sync-submission

同步投稿包

确保规范稿件与期刊专用投稿包保持一致。 将 submission/{journal}/ 视为派生输出，并记录其状态是最新、过期还是已冻结。

输入

1. 包含 project.yaml 的项目根目录，或规范稿件的直接路径。
2. 期刊简称，例如 chest、ryai、academic_radiology。
3. 可选模式：
   • audit：将现有投稿包与规范源文件进行比较。
   • build：复制规范源文件和可选的已声明最终制品，保留文件字节，并写入元数据。
   • freeze：冻结所选字节快照及其现有检查上下文（不代表投稿已获批准）。

确定性脚本

python "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/sync_submission.py" audit --project-root . --journal chest
python "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/sync_submission.py" build --project-root . --journal chest
python "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/sync_submission.py" freeze --project-root . --journal chest --status submitted

对于双盲期刊，请扫描所有上传制品中的作者标识符：

python "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/blind_sweep.py" \
  --registry _shared/authors/author_registry.yaml \
  --files submission/{journal}/supplementary/*.md submission/{journal}/cover_letter.md \
  --backup-dir .cache/blind_sweep_backup

注册表是项目本地的 YAML 映射，将作者标识符（全名、原文姓名、姓名首字母缩写〔带句点或不带句点〕、电子邮件、ORCID）映射到角色标签（例如“审稿人 1”）；架构见 scripts/author_registry_example.yaml。切勿将填有实际内容的注册表提交到公开仓库，因为其中列有作者身份信息——请将其保存在稿件旁。

输出约定

制品	路径	用途
投稿元数据	submission/{journal}/.journal_meta.json	源哈希、状态、规范路径
同步审计	qc/submission_sync_{journal}.json	由编排器使用的差异结果
清单更新	artifact_manifest.json	投稿包注册表
预检门禁	qc/preflight_gate_report.json	汇总式失败即停止清单（见下文“预检门禁”）
补充材料结构	qc/supplement_structure.json	门禁 14：索引↔文件一一对应、子章节缺漏、文中引用覆盖情况

要生成完整包，请先运行现有渲染器，然后运行 build --bundle-spec bundle.json。 该声明会添加最终 Word/PDF、补充材料、投稿信、表格/图件和声明文件，并附带固定的渲染输入哈希及复用权记录。复制会保留文件字节；内容和视觉保真度在单独审核前均标记为 not_assessed。Build 会拒绝已编辑或已冻结的输出，以及具有破坏性的路径冲突。有关架构、可运行的合成示例以及每项已记录检查的局限，请参阅 投稿包工作流。

预检门禁（单条命令——冻结前的最后一步）

在 freeze/提交之前，立即运行一次：

python "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/preflight_gate.py" --project-root . --journal chest
# add --strict to also halt on the heuristic/conditional (P1) checks
# add --online to make fabricated / author-mismatched references halt (PubMed/CrossRef)
# add --double-blind to make the asset-anonymization scan halt

该命令会调用各项检查脚本（不重新实现其功能），写入 qc/preflight_gate_report.json，并以 0 表示通过、1 表示停止（≥1 个阻断项）、2 表示门禁配置错误 （例如，无法运行 --require 指定的检查项）。非零退出状态会阻止冻结。

• P0 — 默认停止（明确、确定的错误）：残留的占位符/标记 （check_placeholders.py）、未定义的 [@key] 引用（check_citation_keys.py）、重复 的参考文献（verify_refs.py，离线确定性）、规范版本与提交版本的哈希不匹配 （sync_submission.py audit），以及面向审稿人的文件中包含内部审计转储 （check_checklist_dump_leak.py）。
• P1 — 执行并报告 warn，仅在使用 --strict 或 --require ID 时停止： check_xref、 detect_copy_divergence、scope_drift_check、cover_letter_drift_check、 cross_document_n_check、check_cross_artifact_stale；除非指定 --double-blind，否则 check_asset_anonymization 为 P1。
• 如果某项检查所需的输入不存在（没有渲染后的 docx、没有投稿信、没有副本、没有期刊），则记录为 skipped，绝不会成为阻断项。若检查已运行但失败——发生回溯、退出代码异常，或输入实际存在时仍以 “missing input” 退出（.journal_meta.json 格式错误、投稿信无法解码、不存在的命名 --copy、N 次 扫描中有无法读取的文件）——则记录为 error：submission_safe 为 false，且无论是否使用 --strict，门禁都会以 2 退出。

不要将该报告视为批准。其旧版 submission_safe 字段仅表示“没有已配置的阻断项/错误”；readiness 仍为 not_assessed；可选的捆绑包哈希绑定标识的是运行期间存在的软件包，并不代表逐个文件的视觉检查，也不代表检查了 所有外部检查输入。预检后再次运行 audit，以显示当前、过期或未绑定的证据。冻结会记录字节快照及可用的检查 上下文；它不会运行预检，也不会批准源内容保真度或复用权限。

审计转储泄漏检查（P0）。 /check-reporting 或 /self-review 报告属于内部工作审计，包含自动修复注释、 原始 JSON 区块（compliance_pct、fixable_by_ai、check_reporting_version）、流水线日志路径、 “Action Items”。它不是期刊要求的正式报告清单，即使文件名看起来正式，也绝不能交给审稿人 （例如，复用到后续软件包中的 STROBE_checklist_v4.pdf）。scripts/check_checklist_dump_leak.py --dir submission/ 会扫描软件包中的每个 .md/.docx/.pdf，查找这些标记；任何命中都会记为 P0 leak。预检会对期刊资源目录 运行该检查；冻结前请确认 submission_safe: true。结果写入 qc/checklist_dump_leak.json。

披露与可用性检查（独立运行）。 顶级医学 AI 期刊要求在审稿前提供 AI 使用披露，其中包含四项标记 （版本 + 访问渠道 + 日期/日期范围 + 责任方——工具名称只会触发检查），并提供数据/代码可用性声明。运行 python3 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/check_disclosure_availability.py --manuscript <file> --journal <stem> [--ai-study] [--require data_availability ...] [--strict] （读取 references/journal_availability_policy.json）。若缺少必需声明，或 AI 披露已提供但缺少某项标记/包含占位符，则会阻断；如果期刊要求提供代码库，但声明为“available on reasonable request”，则会产生 P1 警告。结果写入 qc/disclosure_availability_report.json。

工作流

1. 从 project.yaml 或显式输入中解析规范稿件。
2. 以请求的模式运行脚本。
3. 如果 audit 报告 DRIFT，在用户修补规范稿件或将差异记录为仅限日志之前，不要重新指定目标或冻结。切勿静默地将提交内容的编辑合并回 SSOT，也不要隐藏仅限日志的差异——应将其记录为漂移或明确例外。
4. 如果 build 成功，在最终提交前运行 /verify-refs。
5. 仅当源哈希匹配时，才将软件包视为当前版本；只能通过 freeze 将其标记为已提交，该命令会写入 .journal_meta.json。

质量门禁

• Gate 0（预检，冻结前的最后一步）：按上文“预检门禁”运行 scripts/preflight_gate.py；退出码非零会阻止冻结。它会协调运行 Gate 1–3、5b、5c、5d、8、9、11、11b、Phase 3b/3c 检查，以及占位符和引用键检查；每个门禁也可以单独运行。

• Gate 1：规范稿缺失时，阻止冻结。

• Gate 2：上一次投稿存在尚未解决的偏差时，阻止重新指定目标。

• Gate 3：将稿件包标记为可安全投稿前，必须通过 /verify-refs 审核。预检中的离线参考文献检查只涵盖重复项和页码占位符；针对 PubMed/CrossRef 在线运行 /verify-refs --strict，才是权威的伪造引用和作者姓名检查。

• Gate 4（递归遍历 docx）：每次 docx 过期字符串审计都必须递归遍历段落、表格和嵌套表格单元格。document.paragraphs 会跳过表格单元格，document.tables 不会递归，而 paragraph.runs 会隐藏 <w:hyperlink> 内的 runs——图、图注和报告清单通常位于 1×1 或嵌套表格中。编辑超链接或域附近的 run 时，应检查段落 XML，而不是 .runs：隐藏的行内元素可能看起来像空的 ()，被“修复”后反而变成真正的缺陷。

• Gate 5（投稿系统自由文本字段）：投稿信、数据可用性声明、致谢、摘要和作者贡献通常直接填写在投稿系统中，不在本技能审计的任何 docx 文件内。冻结前，应将投稿系统最终审阅页与正文逐项进行 1:1 比对，并将每个字段视为独立的偏差目标。

• Gate 5c（投稿系统字段中的 Markdown 残留）：直接粘贴的投稿系统 .txt 字段（abstract.txt、keywords.txt……）内容截取自 Markdown，但不会去除其中的 Markdown 标记，因此结尾的 ---、**bold** 或上标 cm^2^ 都会原样发布。预检会运行 scripts/check_portal_field_residue.py --dir portal_fields/（P1，可通过 --strict 提升为强制检查）；只扫描 .txt（.md 本就应包含 Markdown）。其 Minor 级别的 char_expansion 提示会标记 ≥/≤：ScholarOne 会将其展开为“{greater than or equal to}”（五个单词），导致词数膨胀——应预先替换为 >=/<=（仅限 ≥/≤；× 和 en dash 粘贴后显示正常）。

• Gate 5d（图的投稿系统就绪检查）：如果问题可从磁盘上的文件判断，图就可能在上传按钮处被拒——文件大小（JACC: Asia 对单张图的上限为 25 MB）和扩展名（SNAPP 仅接受 .tiff/.jpeg/.eps，拒绝 .png）。预检会对 submission/<journal>/figures（或 ./figures）运行 scripts/figure_portal_readiness_check.py --figures-dir <dir>（P1），并输出 FIGURE_OVERSIZE；若提供投稿系统接受的格式，例如 --figure-accept tiff --figure-accept jpeg --figure-accept eps，还会输出 FIGURE_FORMAT_REJECTED。可使用 /make-figures export_portal_tiff.py 重新生成（LZW + RGBA→RGB 扁平化）。没有图目录时会跳过，不会报错。

• Gate 6（双盲期刊）：稿件匿名处理干净，不代表投稿系统中的匿名处理也干净。冻结前，导出投稿系统的匿名审阅 PDF——这是权威的偏差检测器——并在整套上传文件中搜索所有作者标识：稿件；补充材料（尤其是方法日志、一致性指标、修订日志）；投稿信（单独上传的文件会对审稿人可见，除非勾选“不在审阅 PDF 中显示”）；注册/审批 PDF（PROSPERO、ClinicalTrials.gov、IRB）；粘贴了签名的投稿系统 Letter 字段文本；修订轮次中的审稿意见回复。应检查带句点和不带句点的姓名首字母（G.S. 和 GS）、拉丁字母和本国语言文字的全名、机构名称、ORCID ID 以及投稿邮箱域名。

• Gate 7（纯文本 docx 重建）：切勿使用 pandoc --reference-doc=manuscript.docx 来生成审稿回复/投稿信/补充材料等纯文本 docx，因为参考 docx 会将其中嵌入的媒体文件（图文件）一并带入新 docx，使其体积膨胀 50–100 倍。应使用普通命令 pandoc input.md -o output.docx。如果此类文件超过 100 KB，运行 unzip -l output.docx | grep word/media/ 后应无任何输出。

• Gate 5b（投稿信自由文本偏差）：冻结前——参见 Phase 4。

• Gate 8（跨文档 N 值一致性）：冻结前——参见 Phase 5。

• Gate 9（稿件内部范围偏差）：参见 Phase 6。

• Gate 10（v_(N+1) docx 重新生成）：基于已冻结的先前版本构建时——参见 Phase 7。

• Gate 11（多份副本间的差异）：冻结或分发前——参见 Phase 8。

• Gate 11b（重新构建论点/标题变更后的残留扫描）：在修订重新构建某类论点（例如，将“按地点分层的基准测试”改为“整体汇总”）或更改标题中的数字后，旧术语/数值往往会残留在未修改的段落、图例、补充材料或回复信中——即使信中声称已“全文”应用更改。将重新构建差异中的废弃词汇和已取代数值传递给跨文件门禁，它会扫描正文和所有辅助文件：

  python3 "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/check_cross_artifact_stale.py" \
      --manuscript manuscript.md --aux supplement/ --aux figures/legends.md --aux revision/response_to_reviewers.md \
      --retired-term "location-stratified benchmark" --old-value 1.72
  

  retired_framing_survivor / stale_old_value 发现项属于 P1 级过期论点位置。--aux 接受文件或文件夹：会读取 .docx 辅助文件，并且只扫描图表脚本（.py/.R）中的过期字面字符串。如果 --aux 中没有可读取的文件，则会以状态码 2 退出，而不是通过；无法读取的文档（.pdf、.pptx……）会列为未检查。对于任何措辞或数字变更，还应在整个 SSOT 目录树中搜索旧字符串，绝不能只搜索其中一部分，并留意子串导致的漏检——精确搜索 expertise-dependent patterns 会通过，但 expertise-dependent evaluation patterns 仍会残留。

• Gate 12（目标期刊元数据偏差）：运行 build / 重新指定目标时，将稿件面向的目标期刊——project.yaml 中的 target（以及稿件页眉/页脚中任何“for submission to X”字符串）——与稿件包的构建目标期刊进行比较，并检查目标期刊要求的结构元数据——摘要标题结构（4 个或 5 个标题）、正文词数限制、引文格式（Vancouver / AMA）、必需元素（Highlights / Central Illustration / Key Points）。若存在不匹配（例如，级联重新指定目标后页眉仍写着前一本期刊，或面向要求 5 个标题的期刊却使用 4 个标题的摘要），应触发目标结构调整——分支到 v_(N+1)，并同步所有辅助文件（投稿信、标题页、ICMJE COI 清单）——而不是静默构建。

  # header target vs project.yaml target
  TGT=$(python3 -c "import yaml;print(yaml.safe_load(open('project.yaml')).get('target',''))" 2>/dev/null)
  grep -niE 'for submission to|submitted to|prepared for' manuscript/manuscript.md   # compare against "$TGT"
  

• Gate 13（正文词数与期刊上限——修订导致篇幅膨胀的陷阱）：解决审稿人的主要意见会增加词数，因此修订后的正文可能会悄然超出期刊的字数限制。定稿前以及每次 /revise 后，都要针对目标期刊配置文件的正文上限运行 scripts/check_wordcount_cap.py。WORDCOUNT_OVER_CAP 属于 P0（将方法或敏感性分析的细节移至补充材料）；WORDCOUNT_NEAR_CAP（>0.95×）表示下一轮修订就会超限。约束性数字是渲染后的词数（citeproc 会将 [@key] 展开为“（作者 年份）”），因此最好使用构建好的 DOCX 词数，并通过 --rendered-words N 指定；否则，脚本会根据 Markdown 正文和行内引文展开结果进行估算。

  python3 "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/check_wordcount_cap.py" \
    --manuscript manuscript/manuscript.md \
    --journal-profile "${CLAUDE_SKILL_DIR}/../find-journal/references/journal_profiles/<Journal>.md" \
    --article-type "Original Article" --out qc/wordcount_cap.json --strict
  # or, deterministic: --limit <the journal's body cap>   (and --rendered-words N from the built DOCX when available)
  

  配置文件中的上限只从结构化字段读取：文章类型表格的正文限制列（| Type | Body Word Limit | Abstract | ... |），或者在没有表格列出该类型时，以该类型开头的列表项（- Original Article (4,000 words, ...)）。仅仅提及该类型的正文内容（通常是摘要限制）绝不会被读取；若无法得出唯一数字，或单元格中包含多个数字，脚本会以 2 退出并要求提供 --limit。

• Gate 14（补充材料结构——编号锁定）：由 S{N}_*.md 章节和索引组成、再手动拼接成 _combined.md 的补充材料，在多轮修订中会出现不同步——索引行没有对应文件、文件未列入索引、两个文件使用相同的 S{N}，或插入后子章节编号出现缺口（S6.3 后接 S6.5）——导致“补充表 S9”指向错误内容。定稿前，运行 scripts/assemble_supplement.py，以验证索引与文件一一对应，并按索引顺序重建 _combined.md（确保结果可复现，而非手动维护）；使用 --manuscript 时，还会报告正文中没有对应章节文件的引用（CALLOUT_WITHOUT_SECTION），以及正文从未引用的章节文件（SECTION_UNCITED）。在 --strict 模式下，四种结构问题均属 P0；覆盖范围问题仅供参考。

  python3 "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/assemble_supplement.py" \
    --dir submission/{journal}/supplementary --index 00_index.md \
    --manuscript manuscript/manuscript.md \
    --out submission/{journal}/supplementary/_combined.md \
    --json qc/supplement_structure.json --strict
  

第 3b 阶段 — 替代稿件内容的门户字段

在某些门户中，实际发布的是输入框里的内容，而不是稿件。SNAPP 在 Author Contributions、Competing Interests、Data Availability 和 Acknowledgements 中明确说明了这一点：“这会替代稿件中写入的任何声明，并作为我们发布的内容。”如果某项声明只出现在稿件中，它就会从已发布的记录中消失，而且没有任何提示。以下两项险些如此：

• 共同第一作者。 标题页脚注中的 †。没有平等贡献复选框 — 除非在 Author Contributions 输入框中填写“X 和 Y 对本工作贡献相同”，否则已发表的论文不会列出共同第一作者。
• “资助方未参与研究设计……” 结构化的 Research funding 字段要求填写资助方和资助编号，没有地方填写角色免责声明，因此，如果只把 AI 使用说明粘贴到 Acknowledgements 输入框中，这项声明就会丢失。

不要手动编写这些输入框的内容。 从稿件生成，然后检查：

SS="${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts"
# scaffold every replacing field straight from the manuscript (lifts the equal-contribution
# sentence in from the title page, which is the one place --emit cannot copy it from)
python3 "$SS/check_portal_mirror.py" --manuscript manuscript/manuscript.md \
  --profile "<...>/journal_profiles/npj_Digital_Medicine.md" --emit portal_fields/

# then verify nothing was lost on the way to the box
python3 "$SS/check_portal_mirror.py" --manuscript manuscript/manuscript.md \
  --portal-dir portal_fields/ --profile "<...>/npj_Digital_Medicine.md" \
  --out qc/portal_mirror.json

判定	触发条件
PORTAL_FIELD_NOT_MIRRORED	被替代的稿件章节中有一句话，在该字段的粘贴内容中找不到对应内容。
PORTAL_FIELD_MISSING	稿件包含该章节，期刊会替代该章节，但不存在对应内容；该字段发布时为空，或采用门户自动提取的猜测内容。
EQUAL_CONTRIBUTION_NOT_IN_PORTAL	稿件声明了平等贡献／共同第一作者，但 Author Contributions 文本中没有。

这三项均为严重问题，且会以状态码 1 退出；预检会将其作为 P1 运行（可通过 --strict 提升严格级别）。

哪些字段会替代稿件内容，是期刊事实，不应靠猜。 该信息从期刊配置文件的 ## Portal Mechanics 块中读取（Fields that REPLACE the manuscript: …）。如果某期刊的门户规则从未记录，此检查会以状态码 2 退出，不作任何断言 — 请在首次投稿时记录该块，不要凭空编造规则。匹配由 _quote_match.py 进行分级，因此粘贴时即使句子换了行，也不会被报告为丢失。

第 3c 阶段 — CRediT 完整性（而非作者顺序）

贡献分类法是一项已发表的事实声明，但某个术语所指的工作往往没有留存在代码库中的记录（合理的 Conceptualization 可能只存在于电子邮件中）。因此，分类法检查设有门槛，佐证检查仅作为提示。

python3 "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/check_credit_integrity.py" \
  --manuscript manuscript/manuscript.md --out qc/credit_integrity.json

判定	严重性	触发条件
CREDIT_TERM_INVALID	严重	在标注为 CRediT 的章节中使用了官方 14 项以外的术语 — 将“Statistical analysis”“Manuscript writing”“Study design”解读为 CRediT 术语，而这些并非有效术语。消息会指出预期术语。
CREDIT_INITIALS_UNRESOLVED	严重	首字母缩写与任何作者都不匹配，或与两位作者匹配 — 这是修改署名行后留下的残余问题。
CREDIT_AUTHOR_UNLISTED	严重	署名行中的作者没有任何贡献归属（根据 ICMJE，这意味着需要核实作者身份，或有一项条款被删掉）。
CREDIT_UNCORROBORATED	提示	某个术语找不到对应依据 — 例如论文没有图却标注了 Visualization，没有 Code Availability 声明却标注了 Software，或（仅在使用 --contribution-record 时）记录中没有该贡献者。

绝不要对作者顺序或平等贡献标注设置门槛 — 这些事项需要协商，协商本身是合理的。对佐证提示，请提供确认说明；不要因为库外贡献而导致构建失败。署名行中少于两位可解析的作者姓名时，作者／首字母交叉检查会跳过并说明原因；没有贡献章节时，脚本会以状态码 2 退出，不作任何断言。

阶段 4——投稿信自由文本漂移

投稿信中的 ## Article details 区块——正文词数、摘要词数、参考文献数量、表格/图表数量——是一个伴随文件，当稿件从 v_N 分支到 v_(N+1)（重新设定词数上限、重组摘要、后期新增一批参考文献）时，它会过时，而且没有任何 docx 级审计会检查它。scripts/cover_letter_drift_check.py 会统计稿件并与投稿信中的数字声明进行比较：

python "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/cover_letter_drift_check.py" \
    --manuscript manuscript.md \
    --cover-letter cover_letter.md \
    --refs refs.bib \
    --out qc/cover_letter_drift.json

参考文献、表格和图表数量必须完全一致；摘要词数允许相差 ±5；正文词数允许相差 5%，如果投稿信将词数写为上限中的占用量（“3,998/4,000 words”），则容差缩小为剩余空间。若发现漂移，请在 v_(N+1) 构建时根据稿件重新生成投稿信。该脚本不会编辑投稿信，因为它是有意撰写的文档。

阶段 5——跨文档 N 值一致性

摘要、正文、PROSPERO 记录、投稿信、补充提取表、INDEX 和 PRISMA 流程图说明都会重复相同的 k included / k excluded / N patients 总数，任何不一致在审稿人看来都像是数据完整性问题或后期编辑失误。 scripts/cross_document_n_check.py 会按类别提取所有“N <名词>”声明（patients、cases、included、excluded、nodules、tumors、studies_total）；如果某个类别有多个不同整数值，就属于 P0 漂移。使用 --root 时，它会扫描稿件、摘要、PROSPERO、根目录和各期刊目录（submission/<journal>/）中的投稿信，以及 supplement/ 和 supplementary/。如果匹配到的文件无法作为 UTF-8 读取，该文件会列在 unreadable_files 下（绝不会计入 files_scanned），并且脚本会以 2 退出，因此覆盖不完整不会被误判为通过。

python "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/cross_document_n_check.py" \
    --root . \
    --out qc/cross_document_n.json

当项目从 /meta-analysis 阶段 3f.5 冻结了 2_Data/FINAL_POOL_LOCK.yaml 时，请将其作为权威基准传入：

python "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/cross_document_n_check.py" \
    --root . \
    --pool-lock 2_Data/FINAL_POOL_LOCK.yaml \
    --out qc/cross_document_n.json

将 qc/cross_document_n.json 中的 submission_safe: false 视为暂停信号。通过追溯各处声明对应的数据文档（提取表、PRISMA 流程 TSV）来解决漂移，并更正与锁定计数不一致的文档。

阶段 6——稿件内部范围漂移

scripts/scope_drift_check.py 可检测两种 P0 模式：

• SCOPE_DRIFT——局限性/讨论部分中的某个数值锚点（AUC、OR/HR/RR、敏感度/特异度）未出现在方法 + 结果部分中，通常是指一项后期敏感性分析，其主要报告从未出现。
• PROSPERO_DRIFT——PROSPERO 记录承诺使用一种综合方法（Freeman-Tukey、随机效应 DerSimonian-Laird、双变量、HSROC、Bayesian 等），而方法部分使用了另一种；或者记录已更新，但方法部分仍未同步。如果方法部分写着“no amendment lodged”，这就构成了有记录的静默方案偏离。

python "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/scope_drift_check.py" \
    --manuscript manuscript.md \
    --prospero prospero/prospero_v2.md \
    --out qc/scope_drift.json

解决方法：要么 (a) 将该锚点补充到方法 + 结果部分，作为主要报告；要么 (b) 从局限性/讨论部分中删除。对于综合方法漂移，请提交 PROSPERO 修订并更新方法部分使其保持一致——两者必须在投稿前达成一致。

PROSPERO 公共记录的“Print/PDF”导出仅会呈现当前修订；更早的版本只能通过版本历史下拉菜单访问。引用 PROSPERO 版本状态时，切勿只依赖单个 PDF 导出——请分别保存每个已发布版本的 PDF，并在投稿信/补充材料中说明哪个版本作为方法学依据，哪个版本反映的是仅涉及文档的勘误。对于此类勘误（仅涉及叙述事实，不改变方法/纳入资格/综合方法），优先追加一条 Revision-Note，而不是创建新的结构化修订。

阶段 7 — v_(N+1) docx 重新生成关卡

当从冻结的 v_N 软件包构建 v_(N+1) 时（在编辑 Markdown 正文、审稿人反馈轮次或级联拒稿重新定向之后），v_(N+1) docx 必须与 v_N docx 不同。常见的静默回退是执行 cp v_N/manuscript.docx v_(N+1)/manuscript.docx，跳过 pandoc / Zotero CWYW 重新生成步骤：Markdown 已编辑，但提交门户收到的却是冻结的 v_N docx。在 v_(N+1) 提交关卡的最前面运行字节一致性断言——即使上游流水线似乎已经重新生成了 docx：

python3 "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/verify_package_integrity.py" \
    --assert-vN-docx-changed \
    --vN-docx SUBMISSION/<journal>/v<N>/manuscript.docx \
    --new-docx SUBMISSION/<journal>/v<N+1>/manuscript.docx

MD5 相同 → 退出代码为 1。修复重新生成步骤前，阻止提交。

阶段 8 — 多份稿件副本差异检查

如果项目需要手动维护多份稿件副本——manuscript.md（工作 SSOT）、manuscript_circulation.md（合作者反馈）和 submission/<journal>/manuscript.md（提交门户）——SSOT 编辑内容往往只会出现在部分副本中。在冻结软件包或发送传阅稿之前，运行定向检测器（SSOT → 各副本）：

python3 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/detect_copy_divergence.py \
  --ssot manuscript.md \
  --copy manuscript_circulation.md \
  --copy submission/<journal>/manuscript.md \
  --out qc/copy_divergence.json --strict

它会逐份报告未同步传播的 SSOT 主张（数值断言——n = N、百分比、p、OR/HR/RR、95% CI——以及章节标题）。STALE_COPY（整体状态为 DIVERGENT）属于 P0 阻塞项：重新传播这些主张，或者——更好的做法是——停止手动维护并行副本，通过构建步骤（pandoc 转换）从单一 SSOT 生成传阅稿 / 提交稿变体。只有数字或标题发生更改或缺失时才会登记，不包括措辞差异。仅存在于副本中的数值主张（stale_in_copy，例如传播了 n = 120 后，旁边仍留有旧的 n = 118）也会使副本变为 STALE_COPY；仅存在于副本中的标题（传阅稿封面说明）会列在 copy_only 中，但不会导致该状态。不存在的 --copy 路径会使程序以 2 退出。

阶段 9 — Springer Editorial Manager 打包（无标题页上传栏）

如果 Springer Editorial Manager 期刊仅提供 Manuscript / Figure / Table / Supplementary / LaTeX 上传项类型（没有 Title Page 或 Cover Letter 栏），请阅读 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/springer_em_packaging.md。

阶段 10 — 修订轮次的带标记（修订跟踪）稿件

每轮修订都需要一份带标记的稿件：与审稿人看到的版本相比，显示修订跟踪的修订稿。

基准版本是 R0，而不是上一轮。 差异比较的基准始终是最初送审的版本；每轮只推进目标版本。编辑需要看到自送审版本以来的所有更改，因此不要比较 v7 和 v8。

Word 的“比较”是唯一安全的生成方式——但可通过脚本操作。 pandiff 和 LibreOffice --compare 会破坏真实稿件中的 OOXML（表格会塌陷，作者单位上标会丢失）；不要使用它们。Word for Mac 可通过 AppleScript 使用带有 author name 的 compare，因此构建过程无需 GUI 操作，也无需事后重写 w:author：

python3 "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/build_marked_manuscript.py" \
  --original submission/{journal}/R0/manuscript.docx \
  --revised  submission/{journal}/R1/manuscript_clean.docx \
  --out      submission/{journal}/R1/manuscript_marked.docx \
  --author   "Submitting Author" --line-numbers

（仅限 macOS + Word。其他平台请在 Word 中手动生成带标记的文件——然后仍须运行下方的关卡。）

关卡：往返验证，而非 grep

“带标记的文件包含句子 X”这样的检查即使在 Compare 丢弃或重复段落，或将修订分给两个作者时，也会通过。应通过构造来验证——接受所有修订后必须精确还原修订稿，拒绝所有修订后必须精确还原原稿：

python3 "${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/check_marked_manuscript.py" \
  --marked   submission/{journal}/R1/manuscript_marked.docx \
  --original submission/{journal}/R0/manuscript.docx \
  --revised  submission/{journal}/R1/manuscript_clean.docx \
  --author   "Submitting Author" --strict

此关卡能够识别移动操作：Word 将移位内容编码为 w:moveFrom / w:moveTo，而不是 w:ins / w:del；只了解插入/删除的验证器会看到段落被移动后出现两次，并误判好文件已损坏。如果关卡报告判定结果、准备编写其他 docx 探测脚本，或带标记的文件太大而无法上传，请阅读 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/marked_manuscript.md。