paper-workflow

论文工作流：调度器

当作者未指出具体写作任务时，使用此调度器。诸如 优化一下论文 或 improve my manuscript 这样的请求 表达的是目标，而非层次。稿件工作分属不同层次；先改错层次会浪费修改机会：科学作用不正确的段落不应先润色，主张尚不稳定的句子不应先重新调整标点。

编辑前先对请求分类。按科学到文风的顺序检查相关层次，然后仅加载并应用解决已发现问题所需的专用技能。诊断后，一个专用技能可能就足够；一般性请求本身并不意味着需要反复重写。

默认假设：除非指定了会议投稿场所，否则稿件采用以期刊为导向的 Nature 风格路径。

规则的来源

这些技能中的每条规则，都是为了服务目标投稿场所的论文读者：决定是否送审的编辑、核查证据的审稿人，或使用研究结果的读者。这些规则针对默认情形编写，即发表于 Nature Portfolio 期刊的研究论文。应用规则前，先弄清楚它服务于谁的需求。若投稿场所、文章类型或读者有所不同，应根据该需求重新推导规则，并在回复中说明。文字表面上符合规则的措辞，却违背规则的目的，仍不算符合规则。如果某种情况下规则似乎与其自身目的相悖，应报告这一点，而不是默默照办。

第 1 步：明确任务并对输入分类

在选择处理路径前，确定当前使用的源材料、文章类型、请求范围、涉及的部分（摘要、引言、结果、方法等；见下文“部分”）以及输出形式。利用已提供的上下文；只有在歧义会改变工作内容时才提问。检查、审阅、诊断或提出建议的请求应产出发现，而非文件修改。修订请求则授权在其指定范围内进行修改。明确要求冻结的决定和数值结果保持不变。

指出目标投稿场所，然后从其角度提出两个问题：其编辑和审稿人会核查什么？谁会阅读这篇论文？答案决定论文必须说什么，以及可以省略什么。一句话可能是某个投稿场所的审稿人会寻找的内容，在另一个场所却会显得像是在辩解：ML 会议需要明确说明测试数据未参与模型选择，而期刊编辑可能会删掉这句话。nature-portfolio-playbook 涵盖 Nature Portfolio 期刊，conference-paper-writing 涵盖 ML 会议。未指定投稿场所时，采用默认的期刊路径，并说明这一点。

保留明确标记为受保护的段落以及所要求的修改深度。轻度修改请求不会重新开放已获批准的摘要、引言或讨论部分文字。如果受保护的段落含有实质性的科学错误，应报告并给出具体补救方案；保留原文不代表内容没有问题。复用已提供的约束，不要要求提供新的状态文件。

署名行、通讯作者信息和贡献角色均由作者决定。核对姓名首字母或统一贡献说明格式，并不意味着可以增删作者或更改其角色。根据全名和当前源材料核实姓名首字母；若对应关系不明确，应标记出来，而不是推测身份，或将疑似修正传播到其他元数据中。

根据提供的材料开展工作。修改一个段落时，不要要求项目状态文件。处理整篇论文时，复用已有结果和决策记录；只有在轻量级笔记有助于避免跨会话偏差时，才创建这类笔记。如果输入是 PDF，应确认是否存在可编辑源文件；没有可用工具链时，不要承诺提供 Word 修订模式、PDF 版式编辑或 LaTeX 编译。若缺少证据，指出受影响的主张，并继续处理可独立完成的修改。切勿捏造缺失的结果或引文。

下表列出了按顺序排列的候选步骤，并非必须依次执行的重写轮次。

输入	类型	调用链
一个句子或一个段落	passage	先运行 write-scientific-manuscript；如果段落措辞含糊、过度添加限制条件，或采用审计、自我批评、开发者或承诺的口吻，再运行 anti-defensive-writing；然后运行 scientific-prose-style
用散文起草或改写一个章节，例如摘要或引言	section	阅读 references/section-contracts.md 中对应位置的条目，并检查其上游依赖；需要起草时使用 scientific-writing；仅针对实际观察到的问题使用段落、语气和句子类专业工具
面向专家写作，但必须让更广泛的读者理解：面向大同行、写给非本领域读者、“太技术化”	audience	阅读 references/section-contracts.md 中的读者部分；对面向广大读者的部分，使用 manuscript-optimizer 调整框架（读者的问题应在第二句前出现、衡量成功的标准、以读者的术语呈现研究发现），然后使用 write-scientific-manuscript 处理术语和段落逻辑，最后使用 scientific-prose-style。技术性内容应保持准确
读起来像 AI 生成的：去 AI 味、AI 味重、像 AI 写的、“听起来像 AI 生成的”	ai-tone	对范围内的文本运行 scientific-prose-style 的 scripts/ai_tells.py，并阅读其 references/ai-tells.md。然后使用 write-scientific-manuscript 处理新造术语和薄弱的主语，使用 anti-defensive-writing 处理复述、前指和设问句，并使用 scientific-prose-style 处理措辞、框架和排版。应用信息检验：删掉不传递信息的内容，不要替换同义词，不要删减数字
科学结论已定，但读起来像按图逐一叙述的 Results 章节	results-flow	依次使用 results-section-revision、anti-defensive-writing，然后使用 scientific-prose-style
整篇草稿，或未指定处理单元	manuscript	使用 manuscript-optimizer，并以 references/section-contracts.md 作为各章节的标准；需要起草时使用 scientific-writing；仅针对实际观察到的问题使用段落、语气和句子类专业工具
读起来像审计报告、答辩回复或自我批评；措辞含糊、过度添加限制条件或带有歉意；段落以局限性开头；SI 或数据声明坦承未能找到某些内容；文本提到文件夹、文件或构建步骤，或承诺未来发布	posture	依次使用 anti-defensive-writing 和 scientific-prose-style。如果主张层级尚未确定，先运行 manuscript-optimizer：在主张仍有变动时，不必要的免责声明和真实的范围限定看起来完全相同
Review、综述或 Perspective	review-article	先使用 review-article-architecture，然后遵循下方的 Review 流程
跨多个会话持续撰写的草稿	long-draft	如果标记或状态相关，使用 draft-marker-discipline 对照当前源文件和已做决定；研究论文使用 manuscript-optimizer，Review、综述和 Perspective 使用 review-article-architecture。仅凭篇幅绝不选择 Review 流程
即将投稿或重新投稿	preflight	submission-audit、citation-verifier、claim-source-verification、stats-reporting-audit、data-availability
已收到审稿意见	response	使用 paper-reviewer 列出所有要求，使用 rebuttal-response 起草并校准回复，然后再次使用 paper-reviewer 评估草稿。paper-reviewer 和 rebuttal-response 均在推荐集合中
需要评审的手稿，或希望预测审稿人会批评什么	referee	paper-reviewer（推荐集合）
图是瓶颈	figure	使用 figure-planner，然后使用 nature-figure 渲染，再使用 figure-style 检查。后两者构成图表工具链，通过 --figure 安装
公式编号、浮动体位置、SI 表格分页或其他 LaTeX 排版问题	layout	使用 scientific-writing 和 references/latex-layout.md；只有在段落边界也需要语义层面的修复时才使用 write-scientific-manuscript。仅涉及位置调整时不选择图表制作流程
尚无草稿；项目全新或杂乱	bootstrap	先使用 paper-bootstrap，然后使用 nature-portfolio-playbook
明确的混合请求可以采用多个类别中的相关步骤。只有当不同的理解会改变获准开展的工作时，才提出一个问题；不要仅仅因为编号、段落和浮动对象需要由不同专家处理就提问。

第 2 步：说明范围并执行必要步骤

用一行简短文字说明所选范围和步骤顺序。例如：

我将检查论点／证据结构，修改受影响的 Results 段落，并根据图表和原始数值核对修改。

按顺序检查各层，但要区分检查某一层与改写该层。如果某一层已经完善，就予以保留。修改句子时，不要重新审视已经确定的结构。只有在相关论点稳定后，才进行语气调整。如果无法完成所请求的全面预检，应说明哪些类别尚未检查，并解释缺少了什么输入。

每次修改后，都要针对改动的文本及其关联的图表引用、比较、术语和引文进行重点检查。不要为了满足层层相扣的流程而反复改写已经稳定的文字。

输出约定

• 修订：先提供修订后的文本／文件，然后列出至多 3–5 项重要改动及尚待作者决定的事项。简短段落通常只需给出替换文本并简要说明理由。
• 诊断：按优先级列出问题，注明位置、原因和具体解决办法；不要开始修改。
• 预检：区分阻碍性问题、有益的改进和未检查的类别。不要因为缺少工具或未能查阅来源就宣称一切正常。
• 回复审稿意见：保留每项审稿要求和原始编号；将回复与稿件中的实际修改及已完成的证据对应起来。拟议中的实验不等于已完成的实验。
• 除非确实执行过，否则不得声称已完成导出、渲染、引文查询、实验或文件修改。详细的流程记录应放在稿件之外。

第 3 步：停止规则

在以下情况下，停止或缩小受影响的工作范围，并说明原因：

• 上游环节发现的问题会使下游工作失效，例如论点不受证据支持。应先解决或指出该问题，再润色；
• 已完成所请求的范围。帮我把这句话改短应在修改该段文字并完成局部检查后结束；
• 后续环节会推翻作者明确批准的决定。

草稿稳定后再完整运行一次 preflight；如果作者要求提前运行，应指出草稿尚不稳定，并且只检查可评估的类别。审查不稳定的文本，会产生在下一轮修改后就不再成立的发现。

在漂移审查之前，绝不要对偏离原意的 Review 运行 scientific-prose-style。润色偏离原意的草稿只会让偏离更难察觉，而非更容易。

在论点层级稳定之前，绝不要运行 anti-defensive-writing。论点尚未确定时，不必要的免责声明和真实的范围限定看起来没有区别，这一流程就可能删错内容。

各层

使用以下各层来诊断问题并保持依赖顺序。

1. 结构：论点层级和证据链是否站得住脚？是否面向目标读者？ 研究论文使用 manuscript-optimizer，综述使用 review-article-architecture。
2. 行文：该章节是否已写成完整段落来推进论证？ 使用 scientific-writing；对于后期的结果部分结构调整，使用 results-section-revision。
3. 段落逻辑：这一段是否易于理解？检查主题句是否埋得太深、过渡是否缺失、指代是否模糊、名词是否连缀、比较是否完整，以及术语是否为新造。 使用 write-scientific-manuscript。
4. 修辞姿态：文本是在推进论点，还是在回应想象中的批评者？ 检查审计口吻（论文中出现项目流程）、防御性口吻（与想象中的审稿人争辩）、自我批判口吻（论文给自己打分）、开发者口吻（论文中出现代码库）、承诺口吻（对未来版本作出承诺）、置于高影响位置的限制说明、以局限开篇的段落，以及反复出现的「不是 X，而是 Y」结构。使用 anti-defensive-writing；它也适用于补充信息、图注和数据声明。待论点层级确定后再运行，因为在此之前，不必要的免责声明和真实的范围限定无法区分：它们所限定的论点仍在变化。
5. 句子：控制破折号和分号的使用，检查限定语、句子节奏和段落开头。 最后使用 scientific-prose-style。

完整性检查应与上述流程并行，而非按顺序进行：citation-verifier、claim-source-verification、stats-reporting-audit、draft-marker-discipline。

第 4 层有其他各层没有的边界：承载论证的陈述必须保留。 是否承载论证，取决于句子陈述了什么，而非由哪个技能添加：重复单位和 n 值、P 值、盲法和排除项、获取途径、报告决策背后的计数、估计量的假设、无效结果、为保持方法可复现所需的任何范围限定，以及目标期刊审稿人会关注的任何陈述。anti-defensive-writing 可以将此类陈述移出高影响位置、避免每次提及时都重复陈述，或将其改写为正面的范围说明，但不得将其删除。静默删除此类陈述的修改属于报告失败，而非风格改进。完整性检查新增的审计口吻措辞（「经检查」「无法识别」）不受保护。

位置

各层决定优先修复什么。位置决定修复后的章节必须完成什么任务。摘要、引言和方法部分遵循不同的标准，有些层在这些位置中的表现也有所不同：方法部分几乎所有内容都承载着论证，摘要保留效应量，但不保留检验统计量。section-contracts.md 一次性说明了各位置的任务、依赖关系、验收标准和负责的专业人员。专业人员负责应用这些要求，而不重复表述。不同位置的语体也有所不同：前置内容，以及各章节的开头和结尾，面向更广泛的同行（大同行）；结果和方法正文则面向专业同行。契约中的 Readers 部分定义了这两类读者，以及如何检验是否符合要求。诊断前，先阅读范围内每个位置对应的条目；之后根据同一条目检查修改。

各位置相互依赖：

图表和证据 → 结果 → 讨论 → 引言 → 摘要 → 标题

方法部分记录实际执行的工作，只有操作流程发生变化时才修改。由此可得出三条规则：

• 针对下游位置的请求应保持范围明确。依据当前的上游文本进行修改；不要纳入尚未确定结果所支持的主张，或将其标记为待定，并在回复中指出依赖关系。
• 上游主张发生变化后，重新检查重述该主张的位置：讨论开头、引言最后一段、摘要、标题及受影响的图例。这是有针对性的检查，而不是重写。
• 任何位置都不得提出超出其上游内容支持范围的主张。

格式不属于契约的范畴。摘要长度和结构、摘要中的引文、标题长度以及方法部分的位置，应依据目标期刊现行指南确定；对于 Nature Portfolio 期刊，应通过 nature-portfolio-playbook 获取相关指南。通用模板（如结构式临床摘要）绝不是默认选项。

默认期刊流程

将此流程用作论文撰写各阶段的覆盖范围图；仅执行适用于当前请求的步骤。

1. paper-bootstrap
2. 当期刊适配性或文章类型不确定时，使用 nature-portfolio-playbook
3. 在实验、统计或图表更新后，刷新 notes/project_truth.md、notes/result_summary.md、notes/paper_handoff.md
4. 根据类别表使用 manuscript-optimizer 或 scientific-writing，然后使用 write-scientific-manuscript 提升段落层面的清晰度
5. 使用 figure-planner，再使用 nature-figure 制作图表，并用 figure-style 检查（图表流程，--figure）
6. 当结果稳定但行文显得跳跃时，使用 results-section-revision
7. stats-reporting-audit
8. 先使用 citation-verifier，再使用 claim-source-verification
9. data-availability
10. 在上述诚信检查补充了所需声明后，使用 anti-defensive-writing
11. scientific-prose-style
12. submission-audit；它新增的任何内容都必须遵守 anti-defensive-writing 的第零条规则，并重新运行该技能的检测流程，检查修改过的段落
13. 外部评审后：使用 paper-reviewer 汇总评审意见，使用 rebuttal-response 起草并校准回复，然后再次使用 paper-reviewer 评估草稿

Review、调查与 Perspective 路径

Review 不是一篇短篇研究论文。它的失误模式是变成另一种 Review，而不是对数据过度解读。

1. 先使用 review-article-architecture 制定总计划文档
2. 使用 nature-portfolio-playbook 确定期刊与文章类型是否匹配
3. 使用 draft-marker-discipline 在开始起草前建立标记系统
4. 使用 scientific-writing，并同步为文稿提供来源
5. 使用 citation-verifier，然后使用 claim-source-verification
6. 使用 figure-planner，然后使用 nature-figure 和 figure-style（图表工具栈，--figure）
7. 在任何压缩环节之前，使用 review-article-architecture 进行偏离审查
8. 使用 draft-marker-discipline 衡量篇幅，并对尚未解决的问题进行分类
9. 使用 anti-defensive-writing
10. 最后使用 scientific-prose-style
11. 使用 submission-audit

第 7 步必须在第 10 步之前执行，绝不能在之后执行。

相邻技能之间的选择

• 如果某个章节主要需要起草或改写散文，或者指定了引文格式或报告规范，请使用 scientific-writing。如果故事脉络、证据链、图表逻辑或术语可能尚不稳定，请使用 manuscript-optimizer。如果科学内容已经确定，但段落难以理解，请使用 write-scientific-manuscript。
• 如果剩下的问题是局部的 Results 结构，而非论点选择，请使用 results-section-revision。
• 如果文本准确无误，但读起来像审计报告、答辩或自我批评——报告项目流程而非研究发现；反复说明自己没有声称什么；段落开头总是先加限定；承认找不到什么；向并不在场的批评者解释；记录代码库情况；或承诺尚不存在的成果——请使用 anti-defensive-writing。它也涵盖 SI、图注和数据声明，以及正文。如果剩下的问题是单个句子中的标点、节奏、破折号用量或限定语校准，请使用 scientific-prose-style。两者应按此顺序配合使用，因为去除防御性支架会改写段落开头和句子边界，之后的标点润色才能进一步处理这些内容。两者都不得凌驾于诚信审计之上；请参阅上文第 4 层的边界。Methods 章节主要承载复现所需的细节，编辑通常应将否定表述改为正面说明范围，并且只说明一次，而非每次提及都重复说明。
• 如果问题出在作为整体的参考文献目录上，例如键重复、字段缺失、DOI 格式或引用了未定义的条目，请使用 citation-verifier。如果问题是某个来源是否支持引用它的句子，请使用 claim-source-verification。两者应按此顺序配合使用。通过参考文献目录审计，并不能说明论点得到了来源支持：在一次有测量记录的运行中，139 个候选来源里有 55 个被拒绝，其中没有一篇是伪造的。
• 如果需要通过实时学术 API 核对参考文献，而非在本地检查，请使用 reference-audit-guide。这是可选集，通过 --set all 安装。它提供可运行的验证脚本，也是唯一能发现带有格式正确 DOI 的伪造引文的阶段。
• 对于 Review、综述或 Perspective，或者某篇历经多次会话撰写、可能已不再符合其任务说明的文章，请使用 review-article-architecture。对于研究论文，请使用 manuscript-optimizer。
• 在批量处理未完成标记之前、引用稿件篇幅之前、移除已被取代的内容之前，以及编写脚本在多个文件中执行同一编辑之前，请使用 draft-marker-discipline。
• 使用 figure-planner 决定每幅图要论证什么，再使用 nature-figure 绘制，最后使用 figure-style 在导出前检查准确性和易读性。后两者构成图表处理流程；如果未安装这些技能，figure-planner 仍会生成分面图方案，由作者自行绘制。
• 仅当明确指定了会议投稿场合时，才使用 conference-paper-writing。这是可选集，通过 --set all 安装。
• 如果问题是审稿人提出了什么，或审稿人是否会接受答复，请使用 paper-reviewer。如果问题是作者可以主张什么，以及如何确保回复信、稿件和 Supplementary Information 保持一致，请使用 rebuttal-response。两者应按此顺序配合使用，并在最后再次运行 paper-reviewer，对草稿进行评估。rebuttal-response 属于推荐集；paper-reviewer 也属于推荐集。根据审稿意见对稿件所做的修改，应遵循 anti-defensive-writing 的第一条规则：给出结果、精确定义或收窄论点，而非添加限定。

工作原则

不要润色基于过时记忆撰写的章节。实验、统计或图表更新后，在进行大幅修订之前，先更新 notes/project_truth.md、notes/result_summary.md 和 notes/paper_handoff.md。

常见错误

• 在确定实际问题所在的层面之前，就编辑通用的稿件修改请求
• 把覆盖情况图当成要求每次都重写所有章节
• 在论点层级稳定之前润色句子
• 根据尚未定稿的 Results 论点撰写 Abstract 或 Title，或在论点变动后未重新检查
• 使用目标期刊未要求的摘要格式，例如结构化临床摘要
• 用同一套通用标准要求每个章节，而不是遵循各自的写作规范
• 在论点层级稳定之前进行防御性写作检查，把真正的适用范围条件也连同免责声明一起删掉
• 让措辞调整删去科学上必要的局限性、数值结果或可复现性事实
• 在仍在重组的草稿上进行投稿审核
• 在完成偏离检查之前润色 Review
• 默认将会议论文写作技巧用于期刊稿件
• 决定保留什么内容时，不先考虑目标刊物的审稿人会检查什么；例如，把 ML 论文中的无数据泄漏声明当作防御性措辞删掉
• 遇到评估设计问题时，用“预先设定”等标签作答，而不是报告审稿人会要求了解的结果
• 把 AI 腔调问题当成词汇清单来处理：替换同义词，或删掉“稳健”等常用词，而不是删掉没有信息量的内容
• 不依据最新的 result_summary.md，而是凭对实验的记忆重写稿件
• 在后期修改图注，却不重新检查 Results 正文
• 等到打开投稿系统后，才决定存储库、登录号或源数据的覆盖范围
• 把引用格式检查当成引用核实
• 把参考文献格式整洁当成文献能够支持论点的证据
• 未确定稿件本身要如何修改，就先写回复信
• 未先用审稿人自己的措辞列出审稿意见中的每项要求及其子项，就开始回复
• 重新编号、调整顺序或按主题归类审稿意见，导致无法一目了然地检查是否全部回应
• 作者只标出两个句子，却重写整段内容