revise

修订技能——回复同行评审意见

启用

当用户提供评审意见（粘贴的文本、PDF 或文件路径）或要求修订稿件时，继续操作前先确认：

1. 决定信（粘贴的文本或文件路径）
2. 当前稿件文件（manuscript/manuscript.md）
3. 修订轮次（默认：R1）
4. 期刊名称（会影响投稿附信格式）

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步骤 1：解析并编号所有意见

阅读完整的决定信。提取每位审稿人和编辑提出的所有独立意见。

编号规则

E-1, E-2, ...       <- Editor comments
R1-1, R1-2, ...     <- Reviewer 1 comments
R2-1, R2-2, ...     <- Reviewer 2 comments
R3-1, R3-2, ...     <- Reviewer 3 (if present)

如果审稿人在一段中提出多项要求，请拆分为子项：R1-3a, R1-3b, R1-3c

分类

类型	符号	定义
MAJOR	[MAJ]	需要新实验、重新分析、新图表或大幅调整结构
MINOR	[MIN]	需要修改文本、澄清、调整格式或补充引用
REBUTTAL	[REB]	审稿人在事实层面有误、误解了研究，或提出了缺乏科学依据的要求

五类分流策略

将每条意见归入以下五类之一；类别决定回复方式，并为 MAJ/MIN/REB 分类提供参考（但不取代该分类）。

类别	审稿人……	回复	典型类别
1. 简单问题（最常见）	询问描述、澄清或少量数据	补充所需文本并指出其位置；回复简短	MIN
2. 误解	误读研究设计、研究对象或分析	切勿说“您错了”：为表述不够清楚致歉，重新解释，并修改文本以免误导后续读者	MIN 或 REB
3. 进一步讨论	提及相关背景（不同的卫生系统或临床实践）	表示认可，解释研究背景；如适当，在讨论中简要说明；完整解释可保留在回复信中	MIN（修改文本）或 REB（持不同意见）
4. 补充结果	要求提供亚组分析、敏感性分析或其他指标	开展分析（步骤 2），将结果补充至补充材料（重要时也加入正文），并说明已做的分析及其结果；切勿忽略此类要求	MAJ
5. 统计方法质疑	质疑或要求更改统计方法	通过引用文献说明方法的合理性；如果建议有效，则开展两种分析并展示结果一致	MAJ

只有实际咨询过统计学家时，才能声称咨询过：关于谁审阅了这项工作的说法，是向编辑陈述的事实。

也要以同样专业的态度回复草率或离题的意见。对于无关意见，可在方法或讨论中补充一句澄清，并说明位置；这能体现所做的工作，同时不必让步于科学观点。对于事实错误的意见，应提供有依据的证据，并以“我们认为这里可能存在误解”的方式表述。

编辑句子前先统一术语。 如果多条意见都源于术语使用不一致（评定者 / 读者 / 操作者；参照标准 / 参照集），应先建立一页术语表——列出每个术语、其定义及可能出现的位置——并在整篇稿件中统一使用，再修改句子；逐句编辑会导致其他位置仍存在同样的不一致。若术语指代不同事物，应予以区分，并检查每个统计术语是否为标准术语。

生成回复前，先输出分类后的意见列表：

E-1   [MIN]  Request to shorten abstract
R1-1  [MAJ]  Requires subgroup analysis by scanner type
R1-2  [MIN]  Clarify exclusion criteria rationale
R1-3  [REB]  Claims our sample size is underpowered (we disagree)
R2-1  [MAJ]  Requires additional figure showing calibration curve
R2-2  [MIN]  Add reference to [Author Year]

关卡： 向用户展示分类后的意见列表。生成回复前，确认分类无误（尤其是 REBUTTAL 与 MAJOR 的区分）。将有效的审稿意见错误分类为 REBUTTAL，会导致回复与审稿人的合理意见争辩。

步骤 2：分流——标记需要外部操作的事项

撰写回复前，先标记需要外部处理的评论：

• /analyze-stats： 任何需要新统计分析、重新运行现有分析、增加指标（校准、NRI、ICC）或重新计算样本量的 MAJOR 评论。带有 requires_reanalysis: true 的 /self-review 发现（在完整模型下重新模拟效能/MDE、按首次就诊/每位受试者仅保留一条记录进行去重、扩展或缩减调整的过度调整敏感性分析、校准的乐观偏差校正）始终转交此处处理：仅修改文字无法解决问题，因此必须生成已提交的脚本 + CSV，再将其中的数字反馈至此处。
• /make-figures： 任何需要新图或修改图的 MAJOR 评论（校准图、亚组森林图、Bland-Altman 图、新面板）。

输出：“以下评论需要先进行统计分析，才能最终确定回复：R1-1、R2-3。使用这些任务运行 /analyze-stats，然后返回 /revise。”

如果未安装 /analyze-stats 或 /make-figures，则将相同的分流清单作为待办清单输出，供作者手动执行（按评论列出对应的分析或图），并将这些回复标记为 BLOCKED — pending analysis/figure，直到已提交的脚本 + CSV（或图文件）返回。审稿人回复中的数字必须始终可追溯至已生成的产物，绝不能来自模型估算。

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步骤 2.5：修订版数字溯源检查（强制）

为满足审稿意见而编写的脚本（比较组、亚组、敏感性检查）常会手工录入从原论文表格中目测抄下的数值，绕过已锁定的提取 CSV；结果是各处数字彼此一致，却从源头就错了。在一次 R1 修订中，手动输入的 Fisher 矩阵将相邻严重程度等级列误读为事件计数，导致脚本、稿件和表格中的结果方向全部相反，却彼此一致。

当步骤 2 标记了任何 /analyze-stats 重新运行任务时：

1. 在每项新的数值主张写入修订后的稿件、回复信或新表格时，都加上 [VERIFY-CSV] 标记。 只有在步骤 7（最终验证）完成明确的 CSV + 原始来源回查后，才能移除该标记。

2. 新的分析脚本必须从已锁定的提取 CSV 读取数据。 如果 CSV 中存在相应行，则严禁将数值输入手动写入 matrix()、c(...) 或 data.frame(...)。如果确实无法避免手动输入（例如 CSV 中没有比较组子集），则该行 MUST 附带注释，注明 CSV 坐标以及原始来源中的表/图：

   # source: data_extraction_final.csv row <N> (<first-author> <year>, <arm> only),
   #         verified against <primary source> Table <X>, page <P>
   fisher.test(matrix(c(0, 45, 1, 55), nrow = 2, byrow = FALSE))
   

3. 比较组/特定组的数值必须先作为独立行录入 extraction_consensus_log.md，之后分析脚本才能引用这些数值，这样才能确保没有新数值绕过双重提取共识层。

4. 修订阶段的数值审计表——在回复文档草稿中维护此表，并将其复制到最终变更日志：

   新主张（回复 + 稿件位置）	来源脚本:行	CSV 行/列	原始来源（表/图、页码）	匹配？

5. 步骤 3 前的关卡——新数字尚未通过此项检查的 MAJOR 评论，不得撰写回复文字，因为围绕未经审计的数字撰写的文字，一旦发现不匹配，后续很难撤回。

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步骤 3：生成审稿人回复文档

输出位置： revision/R[N]/response_to_reviewers_R[N].md

起草前先阅读 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/r2r_voice.md：其中包含修改前/后的示例、三种回复框架（接受 / 部分接受 / 礼貌反驳），以及元话语转自然表达对照表。

文档标题

Response to Reviewers

Manuscript ID: [JOURNAL-XXXXX]
Manuscript Title: [Full title]
Authors: [Last name of first author] et al.
Revision Round: [R1 / R2 / R3]
Date: [YYYY-MM-DD]

We thank the Editor and reviewers for their careful reading of our manuscript
and their constructive comments. We have revised the manuscript accordingly
and provide a point-by-point response below. All changes are shown in the
revised manuscript with tracked changes (or highlighted in yellow).

逐条评论回复块

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**Comment R[X]-[Y]** [MAJ/MIN/REB]

*Reviewer's comment:*
> [Exact text of the comment, quoted verbatim]

**Response:**

[Response text -- format by type below]

**Manuscript change:**
- Section: [Methods / Results / Discussion / etc.]
- Page [X], Line [Y] (in the revised manuscript)
- [Quote the new or changed sentence if short]

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步骤 4：按评论类型确定回复格式

• MINOR： 表示认可，说明所做修改，并引用修改后的内容：“修订后的文本现在为：‘[新句子]。’”

• MAJOR： 表示认可 -> 提供新的分析 -> 给出关键结果 -> 说明修改位置。所有新结果都必须包含 95% CI 和精确 p 值。结果部分新增的文本只陈述研究发现；解读应放在回复信或讨论部分。

  [Acknowledge; state the concern.]
  To address this, we [describe new analysis/experiment/rewrite].
  [Key result: metric = value (95% CI, lower-upper; P = exact value)]
  This finding [supports / strengthens / does not change] our original
  conclusion because [brief interpretation].
  We have added: [Table X / Figure X / Supplementary Table X] showing [content];
  Methods revised: Page X, Lines Y-Z; Results revised: Page X, Lines Y-Z.
  

• REBUTTAL： 礼貌而坚定；先表示认可，公允地重述审稿人的观点，再提供立场和证据。没有科学依据时，不要让步。适当时，可在稿件中添加一句澄清性文字并引用。

仅引用通过 /search-lit 核实并确认 DOI 或 PMID 的文献；其他文献均标记为 [UNVERIFIED - NEEDS MANUAL CHECK]。切勿编造临床定义、诊断标准或指南建议：对未经确认的内容标记 [VERIFY] 并询问用户。

模板中的致谢句只是占位符。在整封信中反复使用同一句开场白（“We thank the reviewer for this important suggestion.”）本身就是 AI 痕迹，因此应变换措辞。

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回复信语气与避免 AI 痕迹

回复信是面向审稿人的科学论证，而不是内部修改日志。AI 痕迹模式在 humanize references/ai_patterns.md 中统一定义（模式 22-24）；references/r2r_voice.md 提供写作指导。规则如下：

1. 写清修改内容和科学依据，而不是编辑过程。 说明改了什么以及原因，并引用新句子。不要使用版本前缀（“v2 adds...”）、“softened N phrases”、grep/验证相关表述、内部 FIX 代码或单独的“No further manuscript change”占位语。描述你进行的新分析（“我们进行了敏感性分析，发现 X”）是在陈述科学内容，不属于 AI 痕迹。
2. 不要使用 § 符号或内部草稿行号。 可以注明修订稿的页码/行号一次，并说明这是修订稿中的位置。
3. 简洁且不带防御性，尤其是面对 R2+ 时。 对已满意的审稿人，一句话即可。不要拉拢其他审稿人（“审稿人 2 和 3 也接受了这一点”），也不要添加防御性的元评论（“我们确认该表述未变，也未弱化”）。方法学披露（多重性、SAP 偏离）应并入其所回应的评论中，不要另设开篇部分，也绝不可遗漏。将审稿人段落中的多个问题拆分为单独评论，并分别引用审稿人的原句。

提交前必做的扫描

在传阅或上传前，对回复信和投稿附信都运行 /humanize。回复信扫描应检查 humanize references/ai_patterns.md 中的模式 22-24，以及模式 13（em dash）、16（填充语）和 19（§）。确保信件达到稿件的经典文风标准（/write-paper references/section_guides/step7_1_classical_qc.md）：不得出现 § 符号，不得使用 (Methods §X) 这类自我指涉，尽量少用 em dash，标题风格须符合目标期刊实际采用的风格。

回复声明核验关卡（强制、确定性）

唯一可信来源是修订稿，而不是回复信正文。信中若写道 “我们添加了句子‘……’” 或 “我们现在引用了 Tariq et al. [15]”，就必须能在正文中核实。发送前运行此关卡：

python3 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/check_response_claims.py \
  --response revision/response_to_reviewers.md \
  --manuscript manuscript/manuscript.md --strict

添加 --out qc/response_claims.json，将判定结果写入 qc/response_claims.json。

RESPONSE_QUOTE_UNVERIFIED（正文中没有出现被引用的新增句子）和 RESPONSE_CITATION_UNVERIFIED（新增引用的标记在正文中无处可见）属于真实差异，因为此关卡会忽略含糊或转述的声明：要么加入承诺的修改，要么修正回复措辞。RESPONSE_QUOTE_UNRESOLVED 属于轻微问题，不会导致 --strict 失败： 引用的词语均按顺序出现，但被提取过程产生的杂项内容隔开（例如从双栏 PDF 混入的参考文献栏、校样行号、脚注标记、跨行断开的连字符）。请人工核对；不要因为此判定就删除引文——准确的引文曾险些因此被删。当正文中的方括号只包含数字（以 , 或 ; 分隔、范围使用常见破折号、~、-- 或 ---、空格，以及 pandoc 转义形式 \[5\] 均可）时，数字引用必须作为完整元素或范围的一部分才算匹配：声称引用了 [5]，不能由 [15] 满足。混合数字和文字的方括号（“[5, see also 8]”“[5, p. 12]”）仍采用旧的前缀匹配，因此 “[15, p. 3]”在此情况下仍能满足 [5]；请人工核对这类引用。 回复信按原样读取：以 pandoc 形式（“[5]”“[5--7]”）书写的声明不会被识别为引用声明，也不会接受核验。

若要核对具体数值，请将审计表（第 4 步）声明为 revision_values.json（复制 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/templates/revision_values.json；架构见 references/revision_values_schema.md），并添加 --values revision_values.json：声明的数值若未出现在包含其锚点的段落或表格行中，将判定为 RESPONSE_VALUE_MISMATCH（重大问题）。

已知限制：不使用 --values 时，不会比较引文内容。若引文与正文句子的差异仅在数字（信中写 0.92，正文写 0.87）或否定词（添加或删除了 “not”），会被视为提取杂项，判定为轻微问题 RESPONSE_QUOTE_UNRESOLVED，且 --strict 仍会通过；此前曾尝试比较信件与正文中的数字，但因两边的格式都可能不同而撤回。--values 只检查声明的数字；含上标或 x10^n 的段落会判定为 RESPONSE_VALUE_NOT_ASSESSED。请人工核对每条 UNRESOLVED 引文，确认结论没有被颠倒。只要正文中出现所引用标记中的任意一个，引用声明就算通过，因此“我们现在引用了 [15] 和 [16]”只要插入了 [15] 就会通过；请人工核对包含多个引用的声明。 只有当动词表明这是引用声明时，才会将其识别为引用声明（例如 “cite”“reference”）：“We added the citation [15]”或“We have added a reference to X [15]”不会被核验。请人工核对所有新增引用；此前曾撤回延伸读取动词之后内容的做法（“reference standard”也曾触发判定）。

如果审稿人认为稿件过长或过于密集，请证明正文确实缩短了。 逐点回应关于内容密度的意见，会为每个要点增加一句话，因此回应“请缩短篇幅”的修订稿反而会更长。此关卡按字数核算：

python3 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/check_density_complaint.py \
  --comments revision/decision_letter.md \
  --previous manuscript/manuscript_R0.md \
  --revised manuscript/manuscript.md --strict

只有当决定信中包含有关内容密度或篇幅的意见，且正文词数（从 Introduction 到 Discussion，不计引用标记）未减少时，才会触发 DENSITY_COMPLAINT_UNADDRESSED；没有此类意见时不会触发。触发时，请删减内容或将细节移至补充材料；不要通过增加一段解释来为篇幅辩护。

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第 5 步：致编辑的附信

输出位置： revision/R[N]/cover_letter_R[N].md

[Date]

Dear Dr. [Editor Name / "Editor-in-Chief"],

Thank you for the opportunity to revise our manuscript, "[Full title]"
(Manuscript ID: XXXX), submitted to [Journal Name]. We have carefully
reviewed the comments from the Editor and reviewers and have revised
the manuscript accordingly.

In brief, the principal changes in this revision are: [1) ..., 2) ...,
3) ...]. A point-by-point response to each comment is provided in the
accompanying Response to Reviewers document. Revised sections are
highlighted in yellow in the manuscript.

We believe the revised manuscript addresses all concerns raised in the
review and is now suitable for publication in [Journal Name].

Sincerely,

[First Author Name], MD/PhD
[Institution]
[Email]
On behalf of all authors

R1 与 R2+ 投稿信规范

上面的模板是 R1 规范：单独的编辑投稿信（200–400 词）。

在 R2+ 轮次（从第二轮修订开始）中，不要另写单独的投稿信。 问候语和简要修改摘要应放在审稿意见回复信的开头；另写一封信重复概述这些内容，会显得像多余的套话。如果前一轮生成了 cover_letter_R1.md，请将其移至 _superseded/，不要纳入 R2+ 文件包，并在任何投稿系统的“投稿信”字段中原样使用回复信开头。（例外：若期刊要求每轮都提交单独的投稿信，则应避免开头摘要与投稿信内容重复。）

回复信开头（R2+）——放在 response_to_reviewers_R[N].md 顶部，逐点回复内容之前：

Dear Dr. [Editor Name / "Editor-in-Chief"],

Thank you for the opportunity to revise our manuscript once more. In brief, this
revision [1-2 sentence summary of the principal changes — e.g., "adds the requested
subgroup analysis and tempers the three comparisons the reviewers flagged as
over-stated"].

[If applicable: one sentence on a companion paper, a re-analysis, or a verification
the editor requested.]

All quotations below are from the revised manuscript. A point-by-point response to each
comment follows.

Sincerely,
[First Author Name], on behalf of all authors

开头仅保留这些部分；其余内容均采用逐点回复的形式。

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步骤 6：修改日志

输出位置： revision/R[N]/change_log_R[N].md

意见	类型	修改内容	章节	页码	行号
R1-1	MAJ	按扫描仪类型增加亚组分析	结果 4.3，表 3	12	234-251
R1-2	MIN	进一步说明运动伪影的排除标准	方法 2.2	6	112-115

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步骤 7：最终核查

完成所有回复草稿后，请检查：

• 每条审稿意见都有回复（不得跳过任何意见，即使内容很琐碎或已在其他位置处理）
• 每条 MAJOR 意见都有实际新增数据或分析，以及标明位置的稿件修改，不能只表示同意
• 回复信承诺的每项修改都已在稿件中实际完成
• 每项 REBUTTAL 都有引用证据或清晰的科学论证作为支撑
• 所有新增统计数据均包含 95% CI 和精确 p 值
• 页码／行号引用与修订稿一致（而非原稿）
• 如插入了新内容，图表已重新编号；所有新增图表均在回复信中提及
• 符合行文规范：不使用 §，不使用内部草稿行号（“(line 43)”），不叙述编辑机制，开头语有所变化；符合 R2+ 规范：对已妥善处理的审稿意见最多回复 1–2 句，不游说其他审稿人；将多点段落拆分；将方法披露融入相关回复
• 回复信和投稿信均已使用 /humanize 处理（已检查模式 22-24 的分流命中项；确认实例数 = 0；§ = 0 为硬性要求）
• （R2+）不另写单独的投稿信——编辑问候语和“简要说明”已整合到回复信开头
• 投稿信写给了正确的编辑
• 回复信长度符合下文的字数指南
• 如果草稿完成后对信件进行了压缩或转换（例如受页数限制，或合作者改用 LaTeX 版本），请确认每条回复仍包含所依据的证据，并回答了审稿人提出的问题——应逐项比对证据，而非字数（例如统计结果行、引文标记、单位和缩写、评估者注明的资历）；论文正文需要的证据应放入稿件或补充材料，并在回复中精确指出位置；仅用于回答审稿人的证据应以精简形式保留在信中；多余的解释可直接删去
• 标记稿件已通过往返检查关卡（见下文），不能仅仅确认“已开启修订痕迹”

带修订标记的稿件是经过门控检查的，而非目测判断

期刊要求提交修订稿，并与审稿人看到的版本（R0——而非上一轮的版本）进行修订跟踪。请使用 Word 的“比较”功能生成，该功能由 /sync-submission 从命令行驱动，并通过往返验证：接受所有修订后，必须与修订稿完全一致；拒绝所有修订后，必须与原稿完全一致。抽查“句子 X 显示为插入内容”并不足够，因为即使“比较”功能漏掉一个段落，或将一半更改归到另一位作者名下，这种检查也会通过。

python3 <medsci-skills>/skills/sync-submission/scripts/check_marked_manuscript.py \
  --marked revision/R1/manuscript_marked.docx \
  --original submission/R0/manuscript.docx \
  --revised revision/R1/manuscript_clean.docx \
  --author "Submitting Author" --strict

请参阅 /sync-submission 的第 10 阶段，了解构建步骤以及为何检查必须能识别移动（w:moveFrom / w:moveTo 并非 w:ins / w:del）。

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修订轮次文件结构

轮次	文件夹	文件
R1	revision/R1/	response_to_reviewers_R1.md、cover_letter_R1.md、change_log_R1.md
R2	revision/R2/	response_to_reviewers_R2.md、cover_letter_R2.md、change_log_R2.md

还要将当前轮次的回复信和更改日志写入 revision/response_to_reviewers.md 和 revision/change_log.md，这是声明门控和 /sync-submission 读取的路径。

修订稿：manuscript/manuscript.md；将审稿人看到的版本保留为 manuscript/manuscript_R0.md（密度门控会比较这两个版本）。

对于 R2+，请说明 R1 的问题是否已完全解决。如果审稿人在 R2 提出了新问题，请注明：“此意见在第一轮审稿中未曾提出；我们对此作出如下回应。”

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字数指南

• 回复信总字数：无目标。回复信由下方逐条回复和引用的审稿意见组成，因此，简短的决定信对应简短的回复
• 投稿附信：200-400 词（仅限 R1；R2+ 不另附投稿附信——见步骤 5）
• MINOR 回复：50-150 词
• MAJOR 回复：150-400 词
• REBUTTAL 回复：200-500 词
• 预留空间不是目标。 如果稿件字数低于期刊上限，不要提议补足剩余字数，也不要在稿件正文中写入字数或上限，除非期刊或审稿人要求在正文中说明。
• R2+ 轮次应更精简。 R1 的大多数问题都已解决，因此回复信会更短，对满意的审稿人只需用 1-2 句话回复。不要为了达到 R1 的字数范围而扩充 R2+ 回复。

关卡

关卡	严重性	触发条件	失败时的操作
评论分类（MAJOR / MINOR / REBUTTAL）	强制执行	评论未分类或分类存在争议	询问用户；不得默认分类
修订中新引入数字的步骤 2.5 [VERIFY-CSV] 标记	强制执行	新增数值声明时未添加 [VERIFY-CSV] 标记	自动添加标记；暂停，直到完成 CSV 交叉核对
修订涉及引文后重新渲染参考文献	强制执行	R1 及之后新增任何 [@bibkey]	在提交 R1 前转至 /manage-refs 重新渲染
修订后运行 /verify-refs --strict	强制执行	submission_safe: false（存在任何 FABRICATED 或 MISMATCH 行，或 duplicate_findings[] 非空），或存在任何 UNVERIFIED 行（这些情况也会导致 --strict 以 1 退出）	暂停提交 R1
新分析协调	强制执行	审稿人要求进行新分析	转至 /analyze-stats（如需更改图表，则也转至 /make-figures）；绝不手写新数字
正文字数与期刊上限（修订导致字数膨胀的陷阱）	每次修订后强制执行	解决主要意见导致正文超过目标期刊的字数限制	运行 python3 "${CLAUDE_SKILL_DIR}/../sync-submission/scripts/check_wordcount_cap.py"（使用 --journal-profile 或 --limit；优先采用渲染后 DOCX 的字数）；WORDCOUNT_OVER_CAP 会阻止提交——将方法或敏感性分析细节移至补充材料，不得默默超限
致编辑的附信	提交 R1 时强制执行	提交 R1 时缺少致编辑的附信	阻止提交
R2+ 附信处理	提交 R2+ 时强制执行	R2+ 轮次中存在单独的附信（未并入回复信开头）	将其移至 _superseded/；将摘要并入开头
回复信语气 / AI 痕迹	提交前强制执行	回复信或附信中出现对编辑机制的叙述、内部草稿行号引用、§、工具使用痕迹或重复的开头语	运行 /humanize（将模式 22-24 用作初步筛查；§ = 0 硬性项）；提交前解决已确认的 AI 痕迹