reproducibility-statement

可复现性与透明度声明

工作流程

1. 列出投稿场所要求的所有声明和清单（第 1 节）。
2. 存档数据和代码，并在撰写声明前获取持久标识符。
3. 撰写每项声明时，明确具体位置、许可证和访问条件。
4. 退出登录后验证每个链接和存档号。切勿声称尚未实现的可用性。
5. 如实填写清单，并为每个“否”提供理由。

编辑越来越常因声明缺失或含糊而直接拒稿，审稿人也会核查这些声明。应将每项声明都视为准确、可验证的陈述，而非套话。

1. 确认投稿场所的要求

查看目标投稿场所最新的作者指南和清单（venue-templates 和 journal-format 技能会指向相关内容）。常见要求包括：

投稿场所类型	典型要求
ML 会议（NeurIPS、ICML、ICLR）	PDF 中包含论文清单（可复现性、计算资源、许可证、更广泛影响、LLM 使用情况），鼓励提供代码
ACL / ARR 投稿场所	负责任 NLP 清单、局限性章节（必需）、伦理声明
Nature Portfolio	数据和代码可用性声明、报告摘要、图表的源数据
PLOS	必须提供数据可用性声明；除非法律上豁免，否则数据必须不受限制地提供
临床期刊	试验注册、数据共享声明（ICMJE）、报告指南清单（CONSORT、STROBE 等）
Cell Press	STAR Methods，包含关键资源表和资源可用性章节

2. 数据可用性声明

说明数据位于何处、如何获取以及适用哪些条件，并提供持久标识符：

支持本研究结论的处理后数据可在 Zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.XXXXXXX) 获取， 采用 CC BY 4.0 许可。原始测序读段已存入 SRA，所属 BioProject 为 PRJNAXXXXXX。由于[法规]， 患者级临床数据无法公开共享。可联系[数据访问委员会联系人]提出申请，获取数据需签署数据使用协议。

• 有领域专用存储库时应优先使用（GEO/SRA/ENA、PDB、PRIDE、OpenNeuro、Dryad、ICPSR、 PANGAEA）。否则使用通用存储库（Zenodo、Figshare、OSF、Dataverse）。
• 仅写“可在合理请求后提供”越来越容易被拒。请说明限制原因和获取途径。
• 在投稿前预留 DOI（Zenodo 支持预留 DOI）。如果投稿场所允许，请使用供审稿人访问的私有链接。

3. 代码可用性与制品打包

发布的存储库检查清单：

• 标记与论文版本一致的发布版本，并存档到 Zenodo（GitHub 集成会生成 DOI）
• 提供 README，包含安装说明、最简示例，以及用于复现每张表格/每幅图的准确命令
• 固定环境：uv.lock/requirements.txt（含版本）、environment.yml 或容器镜像摘要
• 记录随机种子、运行次数和硬件，并报告方差（N 个随机种子的均值 ± 标准差）
• 提供数据下载/预处理脚本（切勿分发未获再分发许可的数据）
• 如果预训练权重或检查点是核心论据，则提供校验和
• 提供 LICENSE（代码使用 OSI 批准的许可证；文本/数据使用 CC BY），并遵守第三方许可证
• 提供 CITATION.cff，让 GitHub 显示“引用此存储库”
• 双盲评审期间匿名处理（使用匿名 GitHub 镜像），终稿阶段恢复真实身份

4. 计算资源与环境报告（ML 和模拟）

报告硬件信息（GPU/CPU 类型和数量）、主要实验以及整个项目的总计算量（GPU 小时），包括超参数搜索。报告关键框架的软件版本。

5. 其他声明

• 作者贡献（CRediT）：将每位作者对应到 14 项角色（概念构思、方法设计、软件、验证、正式分析、调查、资源、数据管理、撰写——初稿、撰写——审阅与编辑、可视化、监督、项目管理、经费获取）。
• 利益冲突：声明财务和非财务利益，或说明“无”。
• 经费：基金方名称和资助编号须严格遵循基金方的要求。
• 伦理：IRB／伦理委员会名称和批准编号、知情同意流程、动物福利审批、双重用途考量。
• AI 工具的使用：遵循投稿平台的政策。大多数平台要求披露在写作或分析中使用生成式 AI，并禁止将 AI 列为作者。说明使用了什么工具，以及如何核验其输出。
• 局限性／更广泛的影响：具体失效模式、结果可能不适用的人群或情境、潜在滥用方式及缓解措施。

规则

• 每项声明在投稿时都必须属实。核验每个链接和访问编号均可正常使用（退出登录后，在无痕窗口中检查）。
• 除非有作者以外的人按照 README 重新运行过，否则不要声称“完全可复现”。
• 诚实填写检查清单。“否”并附上理由，胜过没有依据的“是”。

相关技能

ml-paper-writing、scientific-writing、venue-templates、datalad、lamindb、research-grants（数据管理计划）。