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systematic-review-prisma

systematic-review-prisma

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代码仓库

关于 systematic-review-prisma

systematic-review-prisma 是面向系统综述研究者的 PRISMA 2020 工作指南,覆盖方案注册、可复现检索、筛选、证据综合与报告,并提供去重和流程图脚本。

主要功能

  1. 01PICO 等问题框架与方案注册
  2. 02构建并记录可复现检索式
  3. 03去重、双人筛选与排除记录
  4. 04数据提取、偏倚风险与证据确定性评估
  5. 05综合分析与 PRISMA 流程图生成

适用场景

  1. 01制定并登记系统综述方案
  2. 02记录数据库检索并筛选研究
  3. 03汇总证据并生成综述流程图

安装

复制下面的命令,在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/kalarislabs/research-agent-skills --skill systematic-review-prisma

安装后在 Claude Code 中输入/systematic-review-prisma确认已加载。

包含的文件

除 SKILL.md 外,安装时一起下载的参考资料和脚本。

references/
prisma-2020-checklist.md
scripts/
dedupe_records.py
prisma_flow.py

详细介绍

使用 PRISMA 2020 进行系统综述

系统综述的评价标准是透明度和可重复性:其他团队应能够重新运行你的检索,并得到相同的纳入研究集。请按以下阶段开展工作,并在过程中保留审计记录(日期、数量、决策)。事后补做记录是综述无法通过同行评审的原因之一。

阶段 1:方案(检索前)

  1. 使用 PICO(人群、干预、对照、结局)构建问题;针对暴露因素使用 PECO,定性研究使用 SPIDER,范围综述使用 PCC。
  2. 预先规定纳入标准、主要/次要结局、数据库、日期范围、语言、偏倚风险评估工具和综合方法。
  3. 开始筛选前注册方案:PROSPERO(健康、人类结局)或 OSF Registries(其他所有情况)。记录注册 ID,以便写入稿件。
  4. 使用 PRISMA-P 清单编写方案。范围综述遵循 PRISMA-ScR。

阶段 2:检索

  • 为每个 PICO 要素构建一个概念检索块:受控词表(PubMed 中的 MeSH、Embase 中的 Emtree)或自由文本同义词,然后用 AND 连接各检索块。
  • 根据数据库转换语法(字段标签各不相同:PubMed 使用 [tiab],Embase 使用 :ti,ab,Scopus 使用 TITLE-ABS-KEY(),Web of Science 使用 TS=)。切勿在所有数据库中粘贴同一检索式。
  • 验证检索的敏感度:检索必须能找出一组预先整理的已知相关论文。
  • 至少检索两个文献数据库和临床试验注册库,并对纳入的研究进行前向和后向引文检索。
  • 按数据库记录:平台、完整检索式、检索日期和命中数。这些内容应原样放入补充材料(PRISMA 第 7 项),PRISMA-S 对检索报告有详细说明。

PubMed 检索块结构示例:

("Diabetes Mellitus, Type 2"[Mesh] OR "type 2 diabetes"[tiab] OR T2DM[tiab])
AND ("Metformin"[Mesh] OR metformin[tiab])
AND (randomized controlled trial[pt] OR randomi*[tiab] OR placebo[tiab])

阶段 3:去重与筛选

python scripts/dedupe_records.py pubmed.ris embase.ris scopus.csv wos.bib \
  -o screening.csv --summary dedup-counts.json

输出的 CSV 文件包含 screen_title_abstract、screen_full_text 和 exclusion_reason 列,可用于在电子表格中筛选,也可导入 Rayyan、Covidence 或 ASReview。

  • 两名独立评审者先筛选标题/摘要,再筛选全文。报告评审一致性(Cohen's kappa)以及冲突的解决方式。
  • 全文排除的研究各需提供 一个主要原因,并从固定列表中选择。这些原因将用于流程图中的“排除的报告”框。
  • 必须说明 AI 辅助筛选(主动学习、大模型分流)的使用方式,并以人工决策进行验证;排除研究时,绝不能仅由 AI 担任评审者。

阶段 4:数据提取与偏倚风险评估

  • 在 3-5 项研究中试用数据提取表。可行时进行重复提取。
  • 根据研究设计选择偏倚风险评估工具:RoB 2(随机试验)、ROBINS-I(非随机干预)、ROBINS-E(暴露因素)、QUADAS-2(诊断准确性)、Newcastle-Ottawa(观察性研究,常用)、CASP/JBI(定性研究)。
  • 使用 GRADE 评定每个结局的证据确定性,并提供证据概要表。

阶段 5:综合

  • 仅在研究足够相似时进行荟萃分析。临床和方法学异质性存在时,默认使用随机效应模型。报告 I²、tau² 和预测区间。
  • 仅进行预先设定的亚组分析和敏感性分析。事后分析须标明为事后分析。
  • 小样本研究效应:在研究数量 ≥10 时,使用漏斗图和 Egger's 检验。
  • 不进行荟萃分析时,遵循 SWiM(非荟萃分析综合)指南。
  • 使用 R metafor/meta 或 Python statsmodels 进行计算(参见 statistical-analysis skill)。

阶段 6:报告

根据记录的数量生成流程图;如果算术关系不一致,脚本会拒绝生成:

python scripts/prisma_flow.py --template > prisma-counts.json   # fill in
python scripts/prisma_flow.py prisma-counts.json > prisma.mmd    # Mermaid for Markdown/Quarto
python scripts/prisma_flow.py prisma-counts.json --format dot -o prisma.dot && dot -Tsvg prisma.dot -o prisma.svg

填写 27 项 PRISMA 2020 清单(references/prisma-2020-checklist.md),注明每项内容所在的页码/章节,并随稿件一并提交。 摘要必须遵循 PRISMA 2020 摘要清单(12 项)。

诚信规则

  • 切勿捏造检索数量、研究或筛选决定。流程图中的每个数字都必须来自记录日志。
  • 核实每项纳入研究的书目信息(citation-verification),并报告准确的检索日期。

评审常见的拒稿原因

  • 未注册方案,或在筛选开始后才注册且未作说明。
  • 仅检索一个数据库,未检索灰色文献或注册库。
  • 未完整报告检索式,或检索无法复现。
  • 由单人筛选,且未说明理由。
  • 流程图中的数字不一致(脚本会阻止这种情况)。
  • 合并临床异质性研究;在综合分析中忽略偏倚风险。
  • 结论强于 GRADE 确定性所支持的程度。

相关技能

literature-review(叙述性和范围综述检索)、citation-verification、 statistical-analysis、scientific-writing、peer-review。

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