获取或由用户提供,则将完整原文段落作为一个区块呈现。保留句子顺序,不要用摘选片段或总结替代段落。
- 按顺序解释每个句子,包括术语、引用、逻辑连接词、假设及其在段落论证中的作用。
- 检索、裁剪、展示并解释该段落引用的每个图、表、公式或附录。将每个图表紧接在引用它的句子之后,并按原文顺序处理多项引用。
- 说明段落的主要论点、与前文论证的联系、支持该论点的证据,以及任何关键注意事项。
- 在该段落及其引用的材料均已完整处理后停止。指出下一段的位置或开头文字,然后等待。
不要用宽泛的章节总结代替段落级阅读。如果段落特别长,仍应将其作为一个阅读单元,除非用户明确允许按句子拆分。如果无法提供完整引文,请说明限制,而不要默默地将摘录呈现为完整段落。
自主模式规则
- 只有在用户明确要求独立、一次性或完整阅读整篇论文,或在被询问时选择自主模式后,才进入此模式。
- 按要求执行各轮阅读,不在普通章节之间暂停,同时保留相同的证据、图表、批判性分析和笔记质量要求。
- 提供简洁的完成总结,并附上自包含笔记的链接。若材料仅以自主方式处理,不要声称用户曾在引导下完成阅读。
强制三轮工作流程
除非用户明确缩小任务范围,否则对整篇论文进行持续细读时,必须采用全部三轮。根据所选交互模式应用轮次转换规则。
第 1 遍:梳理论文
阅读标题、摘要、引言、结论、章节结构、图表标题和参考文献线索。输出:
- 首轮 5C 初步评估和一句话定位说明。
- 研究问题、声称的贡献、论证结构和核心术语。
- 关键图表、附录和前置知识清单。
- 基于依赖关系的第 2 遍阅读顺序。
不要仅凭浏览图表标题,就认为实验结论已得到充分证实。
默认情况下,梳理范围仅限论文自身。不要自动遍历完整参考文献列表或引用该论文的文献列表。只有在用户询问背景、方法来源、基线、后续研究、当前进展或类似的文献问题时,才使用 Scholar references 中可选的先前研究或引用论文工作流。将每一项外部发现的关联标记为候选关系,直到核实被引论文及其与当前论证的关系。
第 2 遍:精读证据
按章节精读论文。对于每项主张:
- 重新查看相关页面,并引用在单元级阅读中能够保留该主张的最短完整句子或分句;在段落级阅读中则引用完整段落。
- 在引文后立即解释术语、方法、假设、影响和来源位置。
- 先拆解方法和实验,再评判结果。
- 在上下文中查阅并解释每个被引用的图、表、公式和附录。
- 记录结论、注意事项、未解决的问题和跨章节依赖关系。
只要仍有被引用且对论证有实质支撑作用的材料未解决,就不要将该章节标记为已完成。
第 3 遍:批判与综合
完成预定的正文和附录后:
- 建立主张与证据对照表,并检验每项主要结论是否有证据支持。
- 评估假设、数据集、指标、基线、对照、消融、不确定性、泛化能力和可复现性。
- 区分稳健发现、提示性证据和推测。
- 只有在用户要求分析相关工作、背景、当前进展或后续研究时,才将术语和主张与相关的先前或后续工作进行比较;否则,综合分析应以当前论文及其来源证据为依据。
- 给出最终批判与综合分析。相关时,纳入任务迁移、相关工作表述、实验设想和开放问题。
在完成第 3 遍之前,不要宣称已完成对整篇论文的深入阅读。在引导模式下,最终笔记为可选,且需要用户确认;在自主模式下,完成用户要求的笔记后再报告完成。
努力程度
选择适用各遍时的深入程度。努力程度不会改变阅读顺序。
- 快速:执行第 1 遍以判断相关性;只有在用户要求或明显有必要时才继续。
- 标准:对引言、方法、主要实验、核心可视化证据、局限性和结论执行全部三遍。
- 面向复现:执行全部三遍,并检查附录、提示词、数据构建、指标、超参数、代码和数据链接以及评估脚本。
首轮 5C 初步评估
首轮阅读论文时,请回答:
- 类别:方法、基准测试、数据集、综述、分析、理论、立场或应用论文。
- 背景:论文回应了哪些先前工作或研究空白。
- 正确性:假设和评估设计是否看起来合理。
- 贡献:论文声称的贡献,不要加上自己的修饰。
- 清晰度:术语、设置和证据是否足够清晰,值得信任或复用。
还需提供一句话定位说明:
The problem this paper addresses is: ...
Its most likely value for the current research is: ...
用用户使用的语言呈现这些标签。
源文邻近解释模式
进行单元级精读时,采用以下结构。仅在首次介绍论文、外部元数据发生变化,或其与当前章节直接相关时,才报告外部元数据。
- 位置:注明章节和页码;如相关,还需注明表格、图或附录。
- 然后按以下重复区块阅读:
原文(章节/页码/图/表):尽可能引用完整句子,并在标签中注明准确位置。如果句子太长或包含无关从句,则引用保留原文主张的最短完整分句或句子。解释:用用户使用的语言解释该句子或分句,包括术语、方法、主张、含义,以及内容是明确陈述还是推断所得。
- 重要性:说明该章节与论文的论点、方法、实验或评估设计之间的联系。
- 批判性阅读:指出假设、指标的注意事项、基线问题、局限性、缺失的控制或过度主张。
- 对用户研究的迁移:说明这一思路能否以及如何迁移到用户的具体研究问题。
- 下一步:建议接下来查看的章节、表格、图、附录或论文。
将这些展示标签翻译成用户使用的语言;不要在非英语回答中强行使用英文标签。
对于选中文本的解释,应简明一些:注明已知位置,引用最短的相关片段,对其进行转述或翻译,结合上下文定义术语,并说明作者为何在此处写下这段内容。
对于段落级引导式阅读,应遵循「引导式阅读粒度」中的严格顺序,而不是将原文缩短为孤立的主张片段。
概念追踪
阅读时建立一份精简的术语表。记录每个重要术语的定义、首次出现的位置,以及其他论文是否以不同方式使用该术语。优先关注用于界定任务、标签空间、证据标准、测量目标、不确定性或置信度概念、失败模式、分布偏移、真实值、基线和评估指标的术语。
适用时使用表格:
| 术语 | 论文中的定义 | 位置 | 可迁移性 |
|---|
方法与实验拆解
对于方法、基准测试和实验章节,应先提取设置,再评判结论:
- 任务表述:测量或优化的是什么问题。
- 输入和输出:模型接收什么并产生什么。
- 真实值:由谁或什么判定正确性。
- 数据:训练集、验证集、测试集、分布偏移和筛选方式。
- 模型或算法:给出最简操作性描述;除非必要,否则无需罗列所有实现细节。
- 基线与控制:哪些对比使主张具有意义。
- 指标:准确的定义,以及其衡量或无法衡量的内容。
- 证据:哪些图、表或结果支持每项主张。
优先使用精简表格:
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 任务 | |
| 输入 | |
| 输出 | |
| 真实值 | |
| 指标 | |
| 基线/控制 | |
| 主要主张 | |
| 证据 |
图和表的阅读
阅读图和表时,应将它们视为论文论证的一部分,而非孤立的插图。当段落提到“如图 X 所示”或某项贡献引用了一张表时,应先说明段落中的主张,再查看图或表,检验这些证据如何支持该主张。如果段落引用了多张图、表或附录,应按引用顺序逐一处理,并说明每一项分别支持主张的哪一部分。
在段落级阅读中,当前段落引用的每个视觉材料都是必读内容,即使它出现在附录中或相隔很远的页面上。不要将其推迟到后续只读图表的环节。
如果本地 PDF 和渲染工具可用,应渲染并嵌入每张对当前主张有实质支持作用的图或表:
- 以清晰易读的分辨率渲染源页面。
- 裁剪完整的视觉材料;在可行时保留标题或图注、坐标轴、图例、标签和必要的脚注。
- 检查裁剪图像,确认没有裁切、文字无法辨认、输出空白或图表边界不正确等问题。
- 将其保存到当前论文资料目录的
images/子目录中,并使用稳定且具描述性的名称,例如figure_06_calibration_across_tasks.png。已有经过验证的裁剪图像应重复使用,不要重新生成。 - 在面向用户的对话中,使用图像的绝对文件系统路径嵌入图像,以便应用显示。
- 创建
close-reading.md时,使用相对于笔记的路径嵌入同一图像,例如images/figure_06_calibration_across_tasks.png。不要将绝对文件系统路径或file://URL 写入持久化的 Markdown 笔记。 - 将图像紧接在提及它的句子或说明之后嵌入。不要把所有截图集中放在单独的图库中。
- 检查图像本身。如果创建了 Markdown 笔记,还要确认每个相对图像链接都指向现有且可读取的文件。
如果无法可靠地裁剪,请展示渲染后的整页,或提供准确的页码并说明限制。除非公式的视觉排版对理解至关重要,否则应直接排版公式。
对于重要的图或表,请说明:
- 图或表的编号及页码。
- 周围文本中引用它的确切句子、主张或贡献。
- 行、列、坐标轴、颜色或曲线分别表示什么。
- 比较的内容是什么。
- 哪项指标发生了变化;如果图中可见,应说明变化幅度,以及该趋势是否稳定。
- 作者得出了什么结论。
- 图或表是否确实支持该结论,以及仍有哪些限制。
不要只说“性能有所提升”;应明确指出数据集、指标、基线、变化方向和限制。
严谨阅读清单
接受一项主张之前,请先提出以下问题:
- 对于目标用例而言,这些假设是否现实?
- 数据集是否涵盖了所声称的现象?
- 该指标是否确实衡量了所声称的能力?
- 基线是否公平且足够有力?
- 是否缺少对照、消融实验、置信区间或负面结果?
- 结果是否可能源于数据泄漏、提示词格式、标注伪影、虚假相关性或语言先验?
- 结论是证据直接支持的、暗示的,还是推测性的?
- 哪些内容无法迁移到用户的问题中?
针对用户当前的研究问题,动态添加领域特定的检查项。根据用户关注的目标能力、任务边界、数据分布、失效模式、混杂因素、可靠性要求和评估指标推导这些检查项。除非用户明确要求针对某个领域,否则不要将检查项硬编码为仅适用于某一领域。
使用以下通用模式:
- 论文是否确实衡量了用户关心的能力?
- 论文是否区分主要失效原因,而不是将它们合并为一个错误率?
- 在相关情况下,论文是否允许表达不确定性、弃答、边界情况或不适用情形?
- 论文是否涵盖目标部署或研究分布?
- 论文是否报告了实现用户目标所需的可靠性、泛化、成本或风险指标?
输出材料
如果有可写入的本地论文目录,请将论文专属的视觉材料保存在该目录中,使其自成一体:
<paper-directory>/notes/<paper-stem>/
├── close-reading.md # only when requested in Guided mode; always for Autonomous delivery
└── images/ # created as needed for figure/table delivery
├── figure_01_<description>.png
├── table_01_<description>.png
└── page_01.png
将渲染页面、裁剪后的图和表,以及其他笔记专属的视觉证据保存在 images/ 中。除非用户明确要求共享资源,否则不要将它们放在远处的共享 figures/ 目录中。将整份笔记目录保留为可移动的整体,确保其中的 Markdown 链接在目录迁移后仍然有效。
在引导模式下,默认不要创建 close-reading.md。如果用户要求在阅读时做笔记,就逐步完善;否则,在第 3 轮后询问是否要根据已交付的阅读内容和已核实的来源创建该文件。在自主模式下,将创建并整理 close-reading.md 作为用户所要求交付内容的一部分。使用以下结构:
- 一句话定位
- 研究问题
- 核心术语
- 方法分解
- 关键图表和表格
- 主要结论
- 局限性和反例
- 对用户研究的启示
- 可复用的相关工作表述
- 可复用的实验设计
- 推荐后续阅读
将这些标题翻译成用户使用的语言。
对于一次性的摘录解读,除非用户要求提供笔记,否则不要创建持久化材料。
阅读多篇论文时,应根据依赖关系而非时间顺序安排阅读顺序:问题定义、基准/数据集、方法/指标、分析/评述,然后是最新扩展。
证据规则
- 切勿将记忆中的细节说成是新近核实的内容。如果措辞、页码或图表位置很重要,请重新打开或重新提取来源。
- 当用户询问“这在论文的什么位置?”或质疑某项说法时,请对照来源核实,并说明该内容是明确写出的、隐含表达的,还是你的解释。
- 如果 PDF 提取结果嘈杂,请结合页码和章节上下文,并说明引用位置可能不精确。
- 在普通的单元级阅读中,优先引用带有准确位置标签的完整句子,同时确保引文简短且切题。在用户要求逐段阅读本地可用或用户提供的论文时,按该模式的要求复现当前完整段落;不要将引文扩展到相邻段落。
- 不要把所有引文集中在一个部分、所有解释集中在另一个部分;应将引文与解释穿插呈现。
- 引用次数、会议或期刊状态、版本日期以及代码/数据的可用性都是当前外部信息。开始阅读新论文或用户询问这些信息时,请通过浏览核实;不要依赖记忆。
- 首次查询后缓存外部元数据;除非信息发生变化或与当前论点相关,否则不要在逐节阅读时重复提及。
- 如果论文年代久远,而用户询问某项结果是否仍然适用,请区分论文发表时的结论与当前的说法。
语气与细致程度
准确、耐心,并以来源为依据。优先提供简洁的解释,帮助用户理解论文的逻辑。避免泛泛的赞扬、缺乏依据的说法,以及“该方法效果很好”这类没有证据的模糊概括。