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pubmed-literature-search

pubmed-literature-search

github.com/open-medica生产力2782 次安装30 周前更新
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关于 pubmed-literature-search

pubmed-literature-search 是供 AI Agent 通过 NCBI E-utilities API 检索生物医学引文的技能。它支持字段布尔查询、MeSH 词扩展、筛选条件、引文元数据及可用的全文链接。

主要功能

  1. 01布尔与字段限定检索
  2. 02MeSH 词扩展
  3. 03获取引文元数据
  4. 04按日期、语言和物种筛选
  5. 05提供 PMC 和 DOI 链接

适用场景

  1. 01为系统综述查找研究
  2. 02检索药物不良反应证据
  3. 03收集指南制定所需试验
  4. 04识别生物医学研究空白

安装

复制下面的命令,在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/open-medica/open-medical-skills --skill pubmed-literature-search

安装后在 Claude Code 中输入/pubmed-literature-search确认已加载。

详细介绍

PubMed 医学文献检索

使用 NCBI E-utilities API 搜索 PubMed 和 PubMed Central 中超过 3,600 万条生物医学引文。此技能支持 AI Agent 执行高级文献检索,包括布尔运算符、MeSH 术语扩展、作者和期刊筛选、日期范围限制,以及全文访问链接,让系统性文献综述的强大能力直接融入临床和研究 AI 工作流。

快速安装

npx skills add Open-Medica/open-medical-skills --skill pubmed-literature-search

功能介绍

  • 高级布尔检索:使用 AND、OR、NOT 运算符和特定字段限定符(标题、摘要、作者、期刊、MeSH),检索 PubMed 全部 3,600 多万条引文
  • MeSH 术语集成:支持使用标准化医学词汇进行检索,并自动扩展术语,以涵盖 MeSH 层级中更具体的描述词
  • 引文元数据获取:包括作者、期刊、出版日期、DOI、PubMed ID、摘要文本、MeSH 标题和出版类型
  • 全文访问链接:文章开放获取时通过 PubMed Central(PMC)提供全文链接;否则提供 DOI 解析器链接
  • 日期范围和筛选条件支持:可按出版年份、文章类型(RCT、荟萃分析、综述、病例报告)、语言和物种(人类/动物)限制结果

临床应用场景

  • 系统性文献综述:准备有关 SGLT2 抑制剂治疗心力衰竭的系统性综述时,研究人员可以使用 MeSH 术语构建复杂的布尔查询,获取所有匹配的引文及其摘要,并导出结构化结果供筛选,从而省去数小时的 PubMed 手动检索。
  • 即时证据查询:住院医师遇到罕见药物反应时,可以快速检索有关特定药物与不良事件关联的病例报告和药物警戒研究,并在几秒内获取摘要。
  • 指南制定支持:临床指南委员会可以通过程序化方式检索某项特定干预措施的所有 RCT 和荟萃分析,按日期范围和质量指标筛选,并生成结构化证据表供委员会审阅。
  • 发现研究空白:计划申请资助的学术医生可以查询某个主题的现有文献,找出最新发表的研究,并确定证据空白所在,为开展新研究提供依据。

安全性与证据

  • **安全分类:**安全——此技能查询公开的只读数据库(NCBI PubMed)。它不会做出临床决策、修改患者数据或开具治疗方案。返回的数据均为已发表的同行评审引文。
  • **证据等级:**高——PubMed 是由美国国家医学图书馆(NLM)维护的生物医学文献权威数据库。E-utilities API 是官方程序化接口,全球数千家研究机构都在使用。

使用示例

检索近期关于二甲双胍与心血管结局的荟萃分析:

Search PubMed for meta-analyses published in the last 5 years
examining metformin's effect on cardiovascular mortality in
type 2 diabetes. Use MeSH terms and restrict to English-language
articles.

查找罕见药物不良反应的病例报告:

Search PubMed for case reports of pembrolizumab-induced
myocarditis. Include the abstract text and PMC full-text links
where available. Sort by most recent first.

技术详情

  • **类别:**研究
  • **作者:**OMS Contributors(原作者:Augmented-Nature)
  • **许可证:**MIT
  • **API:**NCBI E-utilities(ESearch、EFetch、ESummary、ELink)
  • **速率限制:**不使用 API 密钥时,NCBI 允许每秒 3 次请求;使用免费的 NCBI API 密钥时,每秒 10 次请求
  • **依赖项:**HTTP 客户端(curl/fetch)、XML/JSON 解析器

参考资料


此技能属于 Open Medical Skills,这是一个由医生为医生和医疗行业维护的精选医学 AI 技能市场。

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