paper-glossary

论文术语表

根据 *_source_manifest.json 构建共享术语表备注。始终需要提供 --source-manifest；--raw-sections 仅用于通过显式指定的 *_raw_sections.jsonl 覆盖其中的 raw_sections_path。此技能绝不会运行或修改论文阅读工作流；清单和原始章节文件是其唯一的论文内容边界。JSON 和 CLI 合约请参阅 references/file-contract.md。

预览并等待（默认）

1. 首次使用时显示已保存的配置（针对每个人／设备）。如果没有配置，请询问用户在 Obsidian 库中的术语目录并进行配置；之后重复使用有效配置。设置可能会创建 ~/.paper-glossary/config.json。
2. 当用户请求文章链接时，必须要求提供明确的文章 Markdown 路径。验证该路径与已配置的术语目录位于同一个 Obsidian 库中；绝不推断文章路径。
3. 根据有效正文运行确定性提案。
4. 恰好执行一次有依据的宿主语义审查，并受 shortlist_limit 限制。审查只能删除或重新排序候选项，且必须保留每个保留提案候选项的准确 term 字符串。
5. 使用 plan_glossary.py --review-proposal PROPOSAL --reviewed-terms NAMES 记录经过审查的候选列表；此操作会根据当前论文来源验证已保存的提案，并保留每个完整候选项、排序后的 surface_forms 和出处。 如果审查后候选列表为空，则报告 no_candidates 并停止，不要显示选择器。
6. 将已审查产物中保留的所有术语以带编号的 Markdown 列表呈现。这是终端、Codex 和 Claude Code 的交互界面。显示解析后的术语目录、文章 Markdown 路径（如果未请求，则说明未请求），并说明选择即授权写入／补充术语表，以及在提供文章路径时，为文章中首次安全出现的术语添加链接。
7. 声明：在用户选择之前，尚未写入任何术语表备注或文章 Markdown。 结束回复并等待。 预览期间不要进行分类、清点、生成、链接或检查。

宽泛请求、清单、原始章节路径或文章路径都不代表用户已批准选择。仅当宿主原生选择器在一次交互中显示完整且相同的列表时，才允许使用。

选择完成后

仅接受紧接在前的编号列表中的数字、精确术语名称或 全部写入。调用脚本前，先将选择解析为显示的精确 term 字符串；全部写入 仅适用于该列表。对于无效选择，返回有效范围并再次等待。分流必须同时提供 --reviewed-shortlist REVIEW 和解析后的精确名称作为 --terms；绝不可单独使用 --terms，也不要添加别名语法。

将当前的 --source-manifest、可选的 --raw-sections 和已保存的 --reviewed-shortlist 传给 inventory、writer 和 linker。Inventory 将已保存的 --triage 工件用作所选术语输入；writer 和 linker 也必须接收同一份已保存的 --triage。在写入任何词汇表或文章之前，它们都要求其 term 和 surface_forms 与这份独立授权完全一致且顺序相同。

1. 对所选内容进行分流；其选择身份绑定每个精确选定名称及按顺序排列、以论文为依据的形式。
2. 从该分流工件运行库 inventory；它会重新计算完整的提案／审核／选择溯源链，并在论文、来源、候选短名单或形式不匹配时安全失败。
3. 然后生成一个具备操作类型感知能力的批次。
4. 对已配置的词汇表目录运行一次 writer 调用；它会重新验证同一条溯源链，并要求其按顺序排列的 inventory 结果与授权分流完全一致，然后执行整批预检，再执行创建／补充／复用提交。Writer 会解析设备本地配置（或该设备的显式 --config-path），不接受独立的写入目标。使用 --article 时，其反向链接根据解析出的文章 Markdown 文件名（不含扩展名）生成。不提供文章时，仅写入词汇表的反向链接取自经过验证的清单 paper_id。成功生成的工件会保留 triage_sha256、溯源信息、文章上下文、按顺序排列的映射及其确定性 mappings_sha256；映射摘要会绑定分流身份。
5. 仅当提供／请求了文章 Markdown 时，才在每个成功的 writer 结果首次安全出现的位置进行链接。Linker 会根据同一份当前来源／审核信息验证 writer 溯源、上下文、摘要、注释路径、文件名（不含扩展名）和形式，并拒绝没有绑定文章路径的工件。如果请求仅写入词汇表，则跳过 link_glossary_terms.py。
6. 对 writer 返回且已更改、action 为 created、enriched 或 updated 的词汇表注释文件，通过一次 lint_glossary.py 调用并使用重复的 --input PATH 参数进行 lint。不要将文章 Markdown 传给 lint_glossary.py。
7. 报告可观测的挂钟时间和状态。分别计时仅在主机上执行的阶段。每个 CLI 都会为其完整调用输出顶层 elapsed_ms。单次 writer 调用包含整批预检和提交。不要分别报告预检和提交的耗时。

创建 new 条目；对 existing_thin 条目仅补充缺失的结构化字段和缺失的出现位置；对 existing_complete 条目仅添加缺失的出现位置。不要覆盖现有注释内容。关于 existing_thin、条目操作、writer forms 和链接状态，请参阅 references/file-contract.md。

依据

• anchor_only：简洁说明论文中的用法，并提供精简的一般解释。
• needs_explanation：标注背景解释，并附上可信度和论文中的出现位置。
• 排除仅出现在参考文献中的内容作为证据。将论文事实保留在 occurrence 中，并标注外部知识。