paper-reviewer

审稿意见及其回复

两项工作，同一种立场。撰写审稿意见和回复审稿意见，是同一种能力的两面：只有还原出对方提出的问题，才能证明自己回答了这个问题。

开始前先选择模式。

模式	输入	输出
report	一篇稿件	一份审稿意见，或对审稿人会批评哪些内容的预测
inventory	一份审稿意见	按审稿人的原话和顺序列出所有要求及其子项
reply	一份审稿意见和一篇稿件	对每项要求逐一回复，并附上覆盖范围审查
grade	一份拟好的回复	一位不耐烦的审稿人会如何回复

约定

审稿意见是一组问题，回复是一组答案。任务是让两组内容精确对应，让审稿人可以一边翻看自己的审稿意见，一边核对你的回复信。

数量相同。标识相同。顺序相同。原话相同。详略与问题分量相称。

这种对应关系必须直观地呈现在文中，而不能只在总结里声称。由此得出三项要求，而本技能中的每条规则都源于此：

1. 逐字引用审稿人的意见，并紧接在回复上方。 不得改述、概括或删节。Nature Methods 将改写审稿人意见列为一种操纵手段，Nature Chemistry 则要求作者列出审稿人的各项意见。
2. 回复使用审稿人自己的措辞。 如果对方写的是 data leak，回复中也要说 data leak。绝不能另造替代术语、框架名称或类别标签，让审稿人必须先理解它们才能看懂你的回答。通俗易懂应通过解释对方使用的术语来实现，而不是另造更好的说法。
3. 审稿人没有耐心。 Nature Neuroscience 的说法是：keeping in mind that referees are busy。第一句话就要给出答案。回复应尽可能简短，同时充分解决问题。对轻微意见回复过长，与对重大意见回复不足同样是缺陷；Nature Chemistry 还特别提醒，冗长的论文式写法会让修改内容更难理解。

本技能不负责什么

• rebuttal-response 决定如何作答：对每项要求采取什么立场、证据支持的最有力论断是什么、如何诚实处理负面结果，以及如何确保回复信、稿件和补充信息保持一致。在此处整理意见清单，在那里起草回复，再将草稿带回此处，进行面向不耐烦审稿人的检查。
• submission-audit 对尚未经过审阅的稿件进行一轮审稿人式拒稿审查。投稿前使用它；使用本技能提前模拟审稿人，并在收到真实审稿意见后进行处理。
• stats-reporting-audit 负责统计方面的实质内容：n 背后的独立单位、重复、多个比较的校正以及图注中的统计信息。遇到统计相关要求时，从那里获取实质内容，只从这里获取回复形式。
• nature-portfolio-playbook 负责期刊和文章类型的选择。本技能假定期刊已经确定。

模式 report

阅读 review_checklist.md，了解各阶段的评审标准、Nature Portfolio 实际要求审稿人填写的项目、审稿意见的结构，以及如何撰写可逐项回复的意见。common_issues.md 列出需要检查的问题；reporting_standards.md 介绍指南合规性和整个期刊系列通用的 Reporting Summary。

模式 inventory

阅读 comment_splitting.md。规则可概括为一句话：

只要需要采取不同的行动来满足审稿人，就在此处分开。

只有采取同一项行动就能解决两项要求时，两个从句才算一项要求。判断标准是：审稿人能否在第 2 轮仅针对这一段写道：the authors did not do this？

遇到审稿人列出的任何一项、任何请求动词、任何问题、任何将缺陷陈述为事实的句子、任何单独的目标对象，以及任何交付内容的变化，都要拆分。应剔除概述子项的引导句、换种说法重述请求的句子，以及仅为请求提供理由的句子。若一项要求点名一组对象，则在台账中将其展开为每个元素各一条记录，以免遗漏只完成一部分的情况。在回复信中，这些记录可以合并到同一条回复中，前提是回复点名每个元素，并说明每个元素的处理情况，包括无需修改的元素。只回复一个范围而不点名其中任何元素，不论你修改了四个面板还是两个面板，读起来都一样。

编号采用审稿人的编号。 绝不重新编号、调整顺序或按主题重新分组。保留缺号：如果审稿人评论了面板 a) 和 c)，跳过了 b)，回复也应如此。引文中保留审稿人的拼写错误。如果审稿人没有编号，不要编造看起来像审稿人所用的编号方案；按段落分隔拆分，使用明显由作者添加的标签，例如 R1-P1，并说明一次这些标签由你添加。

将结果记录在 notes/review-ledger.md。它是工作文档，不会放入回复信：审稿人不应为了找到对自己某条意见的回复而查阅表格，也不应收到一张由作者给其意见打分的表格。

模式 reply

阅读 reply_blocks.md。回复块格式固定：

[the referee's comment, verbatim, complete]

[answer sentence]

[evidence, if the band allows it]

[location]

页面上的呈现方式如下：保留审稿人自己的标签和顺序，每条意见各回复一次，并且每条回复都先给出答案：

## Reviewer #2

Reviewer #2 raised 5 numbered comments, 6 points under "Figures:", and 12 points under
"Minor comments:". Each is quoted below in your original order with its own reply.

### Fig. 2a
> a) y-axis legend (FoE) is missing.

Added. The y axis of Fig. 2a now reads "FoE (fraction of enriched features, higher is better)".
(Fig. 2a)

### Fig. 2c
> c) The used dataset is not mentioned in the figure legend. Is it BBBC022?

Yes, it is BBBC022. The legend now names it. (Fig. 2 legend)

### Fig. 2d
> d) Classification loss decrease makes MAP and FoE worse?

Yes, beyond epoch 40. Lower classification loss past that point reflects fitting plate-level batch
signal, which MAP and FoE penalise. (page 7; Supplementary Fig. 7b)

审稿人没有提出的两个面板不需要回复块，缺号应保留。审稿人滚动查看自己的报告时，能看到自己的 a)、c)、d) 与你的 a)、c)、d) 一一对应。

两个调节因素

严重程度，即你对科学风险的判断，决定需要开展多少工作。审稿人自己的表述方式决定回复需要写多少文字。

审稿人的表述方式	字数上限
位于 minor 标题下，或用一句话请求一项修改	40 个词
带编号的实质性意见	120 个词
对有效性、对照、统计分析或核心主张提出异议	300 个词

当两者不一致时，完成工作并简短回复。 作为一行次要意见提出的严重问题，仍需进行完整实验并重写稿件。回复仍然只写两句话，因为修改在稿件中，回复只需指出修改所在位置。

通俗易懂的语言

以下是最重要的规则。完整的十四条规则，每条都附有一个不合格示例及其改写，见 reply_blocks.md。

1. 第一句话就是答案，并且即使读者没有重读意见，也能正确理解。
2. 第一句话少于 25 个词，且只有一个主句。
3. 第一句话使用审稿人自己的名词。
4. 绝不改换审稿人所用的名称。如果审稿人的术语不够准确，就保留该术语作为核心词，并在同一句中补充修正说明。
5. 审稿人没有使用的任何术语，首次出现在该回复块时，都要附上通俗释义，且不超过 6 个词。
6. 致谢最多只能是一个从句，绝不能单独成句。
7. 每个数字都要包含数值、单位或指标、优劣方向以及比较对象。
8. 每句话只表达一个想法，最多 30 个词，只用一个限定语；句子之间不得用代词承接前一句的主语。不得使用破折号。
9. 先说令人不悦的事实，绝不要以 As the referee correctly points out 之类的填充语开头。
10. 每条回复都必须以修改位置收尾，或明确说明未作任何修改及其原因。

五种回答

仅供自己使用的简要描述；它们绝不会作为标签出现在回复信中。我们做到了：过去时的行动加上结果。我们做了较小规模的版本：先说明做了什么，再说明没做什么。论文中已经写了：先说明位置，再说明为便于查找而做的修改。我们不同意。我们无法做到：用一句话说明拒绝及具体原因。

最容易出错的是表达不同意。陈述事实，而非立场：这些实验中不存在数据泄漏，绝不要写 我们谨此表示不同意。针对前提，而不是读者。先给出证据，并以一个结果开篇：如果审稿人的判断正确，结果就会朝相反方向发展。用单独一句话承认其中属实的部分。无论如何都要修改稿件，因为引发这一疑虑的是容易引起误解的文字：让文字更准确（给出定义、更清楚地说明设计、收窄主张），而不是摆出防御姿态。安抚审稿人的话和回复信中的论证都留在信里。

grade 模式

• 两行测试。 将审稿人的要求写成一行，在下一行写你的首句，只读这两行。主要动词是否对应，或者是否明确拒绝？对方提到的对象是否出现？你的首句在修订前是否就已经成立？如果不了解论文的读者无法判断第二行是否回答了第一行，这条回复就不合格。
• 数量核对。 要求数与回复块数相同。每个编号均出现一次，顺序一致，保留编号间的空缺。审稿人提到的每个图、面板、表和行号都要逐一列出，包括无需修改的项目。不能有任何回复块的完整答案只是交叉引用。每个回复块都以具体位置结尾。
• 高亮核查。 报告中的每个分句都要划去一次，前提是你找到了能解决该问题的句子。任何未划去的部分都意味着回复有所遗漏。
• 落到实处。 回复承诺的修改必须出现在稿件中。只写在回复信里的修改，是复审中最常被发现的问题。

运行检查器，完成机械性检查：逐字引用、顺序、每项要求对应一条回复、位置、笼统措辞、冗长内容。

python3 ~/.agents/skills/paper-reviewer/scripts/check_coverage.py \
  --reviewer reviews/round1.txt --letter response/round1.md \
  [--ledger notes/review-ledger.md] [--manuscript manuscript.md] [--strict] [--json]
# Claude Code (global install): replace ~/.agents/skills with ~/.claude/skills
# Claude Code (project-local install): replace ~/.agents/skills with .claude/skills

检查器无法判断回复是否切题。检查通过不代表回复信写得好。

Nature Portfolio 说明

本节所有内容的来源都列在末尾的 review_checklist.md 中。政策会有变动，请查看期刊页面。

• 除非你已查看具体期刊页面并确认另有规定，否则请假设回复会公开发表。 自 2025 年 6 月起，Nature 已公开发表所有新研究投稿的审稿报告和作者回复；Nature Communications 自 2022 年 11 月起也如此；其他刊物则各不相同，有些需要主动选择公开。无论如何，每位审稿人都能看到其他所有审稿人的报告和你的答辩。
• 总体说明应放在给编辑的投稿附信中，而不是每位审稿人回复的开头。 投稿附信不会公开，适合写任何不应让审稿人看到的内容。
• 由编辑裁定。 决定并非投票。当审稿人意见相互冲突时，请在各自的回复块中分别作答，只以事实陈述一次存在的冲突，并由编辑裁定。不要拿一位审稿人的意见来反驳另一位。
• 编辑部的要求并非审稿意见。 决定信可能提出审稿人未要求的事项。这些事项要单独设立回复块。
• 整个出版系列中的审稿报告字段并不相同，报告也不必遵循所列顺序，因此不要假设收到的报告带有编号。有些期刊设有单独的代码评估部分，因此代码方面的意见可能出现在主要意见区块之外，但仍需单独回复。

相关文件

文件	何时打开
review_checklist.md	撰写审稿报告，或预测审稿人会质疑哪些内容时
comment_splitting.md	将收到的报告整理成清单，或在不同轮次间延续处理时
reply_blocks.md	起草或评估任何单条回复时
common_issues.md	指出方法或统计问题，或对收到的意见进行分类时
reporting_standards.md	涉及指南、检查清单或 Reporting Summary 时
scripts/check_coverage.py	发送前进行机械式覆盖审查时

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来源：审稿报告部分改编自 inno-paper-reviewer。回复对齐层为本仓库原创，提炼自 Nature Portfolio 发布的审稿人回复指南以及公开的同行评审文件。