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tooluniverse-clinical-guidelines

tooluniverse-clinical-guidelines

github.com/mims-harvard其他1.8k492 次安装3 天前更新
代码仓库

关于 tooluniverse-clinical-guidelines

用于临床指南检索与解读的 ToolUniverse 技能,面向需要查找诊疗建议的研究者和临床人员。它指导跨数据库检索、核对发布日期,并结合患者情况呈现建议与证据局限。

主要功能

  1. 01检索多来源临床指南
  2. 02获取可用的指南全文
  3. 03按来源层级评估指南
  4. 04核对发布日期和更新情况
  5. 05结合患者特征解读建议
  6. 06查找药物基因组学建议

适用场景

  1. 01查找某疾病的最新诊疗指南
  2. 02比较不同机构的临床建议
  3. 03根据患者人口特征查找预防项目
  4. 04查询基因与药物相关的用药建议

安装

复制下面的命令,在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-clinical-guidelines

安装后在 Claude Code 中输入/tooluniverse-clinical-guidelines确认已加载。

附带文件TOOLS_REFERENCE.md

详细介绍

临床指南搜索与检索

指南层级

并非所有指南的权重都相同。请按以下顺序评估来源:

  1. NICE 和 WHO — 证据分级明确、定期更新,并采用严谨的系统综述流程。NICE 指南会明确标注建议强度(例如“提供”与“考虑”)。
  2. 学会指南(AHA、ADA、NCCN、SIGN) — 由专业领域内的专家共识小组制定。可能会比最新证据滞后 1-3 年。在各自领域内具有较强的指导作用,但范围较窄。
  3. 聚合数据库(TRIP、OpenAlex) — 汇总多个学会的指南。覆盖面广,适合发现指南,但必须核实原始来源。
  4. 文献数据库(PubMed、EuropePMC) — 返回与指南相关的出版物,而非经过整理的指南正文。可作为备用来源,但不应作为首选来源。

务必核查发布日期。 2015 年的指南可能已被 2024 年的更新版取代。呈现结果时,应醒目标注年份,并说明是否可能已有更新的指导意见。


进行计算,而非仅作描述

当分析需要计算(统计、数据处理、评分、数据丰富)时,请通过 Bash 编写并运行 Python 代码。不要只描述将采取的做法——应实际执行并报告结果。使用 ToolUniverse 工具检索数据,然后通过 Python(pandas、scipy、statsmodels、matplotlib)进行分析。

搜索策略

第 1 步:先缩小范围,再逐步扩大
  1. 在 NICE、TRIP 和 EuropePMC 中同时搜索 疾病名称 + "guideline"(并行调用)。
  2. 如果问题涉及特定专科,则添加相应的学会工具:心脏病学用 AHA,糖尿病用 ADA,肿瘤学用 NCCN,药物基因组学用 CPIC。
  3. 如果初步搜索没有结果,则扩大到疾病类别(例如,搜索“heart failure”,而不是“HFpEF with SGLT2 inhibitors”)。
  4. 如果特定学会的工具不可用,则使用 PubMed/EuropePMC 搜索 [condition] guideline [year]。
第 2 步:至少搜索 3 个来源

始终至少查询 3 个数据库,以查找单一来源可能遗漏的指南。优先级:NICE > TRIP > 特定学会 > 文献数据库。

第 3 步:获取可用的全文

从搜索结果中确定相关指南后,使用全文工具获取建议详情,再进行综合整理。


诊断检查选择推理

当临床问题询问“应开具哪项检查?”或“下一步最合适的诊断步骤是什么?”时,请在搜索指南之前,先应用以下推理框架。

第 1 步:临床问题实际在问什么?

诊断检查的用途各不相同。请判断问题需要哪一种:

  • 筛查:在无症状人群中发现疾病。优先考虑敏感性(尽量减少假阴性)。示例:使用 ANA 筛查 SLE。
  • 确诊:确认疑似诊断。优先考虑特异性(尽量减少假阳性)。示例:使用抗 dsDNA 或抗 Smith 抗体确诊 SLE。
  • 鉴别诊断:区分两种表现相似的诊断。选择在一种疾病中呈阳性、在另一种疾病中呈阴性的检查。示例:使用 ASO 滴度鉴别 PSGN 与 SLE 肾炎(两者均表现为补体降低和血尿,但只有 PSGN 的 ASO 会升高)。
  • 分期/预后:确诊后确定疾病严重程度。示例:狼疮性肾炎的肾活检 ISN/RPS 分级。
  • 监测:追踪治疗反应。示例:监测 SLE 患者的抗 dsDNA 滴度和补体水平。
第 2 步:让检查匹配诊断信息缺口

请思考:“我缺少哪项信息,而这项信息会改变治疗决策?”

第 3 步:敏感度与特异度决策矩阵
场景优先考虑理由
排除危险疾病高敏感度阴性结果可可靠地排除该疾病
有创治疗前确认诊断高特异度阳性结果可可靠地确认该疾病
鉴别两种相似疾病对其中一种具有特异性的检查选择在疾病 A 中存在、但在疾病 B 中不存在的标志物
存在危及生命的急诊鉴别诊断现有最快的检查急性情况下,速度优先于完美准确性
第 4 步:选择检查时常见的误区
  1. 选择对鉴别诊断中的两种疾病都会呈阳性的检查——SLE 和 PSGN 患者的 C3/C4 都会降低;这无法鉴别两者。务必问自己:“这个检查结果会改变我的鉴别诊断吗?”
  2. 需要确诊时却选择筛查检查——ANA 对 SLE 的敏感度高,但特异度低。如果已经怀疑 SLE,应选择抗 dsDNA 或抗 Smith 抗体检查(特异度高)。
  3. 跳过简单检查,直接做复杂检查——ASO 滴度检查费用低、速度快。在确认链球菌感染是否能解释临床表现之前,不要直接进行肾活检。
  4. 忽视时间因素——PSGN 患者的补体水平会在 6-8 周内恢复正常;SLE 患者的补体水平则会持续偏低。与观察趋势相比,单次补体水平的参考价值较低。
  5. 忽视检查前概率——即使检查的特异度为 95%,若检查前概率仅为 5%,假阳性率仍为 50%。应先考虑临床表现。

实验室检查结果解读策略

  • 解读任何检查结果前,务必考虑检查前概率。在人群患病率较低的情况下,无论检查准确度如何,阳性结果的假阳性率都很高。
  • SnNOut:高度敏感的检查若结果为阴性,即可排除该疾病。筛查时应使用高敏感度检查。
  • SpPIn:高度特异的检查若结果为阳性,即可确诊该疾病。确诊时应使用高特异度检查。
  • 遇到结果矛盾(例如,一项检查阳性,另一项阴性)时:重复进行结果不一致的检查、选择其他确诊检查,或重新评估临床表现和检查前概率。
  • 似然比比单独考虑敏感度或特异度更重要。LR+ >10 或 LR- <0.1 可显著改变检查后概率。

手术决策

  • 适应证:判断是否需要手术。绝对适应证(例如,空腔脏器穿孔、急性肢体缺血)需要立即处理;相对适应证(例如,有症状的胆结石)则可以共同决策。
  • 时机:急诊(数分钟至数小时内,存在生命或肢体危险)、紧急(24-72 小时内,存在病情恶化风险)、择期(安排手术,并在术前做好优化)。
  • 术式:选择能够达到治疗目标的最小侵入性方案。优先选择腹腔镜而非开放手术、血管内治疗而非外科手术,除非解剖结构或紧急程度不允许。

将指南应用于患者

指南提供的是针对人群的建议。介绍检查结果时:

  1. 明确引用来源——说“根据《2024 ADA Standards of Care》第 9 节……”,而不是“指南建议……”。
  2. 说明患者的个体因素——合并症、药物相互作用、肾功能和肝功能、年龄、妊娠以及患者偏好,都可能改变建议。
  3. 指出证据薄弱之处——对 D 级/专家共识建议的表述,应与对 A 级/高可信度建议的表述有所不同。
  4. 指出指南之间的冲突——NICE 与 ADA 存在分歧时,应同时介绍双方立场并说明差异。
  5. 说明局限性——若患者的情况不属于指南研究所覆盖的人群,应明确说明。

工具工作流

通用指南搜索(并行调用)
工具关键参数说明
NICE_Clinical_Guidelines_Searchquery、limit(均为必填)最佳通用来源
TRIP_Database_Guidelines_Searchquery、limit、search_type='guidelines'(均为必填)必须包含 search_type
WHO_Guidelines_Searchquery、limit主题筛选能力有限;可能返回不相关的 WHO 文档
CMA_Guidelines_Searchquery、limit加拿大指南
SIGN_search_guidelinesquery(不是 q)、limit苏格兰/英国
CTFPHC_search_guidelinesquery(不是 q)、limit加拿大预防指南
OpenAlex_Guidelines_Searchquery、limit、可选的 year_from/year_to学术出版物
EuropePMC_Guidelines_Searchquery、limit返回类型或标题标注为指南的记录,并包含完整摘要
PubMed_Guidelines_Searchquery、limit文献备用来源;从环境中读取 NCBI_API_KEY

NICE、TRIP、WHO、OpenAlex、EuropePMC 和 PubMed 返回 {status, data, metadata}:行数据位于 result['data'],匹配数量位于 result['metadata']['total'];如果 status: success 但 data 为空,表示该来源没有与查询相关的内容。CMA、SIGN 和 CTFPHC 则直接返回列表。

特定学会工具

ADA(糖尿病)

  • ADA_list_standards_sections() — 无参数。列出 ADA《护理标准》的所有章节。
  • ADA_search_standards(query, limit) — 使用宽泛的医学术语,而非具体药物名称。
  • ADA_get_standards_section(section_number) — 仅返回章节摘要。

AHA/ACC(心脏病学)

  • AHA_ACC_search_guidelines(query, limit) — 搜索 AHA/ACC 指南。
  • AHA_list_guidelines(limit) / ACC_list_guidelines(limit) — 列出近期指南。
  • AHA_ACC_get_guideline(pmid) — 通过 PMC 获取全文。

NCCN(肿瘤学)

  • NCCN_list_patient_guidelines(limit) — 字段是 cancer_type,不是 title。
  • NCCN_search_guidelines(query, limit) — 返回 JNCCN 摘要,不含专有文本。
  • NCCN_get_patient_guideline(url) — 传入完整 URL 字符串,不是整数 ID。

MAGICapp(动态指南)

  • MAGICapp_list_guidelines(limit) — 返回 dict:使用 r.get('data', [])。字段是 name,不是 title。
  • MAGICapp_get_guideline(guideline_id) / MAGICapp_get_recommendations(guideline_id) / MAGICapp_get_sections(guideline_id)

NCI — 收录研究工具/数据集,而非临床指南。使用 q(不是 query)、size(不是 limit)。访问方式:r.get('data',{}).get('results',[])。

药物基因组学(CPIC)

所有 CPIC 工具均返回 dict 包装的数据:使用 r.get('data', [])。

工作流:

  1. CPIC_get_gene_info(genesymbol='CYP2D6') — 基因概览
  2. CPIC_get_gene_drug_pairs(genesymbol='CYP2D6') — 所有具有 CPIC 级别的药物(A 级最强)
  3. CPIC_list_guidelines(limit=50) — 查找目标基因+药物组合对应的 guidelineId
  4. CPIC_get_recommendations(guideline_id=N) — 给药建议(按表型去重)
  5. CPIC_get_alleles(genesymbol='CYP2D6') — 使用 clinicalfunctionalstatus(不是 functionalstatus)

注意事项:

  • CPIC_get_recommendations 接受 guideline_id(整数),不是 genesymbol
  • CPIC_search_gene_drug_pairs 要求使用 PostgREST 语法:genesymbol='eq.CYP2D6'
  • 呈现前请按表型对建议去重(每种等位基因组合通常有许多重复记录)
个性化预防建议(ODPHP MyHealthfinder)

对于“这位患者需要哪些预防性护理/筛查”(而不是“X 疾病的指南怎么说”),odphp_myhealthfinder 会针对特定人群,返回一份精选的通俗易懂的建议清单,内容来源于 USPSTF、CDC ACIP 和 HRSA。已通过实时验证:查询一位 45 岁女性,返回了 28 条真实建议(筛查、免疫接种、咨询主题),每条都可追溯至其发布机构。这项工具可补充而非取代指南查询:先用它获取适用于患者人群的检查清单,再针对具体项目查阅完整指南(上文的 NICE/USPSTF 等),了解临床细节。

必须提供全部 5 个参数(传入明确的值,不要省略,即使参数不适用也要传入):lang("en"/"es")、age(整数)、sex("Male"/"Female")、pregnant("Yes"/"No"/不适用时传入 "No")、strip_html(布尔值)。odphp_itemlist(lang=..., type=...) 和 odphp_topicsearch(lang=..., topicId=..., categoryId=..., keyword=..., strip_html=...) 支持按主题或关键词浏览/筛选相同内容,而非按人群资料筛选。

odphp_outlink_fetch 的注意事项(已通过实时验证):此工具会获取 MyHealthfinder 结果中引用的 URL,以提供更多详情,但它可访问的 health.gov API v3 端点正在退役(实时测试中,一个预设示例 URL 返回 HTTP 410 Gone)——在将获取结果视为成功之前,请检查返回的 status 字段,并优先使用当前 v4 MyHealthfinder 响应中的内容,而不要访问旧的外链。

全文检索
来源工具输入
NICENICE_Guideline_Full_Text(url)搜索结果中的 URL;尝试 .../chapter/Recommendations
WHOWHO_Guideline_Full_Text(url)可能返回 PDF 链接,而非全文
AHA/ACCAHA_ACC_get_guideline(pmid)搜索结果中的 PMID
NCCNNCCN_get_patient_guideline(url)列表结果中的完整 URL

证据等级速查

系统强中等弱/专家意见
ADAA 级B/C 级E 级(共识)
AHA/ACCI 级IIa/IIb 级III 级
SIGN强有条件良好实践要点
CPICA 级B 级C/D 级
NICE“提供”(强)“考虑”(较弱)研究建议

后备策略

  • NICE 返回空结果 -> 尝试 TRIP 或 EuropePMC
  • ADA 返回 0 条结果 -> 扩大搜索词范围('pharmacologic approaches',而非 'metformin first-line')
  • WHO 返回无关结果 -> 跳过 WHO,使用 EuropePMC 或 OpenAlex
  • CPIC 未返回建议 -> 将带有 CPIC 等级的基因-药物组合用作替代参考
  • TRIP 返回 403/受限 PDF -> 说明访问受限,并尝试其他来源

综合模板

# Clinical Guidelines: [Topic]

## Summary
[2-3 sentences: what do the guidelines agree on? Where do they diverge?]

## Key Recommendations
### [Source 1 — Organization, Year]
- Recommendation text [Evidence grade]
- URL

### [Source 2 — Organization, Year]
- Recommendation text [Evidence grade]

## Patient-Specific Considerations
[Comorbidities, interactions, or population factors that modify these recommendations]

## Pharmacogenomics (if applicable)
[CPIC phenotype-to-dosing table, deduplicated]

## References
[All source URLs]

已知限制

  • WHO_Guidelines_Search:主题筛选不可靠;请使用 EuropePMC 或 OpenAlex 补充国际指南。
  • NCI_search_cancer_resources:研究工具目录,不是临床指南。
  • NICE_Guideline_Full_Text:仅提供概览页面;可能需要直接访问子页面的 URL。
  • SIGN:没有全文工具;仅提供 PDF。
  • ADA_get_standards_section:仅提供摘要,不是完整的 PMC 文本。
  • NCCN_search_guidelines:提供 JNCCN 摘要,而非 NCCN 专有指南内容。

临床选择题推理框架

1. 系统性鉴别诊断流程
  • 列出所有发现(生命体征、实验室检查、影像、病史)
  • 对每个选项评分,判断它能解释多少项发现
  • 正确答案通常能解释最多的发现
  • 先根据症状组合进行诊断,再检查辅助发现(影像、偶然发现的实验室结果)是否一致或仅属偶然
  • 不要只盯着最显著的发现——要综合考虑全部情况
2. 关键临床决策规则

脊柱分诊——使用 TLICS 评分,不凭直觉判断:

  • TLICS 维度:形态(压缩=1,爆裂=2,平移/旋转=3,牵张=4)+ 后方韧带复合体(PLC)完整性(完整=0,疑似损伤=2,受损=3)+ 神经功能状态(正常=0,神经根受累=2,脊髓完全损伤=2,脊髓不完全损伤=3,马尾综合征=3)
  • 神经功能缺损是优先级最高的组成部分——始终应首先分诊
  • 如果存在指定评分系统(TLICS、CURB-65、Wells 等),始终使用该系统,不要凭直觉判断严重程度

失血性休克——液体选择:

  • 静脉输注晶体液(NS 或 LR)适用于所有级别,是一线治疗
  • III–IV 级:加用血液制品,但仍应先使用晶体液

Brown-Sequard 综合征——病灶节段判定:

  • 病灶节段 = 同侧运动/感觉丧失的最高节段,而不是对侧痛觉/温度觉丧失开始的节段
  • 对侧痛觉/温度觉丧失始于病灶下方 1–2 个节段(纤维在交叉前会沿 Lissauer 束上行)

瓣膜术后监测:

  • 机械瓣膜:终身服用华法林(INR:二尖瓣 2.5–3.5,主动脉瓣 2.0–3.0)
  • 如果选项中同时有“开具抗凝药”和“监测 PT/INR”,监测 PT/INR 更具体,因为这意味着持续管理抗凝治疗,而不只是开具处方
  • 核实选项中的药理学术语——如果概念上正确的答案使用了不存在的药物类别名称,请考虑“以上皆非”是否更恰当

偶然发现:

  • 不要让偶然的影像学发现凌驾于符合逻辑的临床综合征之上。如果临床表现符合某一诊断,而影像学发现通常为良性(例如,10–12% 的 CT 中会发现椎体血管瘤),应优先考虑临床综合征。

术后并发症:

  • 对于术后低氧血症,鉴别诊断中务必包括围手术期 MI,尤其是在有失血的大型手术之后
  • 并发症可能在术后数天至数周出现——不要假设只有急性反应
3. 答案核验清单
  • 我的答案能解释所有异常发现吗?
  • 有没有其他选项能解释我的选项无法解释的发现?
  • 我选择的是最常见的疾病,还是最符合这位患者情况的疾病?
  • 我是否重新阅读了题干,留意“最可能”“下一步最佳处理”“初始”等限定语?
  • 如果我计算了某个具体数值(病灶节段、评分),该数值是否确实出现在选项中?如果没有,请考虑“以上皆非”
  • 我选定答案中的所有药理学术语是否真实存在且名称正确?
4. 治疗方案核验
  • 推荐具体药物前:检查禁忌证、药物相互作用以及患者个体因素(肾/肝功能、年龄、妊娠、过敏)
  • 对于传染病:核实病原体对药物的敏感性——并非所有抗生素都对所有病原体有效。地理流行模式也很重要(例如,美国西南部的球孢子菌病,而非类鼻疽)
  • 对于急诊医学:逐步遵循 ATLS/ACLS 方案。不要跳过晶体液复苏而直接采用药物干预
  • 对于肿瘤学:推荐靶向治疗前,核实 NCCN 类别及具体生物标志物要求
  • 对于心血管风险:确诊 ASCVD 时,高剂量他汀是一线治疗——不要停用二甲双胍或其他药物来替代血脂管理
  • 对于精神科药物治疗:检查草药与药物、补充剂与药物之间的相互作用
  • 对于癫痫管理:区分饮食原因与药物相互作用原因——生酮饮食期间出现突破性发作,可能需要调整药物,而不是调整饮食
  • 列出多项干预措施时:核实正确的顺序(例如,药物治疗前先稳定气道,慢性管理前先排除可逆原因)
5. 儿科医学陷阱
  • 液体计算:使用 Holliday-Segar 公式(前 10 kg 每日 100 mL/kg,接下来 10 kg 每日 50 mL/kg,此后每 kg 每日 20 mL/kg)
  • 脱水纠正:缺液量 = 体重(kg)x 脱水百分比 x 10(mL)
  • 新生儿临床表现:优先考虑先天性还是后天性原因
  • 按体表面积(BSA)计算剂量:核实 BSA 计算结果(Mosteller:sqrt(height_cm x weight_kg / 3600)),然后剂量 = mg/m2 x BSA。总剂量始终要乘以治疗天数
  • 再次核对算术:儿科剂量错误是临床 MCQ 中最常见的陷阱(例如,25 mg/m2 x 0.8 m2 = 20 mg/day,而不是 43 mg)

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