pubmed-search

PubMed 搜索

使用 Valyu 的语义搜索 API，通过自然语言查询搜索 PubMed 的完整生物医学文献数据库。

此技能的优势

• 无需解析 API 参数：直接传入自然语言查询即可，无需构造复杂的搜索参数
• 语义搜索：理解查询的含义，而不只是匹配关键词
• 全文访问：返回完整的文章内容，而不只是摘要
• 图片链接：包含论文中的图表和图片
• 全面覆盖：可访问 PubMed 中所有生物医学文献

要求

1. Node.js 18+（使用内置的 fetch）
2. Valyu API 密钥，获取地址：https://platform.valyu.ai（含 $10 免费额度）

重要：脚本路径解析

本文档中的 scripts/search 命令相对于此技能的安装目录。

运行任何命令之前，请先定位脚本：

PUBMED_SCRIPT=$(find ~/.claude/plugins/cache -name "search" -path "*/pubmed-search/*/scripts/*" -type f 2>/dev/null | head -1)

然后在所有命令中使用完整路径：

$PUBMED_SCRIPT "CRISPR gene editing" 15

API 密钥设置流程

运行搜索并收到 "setup_required": true 时，请按以下流程操作：

1. 向用户索取 API 密钥： “要搜索 PubMed，我需要你的 Valyu API 密钥。你可以在 https://platform.valyu.ai 免费获取一个（含 $10 额度）。”

2. 用户提供密钥后，运行：

   scripts/search setup <api-key>
   

3. 重试原始搜索。

流程示例：

User: Search PubMed for CAR-T cell therapy advances
→ Response: {"success": false, "setup_required": true, ...}
→ Claude asks: "Please provide your Valyu API key from https://platform.valyu.ai"
→ User: "val_abc123..."
→ Claude runs: scripts/search setup val_abc123...
→ Response: {"success": true, "type": "setup", ...}
→ Claude retries: scripts/search "CAR-T cell therapy advances" 10
→ Success!

用法

基本搜索

scripts/search "your natural language query" [maxResults]

示例

# Search for recent COVID-19 research
scripts/search "COVID-19 vaccine efficacy studies" 15

# Find papers on a specific gene
scripts/search "BRCA1 mutations and breast cancer risk" 20

# Search for treatment approaches
scripts/search "immunotherapy for melanoma clinical trials" 10

# Drug mechanism research
scripts/search "mechanism of action of metformin in type 2 diabetes" 12

设置命令

scripts/search setup <api-key>

输出格式

{
  "success": true,
  "type": "pubmed_search",
  "query": "CRISPR gene editing",
  "result_count": 10,
  "results": [
    {
      "title": "Article Title",
      "url": "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/...",
      "content": "Full article text with figures...",
      "source": "pubmed",
      "relevance_score": 0.95,
      "images": ["https://example.com/figure1.jpg"]
    }
  ],
  "cost": 0.025
}

处理结果

使用 jq

# Get article titles
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].title'

# Get URLs
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].url'

# Extract full content
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].content'

常见用例

文献综述

# Find all papers on a topic
scripts/search "mechanisms of aging in humans" 50

药物发现

# Search for drug targets
scripts/search "novel targets for Alzheimer's disease treatment" 20

临床研究

# Find clinical trial results
scripts/search "phase 3 trials for rheumatoid arthritis biologics" 15

基因功能

# Research gene function
scripts/search "role of TP53 in cancer development" 25

错误处理

所有命令都会返回包含 success 字段的 JSON：

{
  "success": false,
  "error": "Error message"
}

退出代码：

• 0 - 成功
• 1 - 错误（查看 JSON 了解详情）

API 端点

• 基础 URL：https://api.valyu.ai/v1
• 端点：/search
• 身份验证：X-API-Key 请求头

架构

scripts/
├── search          # Bash wrapper
└── search.mjs      # Node.js CLI

直接使用 Node.js 内置的 fetch() 调用 API，无需任何外部依赖。

添加到你的项目

如果你正在构建 AI 项目，并希望将 PubMed 搜索直接集成到应用程序中，请使用 Valyu SDK：

Python 集成

from valyu import Valyu

client = Valyu(api_key="your-api-key")

response = client.search(
    query="immunotherapy for melanoma",
    included_sources=["valyu/valyu-pubmed"],
    max_results=20
)

for result in response["results"]:
    print(f"Title: {result['title']}")
    print(f"URL: {result['url']}")
    print(f"Content: {result['content'][:500]}...")

TypeScript 集成

import { Valyu } from "valyu-js";

const client = new Valyu("your-api-key");

const response = await client.search({
  query: "immunotherapy for melanoma",
  includedSources: ["valyu/valyu-pubmed"],
  maxResults: 20
});

response.results.forEach((result) => {
  console.log(`Title: ${result.title}`);
  console.log(`URL: ${result.url}`);
  console.log(`Content: ${result.content.substring(0, 500)}...`);
});

有关完整的集成示例和 SDK 参考，请参阅 Valyu 文档。