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科学写作 — 第 2 阶段：大纲

概述

将 story.md 转换为项目符号大纲，其中每个论点都有依据——来自具体的仓库产物（结果要点）或经网络核实的引用（背景要点）。采用多轮流程，参考 superpowers:executing-plans。在故事目录中输出 outline.md 和 references.md。

基础规则：没有依据就不能列出要点。为了填充要点而编造引用或数字，是本阶段最严重的错误。

步骤 0 — 确认投稿刊物或格式

询问用户目标期刊或格式（例如 Nature/Science/Cell 生物学论文、计算机科学会议论文、BMC 风格的软件论文）。据此选择章节框架。在 outline.md 的页眉中记录选择及理由。常见框架：

• Nature/Cell 生物学论文：摘要、引言、结果、讨论、方法。
• BMC 软件论文：背景、实现、结果、结论。
• 计算机科学会议论文：摘要、引言、相关工作、方法、实验、结论。

章节结构 — 步骤 3–12

本阶段对应十五个步骤中的第 3–12 步（详见 scientific-writing/fifteen-steps.md）。每个章节都要先列清单，绝不先写散文，并采用规定的结构：

• 方法（步骤 3–5）。 按编号列出方法，每行一项，反映代码中的操作；每项都要给出目的状语从句来说明理由（“为估算丰富度，进行了稀释分析”）。每种方法都要对应一个结果；每个结果都要能追溯到一种方法。
• 结果（步骤 5）。 每个要点只写一项观察、测量或统计量，清晰、简洁、不加修饰——每项都要有仓库产物和图中面板作为依据（该循环已强制执行）。
• 引言（步骤 6 — CARS）。 前三段依次对应三个步骤：研究领域（一般背景、重要性、先前研究）→ 研究空缺（现有知识的不足）→ 占据空缺（清晰陈述目标或假设，并与方法和结果相联系）。
• 讨论（步骤 7–9）。 分为两部分。第一部分 = 研究发现：将结果置于解释性背景中，每项都要关联到引言中提出的问题（研究发现 ≠ 结果）。第二部分 = 问题→回应配对：列出注意事项、局限或异议（步骤 8），并为每项配上一个回应（步骤 9，一一对应）。不要把注意事项简单堆成一份“局限性”清单。
• 结尾段（步骤 10）。 为其设立独立论点，并与主论点相连。**以积极内容收尾；绝不能以注意事项或“需要进一步研究”收尾。**结尾应阐明主要发现、提出新问题，或指出具体应用。

目的陈述（步骤 11）。 为每个计划段落写一句目的陈述，说明该段落如何推进论点（例如：“本段说明为何选择 Cormack–Jolly–Seber 模型，而非标记回收模型”）。这些陈述会作为初稿主题句的种子——在 outline.md 中为每个计划段落记录一句。

图（步骤 12）。 按叙事脉络排列图；删去任何无法阐明论点的图。每个图注的主题句都必须是完整句子，可以作为图的标题来阅读（而不是标签）；按顺序排列的图注主题句应当能够概括整个叙事。

多轮循环（每个区块约 3–8 条要点）

1. 实现——撰写当前章节区块的要点。
2. 故事审查——是否与 story.md 的论点和关键内容一致？非结果类（背景／动机）要点是否有文献支持？
3. 技术审查——每条结果要点是否有明确命名的仓库产物（脚本／结果 CSV／图表／笔记本）作为依据？每个“神奇数字”（例如 RNA-seq 计数阈值、x 倍比率）是否都有合理来源——仓库内的实证结果或引用？在文中添加指向依据的位置。还要注明每条结果要点对应的图中面板（例如 Fig. 2C），以便阶段 3 添加标注时无需凭空编造。
4. 引用网络核查——对于每条新引用，派遣一个子 Agent（使用 superpowers:dispatching-parallel-agents 并行处理），通过网络核实：(a) 论文是否存在（作者、出版物、年份）？(b) 论文内容是否支持具体论断？将每项核实结论记录到 references.md。

最终审查（整个提纲）

• 各章节／要点彼此连贯；所有内容都与论点和 story.md 相呼应。
• 每条要点都有依据指针（仓库产物），或在 references.md 中有标记为已核实的条目。
• **衔接测试（步骤 7）：**将结果列表与发现列表并排放置，并从每项结果画线连接到其支持的发现。不能有结果没有对应发现，也不能有发现缺少结果支持——通过补上缺失的一方、建立连接或删去无关项，修复所有未衔接项。
• 每个计划段落都有目的陈述（步骤 11）；引言的前三段分别对应 CARS 的三步；讨论部分按“发现，然后是问题→应对方案”的结构组织。
• 然后交接给用户，明确列出审查中提出的任何歧义／疑虑（例如无法找到依据的数字，或只能部分支持论断的引用）。

outline.md 标题模板

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references.md 模板

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警示项——停止并修复

• 无法指出依据产物或已核实引用的要点 → 标记为 UNBACKED 并告知用户；不要掩盖问题。
• “之后再核实引用” → 现在就核实；这是当前阶段的工作。
• 凭记忆引用论文而未进行网络核查 → 不允许。
• 未确认投稿期刊或会议便选定章节框架 → 先询问。

找借口	事实
“我们进度落后，跳过网络核查吧”	未经核实的引用是撤稿风险的首要来源。核查本身就是工作。
“这个数字显然没错”	如果是结果，就应有仓库产物作为依据。指出依据，或标记出来。
“审稿人会发现错误引用”	你的职责是不要让错误引用进入最终稿。

下一阶段

用户批准 outline.md 后，调用 scientific-writing-draft。