paper-writer

论文撰写技能

全流程学术论文写作助手。从文献检索到可投稿的手稿。

概述

此技能管理整个论文写作工作流：

[Discovery] → Literature Search → Outline → Tables/Figures → Draft → Humanize → References → Quality Review → [Adversarial Review] → Pre-Submission → [Revision] → [Post-Acceptance] → [Rejection → Resubmission]

每篇论文都是一个项目目录，其中包含每个章节对应的结构化 Markdown 文件、文献矩阵和质量检查清单。

AI for Science 运作模式

此技能不仅是一个手稿工厂（撰写 → 排版 → 投稿），也是一个将写作流程纳入发现循环的研究引擎，并明确指出只有人类才能提供的两项内容。在进行任何操作之前，请先阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/references/ai-for-science-model.md — 其中定义了：

• 两项由人类掌握主权的输入。 💡 IDEA（什么值得研究、它意味着什么、什么符合伦理）和 📊 DATA（真实、经 IRB 批准，绝不由机器生成）。AI 会全力提出建议并执行其他所有工作；人类恰好负责把守这两道关口。AI 绝不能生成任何数据点、参与者或结果。
• 循环。 第 −1 阶段：发现（假设 → 新颖性 → 设计 → 预注册锁定）接入现有流程；第 6.5 阶段：对抗性评审会在任何期刊看到核心主张之前对其进行红队审查。红队审查若判定终止，项目就会退回发现阶段——这说明系统正在正常运作。
• 三项诚信护栏，让 AI 加速研究变得更加严谨，而非不够严谨：预注册（防止 HARKing）、新颖性检查（防止重复发明／夸大创新）、对抗性自我评审（防止低质内容）。每项护栏都能防范一种有记录的前沿失败模式。
• 自主性调节档位（手动／副驾驶／自动驾驶）。临床工作的硬性规则：💡 IDEA 关口、📊 DATA 关口和预注册锁定绝不能设为自动驾驶。

本文档其余部分是执行细节。当某个阶段涉及主权关口时，请停下来征求人的意见；其他所有环节都全力执行。

支持的论文类型

类型	结构	报告指南	备注
原创研究论文	完整 IMRAD 结构	STROBE / CONSORT	默认
病例报告	引言 / 病例 / 讨论	CARE	使用单独模板
综述文章	主题章节	-	结构灵活
来信／简短通讯	精简 IMRAD 结构	与原创研究论文相同	重点关注字数限制
系统综述	符合 PRISMA 要求	PRISMA 2020	附 PRISMA 检查清单
研究方案	符合 SPIRIT 要求	SPIRIT 2025	用于试验注册论文

工作流

阶段 −1：探索（研究引擎）

这一阶段正是研究引擎与论文工厂的区别所在。 技能的其余部分都假定研究问题和数据已经存在。阶段 −1 会产出这些内容——经过新颖性核查、具备统计效能并完成预注册的研究计划——而且要在项目初始化之前完成。请先阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/references/ai-for-science-model.md，了解运行模式。

阶段 −1 可以从中途重新进入——从尚未通过的第一个护栏开始。 它不是非此即彼：如果一项研究已经有明确的问题（但还没有新颖性核查、统计效能分析或预注册），就应从链条中途开始，而非从锻造环节开始。请根据阶段 −1 进入矩阵选择路径：

用户现有材料	从何处进入	操作方法
(a) 一项原始临床观察	−1.1 锻造	以模式 A运行 templates/research-question.md（从灵感锻造问题），然后依次继续 −1.2 → −1.3 → −1.4。
(b) 现有问题／高级研究方案，尚无数据	−1.2 新颖性	先以模式 B运行 templates/research-question.md（恢复／完善——补充 PECO、进行一轮 Attack、评估 FINER），然后进行**−1.2 新颖性核查**，再将**−1.3 设计作为对现有方案的审计**（而非重新起草——依据 templates/study-design.md 检查并弥补缺漏），接着进行**−1.4 预注册**，然后在预注册锁定前，以设计阶段模式（§0，数据收集前）运行 references/adversarial-review.md，以便在冻结方案前完成成本低廉的设计修正。
(c) 问题、设计和数据均已锁定	跳到阶段 0	仅撰写论文。仍需确认 💡 IDEA 和 📊 DATA 两道关卡由人类负责，并确认存在预注册，或已慎重决定豁免（且会披露此事）。

−1.2 新颖性核查是任何尚未发表的研究必须完成的最低要求——不能因为研究方案已经在撰写中，就假定其具有新颖性。只有路径 (c)（问题和设计已锁定，且已有数据）可以跳过这一步。

现在开始建立项目问责日志：根据 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/human-loop-ledger.md 创建 log/human-loop-ledger.md，并声明自主模式（手动／副驾驶／自动驾驶）。从现在起，将每项关卡决策都记录在其中。

步骤 −1.1：锻造研究问题（💡 IDEA 关卡）

阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/research-question.md。根据用户的临床观察，生成 5–15 个候选问题，依据 FINER 进行讨论和排序，完善排名前 2–3 的问题——然后停下来，由人类选择。AI 绝不自动选择研究问题。输出：一个经过完善的研究问题及其 PICO。

步骤 −1.2：新颖性核查（护栏：防止重复研究）

阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/references/novelty-check.md。使用真实文献工具（PubMed MCP、OpenAlex、Europe PMC、Semantic Scholar——参见阶段 1 的工具配置），对选定问题开展实时文献检索。对研究缺口进行分类：真正新颖／渐进式／已有答案／存在争议。对于已有答案的问题，应在此以近乎零成本终止。不要夸大新颖性——这正是 Sakana v2 失败模式。

步骤 −1.3：设计研究并进行统计效能分析

阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/study-design.md。选择研究设计，将 PICO 的每个要素操作化为测量变量，定义唯一的主要结局，通过 DAG 梳理混杂因素，并进行样本量／统计效能计算（效应量应依据新颖性核查中的文献论证，而非凭空设想）。结合诊所的实际患者量评估可行性。此设计既是预注册的基础，也是之后 Methods 部分的依据。

步骤 −1.4：预注册并锁定（防护措施：避免事后假设）

阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/preregistration.md。在 📊 DATA 关卡之前，冻结假设和主要分析计划（OSF / UMIN-CTR / jRCT / PROSPERO）。锁定之后：预注册的分析属于验证性分析；其他所有分析均属于探索性分析，并须标明。这是以你自己的名义发表论文的诚信基石。对于回顾性数据，应在查看结局数据之前注册，并如实披露数据此前已存在。

**📊 DATA 关卡：**只有在计划锁定之后，研究人员才提供真实且经 IRB 批准的数据。AI 绝不生成数据。进入阶段 0。

---

阶段 0：项目初始化

用户调用此技能时，请询问：

1. 暂定标题（之后可以更改）
2. 论文类型（原创论文 / 病例报告 / 综述 / 致编辑信 / 系统综述）
3. 目标期刊（可选，但建议提供）
4. 语言（英语 / 日语 / 两者）
5. 研究问题，用一句话说明
6. 现有关键数据（已有哪些表格/图？）

步骤 0.1：收集期刊要求

如果指定了目标期刊，请查找并记录：

• 字数限制：稿件总字数、摘要字数、各章节字数（如有规定）
• 引文格式：Vancouver、APA、NLM 或其他
• 必需章节：有些期刊要求单独设置结论章节，有些则不要求
• 摘要格式：结构式或非结构式，以及字数限制
• 图表数量限制：允许的最大数量
• 报告指南：期刊要求使用哪份清单
• 特殊要求：标题页格式、行号等
• AI 披露：期刊是否要求披露 AI 使用情况，以及应在哪个位置披露（方法、致谢或专门章节）。参见 references/ai-disclosure.md。
• 关键词：所需数量，以及是否优先使用 MeSH 词或自由文本。参见 references/keywords-guide.md。
• 图形摘要：必需还是可选。参见 templates/graphical-abstract.md。

使用 WebSearch 查找期刊的“作者须知”页面。

在 README.md 的“期刊要求”章节中记录所有要求。

步骤 0.2：选择报告指南

根据论文类型和研究设计，选择适用的报告指南：

研究类型	指南	参考资料
随机对照试验	CONSORT 2025	references/reporting-guidelines-full.md
观察性研究（队列研究、病例对照研究、横断面研究）	STROBE	references/reporting-guidelines-full.md
系统综述 / Meta 分析	PRISMA 2020	references/reporting-guidelines-full.md
病例报告	CARE	references/reporting-guidelines-full.md
诊断准确性研究	STARD 2015	references/reporting-guidelines-full.md
质量改进研究	SQUIRE 2.0	references/reporting-guidelines-full.md
研究方案（临床试验）	SPIRIT 2025	references/reporting-guidelines-full.md
预测模型（包括 AI/ML）	TRIPOD+AI 2024	references/reporting-guidelines-full.md
动物研究	ARRIVE 2.0	references/reporting-guidelines-full.md
卫生经济学	CHEERS 2022	references/reporting-guidelines-full.md

阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/references/reporting-guidelines.md（摘要版）或 references/reporting-guidelines-full.md（完整版），并记录所选指南的关键清单项目。在整个写作过程中都会核查这些项目。

步骤 0.3：创建项目目录

对于原创论文 / 综述 / 致编辑信 / 系统综述：

{project-dir}/
├── README.md                        # Project dashboard (status, timeline, links)
│
├── 00_literature/                   # Phase 1: Literature
│   ├── search-strategy.md           #   Search terms, databases, dates
│   ├── literature-matrix.md         #   Structured comparison table
│   └── key-papers/                  #   Notes on important papers (1 file per paper)
│
├── 01_outline.md                    # Phase 2: Paper skeleton
│
├── sections/                        # Phase 3: Manuscript sections (writing order)
│   ├── 02_methods.md
│   ├── 03_results.md
│   ├── 04_introduction.md
│   ├── 05_discussion.md
│   ├── 06_conclusion.md
│   ├── 07_abstract.md
│   └── 08_title.md
│
├── tables/                          # Tables (numbered: table1_baseline.md, ...)
├── figures/                         # Figures + captions (fig1_caption.md, ...)
├── supplements/                     # Supplementary materials
│   ├── supplementary-tables/        #   e.g., tableS1_sensitivity.md
│   ├── supplementary-figures/       #   e.g., figS1_subgroup.md
│   └── appendices/                  #   Additional methods, datasets, etc.
│
├── data/                            # Research data (see templates/data-management.md)
│   ├── raw/                         #   Original data (READ-ONLY, gitignored)
│   ├── processed/                   #   Cleaned, de-identified data
│   ├── analysis/                    #   Statistical output, scripts
│   └── data-dictionary.md           #   Variable definitions
│
├── ethics/                          # Ethics & regulatory
│   ├── irb-approval.md              #   IRB approval details, number, dates
│   ├── informed-consent.md          #   Consent process documentation
│   ├── protocol.md                  #   Study protocol (SPIRIT if applicable)
│   └── registration.md              #   Trial/study registration (UMIN, ClinicalTrials.gov)
│
├── submissions/                     # Submission history (1 subfolder per attempt)
│   └── v1_{journal}/                #   e.g., v1_bmj/
│       ├── compiled-manuscript.md   #     Full compiled manuscript snapshot
│       ├── cover-letter.md          #     Cover letter
│       ├── title-page.md            #     Title page
│       ├── declarations.md          #     Ethics, COI, funding, AI disclosure
│       ├── highlights.md            #     Key points (if required)
│       ├── graphical-abstract.md    #     Graphical abstract (if required)
│       └── submission-log.md        #     Date, portal, manuscript #, status
│
├── revisions/                       # Revision rounds (Phase 8)
│   └── r1/                          #   Round 1
│       ├── reviewer-comments.md     #     Original reviewer comments
│       ├── response-letter.md       #     Point-by-point response
│       ├── revision-cover-letter.md #     Revision cover letter
│       ├── diff-summary.md          #     Changes made (section, line, change)
│       └── compiled-manuscript.md   #     Revised manuscript snapshot
│
├── coauthor-review/                 # Co-author feedback tracking
│   ├── review-tracker.md            #   Who reviewed, when, status
│   └── feedback/                    #   Individual feedback files
│
├── correspondence/                  # Editor & reviewer communication log
│   └── YYYY-MM-DD_{subject}.md      #   e.g., 2026-03-05_decision-letter.md
│
├── references/                      # Reference management
│   └── 09_references.md             #   Formatted reference list
│
├── checklists/                      # Quality control
│   ├── section-quality.md           #   Per-section quality scores
│   ├── submission-ready.md          #   Pre-submission checklist
│   ├── reporting-guideline.md       #   CONSORT/STROBE/etc. item tracking
│   ├── gate-state.md                #   Stage-gate iteration state
│   └── feedback-*.md                #   Auto-generated gate feedback
│
└── log/                             # Decision & progress log
    ├── decisions.md                 #   Key decisions with rationale
    ├── meetings.md                  #   Meeting notes (co-authors, supervisor)
    └── timeline.md                  #   Milestone targets & actual dates

对于病例报告：

{project-dir}/
├── README.md                        # Project dashboard
│
├── 00_literature/
│   ├── search-strategy.md
│   ├── literature-matrix.md
│   └── key-papers/
│
├── 01_outline.md
│
├── sections/
│   ├── 02_case.md                   # Case presentation (CARE structure)
│   ├── 03_introduction.md           # Introduction (why reportable)
│   ├── 04_discussion.md
│   ├── 05_abstract.md               # Abstract (CARE format)
│   └── 06_title.md                  # Title (must contain "case report")
│
├── tables/
├── figures/
├── supplements/
│   ├── supplementary-tables/
│   ├── supplementary-figures/
│   └── appendices/
│
├── data/
│   ├── raw/
│   ├── processed/
│   ├── analysis/
│   └── data-dictionary.md
│
├── ethics/
│   ├── irb-approval.md
│   ├── informed-consent.md          # Patient consent for publication
│   └── patient-perspective.md       # Patient's perspective (CARE item)
│
├── submissions/
│   └── v1_{journal}/
│       ├── compiled-manuscript.md
│       ├── cover-letter.md
│       ├── title-page.md
│       ├── declarations.md
│       └── submission-log.md
│
├── revisions/
│   └── r1/
│       ├── reviewer-comments.md
│       ├── response-letter.md
│       ├── diff-summary.md
│       └── compiled-manuscript.md
│
├── coauthor-review/
│   ├── review-tracker.md
│   └── feedback/
│
├── correspondence/
│   └── YYYY-MM-DD_{subject}.md
│
├── references/
│   └── 07_references.md
│
├── checklists/
│   ├── section-quality.md
│   ├── submission-ready.md
│   ├── reporting-guideline.md
│   ├── gate-state.md
│   └── feedback-*.md
│
└── log/
    ├── decisions.md
    ├── meetings.md
    └── timeline.md

使用 Read 工具阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/project-init.md，并据此生成 README.md。对于病例报告，请改用 project-init-case.md。

文件编号遵循建议的写作顺序，而非阅读顺序。这是有意为之。

步骤 0.4：整理研究数据

如果用户已有研究数据（临床记录、CSV 文件、统计输出等）：

1. 创建 data/raw/、data/processed/、data/analysis/ 目录
2. 阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/data-management.md，查看完整模板
3. 请用户将原始数据文件放入 data/raw/——从此以后，这些文件均为只读
4. 创建 data/raw/README.md，记录数据来源、提取日期和 IRB 信息
5. 创建 data/data-dictionary.md，列出所有变量及其类型、范围和标签
6. 确认去标识化状态——如果尚未去标识化，则在 data/processed/README.md 中创建处理计划

安全规则：

• 绝不将可识别患者身份的数据提交到 git
• 如果仓库为共享仓库，将 data/raw/*.csv、data/raw/*.xlsx 等添加到 .gitignore
• 在继续进行数据分析前，务必确认 IRB 批准编号

数据流： raw/（绝不修改）→ processed/（清理、去标识化）→ analysis/（统计输出）→ tables/ 和 figures/（可用于稿件）

步骤 0.5：数据分析

如果用户已准备好定量数据进行分析，Claude Code 可以直接执行 Python 脚本。阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/analysis-workflow.md，查看完整工作流。

可用分析脚本：

脚本	用途	主要输出
scripts/table1.py	表 1（基线特征）	包含 N、%、均值±SD、P 值的 Markdown 表格
scripts/analysis-template.py	统计分析	描述性统计、t 检验、逻辑回归、生存分析
scripts/forest-plot.py	森林图（荟萃分析）	PNG + SVG

工作流：

1. 检查数据：加载 data/processed/cohort_final.csv，检查形状、数据类型和缺失值
2. 表 1：运行 scripts/table1.py 生成基线特征表 → tables/table1.md
3. 主要分析：根据研究设计选择分析类型：
   • 横断面研究／病例对照研究 → 逻辑回归（OR，含 95% CI）
   • 具有事件发生时间数据的队列研究 → 生存分析（Kaplan-Meier、log-rank）
   • 连续结局 → 线性回归
   • 组间比较 → t 检验／Mann-Whitney U 检验
4. 亚组与敏感性分析：按性别、年龄组、疾病严重程度等进行分析
5. 生成图表：箱线图、KM 曲线、森林图、ROC 曲线
6. 关联稿件：将分析输出对应到结果部分的段落

**分析输出目录：**所有结果都放在 data/analysis/。稿件所需的图表放在 figures/。

**必需的 Python 包：**从技能根目录安装实用脚本依赖：

pip install -r ~/.claude/skills/paper-writer/requirements.txt

统计报告要求（撰写结果前）：

• 报告效应量及 95% 置信区间
• P 值保留 3 位小数（极小时写作 P < 0.001）
• 注明统计检验名称
• 记录软件及版本
• 使用双侧检验（有充分理由时除外）
• 多重比较校正（主要结局超过 1 个时）
• 说明缺失数据的处理方法

详细的 SAMPL 指南请参阅 references/statistical-reporting-full.md，逐步命令请参阅 templates/analysis-workflow.md。

阶段 1：文献检索与整理

步骤 1.1：定义检索策略

创建 00_literature/search-strategy.md，内容包括：

• 数据库：PubMed、Google Scholar（始终可用）；Scopus、CiNii（用户拥有机构访问权限时）
• 检索词：MeSH 术语 + 自由文本关键词
• 论文的纳入／排除标准
• 日期范围

如何检索——使用真实的文献工具，而不是普通网页搜索。

此技能运行的环境中提供了真正的 PubMed MCP 和研究 API。它们会返回结构化、可验证的记录（PMID、DOI、作者、摘要），应将其作为首选途径。普通的 WebSearch 是备用方案，而非默认方案。

首选：PubMed MCP（生物医学领域，权威）。使用 references/pubmed-query-builder.md 构建查询，然后：

• mcp__claude_ai_PubMed__search_articles — 运行 MeSH + 自由文本查询
• mcp__claude_ai_PubMed__get_article_metadata — 按 PMID 获取结构化元数据
• mcp__claude_ai_PubMed__find_related_articles — 以一篇关键种子论文为起点进行滚雪球检索
• mcp__claude_ai_PubMed__lookup_article_by_citation — 将引文解析为 PMID/DOI
• mcp__claude_ai_PubMed__get_full_text_article — 获取可用的全文

补充 API（覆盖面更广；通过 WebFetch / firecrawl_scrape / tavily_search 获取）：

• OpenAlex — https://api.openalex.org/works?search=...（按年份、cited_by_count 筛选）
• Europe PMC — https://www.ebi.ac.uk/europepmc/webservices/rest/search?query=...&format=json（全文、预印本）
• Semantic Scholar — https://api.semanticscholar.org/graph/v1/paper/search?query=...（引文图谱、有影响力引文数量）
• Cochrane / PROSPERO / Epistemonikos — 检查是否已有或正在进行系统综述

为什么这很重要：检索结构化记录意味着每篇论文都有真实的 PMID/DOI，因此与自由文本网页搜索相比，“引文是否为杜撰”的风险会大幅降低。仍须按照 references/citation-verification.md 逐条核实。

工作流：

1. 询问用户提供 3–5 篇关键论文（用户通常熟悉这些论文）——将其用作 find_related_articles 的滚雪球检索种子
2. 运行 PubMed MCP 查询；再使用 OpenAlex / Europe PMC / Semantic Scholar 补充 PubMed 未收录的文献及预印本
3. 按 DOI 去重；请用户检查最终列表是否完整
4. 确认每条引文都能解析为真实记录（references/citation-verification.md）

步骤 1.2：构建文献矩阵

使用 Read 工具读取 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/literature-matrix.md。

对于找到的每篇相关论文，提取并整理以下信息：

作者（年份）	设计	N	人群	主要发现	局限性	相关性

原创论文以 15-30 篇论文为目标，病例报告以 8-15 篇为目标，系统综述以 30-50 篇为目标。

步骤 1.3：确定关键论文

为最重要的 3-5 篇论文，在 00_literature/key-papers/ 中分别创建笔记，包含：

• 完整引文
• 研究设计和质量评估
• 关键结果及准确数值
• 与当前论文的关联
• 论文留下了什么空白（即我们的论文将要解决的问题）

阶段 1.5：筛选执行（仅限系统综述）

仅适用于系统综述。 其他所有论文类型均跳过此阶段。

阶段 1 构建检索；阶段 3-D 撰写 PRISMA 方法/结果。两者之间是实际的研究筛选——去重、双人筛选，以及填入 PRISMA 流程图的记录数量。本阶段将运行这一流程。

使用 Read 工具阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/sr-screening-pipeline.md，了解完整流程。简要步骤如下：

1. 前提条件——已注册的方案。 筛选标准必须记录在 00_literature/protocol.md（根据 templates/sr-prospero.md 创建）中，并且必须在筛选前完成方案注册（PROSPERO）。否则不得开始。

2. 阶段 1——去重（确定性）。 将数据库原始导出文件放入 00_literature/screening/00_imported/（每个数据库一个文件），然后运行：

   python ~/.claude/skills/paper-writer/scripts/sr-dedup.py \
     --input 00_literature/screening/00_imported \
     --output 00_literature/screening/01_deduplicated.csv \
     --counts 00_literature/screening/counts/identification.json
   

3. 阶段 2——标题/摘要筛选（双人）。 启动两轮相互独立的筛选（使用 Agent 工具或团队模式），两轮之间不得看到彼此的决定；每轮都只能依据 protocol.md 判断纳入/排除/不确定。将结果协调汇总至 02_title_abstract_screen.csv；将所有冲突提交给用户处理。大模型只能作为双人评审中的一方，不能作为唯一裁决者。

4. 阶段 3——全文筛选（双人）。 将 PDF 与记录关联，然后进行两轮相互独立的全文筛选：

   python ~/.claude/skills/paper-writer/scripts/sr-pdf-link.py \
     --pdfs 00_literature/screening/full-texts \
     --records 00_literature/screening/02_title_abstract_screen.csv \
     --include-only --rename
   

每篇因全文审查而排除的研究都必须附上 PRISMA 原因类别。编写 03_fulltext_screen.csv；由人工解决所有冲突。

5. 阶段 4——移交数据提取。 对每项纳入的研究，根据 templates/sr-data-extraction.md 创建一个 extraction/{record_id}.md（双人提取，不得猜测——仅使用 NR/N/A）。

6. 生成 PRISMA 数量（确定性）。

   python ~/.claude/skills/paper-writer/scripts/sr-prisma-count.py \
     --identification 00_literature/screening/counts/identification.json \
     --ta 00_literature/screening/02_title_abstract_screen.csv \
     --ft 00_literature/screening/03_fulltext_screen.csv \
     --output 00_literature/screening/counts/prisma-summary.md
   

将计数复制到 templates/sr-prisma-flow.md，并将 Cohen's κ 值写入方法部分的筛选流程段落（阶段 3-D，第 5 项）。

团队模式： 每个阶段的两轮筛选天然可以并行——启动两个并发 Agent，分别只提供 protocol.md 和记录，然后协调结果。κ < 0.6 表示标准含糊不清：应修订 protocol.md 并重新筛选，而不是继续进行。

阶段 2：大纲

创建 01_outline.md，搭建论文框架。

使用 Read 工具阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/references/imrad-guide.md，了解 IMRAD 结构的详细说明。此指南不直接适用于病例报告，应改用 CARE 结构。

大纲应说明：

• 每个章节的要点（项目符号列表）
• 哪些论文支持哪些要点
• 各表格/图示的放置位置
• 故事线：背景问题 → 研究空白 → 我们的方法 → 研究发现 → 启示
• 对于病例报告：背景 → 报告价值 → 病例详情 → 临床启示

起草前须先获得用户对大纲的批准。

阶段 2.5：表格和图示

使用 Read 工具阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/references/tables-figures-guide.md。

表格和图示是论文的支柱——许多审稿人会先看摘要，再看表格/图示，然后才阅读正文。请先设计表格和图示，再撰写正文，这样正文就能自然地引用它们。

步骤 2.5.1：规划表格和图示

根据大纲确定：

• 哪些数据应放入表格、图示或正文
• 表 1 几乎总是“基线特征”（使用 references/tables-figures-guide.md 中的模板）
• 期刊允许使用多少张表格/图示（查看阶段 0 的要求）

步骤 2.5.2：创建表格

在 tables/ 目录中创建表格文件：

• table1_baseline.md — 基线特征（标准格式）
• table2_*.md — 根据需要添加其他表格（回归结果、结局等）

规则：

• 表格标题置于表格上方
• 不使用竖线（仅使用横线）
• 每列的小数位数保持一致
• 用脚注说明缩写和统计检验
• 在标题行中注明总样本量

步骤 2.5.3：规划图

在 figures/ 目录中创建图注文件：

• fig1_caption.md — 通常为流程图（CONSORT/PRISMA）或研究设计图
• fig2_caption.md — 关键结果可视化图

规则：

• 图注必须自成一体，无需阅读正文即可理解
• 在图注中包含关键统计数据
• 注明分辨率要求（印刷用 300+ DPI，线条图用 600+ DPI）
• 使用色盲友好配色方案

步骤 2.5.4：图形摘要（如有要求）

如果期刊要求或鼓励提供图形摘要，请阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/graphical-abstract.md 并规划视觉摘要。

继续撰写之前，请让用户审核表格/图片计划。

阶段 3：撰写

写作顺序经过精心安排，能产出更好的论文。 请严格遵循。

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3-A：原创文章工作流

步骤 3.1：方法与结果（配对撰写）

使用 Read 工具阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/methods.md 和 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/results.md。

方法部分规则：

• 可重复性至关重要
• 包括：研究设计、患者/受试者、数据收集、统计分析、伦理
• 每种方法都必须有对应的结果

结果部分规则：

• 只陈述事实，不作解读
• 不引用其他研究
• 正文中必须提及每个表格/图片
• 方法 ↔ 结果必须一一对应

同时撰写 sections/02_methods.md 和 sections/03_results.md，确保二者完全对应。交叉核对：方法部分的每个小节都必须对应结果部分中的一个小节，反之亦然。

工作流：撰写方法部分第 1 小节 → 结果部分第 1 小节 → 方法部分第 2 小节 → 结果部分第 2 小节 → ……这种交错撰写方式可确保一一对应。

步骤 3.2：引言（第 3 段）与结论（配对撰写）

使用 Read 工具阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/introduction.md 和 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/conclusion.md。

为什么先写第 3 段？ 研究目标（引言第 3 段）必须与结论相呼应。将两者一起撰写可确保一致。第 1–2 段提供背景，并逐步引出研究目标——目标确定后，这两段会更容易撰写。

引言结构（3 段）：

1. 总体背景（各方普遍认同）
2. 临床问题/知识空白（但我们尚不知道 X）
3. 研究目标（因此，我们开展了……）

结论规则：

• 必须直接回答引言第 3 段中提出的目标
• 传达一个核心信息
• 简短直接

同时撰写 sections/04_introduction.md 的最后一段和 sections/06_conclusion.md，确保两者相呼应。

步骤 3.3：讨论

使用 Read 工具阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/discussion.md。

讨论结构：

1. 主要发现摘要 2–N. 与既往文献比较（使用 00_literature/literature-matrix.md） N+1. 局限性——阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/limitations-guide.md，了解分类、模板和双语示例 N+2. 临床意义/未来方向

讨论规则：

• 不得提出新结果
• 不得过度推测
• 每项论述都必须有参考文献支持
• 内容聚焦
• 必须包含局限性小节——具体说明偏倚方向及其缓解方法

步骤 3.4：引言（第 1–2 段）

现在撰写 sections/04_introduction.md 的第 1–2 段。背景内容应逐步引出第 3 段中已写明的研究问题。

步骤 3.5：摘要

使用 Read 工具读取 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/abstract.md。

将 sections/07_abstract.md 写成结构式摘要：

• 背景/目的（1-2 句）
• 方法（2-3 句）
• 结果（3-4 句）
• 结论（1-2 句）

检查阶段 0 中记录的期刊特定字数限制。摘要必须与全文内容一致。交叉核对所有数字。

步骤 3.6：标题

在 sections/08_title.md 中撰写 3-5 个标题备选。根据以下标准评估每个标题：

• 具体（研究了什么？）
• 简洁（理想情况下少于 15 个词）
• 包含关键词（便于检索）
• 不透露结论

请用户批准最终标题。

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3-B：病例报告工作流

步骤 3.1-CR：病例介绍

使用 Read 工具读取 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/case-report.md。

按照 CARE 结构撰写 02_case.md：

1. 患者信息（人口统计资料、病史）
2. 临床表现
3. 时间线（可考虑制作时间线图）
4. 诊断评估
5. 治疗干预
6. 随访与结局
7. 患者观点（CARE 条目 10）——尽可能用患者自己的话描述其亲身经历

规则：

• 按时间顺序撰写
• 仅纳入临床相关细节
• 记录发表的知情同意
• 报告阳性和阴性结果
• 患者观点能增强报告质量，CARE 指南也建议纳入

步骤 3.2-CR：讨论

使用 Read 工具读取 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/discussion.md。

撰写 04_discussion.md：

1. 本病例的重要性（临床启示）
2. 与已发表文献的比较
3. 病例的局限性
4. 临床意义

保持内容聚焦，篇幅短于原创研究论文。

步骤 3.3-CR：引言

使用 Read 工具读取 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/case-introduction.md。

撰写 03_introduction.md：

1. 简要介绍疾病背景
2. 说明本病例为何值得报告（罕见性、新颖性、启发价值）
3. 可选：“我们报告一例……，以强调……”

在病例部分之后撰写引言——你需要先了解病例全貌，才能说明报告该病例的理由。

步骤 3.4-CR：摘要

使用 Read 工具读取 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/case-abstract.md。

按照 CARE 摘要结构撰写 05_abstract.md：

• 背景（1-2 句：说明该病例为何值得报告）
• 病例介绍（3-5 句：人口统计资料、临床表现、诊断、治疗、结局）
• 结论（1-2 句：临床启示）

病例报告摘要中不得采用“方法/结果”结构。

步骤 3.5-CR：标题

在 06_title.md 中撰写 3-5 个标题备选。病例报告标题应：

• 必须包含“病例报告”（CARE 要求）
• 包含诊断或关键发现
• 示例：“度普利尤单抗成功治疗重度儿童哮喘：病例报告”

请用户批准最终标题。

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3-C：综述文章工作流

综述文章综合某一主题的现有文献。其结构按主题组织，而非采用 IMRAD 结构。

步骤 3.1-RA：主题章节

使用 Read 工具读取 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/discussion.md，了解一般写作指导。

根据提纲将正文划分为主题章节。常见结构包括：

1. 按时间顺序：梳理认识随时间的演变
2. 按主题划分：按子主题分组（最常见）
3. 按方法划分：按研究方法分组

每个章节应：

• 综合多项研究的发现（而非逐篇总结）
• 指出共识与争议领域
• 突出文献空白
• 使用文献矩阵确保内容覆盖全面

步骤 3.2-RA：引言

撰写引言：

1. 说明主题的范围和重要性
2. 说明当前开展综述的必要性（新证据、争议或新兴领域）
3. 说明本综述的目标和范围

步骤 3.3-RA：结论与未来方向

撰写结论：

1. 综合归纳已识别的关键主题
2. 当前的知识状况
3. 知识空白与未来研究方向
4. 临床意义（如适用）

步骤 3.4-RA：摘要

撰写非结构式摘要（除非期刊要求采用结构式格式）：

• 综述目的
• 方法（检索的数据库、日期范围、筛选标准）
• 综合各主题后得出的主要发现
• 结论

步骤 3.5-RA：标题

拟定标题。对于综述文章：

• 标题中需包含“综述”“叙述性综述”或“范围综述”
• 清楚说明主题
• 示例：“诊断放射学中的人工智能：叙述性综述”

请用户批准最终标题。

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3-D：系统综述工作流

使用 Read 工具读取 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/sr-outline.md，查看完整的 PRISMA 2020 合规模板。

系统综述遵循严格的预注册方案。该模板提供了完整结构，并包含 PRISMA 2020 核对清单的条目编号。

步骤 3.1-SR：方法

方法部分至关重要。按照 PRISMA 条目 P-5 至 P-18 撰写：

1. 方案与注册（PROSPERO ID）
2. 纳入标准（PICO/PECO）
3. 信息来源（数据库、日期）
4. 检索策略（完整策略见补充材料）
5. 筛选流程（筛选、评审者间信度）
6. 数据收集流程
7. 数据项目
8. 偏倚风险评估（工具选择）
9. 效应指标
10. 综合方法（叙述性综述和／或荟萃分析）
11. 亚组与敏感性分析
12. 报告偏倚评估
13. 证据确定性（GRADE）

步骤 3.2-SR：结果

按照 PRISMA 条目 P-19 至 P-23 撰写结果：

1. PRISMA 流程图（图 1——必需）
2. 研究特征表
3. 偏倚风险汇总
4. 单项研究结果
5. 综合结果（如进行荟萃分析，则提供森林图）
6. 报告偏倚（研究数 ≥10 时提供漏斗图）
7. 证据确定性（GRADE 证据概要表）

步骤 3.3-SR：讨论

按照 PRISMA 条目 P-25 至 P-27 撰写讨论：

1. 按证据确定性等级总结证据
2. 与既往综述进行比较
3. 优势与局限性（包括证据和综述流程两方面）
4. 对实践与研究的启示

步骤 3.4-SR：引言、摘要、标题

遵循与原创研究文章相同的原则，但需采用系统综述特有的表述方式：

• 引言：说明开展本系统综述的必要性（尚无现有系统综述、现有系统综述已过时或出现了新证据）
• 摘要：必须包含研究数量、参与者总数和主要合并估计值
• 标题：必须包含“系统综述”（如适用，还需包含“荟萃分析”）

请用户批准最终标题。

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3-E：读者来信／简短交流文章工作流

读者来信和简短交流文章采用精简的 IMRAD 格式。主要限制是字数限制（通常为 600-1500 词）。

步骤 3.1-LT：精简草稿

撰写一个涵盖所有部分的文件：

1. 引言（1-2 句）：直接说明目的，不作冗长背景介绍。
2. 方法（1 段）：仅提供必要细节。如有需要，可引用其他地方更完整的描述。
3. 结果（1-2 段）：仅列出主要发现。通常提供 1 张表格或 1 张图（不可两者兼有）。
4. 讨论（1-2 段）：主要解读、与文献进行 1-2 项比较，以及关键局限性。

规则：

• 每个词都很重要——删去所有冗余内容
• 通常限于 1 张表格 + 1 张图，或同一类型的 2 个项目
• 参考文献通常限于 10-15 篇
• 不单设结论部分（将其并入讨论最后一段）

步骤 3.2-LT：摘要

撰写简短摘要（通常为 100-150 词，非结构式）。

步骤 3.3-LT：标题

简短、直接的标题效果最佳，无需复杂结构。

请用户批准最终标题。

阶段 4：去除 AI 痕迹

使用 Read 工具阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/references/humanizer-academic.md。

完成初稿后，对每个章节进行润色，去除 AI 生成文本的常见模式。

步骤 4.1：扫描 AI 写作模式

阅读每个章节文件并识别以下模式：

英文论文——检查以下 18 种模式：

1. 夸大重要性（“pivotal”“evolving landscape”“underscores”）
2. 夸大知名度（“landmark”“renowned”“groundbreaking”）
3. 浮于表面的 -ing 分析（“highlighting”“underscoring”“showcasing”）
4. 宣传性措辞（“profound impact”“remarkable”“dramatic”）
5. 模糊归因（“Studies have shown”“Experts argue”）
6. 套话式挑战描述（“Despite challenges... future outlook”）
7. AI 常用词汇（“Additionally”“crucial”“delve”“landscape”“pivotal”）
8. 避免使用系动词（用“serves as”代替“is”）
9. 否定式排比（“Not only... but also”）
10. 过度使用三项并列（强行将观点分成三组）
11. 同义词轮换（“Patients... Participants... Subjects”）
12. 虚假的范围表述（将无关尺度写成“from X to Y”）
13. 过度使用 em dash
14. 标题使用标题式大小写
15. 弯引号
16. 填充语句（“In order to”“It is important to note”“comprehensive investigation”）
17. 过度使用模糊措辞（“may suggest... have the potential to”）
18. 泛泛的积极结论（“The future looks bright”）

日语论文（日本語）——检查 13 种模式（A〜C）和 AI 常用词汇列表（D）：

A. 符号与标记（3 种模式）：

• 过度使用 em dash、引号和括号补充说明

B. 句子节奏（3 种模式）：

• 句尾重复（である。である。である。）
• 连接词过多（さらに、また、加えて）
• 每个段落结尾都过于工整

C. 学术文体特有的问题（7 种模式）：

• C-1 过度留有余地（总是为自己留退路）
• C-2 缺乏依据的评价词（非常有效、具有很大优势）
• C-3 只靠抽象词语支撑论述
• C-4 AI 常用词汇（全面、创新、无缝、富有启发性）
• C-5 连续使用同义词改写
• C-6 过度使用被动语态（検討が行われた → 検討した）
• C-7 混入非学术文体（“参考になれば幸いである”“ポイントは以下の通り”→ 删除）

D. AI 常用词汇列表：参阅 references/humanizer-academic.md 日语部分的 D 节。该词汇表用于判定 C-4 模式。

步骤 4.2：改写

参照 references/humanizer-academic.md 中的具体改写示例。对每个识别出的模式：

1. 替换为准确、具体的学术语言
2. 原样保留所有数据、统计数字和引文
3. 使用简单句式（优先使用 “is”，而非 “serves as”）
4. 删除填充语句，并根据证据强度减少模糊措辞
5. 确保全文术语统一
6. 如果一个句子中出现 3 种或更多 AI 写作模式，应重写整个句子，而不是逐一修补

步骤 4.3：针对章节重点检查

英文：

章节	优先检查的模式
引言	#1 夸大重要性、#5 模糊归因、#7 AI 常用词汇、#3 -ing 分析
方法	#16 填充语句、#8 避免使用系动词
结果	#3 -ing 分析、#4 宣传性措辞
讨论	#17 过度使用模糊措辞、#6 套话式挑战描述
结论	#18 泛泛的结论、#1 夸大重要性
摘要	所有模式（最显眼的部分）

日语：

章节	重点检查的模式
緒言	C-2 缺乏依据的评价词、B-2 连接词过多
方法	C-6 过度使用被动语态、C-3 抽象词语
结果	B-1 句尾重复、A-3 过度使用括号
考察	C-1 过度留有余地、C-4 AI 常用词汇
结论	C-2 缺乏依据的评价词、C-7 非学术文体
摘要	所有模式

步骤 4.4：验证

完成润色后：

英文：

• 科学内容保持不变（未遗漏数据或引文）
• 句首不使用 “Additionally” / “Furthermore”（每个章节最多 1 次）
• 不含 “pivotal” / “crucial” / “landscape” / “delve”
• 不含用于制造虚假深度的附加 “-ing” 短语
• 不含 “serves as” / “stands as”（改用 “is”）
• 谨慎使用 em dash（每页少于 2 处）
• 术语统一（不轮换使用同义词）
• 句子节奏有变化（长短句交替）
• 不留泛泛的结论
• 模糊措辞的程度与证据强度相称

日语：

• 不连续使用「さらに」「また」「加えて」（每个章节各最多 1 次）
• 相同句尾不连续出现 3 次或以上
• 不含缺乏依据的「非常に」「大きな」
• 不过度使用被动语态（改为主动语态）
• 不含套话式结尾（如「参考になれば幸いである」）
• 不只靠抽象词语支撑论述
• 不过度使用引号

阶段 5：参考文献

使用 Read 工具阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/references/citation-guide.md。

编写 references/09_references.md（病例报告则编写 references/07_references.md）：

1. 收集所有章节中引用的论文
2. 按照阶段 0 中记录的目标期刊格式整理（Vancouver、APA 等）
3. 按照引用顺序依次编号
4. 验证完整性：每条参考文献都在正文中引用，每处引用都有对应的参考文献条目
5. 验证真实性：对于 AI 建议的每一条参考文献，都要通过结构化记录确认论文确实存在——使用 mcp__claude_ai_PubMed__lookup_article_by_citation 或 mcp__claude_ai_PubMed__get_article_metadata（通过 PMID/DOI），若无法查询到，再使用 CrossRef（https://api.crossref.org/works/{DOI}），并对非 PubMed 来源使用 WebSearch 搜索完整标题。AI 经常会编造听起来可信的引文；无法解析为真实 PMID/DOI 的引文应删除或替换。参见 references/citation-verification.md。

阶段 6：质量审查

使用 Read 工具阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/references/section-checklist.md。病例报告还需检查 templates/case-report.md 中 CARE 专项条目。

根据质量清单检查每个章节。将检查结果更新至 checklists/section-quality.md。

验证清单：

• 方法 ↔ 结果相对应（仅限原创研究论文）
• 引言中的研究目标 ↔ 结论中的回答
• 正文中提及所有表格/图片
• 结果部分没有解读（仅限原创研究论文）
• 讨论部分没有新结果
• 摘要中的数字与全文一致
• 所有参考文献均已引用且格式正确
• 字数符合目标期刊限制（检查阶段 0 的要求）
• 遵循报告指南（检查阶段 0 选定的指南）
• 已去除 AI 写作模式（阶段 4 验证通过）
• 所有章节的术语保持一致
• 已记录伦理批准和知情同意

阶段 6.5：对抗性审查（红队检验论点）

**在期刊红队审查论文之前，先自行开展红队审查。**质量审查 （阶段 6）检查稿件内部是否一致、格式是否规范。 本阶段要检查的是另一件更难的事：核心论点是否确实成立并有证据支持？ 这是对 Sakana v2 失败模式的纠正（该循环中没有任何环节试图让论文经受失败检验，因此幻觉和新颖性夸大最终得以发表）。

阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/references/adversarial-review.md。组织一场严苛的 内部评审，从四个角度攻击核心论点，并额外开展一次“为零假设提出最有力论证”的审查：

1. 统计学审稿人——p 值操纵、多重检验、统计效能、事后亚组分析；每项验证性论断是否都能追溯到预注册计划（templates/preregistration.md）？
2. 方法学审稿人——混杂、选择/信息偏倚、有向无环图（DAG）；每项听起来像因果关系的论断是否都得到研究设计的支持？
3. 新颖性审稿人——根据 references/novelty-check.md 再次质疑新颖性论断；是否已有规模更大或质量更高的研究得出这一结论？
4. 研究诚信/临床审稿人——每个数字是否都能追溯到原始数据（📊 gate），引用是否真实，是否存在夸大论断，以及读者若根据结论采取行动是否会造成临床伤害。
5. 为零假设提出最有力论证——尽可能有力地论证该发现只是偶然、由混杂因素造成或存在偏倚；论文是否已回应这一论证？

**评审结论：**KILL（论点缺乏支持 → 返回阶段 −1 Discovery；这表明系统正常运作，并非失败）/ MAJOR / MINOR / PASS。最终的 KILL/PASS 裁决由人类负责（💡 gate）——AI 评审小组提供建议。将评审结论记录在 log/human-loop-ledger.md 中。只有 PASS 才能进入投稿前阶段。

在团队模式下，安排四名评审者作为四个并行运行的 paper-red-team Agent（opus，各自采用不同视角），并综合评审结论。若结论为 KILL 或 MAJOR，则返回前序阶段：修复受影响的章节，然后重新运行阶段 4（拟人化）和阶段 6（质量审查），再重新进入阶段 6.5。

阶段 7：提交前准备

使用 Read 工具阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/cover-letter.md 和 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/submission-ready.md。

创建：

1. 标题页 — 阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/title-page.md 获取模板（短标题、所有作者及其 ORCID、所属机构、字数、通讯作者、临床试验注册信息）
2. 研究亮点 / 关键要点 — 阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/highlights.md，为目标期刊创建相应的摘要框（JAMA Key Points、BMJ「已知信息」、Elsevier Highlights、通俗摘要等）
3. 致谢 — 阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/acknowledgments.md 并起草致谢内容（非作者贡献、AI 工具披露、患者致谢）
4. 声明 — 阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/declarations.md 并填写相关内容（伦理、使用 references/coi-detailed.md 填写利益冲突、经费、数据可用性、AI 披露、CRediT）
5. 使用模板撰写投稿附信
6. 使用模板填写 checklists/submission-ready.md — 补充阶段 0 中的期刊特定限制
7. 将所有章节按阅读顺序编译到一个 Markdown 文件 → submissions/v1_{journal}/compiled-manuscript.md
8. 创建 submissions/v1_{journal}/submission-log.md，记录投稿日期、投稿系统、稿件编号
9. 在 log/timeline.md 中记录投稿信息

最终编译顺序（阅读顺序）：

原创研究文章：

Title → Abstract → Introduction → Methods → Results → Discussion → Conclusion → References

病例报告：

Title → Abstract → Introduction → Case Presentation → Discussion → References

编译文件应按顺序包含所有章节内容。表格和图应在文中引用，但保留在各自的文件夹中。所有投稿文件都放入 submissions/v1_{journal}/。

阶段 8：修订（评审后）

用户收到审稿意见（同行评审、编辑决定信）后：

步骤 8.1：整理审稿意见

创建 revisions/r1/reviewer-comments.md：

1. 解析决定信和审稿意见
2. 按顺序为每条意见编号（R1-1、R1-2、R2-1、R2-2 等）
3. 为每条意见分类：
   • 必须修改：事实错误、数据缺失、方法学问题
   • 应当修改：有助于改进论文的合理建议
   • 考虑修改：可选建议、风格偏好
   • 反驳：基于误解的意见（需礼貌解释）

步骤 8.2：撰写回复信

创建 revisions/r1/response-letter.md：

针对每条意见，使用以下格式：

**Comment R1-1:** [Quote the reviewer's comment]

**Response:** [Your response]

**Changes made:** [Specific changes with page/line numbers, or explanation if no change]

回复信规则：

• 感谢审稿人提供建设性反馈（仅在开头感谢一次，不要逐条感谢）
• 具体说明修改内容及修改位置
• 对于反驳意见，先认可审稿人的观点，再提供证据予以解释
• 切勿采取防御或轻视的态度
• 如果未作修改，请结合参考文献或数据说明原因

步骤 8.3：实施修订

1. 根据审稿意见，追踪需要修改的章节
2. 修改相关章节文件
3. 标记修改后的文本（许多期刊要求突出显示修改内容或提供差异对比）
4. 回退受影响的阶段：对修改后的章节重新执行 Humanize（阶段 4）和质量审查（阶段 6）
5. 更新字数，并确认仍符合期刊限制

步骤 8.4：核实修订完整性

• 已回复每条审稿意见
• 已处理所有「必须修改」和「应当修改」的事项
• 反驳内容有证据支持
• 已标记 / 突出显示修改后的文本
• 如新增引文，已更新参考文献
• 如结果或结论有变化，已更新摘要
• 已起草重新投稿的附信

阶段 9：录用后

使用 Read 工具阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/templates/proof-correction.md。

录用后，通讯作者会收到排版校样。这是更正错误的最后机会。

第 9.1 步：校样审核

收到校样后（通常在录用后 2–8 周，处理时间：24–72 小时）：

关键检查项：

• 作者姓名、所属机构和 ORCID——是否正确？
• 摘要中的数字是否与正文一致？
• 所有表格——数据值是否正确，是否存在错置？
• 所有图——图像是否正确，质量是否可接受？
• 参考文献列表——是否完整，编号是否正确？
• 通讯作者邮箱——是否正确？
• 资金来源和利益冲突声明——是否准确？
• 临床试验注册号——是否已列出？

校样阶段不允许：

• 重写句子或段落
• 添加新数据、参考文献或作者
• 更改结论

第 9.2 步：提交修改

使用期刊的校样系统（Proof Central、CATS、eProofing，或直接返回 PDF）。对于每项修改，请注明页码、栏、行号和具体修改内容。

第 9.3 步：发表后

发表后：

• 确认最终发表版本与录用稿一致
• 如适用，通过机构知识库分享（绿色开放获取）——参见 references/open-access-guide.md
• 如适用，使用研究结果更新临床试验注册信息——参见 references/clinical-trial-registration.md
• 与合著者和协作者分享

第 10 阶段：拒稿与重新投稿

使用 Read 工具阅读 ~/.claude/skills/paper-writer/references/desk-rejection-prevention.md 和 references/journal-reformatting.md。

第 10.1 步：评估拒稿

决定	操作
编辑部拒稿（范围不符）	立即重新排版并投稿至下一本期刊
编辑部拒稿（质量问题）	修改稿件，然后重新排版并投稿
同行评审后拒稿	仔细阅读评审意见；投稿至下一本期刊前进行重大修改
拒稿但鼓励重新投稿	按重大修改处理；回应所有意见

第 10.2 步：快速重新排版

使用 references/journal-reformatting.md 清单：

1. 更改参考文献格式（使用文献管理器）
2. 按新的标题重组摘要——参见 references/abstract-formats.md
3. 调整字数——参见 references/word-count-limits.md
4. 添加或删除特殊部分（要点、亮点）
5. 重新排版标题页
6. 撰写新的投稿附信（注明新编辑的姓名）
7. 确认稿件中未提及之前的期刊名称

第 10.3 步：级联投稿策略

跟踪投稿情况：

期刊	投稿日期	决定	处理时间	下一步操作
[Journal 1]	YYYY-MM-DD	—	—	—

规划投稿顺序：冲刺期刊 → 目标期刊 → 稳妥期刊 → 备用期刊。

各部分的 AI 指南

AI 应做的事

部分	AI 的角色
文献检索	搜索、整理、总结——用户验证相关性
方法	根据用户对数据的描述起草——用户核实准确性
结果	组织结构和格式——用户提供实际数据
病例（病例报告）	按时间顺序组织——用户提供临床详情
引言	根据文献起草背景——用户完善叙述
讨论	建议与文献进行比较——用户掌控解读
摘要	根据全文生成——用户确保准确性
参考文献	格式化和整理——用户核实完整性和真实性

AI 不应做的事

• 编造数据或统计结果
• 虚构引文（务必使用 WebSearch 核实）
• 在用户未提供数据的情况下撰写结果
• 在用户未提供临床详情的情况下撰写病例介绍
• 提出超出数据支持范围的临床建议
• 跳过大纲和标题阶段的用户审批步骤

状态跟踪

每个阶段完成后更新 README.md 中的状态。使用以下状态值：

• Not Started：阶段尚未开始
• In Progress：阶段正在进行（在 Notes 中添加详细信息）
• Draft Complete：初稿已完成，待审核
• Done：阶段已完成并审核

根据论文类型使用相应的状态跟踪表：

原创文章：

阶段	状态	上次更新
文献检索	Not Started	-
大纲	Not Started	-
表格与图片	Not Started	-
方法与结果	Not Started	-
引言与结论	Not Started	-
讨论	Not Started	-
摘要	Not Started	-
标题与关键词	Not Started	-
润色	Not Started	-
参考文献	Not Started	-
声明	Not Started	-
质量审查	Not Started	-
投稿前准备	Not Started	-

病例报告：

阶段	状态	上次更新
文献检索	Not Started	-
大纲	Not Started	-
表格与图片	Not Started	-
病例介绍	Not Started	-
讨论	Not Started	-
引言	Not Started	-
摘要	Not Started	-
标题与关键词	Not Started	-
润色	Not Started	-
参考文献	Not Started	-
声明	Not Started	-
质量审查	Not Started	-
投稿前准备	Not Started	-

综述文章：

阶段	状态	上次更新
文献检索	Not Started	-
大纲	Not Started	-
表格与图片	Not Started	-
主题章节	Not Started	-
引言	Not Started	-
结论与未来方向	Not Started	-
摘要	Not Started	-
标题与关键词	Not Started	-
润色	Not Started	-
参考文献	Not Started	-
声明	Not Started	-
质量审查	Not Started	-
投稿前准备	Not Started	-

系统综述：

阶段	状态	上次更新
文献检索	Not Started	-
大纲	Not Started	-
表格与图片	Not Started	-
方法（PRISMA）	Not Started	-
结果（PRISMA）	Not Started	-
讨论	Not Started	-
引言	Not Started	-
摘要	Not Started	-
标题与关键词	Not Started	-
润色	Not Started	-
参考文献	Not Started	-
声明	Not Started	-
质量审查	Not Started	-
投稿前准备	Not Started	-

来信 / 短篇交流：

阶段	状态	上次更新
文献检索	Not Started	-
大纲	Not Started	-
表格与图片	Not Started	-
精简初稿	Not Started	-
摘要	Not Started	-
标题与关键词	Not Started	-
润色	Not Started	-
参考文献	Not Started	-
质量审查	Not Started	-
投稿前准备	Not Started	-

恢复项目

当用户在现有项目目录中调用此技能时：

1. 阅读 README.md，了解当前状态、论文类型、目标期刊和研究问题
2. 扫描章节文件，评估实际内容状态：
   • 阅读每个显示“In Progress”或“Draft Complete”的章节文件
   • 检查字数和完整性（空章节、TODO 标记、未完成的草稿）
   • 将实际文件状态与状态跟踪表进行比较——文件才是事实依据
3. 向用户提供摘要：“这是我们上次停下时的进度：[状态]。下一步是[阶段]。要继续吗？”
4. 检查工作流更新：将 README 状态表与上方的规范阶段列表进行比较。如果缺少阶段（例如，旧项目创建时尚未添加“Humanize”阶段），则添加这些阶段，并将状态设为“Not Started”，同时告知用户
5. 从下一个未完成的阶段继续
6. 更新状态跟踪表

处理中途变更

更改目标期刊：如果用户希望更改目标期刊：

1. 更新 README.md 中的论文信息和期刊要求
2. 重新检查：引用格式、字数限制、摘要格式、报告指南
3. 如果引用格式发生变化，则重新格式化参考文献
4. 根据新限制检查字数
5. 更新投稿附信

添加数据或修订内容：如果用户有新数据或审稿人反馈：

1. 确定受影响的章节
2. 将受影响的阶段回退为“In Progress”
3. 从该阶段开始重新执行后续流程（包括 Humanize 和 Quality Review）

语言支持

英文论文

• 使用规范的学术英语
• 遵循目标期刊的风格指南
• 标记措辞不自然之处，供用户审阅

日文论文

• IMRAD 格式与英文论文相同（Case Report 除外：采用 CARE 格式）
• 使用「である」体，而非「です・ます」体
• 专业术语原则上使用日语（首次出现时附上英文）
• 病例报告使用「症例提示」「臨床経過」等标准标题
• 如有单独的论文写作指南，请参阅

团队模式（团队模式）

如果用户指示“团队协作”“team mode”或“并行”，则使用并行 Agent 执行各个阶段，大幅提升速度。

团队构成

Agent	职责	Agent 定义	模型
文献检索	按数据库并行检索论文	~/.claude/agents/paper-lit-searcher.md	sonnet
表格与图片设计	并行设计表格和图片	~/.claude/agents/paper-table-figure-planner.md	sonnet
章节撰写	通用章节撰写	~/.claude/agents/paper-section-drafter.md	sonnet
人性化润色	去除 AI 文风模式	~/.claude/agents/paper-humanizer.md	haiku
参考文献	收集并核验引用	~/.claude/agents/paper-ref-builder.md	sonnet
章节审阅	检查章节质量	~/.claude/agents/paper-section-reviewer.md	sonnet
质量关卡	最终核验整体一致性	~/.claude/agents/paper-quality-gate.md	opus
红队	对核心论点进行对抗性科学审查（Phase 6.5）	~/.claude/agents/paper-red-team.md	opus

按阶段划分的团队工作流

Phase 0, 2：顺序执行（不变）

由于需要与用户互动，按照现有流程执行。

Phase 1：文献检索（并行 x3）

通过 Agent tool 并行启动 3 个 paper-lit-searcher：

• Agent A：PubMed 检索（使用 MeSH 术语）
• Agent B：Google Scholar 检索（自由文本）
• Agent C：审阅用户提供的重要论文 + 领域专属数据库（CiNii、EMBASE 等）

3 个 Agent 完成后，由负责人合并结果并创建 00_literature/literature-matrix.md（去除重复项）。

Phase 2.5：表格与图片（并行 x2）

并行启动 2 个 paper-table-figure-planner：

• Agent A：表格设计（输出至 tables/）
• Agent B：图片设计（输出至 figures/）

Phase 3：起草（分组并行）

根据依赖关系，分轮运行 paper-section-drafter。

Original Article：

• Round 1：Methods + Results（配对撰写，1 个 Agent）
• Round 2：Introduction P3 + Conclusion（并行 x2，镜像关系）
• Round 3：Discussion + Introduction P1-P2 + Abstract（并行 x3）
• Round 4：Title（1 个 Agent）

Case Report：

• Round 1：Case Presentation（顺序执行，需要用户提供临床信息）
• Round 2：Discussion + Introduction（并行 x2）
• Round 3：Abstract + Title（并行 x2）

Systematic Review：

• Round 1：Methods（顺序执行，最重要的章节）
• Round 2：Results（顺序执行，依赖 Methods 的结构）
• Round 3：Discussion + Introduction + Abstract（并行 x3）
• Round 4：Title（1 个 Agent）

Phase 4：人性化润色（并行 x 最多 6）

按章节数量并行启动 paper-humanizer：

• 每个 Agent 负责一个章节
• 所有 Agent 均参考 references/humanizer-academic.md
• 完成后，由负责人执行 Phase 4.4 验证清单

阶段 5：参考文献（两阶段）

分两阶段运行 paper-ref-builder：

1. Builder 模式：从所有章节收集引用 → 按期刊格式排版
2. Verifier 模式：使用 WebSearch 确认每篇文献真实存在 → 标记捏造内容

阶段 6：质量审查（并行 + 闸门）

第 1 轮：按章节数量并行启动 paper-section-reviewer

• 各 Agent 根据 references/section-checklist.md 进行评估

第 2 轮：启动 1 个 paper-quality-gate（opus 模型）

• 验证所有章节之间的整体一致性
• 必须通过（PASS）。如果失败（FAIL），则修改相关章节并重新审查

阶段 6.5：对抗性审查（并行 x4 + 汇总）

并行启动 4 个 paper-red-team（opus），分别从不同角度质疑核心主张：

• Agent A：统计审查员（p-hacking、多重比较、统计功效、对预注册的可追溯性）
• Agent B：方法论审查员（混杂因素、偏差、DAG、因果主张的合理性）
• Agent C：新颖性审查员（对照 references/novelty-check.md 再次质疑新颖性）
• Agent D：一致性与临床审查员（原始数据追溯、引用真实性、过度主张、临床危害）

4 个 Agent 完成后，由负责人汇总并执行 steelman-the-null，给出判定（KILL/MAJOR/MINOR/PASS）。KILL/MAJOR 的最终裁定由人工作出（💡闸门）。 KILL 将退回阶段 −1（这是系统正常发挥作用的证据）。只有 PASS 才能进入阶段 7。

阶段 7：投稿准备（并行 x4）

并行启动 4 个 paper-section-drafter：

• Agent A：标题页（参见 templates/title-page.md）
• Agent B：亮点 / Key Points（参见 templates/highlights.md）
• Agent C：致谢与声明（参见 templates/acknowledgments.md + templates/declarations.md）
• Agent D：投稿信（参见 templates/cover-letter.md）

完成后，使用 scripts/compile-manuscript.sh 进行最终整合。

阶段 8：修订（并行 x3）

审稿人意见的解析和分类按顺序进行（与用户交互）。之后：

• Agent A（paper-section-drafter）：处理 Must Fix 意见
• Agent B（paper-section-drafter）：处理 Should Fix 意见
• Agent C（paper-section-drafter）：起草反驳（Rebut）

完成后，对修订过的章节重新执行阶段 4（人性化处理）和阶段 6（质量审查）。

阶段 9-10：按顺序执行（不变）

由于采用事件驱动方式（校样到达、收到拒稿通知），维持现有流程。

团队模式的适用场景

场景	推荐模式
Original Article（多章节）	团队模式
Systematic Review（大量文献）	团队模式
Case Report（少量章节）	顺序模式
Letter / Short Communication	顺序模式
截止日期临近时	团队模式

Autonomous Stage-Gate System（自主质量闸门）

在团队模式下，为每个阶段设置质量闸门。如果闸门未通过（FAIL），则自动重新启动修订 Agent，循环直至通过（PASS）。最多迭代 3 次，之后升级给用户处理。

闸门流程

Phase N 完了 → [ゲートエージェント] → PASS? → 次のPhaseへ
                                    → FAIL + iter<3 → FEEDBACK.md生成 → [修正エージェント(revision_mode)] → ゲートに戻る
                                    → FAIL + iter≥3 → ユーザーにエスカレーション（checklists/escalation-log.md）

各阶段闸门定义

阶段	闸门名称	通过条件	闸门负责人	修订负责人
1	文献质量	≥10 篇论文，均有 DOI/URL，无捏造内容	paper-section-reviewer	paper-lit-searcher
2	大纲	包含所有 IMRAD 部分，≥2 个引用映射	paper-section-reviewer	立即升级给用户
2.5	表格与图	所有设计文件齐全，符合期刊限制	paper-section-reviewer	paper-table-figure-planner
3	章节	score≥80%，Must Fix=0	paper-section-reviewer	paper-section-drafter
4	人性化处理	高优先级 AI 模式残留数为 0	paper-section-reviewer	paper-humanizer
5	参考文献	捏造内容为 0，孤立引用为 0	paper-ref-builder(verifier)	paper-ref-builder(builder)
6	整体一致性	PASS 或 CONDITIONAL_PASS	paper-quality-gate(opus)	paper-section-drafter
7	投稿准备	所有必需文件齐全，符合字数限制	paper-section-reviewer	paper-section-drafter

反馈文件格式

闸门未通过（FAIL）时，协调器会生成 checklists/feedback-{phase}-{section}.md：

---
revision_mode: true
iteration: {N} of 3
section: {section_name}
source_file: {path/to/section_file.md}
gate_verdict: FAIL
---

## Must Fix
### Issue 1
- item: {チェックリスト項目名}
- location: {段落番号 or 行範囲}
- problem: {問題の1文記述}
- fix: {具体的な修正指示}

## Should Fix
### Issue 2
- item: {項目名}
- fix: {修正指示}

## Context (変更不可)
- reporting_guideline: {PRISMA等}
- journal: {ジャーナル名}
- language: {English/Japanese}

修订 Agent 的启动方式

闸门未通过（FAIL）时，向修订 Agent 提供以下内容：

revision_mode: true
feedback_file: {project_dir}/checklists/feedback-{phase}-{section}.md
source_file: {project_dir}/{section_file.md}

所有修订 Agent（paper-section-drafter、paper-humanizer、paper-lit-searcher、paper-table-figure-planner）收到 revision_mode: true 后，只处理反馈中的 Must Fix 项，并跳过常规初始工作流。

闸门状态持久化

使用 checklists/gate-state.md 管理迭代次数：

| Phase | Section | Iteration | Status | Last Run |
|-------|---------|-----------|--------|----------|
| phase3 | methods | 2 | IN_PROGRESS | 2026-03-05 |
| phase4 | intro | 0 | PASS | 2026-03-05 |

升级处理协议

达到 3 次迭代时：

1. 在 checklists/escalation-log.md 中记录未解决的 Must Fix 列表和说明
2. 向用户显示消息（明确指出相关文件路径和问题）
3. 暂停工作流
4. 用户手动修订后，输入“continue”即可恢复 → 将迭代计数器重置为 0

基于 YAML verdict 的循环判定

section-reviewer 和 quality-gate 会在输出文件开头添加 YAML 标头：

# section-reviewer
---
gate_verdict: PASS | FAIL
must_fix_count: {N}
score_percent: {N}
section: {name}
---

# quality-gate
---
gate_verdict: PASS | CONDITIONAL_PASS | FAIL
must_fix_count: {N}
affected_sections: [methods, results]
---

协调器只读取 YAML 标头来判断是否继续或结束循环。CONDITIONAL_PASS（仅剩 Should Fix 项）按 PASS 处理。

并行执行闸门

部分闸门可以并行执行：

• 阶段 3：Methods+Results 配对 ‖ Introduction+Conclusion 配对（Discussion 独立处理）
• 阶段 4：同时运行所有章节的人性化处理闸门
• 阶段 6：先审查所有章节，再运行 quality-gate（有顺序依赖）

Abstract 的闸门在所有章节通过（PASS）后运行（因为它依赖其他章节中的数值）。

参考文件

AI for Science 层（Phase −1 发现阶段 + Phase 6.5 对抗性评审）

• references/ai-for-science-model.md - 请先阅读。 运行模型：两个由人类主导的输入（💡 IDEA、📊 DATA）、发现循环、三个完整性护栏、自主性调节
• templates/research-question.md - Phase −1 假设锻造（临床观察 → 按 FINER 评分的候选项 → 由人类选择）
• references/novelty-check.md - 通过真实 API 进行实时文献新颖性扫描（PubMed MCP、OpenAlex、Europe PMC、Semantic Scholar）；四种判定的研究空白分类
• templates/study-design.md - 研究设计选择、PICO→变量、DAG/混杂、样本量/检验效能、预先指定的分析计划
• templates/preregistration.md - 预注册锁定（反 HARKing）：注册库选择、可填写记录、确证性/探索性防火墙、偏差日志
• references/adversarial-review.md - Phase 6.5 红队评审：四位苛刻的评审者 + 为零假设提出最强论证；KILL/MAJOR/MINOR/PASS 判定
• agent paper-red-team（~/.claude/agents/paper-red-team.md，opus）- 团队模式下的对抗性评审者

核心写作层

• references/imrad-guide.md - IMRAD 结构与写作原则
• references/section-checklist.md - 各章节质量检查清单（原创论文 + 病例报告）
• references/citation-guide.md - 引用格式与管理
• references/reporting-guidelines.md - CONSORT、STROBE、PRISMA、CARE 概述
• references/humanizer-academic.md - AI 写作模式检测（EN 18 种 + JP 13 种模式）
• templates/project-init.md - 项目 README 模板（原创论文）
• templates/project-init-case.md - 项目 README 模板（病例报告）
• templates/literature-matrix.md - 文献对比矩阵
• templates/methods.md - 方法部分写作指南（原创论文）
• templates/results.md - 结果部分写作指南（原创论文）
• templates/case-report.md - 病例介绍写作指南（病例报告，符合 CARE 要求）
• templates/case-introduction.md - 病例报告引言指南
• templates/case-abstract.md - 病例报告摘要指南（CARE 格式）
• templates/introduction.md - 引言部分写作指南（原创论文）
• templates/discussion.md - 讨论部分写作指南
• templates/conclusion.md - 结论写作指南
• templates/abstract.md - 摘要写作指南（原创论文）
• templates/cover-letter.md - 投稿附信模板
• templates/submission-ready.md - 投稿前检查清单模板
• templates/sr-outline.md - 系统综述大纲（PRISMA 2020）
• templates/sr-screening-pipeline.md - SR 筛选执行流程（去重 → 双人标题摘要筛选 → 双人全文筛选 → 提取 → PRISMA 计数）；阶段 1.5
• scripts/sr-dedup.py - 对 RIS/NBIB/BibTeX/CSV 导出文件进行确定性去重，并统计识别数量
• scripts/sr-pdf-link.py - 按 DOI 将全文 PDF 与记录关联，并重命名为规范名称（原始文件保持不变）
• scripts/sr-prisma-count.py - 根据阶段 CSV 计算 PRISMA 流程数量、Cohen's κ 和内部一致性检查结果
• templates/declarations.md - 声明模板（伦理、COI、经费、AI、CRediT）
• templates/graphical-abstract.md - 图文摘要设计指南
• references/ai-disclosure.md - AI 工具披露指南（ICMJE 2023）
• references/tables-figures-guide.md - 表格与插图制作指南
• references/keywords-guide.md - 关键词与 MeSH 术语选择指南
• references/supplementary-materials.md - 补充材料策略指南
• references/citation-verification.md - 引用真实性核验指南
• references/pubmed-query-builder.md - PubMed 检索式构建指南
• templates/title-page.md - 标题页模板（短标题、ORCID、作者单位）
• templates/highlights.md - 关键要点 / 亮点 / 摘要框（JAMA、BMJ、Elsevier 等）
• templates/limitations-guide.md - 局限性部分写作指南与模板
• templates/acknowledgments.md - 致谢模板（AI 工具、医学写作）
• templates/proof-correction.md - 录用后校样更正指南
• references/submission-portals.md - 投稿门户指南（ScholarOne、Editorial Manager 等）
• references/open-access-guide.md - 开放获取模式、APC、预印本、资助方要求
• references/clinical-trial-registration.md - 临床试验注册指南（ClinicalTrials.gov、UMIN-CTR、jRCT）
• references/abstract-formats.md - 期刊特定摘要格式（JAMA、NEJM、Lancet、BMJ 等）
• references/word-count-limits.md - 各期刊与论文类型的字数限制
• references/coi-detailed.md - 详细的 COI 类别、CRediT 分类体系、ORCID 指南
• references/desk-rejection-prevention.md - 避免编辑部退稿与期刊选择
• references/journal-reformatting.md - 退稿后的快速格式调整指南
• references/statistical-reporting-full.md - 扩展版 SAMPL 统计报告指南
• references/reporting-guidelines-full.md - 综合报告指南（含 20 多项指南及检查清单）
• references/master-reference-list.md - 主参考资料清单（含 URL，涵盖所有资源）
• templates/data-management.md - 数据管理模板（原始数据 / 处理后数据 / 分析数据、数据字典、去标识化）
• templates/analysis-workflow.md - 数据分析工作流指南（表 1、回归、生存分析、插图）
• scripts/table1.py - 表 1 生成器（自动识别变量类型、正态性检验、组间比较）
• scripts/analysis-template.py - 统计分析模板（描述性统计、t 检验、逻辑回归、生存分析）