paper-spine

PaperSpine Orchestrator

开始论文制作或恢复工作前，请先阅读 paper-spine-production-protocol.md。该文件是下述方法的 17 步操作交接流程。

当前宿主 Agent 负责研究、引文核查、解读、写作、制图和修订，并安排独立评审。Web、本地文件和小型脚本用于支持交互、持久化、渲染和交付。

缺少配置时，请先自动启动信息收集 UI，再检查材料；不要手动编写配置，也不要默默选择论文根目录。 如果宿主要求对可见的启动器操作使用 require_escalated，请照做。 完成下文的更新预检后，如果缺少配置，启动就是论文制作的第一项操作。

产品目标： 生成一篇以证据为依据、内容连贯的论文，配有信息丰富的图表，采用适用的投稿格式，并提供可编辑的源文件。借鉴同领域和目标期刊的优秀论文。让用户能够在同一任务中进行配置、选择贡献点和图表、预览、下载和修订。

工具成功、哈希值和任务状态都不能证明论文已达到科学、编辑、视觉或投稿要求；请评估论文的实际内容。

权限与边界

1. 宿主 Agent 负责学术判断和当前论文文件。
2. 用户的材料和结果是有关本研究主张的权威依据。 绝不编造数据、指标、p 值、引文、图表、方法、作者、 伦理、经费、权限或评审结论。
3. 使用一个任务 ID、一组材料／工作区绑定关系和一段连续的修订历史。绝不因启动器、配置文件或传输失败而创建第二个任务。绝不默默切换到其他目录、配置文件、任务或论文。
4. Web 是配置、用户选择、预览、下载和反馈的受支持路径。它支持下述配置和选择边界；Web 故障期间，现有已确认的范围允许独立进行本地修正。
5. 任务状态绝不授权上传、发布、投稿、付款、许可、遥测或对外联系；须先取得明确授权。
6. 除非明确获准共享，私有材料必须保留在本地。请按下文所述应用已保存的研究模式；阅读公开文献属于正常操作。

每次调用时更新一次，然后继续论文工作

开始或恢复论文制作前，请使用已验证的 Python 运行已安装 Skill 的 scripts/paperspine_update.py --preflight --yes。 此操作会在每次调用时检查官方渠道：如果已是最新版本，则继续； 如果有更新，则以事务方式同时更新 Skill、Web／运行时和更新器。 遵守明确关闭自动更新的设置。离线检查时，可以继续使用现有安装并清楚告知用户；安装失败时，必须保留旧安装并报告实际错误。绝不要反复重新安装来修复论文状态。更新成功后，请重新阅读此已安装的 SKILL 和当前公开的工具架构，同时保留同一任务、配置文件和用户文件。 入口详情请参阅 product-v1-workflow.md。

启动、配置并继续当前论文

只读说明、审查或计划应以用户要求的结果结束。下文的启动和配置步骤适用于论文制作，不适用于 Skill 检查或计划。

请阅读 product-v1-workflow.md 了解实际公开的工具格式，并阅读 intent-configuration.md 了解首条消息的预填内容。当前 Agent 是科学工作宿主；启动 Web 不会启动另一个写作者。请按以下顺序操作：

1. 解析用户指定的材料文件夹。“此文件夹／当前文件夹”明确表示对话的工作目录。若用户没有这样指示，不要擅自将无关的 shell 目录当作论文目录。先列出名称并识别候选输入；配置和材料选择保存前，暂不进行实质性分析。保留原始材料。
2. 使用 launch --no-open 启动已安装的启动器；它会返回服务 URL，而不是论文或正在运行的 AI。只打开一次绑定的任务 URL。在 Codex 中，优先使用其可用的应用内浏览器，除非用户选择了其他浏览器；绝不要同时打开外部浏览器。后续选择沿用该标签页和同一配置文件。
3. 使用 host tools 读取公开架构。只有在检查其材料根目录与本论文一致后，才继续已明确关联的任务。记忆中的配置文件是共享的服务器偏好，并非当前论文 ID。最近使用或已打开的浏览器标签页不能作为任务选择的依据。即使使用同一个配置文件，不同论文也有各自独立的任务 ID。如果本论文还没有任务，当前 Agent 应调用 paperspine_open_task；不得等待另一台主机创建任务。
4. 为新任务在打开任务的 payload 中提供简洁的 title 和一句话 description，根据用户的实际主题、输入和所需输出编写。已知目标期刊或会议时，应注明；不得编造研究结果或泄露私有绝对路径。恢复任务时保留其身份。任务工作区用于生成文件；获准使用的材料根目录可以位于其他位置。
5. 将用户请求支持的设置预填为 AI 提案，包括工作流、目标、语言、研究模式、阅读深度和交付格式。默认使用 3+3 篇论文；若要深入学习文献，则使用 6+6 篇。用户明确指定的数量优先。检索公开论文无需启用权限开关；私有输入应保留在本地。在启动器的来源站点上打开返回的 skill_bridge.web_path；核实任务标题／ID 以及配置卡片和材料卡片。主页、过期任务、空白页或仅打印 URL，都不算完成配置交接。
6. 使用 host wait 等待 Web 输入（参见 product-v1-workflow.md）。 使用同一配置文件、任务和版本；跟进其正在运行的 exec 会话。 配置必须满足 source=web_user、user_confirmed=true、 readiness.ready=true；选择项必须已保存，并附有评论。 预填内容、旧回执和无关事件都不算答复。若输入仍待处理，则从 task_version 开始等待；保持响应。收到有效输入后继续；若用户取消或中断，则停止。Web 无法唤醒已结束的主机轮次。
7. 后续的研究动机和图表选择遵循相同的“请求 → Web 保存 → 回读”流程。遵守现有明确的委托选择授权；绝不要把 Agent 的选择标记为用户点击。发生中断时，读取同一任务的快照和当前待处理输入，再继续。

如果启动失败，修复具体的运行时或浏览器问题，然后使用相同绑定重试。不要创建替代任务，也不要推断缺失的配置。对于已配置的现有任务，即使 Web 不可用，也可以在已保存的范围内独立进行本地修正。依赖待处理配置、材料选择或图表决策的新研究／写作必须等待。 如果用户明确要求从头重启，则应使用相同的原始输入创建全新的任务状态；不得悄悄恢复已删除的任务 ID。

使用选定的浏览器进行论文决策和查看结果；不要把内部授权、回执和 Runner 阶段转嫁给用户。

在已确认的范围内持续工作

使用适用的协议步骤，而不是填写 17 份表单或通过后端关卡。检查工件及其下游用途；在缺陷所在位置修复源文件，并比较输出。连续两次尝试没有变化后，应更换方法，而不是修改备注、状态或哈希值。重用有效的已保存工作。

**开始下一个工作环节或阶段前必须执行：**确认上一环节的实际结果已到达同一任务的工作台。读取当前快照；发布用户应能看到的已完成交付物；调用 paperspine_commit_milestone，提供如实摘要、适当的现有阶段以及实际工件 ID。然后回读同一任务／配置文件和当前版本：确认其阶段、里程碑摘要、可见文件和待定选项与实际情况相符。只有完成这些步骤后，才能开始下一个有依赖关系的环节。多个协议步骤可以共用一个现有阶段；不要创建 17 个后端阶段，也不要为每句话／工具调用都写一条里程碑。重用已匹配的检查点，避免重复。恢复工作时，首先执行此检查。仅写入或发布文件不会推进工作台。如果回读失败，应先修复具体的绑定／同步错误，再声称进度已推进；保留本地结果，并仅继续已保存范围内不受影响的工作。绝不能为了推进进度指示器而伪称已完成审阅／交付。遵循 product-v1-workflow.md 中的确切调用方式。

选择工作前，读取已保存的 configuration.workflow 和 research_mode。使用 build_from_materials 撰写论文；使用 rewrite_existing 改进现有论证和文风，同时保留有效结果；使用 audit 和 review 对提供的文件给出调查结果；使用 revise 处理实际反馈；使用 transfer 将现有科学研究成果调整至新投稿场合。阅读相应的操作指南。重用有效配置、选项和结果：工作流标签并不意味着需要再次收集信息、开展新分析或重写整篇稿件。

根据学术判断选择工具、中间文件、工作顺序和修复方法。以下路线描述了论文所需的工作，并非僵化的审批顺序。可整合相关工作，并在有益时并行开展互不依赖的检索、分析或渲染工作。待用户选择期间，草稿、图表和证据可以相互参考，但不得擅自假定用户已作出选择。

只有确实缺少用户决定、不可或缺的事实或可用能力时，才暂停依赖此项的工作。将相关问题合并提出，重用已保存的答复和明确授予的代选权限，并继续不受影响的工作。在已保存范围内进行常规检索、模板调整、措辞修改、图表制作和局部修复，无需再次确认。不得悄悄跳过初始的 Web 配置／材料保存步骤，也不得在引导式工作中代替用户作出选择。

保留简洁的笔记和有效输出，不要保存每份示例表单或回执。首次使用时，完整阅读适用的方法文档。恢复工作时，找回已保存的选择和下一步行动；如果原文内容已丢失，即使文件没有变化，也要重新打开所需的原文段落。阅读标记不代表已保留相关知识。 在可用且获授权时，可委派边界明确的工作，提供真实输入，并确保写入内容互不重叠；自行检查返回的工件及其在稿件中的用法。工作者的自检不等于独立审阅。不要求组建固定团队。

区分依赖关系与权限；通过具体修正后重试。重新检查受影响的输出；如果可选的润色没有带来有益改进，就应停止。

科学工作与预期结果

使用 current-method-routing.md 选择适用的原始方法。首次使用时完整阅读其正文；路由指引本身不代表已应用这些方法，也不能证明质量。如果辅助工具不可用，就阅读本地原始文档并继续完成同一任务。

1. 锚定、材料接收与清点

视情况阅读 intake.md、intent-configuration.md 和 resume.md。保留原件。清点结果、草稿、图表、参考文献、脚本、溯源信息、权限和限制；仅指出必要但缺失的决策。不要创建占位内容。

有意选择实际研究文件：在 grants[].include_paths 中传入相对于根目录的准确文件路径，交给 paperspine_authorize_materials。项目文件夹可能包含受限日志、缓存和生成的草稿；不要把所有文件都当作科学输入。将生成的输出保存在任务工作区中。阅读返回的清单和 scan_issues，然后实际打开每项论断所需的文件。文件名出现在清单中或成功完成注册，都不能证明你读过该文件。个别 materials.read_failed 警告不会取消已保存的配置或整篇论文：使用可读的输入，继续不受影响的研究和写作。说明哪个文件读取失败以及原因；仅针对该具体问题重试；只有依赖不可或缺但无法获取证据的论断才应暂停。绝不要编造其内容。用户替换材料文件夹时，使用 replace: true；否则保留相同的根目录和明确选择的文件。请参阅工作流参考中的材料调用示例。

2. 研究、目标学习与引文

阅读 research.md、local-reference-ingestion.md、citation.md、journal-learning.md、target-journal-research.md 以及适用的投稿场所操作指南。除非明确受限，否则阅读公开文献。使用已保存的学习集规模；检查目标投稿场所的实际 PDF、当前官方说明以及适用的官方模板。摘要可以支持范围有限的论断，但不能证明对全文、图表或页面设计的学习。核实引文的身份和用法，构建有用的参考文献，不要凑数。

在声称进行了目标格式学习之前，先确认目标投稿场所的身份。Agent 选择的对照对象并非已保存的目标。若目标未知，可保存委托选择、询问一次，或让草稿保持不针对特定投稿场所的格式。只有当来源使用了经核实的模板/样式或明确说明的回退方案，且具有代表性的页面与实际范例相符时，格式学习才算完成。

将已保存的分析范围应用于实际工具工作：

• required：对获准使用的材料开展合理的研究或分析。保留可复用的代码、派生数据、方法、结果和不确定性。仅有文献档案或分析计划并不算完成研究。
• agent_decide：评估科学问题需要哪些证据，以及输入材料能支持什么；简要说明理由，并执行合理的工作。此模式并不默默等同于 materials_only。
• materials_only：使用提供的分析、表格、图像和报告的结果，不开展新的探索性数据分析、检验、建模、实验或重跑。文献研究、忠实提取、绘制所提供结果的图表以及一致性检查仍可进行。仅仅缺少原始数组，并不会使用户提供的结果失效。

学习深度（3+3/6+6）并不授权开展分析。在范围内推进证据支持力度最高的问题；缺少终点事实并不意味着论文只能是清点报告。绝不要编造事实、默默改变已接受的方向，或在所选模式之外进行分析。

3. 贡献、动机与证据约定

对于涉及证据的工作，请阅读 contribution.md、semantic-confirmation.md、scientific-evidence-ledger.md 和 results-validation.md。形成一小组有证据支撑的选项；在选择会产生影响时，请用户作出选择。使用已确认的贡献、动机、主张边界、术语和不确定性来指导起草。随着实际发现逐步明确，完善论证；只有当用户选定的方向发生实质性变化时，才再次请求用户选择。

4. 大纲、写作与图表

对于 build_from_materials，请阅读 build.md；对于改写，请阅读 rewrite.md。遵循 editorial-completeness.md 和 assertive-scientific-writing.md。撰写完整且有证据支撑的论证，而不是摘要或模板框架。

制作图表前，请阅读 scientific-figure-workflow.md、figure-story.md 和 figure-reference-mapping.md。将实际结果对应到研究问题，并把每项有用的任务——队列、主要发现、比较、不确定性/验证、稳健性/亚组和解释——分配给图、表、正文、补充材料，或说明省略理由。没有数量要求：可以合并重复内容，但不要让当前文件夹或一张包罗万象的图决定整体叙事。设计前先查看匹配的参考资料。

对于 mechanism_figure: auto 或 prefer，请明确作出判断。如果解释是核心内容且有来源支撑，则除必要的数据图外，还应制作完整的机制/概念/架构候选图，并区分观察结果、已确立的知识和假设。对于 auto，只有在有具体理由时才可省略。流程图、ROC 图组或统计摘要不属于机制图。

展示每张可选图的当前文件、参考文件和候选文件，并在组装前阅读所有已保存的选择/评论。保持数据真实、源文件可编辑、面板标识一致、图注与正文对应、单位和主张边界准确，并保留此前图表文件的原始字节；参考资料/对比资料应与最终候选图分开存放。

5. 渲染、组装与检查

请阅读 latex.md、manuscript-format.md、visual-readiness-gate.md 和 publication-surface.md。生成用户要求的可编辑源文件、出版平台有规定时所需的投稿文件、便于阅读的干净 PDF，以及 DOCX，除非用户明确选择不生成。投稿版和阅读版必须共用同一语义源、编号、引文、图注和选定图表；只有出于有据可查的出版平台要求，版式才可以不同。检查 PDF 的每一页以及实际的 DOCX/忠实还原的 Word 渲染效果。检查标题、各级标题、引文/链接、图表、图注、参考文献、单位、裁切、分页、字体、声明、页面占用率和阅读流畅度。任何空白或近乎空白的页面/栏、可避免的大块空白、悬置标题、过大的浮动体间距、孤立图注，或源文件/Word/PDF 之间后期出现的不一致，均属失败，必须在源文件层面修复。可见的 TeX、无效的文字引文、缺失的图片和无法阅读的页面均属失败。

6. 独立审阅与修订

根据需要阅读 review-policy.md、audit.md、reviewer-audit.md、evidence-grounded-review.md 和 publication-surface.md。具备独立上下文的审阅者必须检查当前实际稿件、图表和渲染结果。balanced 表示精简的编辑审阅；strict 则会增加所要求的深度和专家审阅。切勿用作者的自查代替审阅，也不得捏造审阅者、异议、评分或 PASS。若无法进行独立审阅，应说明该审阅尚待完成，并继续安全的本地修订。

将核心主张追溯至来源、对照和不确定性；将最终图表和证据覆盖范围与投稿期刊的范例进行比较。独立检查以下三个已证实的失败点：保存的目标是否实际应用于源文件和渲染页面、不同结果类别是否采用了恰当的图表／表格／文本呈现方式，以及 auto/prefer 解释性图表是否已完成，或是否因明确说明的原因如实省略。将科学、编辑、技术和投稿方面的发现分开：格式检查或图表选择不能代表整篇论文已获批准。应修复产出问题的源文件／方法，重新生成受影响的输出并再次审阅，而不是修改记录凭证。

7. 交付与同一任务内的修订

仅在所请求的交付／投稿操作需要时阅读 submission.md、publication-cycle.md、publication-cycle-interface.md 和 submission-metadata.md。仅在明确要求发布工作时使用 open-release.md。发布实际文件，将可共享包与本地工作区包分开，默认排除私有原始材料；若声称可通过浏览器下载，请验证实际下载情况。收到反馈后，重新阅读已保存的反馈和受影响的材料，保留上一版，仅修改受影响的内容，在同一任务中重新生成并再次审阅。

始终适用的质量规则

• 每项实质性主张都有来源／结果作为依据，并明确限定其不确定性。
• 同时核查引用的身份和引用上下文；不得捏造引用或使用无效引用。作者、伦理、许可和外部操作都必须确认，不得推断。
• 不得悄悄重新分析、润饰或泛化用户的结果。
• 图表叙事、像素内容、图注、正文引用和可编辑源文件必须一致。
• 使用基于证据的 author_voice_check.py；humanize_check.py 和检测器评分仅用于诊断，不能作为论文质量的判定依据。论文中不得包含内部工作流交流，但应保留真实的研究方法、软件／模型名称、引用、伦理信息，以及场地要求或用户要求披露的事实。不得捏造声明，也不得删除真实且必需的披露。详细的执行溯源信息应保留在私有工作包中。
• 不得将历史 Runner 凭证、VERA 接受、医疗回放或已完成的历史案例套件作为通用产品的前置条件。已保存的文献学习数量仍是本论文的有效要求。
• 未知的投稿场地／作者／伦理信息可能影响投稿准备情况，但不得阻碍安全的本地起草或修订。
• 应分别报告本地交付情况、科学局限、投稿准备情况和外部授权情况。

完成交付约定

交付所请求的范围，不保证可发表：

• 使用相同的任务／材料根目录；保留已保存的选择和限制。
• 安排独立的稿件审查。纠正科学矛盾或收窄论述范围。如果无法进行审查，则交付可用的草稿，并注明审查待完成，而不是声称已审查的最终稿。可选的风格偏好不应成为交付障碍。
• 提供所请求的图、引文、PDF/DOCX 和可编辑依赖项；检查实际渲染结果，而非仅验证哈希或是否成功构建。
• 明确说明软件包内容和共享范围。本地交付草稿并不代表已准备好提交；仍需披露缺失的作者／伦理／投稿场所信息。
• 对外提交／发表需要单独授权。

对于恢复／更新／回复／翻译／转移／审计请求，请先阅读对应的操作手册，并保持任务不变。更新仅涉及安装，且必须保留任务／数据根目录。历史工作进程的技能名称和旧 Runner 协议不是面向用户的入口。

进度说明和交付内容使用用户的语言。报告应简洁且如实。稿件才是成果；任务状态只是辅助。